genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19293517--19293779	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
19293556--19293814	80	3.3	80	83	3	220	26	20	27	25	1.99
19297562--19297929	200	1.8	200	93	0	637	39	20	10	29	1.86
19298792--19299161	200	1.9	200	95	0	668	39	19	12	28	1.88
19300017--19300406	201	1.9	200	92	2	658	37	19	13	29	1.90
19301300--19301692	200	2.0	199	91	0	633	38	18	12	30	1.88
19301735--19302527	398	2.0	398	94	0	1381	29	20	18	31	1.97
19306825--19307216	200	2.0	199	91	0	631	38	18	13	30	1.89
19313239--19313630	200	2.0	199	90	0	613	38	18	13	30	1.89
19316988--19317382	200	2.0	200	92	0	655	38	19	13	29	1.89
19318277--19318655	201	1.9	199	91	2	625	37	18	13	29	1.89
19320652--19321045	200	2.0	200	92	1	655	37	20	13	28	1.91
19321937--19322329	201	2.0	198	90	3	619	38	19	12	29	1.89
19323224--19323602	201	1.9	199	92	2	634	37	18	13	29	1.90
19325600--19325993	200	2.0	200	89	1	610	38	20	13	28	1.90
19326887--19327264	200	1.9	199	92	3	636	38	18	12	29	1.89
19328173--19328551	201	1.9	199	92	3	636	38	18	12	29	1.88
19332924--19333316	199	2.0	200	89	1	610	37	20	13	28	1.90
19335498--19335891	200	2.0	200	90	1	628	38	19	13	28	1.90
19338075--19338468	200	2.0	200	93	0	671	38	19	13	29	1.89
19340452--19340840	200	1.9	200	88	1	591	38	19	13	28	1.89
19341733--19342126	200	2.0	200	90	1	628	37	19	13	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19344109--19344503	200	2.0	201	91	0	648	37	18	12	30	1.89
19358196--19358245	26	1.9	26	95	0	91	28	30	20	22	1.98
19358151--19358283	69	1.9	69	100	0	266	30	25	21	23	1.99
19359758--19359815	25	2.3	25	77	16	66	25	13	24	36	1.92
19376790--19376840	23	2.2	23	89	0	75	45	19	5	29	1.74
19383874--19384085	68	3.1	67	83	2	253	23	23	16	36	1.94
19384962--19385004	13	3.4	13	80	6	52	72	4	13	9	1.26
19387277--19387529	132	1.9	133	88	2	384	31	16	5	46	1.71
19392647--19392685	19	2.1	19	90	0	60	28	25	0	46	1.53
19395163--19395229	34	2.0	34	85	2	91	29	13	8	47	1.73
19395666--19395721	25	2.3	25	79	11	64	51	0	1	46	1.11
19396739--19396805	30	2.3	28	82	14	75	49	2	4	43	1.38
19412046--19412556	256	2.0	260	88	3	764	36	12	16	34	1.86
19413918--19414495	46	12.6	46	82	2	651	44	14	17	22	1.86
19414420--19414491	22	3.2	22	64	13	56	51	12	18	18	1.76
19420004--19420042	19	2.1	19	100	0	78	35	20	15	28	1.93
19428743--19429130	51	7.7	49	79	8	388	28	26	16	28	1.97
19429822--19429871	16	3.1	16	97	0	91	60	12	16	12	1.60
19436488--19436669	98	1.9	98	90	2	294	28	24	16	30	1.97
19436481--19436872	51	7.8	50	79	7	338	28	26	15	29	1.96
19436970--19437002	15	2.1	16	88	11	50	63	6	3	27	1.32
19439279--19439311	17	2.1	17	88	11	52	42	0	24	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19439600--19439896	46	6.5	46	88	3	422	42	13	20	23	1.87
19439600--19439896	91	3.3	91	87	4	438	42	13	20	23	1.87
19439600--19439896	137	2.2	136	87	3	427	42	13	20	23	1.87
19444434--19444484	21	2.5	20	83	6	57	70	13	1	13	1.25
19450717--19450946	40	5.8	40	86	2	273	20	28	16	35	1.94
19450719--19450954	80	3.0	80	84	1	303	21	28	15	34	1.94
19456164--19456212	24	2.0	24	84	0	62	46	20	4	28	1.68
19456233--19456469	27	8.8	27	76	9	157	23	17	17	41	1.90
19456282--19456469	81	2.3	81	85	0	259	23	17	17	42	1.89
19456258--19456470	27	7.9	27	77	10	195	23	16	17	41	1.89
19457957--19458010	25	2.2	25	89	0	81	18	48	11	22	1.79
19461180--19461300	40	3.0	40	83	0	152	20	30	17	31	1.96
19469992--19470176	100	1.8	101	94	1	327	27	23	30	18	1.98
19469939--19470179	50	4.7	49	85	6	284	26	22	30	20	1.98
19472730--19472772	22	2.0	22	95	0	77	32	11	18	37	1.87
19473439--19473484	21	2.2	21	88	0	65	34	8	4	52	1.52
19482808--19482860	15	3.3	15	78	19	54	30	5	1	62	1.29
19482819--19482973	6	25.8	6	73	5	71	30	8	1	60	1.35
19482773--19482849	18	4.4	18	69	18	65	27	6	1	64	1.25
19482766--19482918	12	12.5	12	69	14	73	30	8	1	58	1.39
19482902--19482977	30	2.5	30	84	0	98	26	9	0	64	1.23
19483102--19483131	12	2.6	11	90	10	51	10	3	6	80	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19485026--19485107	25	3.3	25	83	6	103	18	43	10	26	1.83
19485234--19485283	22	2.4	22	86	6	68	22	2	12	64	1.37
19487373--19487582	71	2.9	72	83	5	255	32	5	12	49	1.64
19487365--19487668	72	4.2	72	80	1	297	34	5	12	48	1.64
19488146--19488173	13	2.2	13	100	0	56	57	7	0	35	1.26
19489562--19489655	46	2.0	46	97	0	179	39	17	20	23	1.92
19494338--19494471	66	2.0	66	82	2	162	44	18	22	14	1.85
19501108--19501188	20	4.0	20	71	18	60	11	28	18	41	1.84
19503966--19503999	15	2.3	15	94	0	59	32	26	11	29	1.92
19512689--19512720	10	2.8	12	81	18	50	78	0	6	15	0.95
19529662--19529694	17	1.9	17	93	0	57	15	12	15	57	1.65
19533550--19533591	22	1.9	22	95	0	75	30	9	14	45	1.77
19537561--19537604	21	2.1	21	87	4	63	20	40	13	25	1.89
19546289--19546333	23	2.0	23	90	0	72	53	4	17	24	1.62
19547387--19547435	21	2.3	21	79	6	55	61	4	20	14	1.49
19547426--19547480	19	2.9	19	76	15	60	69	0	21	9	1.16
19551462--19551712	27	9.3	27	81	6	278	41	19	20	18	1.90
19551470--19551695	107	2.1	108	85	4	305	42	20	20	17	1.90
19551470--19551721	107	2.3	106	81	6	301	40	20	20	18	1.91
19551890--19551979	26	3.5	26	87	0	108	15	22	23	38	1.92
19554764--19554913	42	3.6	42	83	0	194	21	22	34	22	1.97
19561221--19561258	19	2.0	19	100	0	76	10	5	10	73	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19561196--19561255	30	2.0	30	87	9	86	10	5	5	80	1.02
19561201--19561243	12	3.3	13	87	9	61	9	6	4	79	1.06
19561570--19561613	21	2.1	21	91	0	70	31	2	34	31	1.70
19562689--19562730	10	4.3	10	78	6	50	28	11	23	35	1.91
19570899--19571178	30	9.4	30	75	7	214	24	24	12	38	1.90
19571048--19571126	29	2.7	30	86	7	108	18	26	11	43	1.84
19570927--19571148	59	3.7	60	70	8	175	23	24	12	39	1.90
19583411--19583526	54	2.1	54	90	0	178	33	10	12	43	1.77
19583424--19583516	19	5.1	19	72	12	68	31	11	10	46	1.75
19590238--19590309	33	2.2	33	87	5	101	11	29	6	52	1.62
19590258--19590305	17	3.0	15	78	9	51	8	29	6	56	1.53
19590297--19590360	21	3.2	20	74	10	60	7	25	0	67	1.17
19591681--19591726	21	2.2	21	92	7	76	21	2	4	71	1.14
19591688--19591725	10	3.6	11	86	10	53	15	2	5	76	1.08
19593524--19593581	19	3.1	19	92	0	89	27	12	12	48	1.76
19593694--19593731	9	4.0	9	87	12	58	21	0	21	57	1.40
19593700--19593731	11	3.1	11	91	8	50	18	0	18	62	1.33
19595166--19595207	20	2.1	20	86	0	57	19	33	11	35	1.88
19606804--19606837	17	1.9	18	94	5	61	70	0	2	26	1.01
19609098--19609218	44	2.7	45	78	6	129	26	28	17	28	1.98
19609245--19609434	100	1.9	100	84	2	256	27	23	20	28	1.99
19620522--19620576	14	4.0	14	77	15	53	58	1	23	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19623539--19623586	20	2.4	21	82	10	64	22	33	14	29	1.94
19623550--19623591	20	2.1	20	90	0	66	21	28	14	35	1.92
19625962--19626014	15	3.5	15	74	5	54	60	5	3	30	1.37
19626707--19626745	18	2.2	18	86	9	53	69	5	20	5	1.28
19627678--19628139	44	10.7	44	83	3	562	26	23	20	29	1.99
19627678--19628139	175	2.7	170	82	3	561	26	23	20	29	1.99
19628132--19628636	88	5.8	86	84	2	535	23	24	26	26	2.00
19628277--19628584	44	7.0	44	65	10	137	23	25	25	25	2.00
19628308--19628628	44	7.3	44	65	8	141	22	23	28	25	2.00
19628107--19628639	176	3.0	176	84	1	665	23	24	25	26	2.00

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