genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21425274--21425333	2	30.5	2	77	3	50	56	5	1	36	1.31
21425269--21425348	37	2.2	35	84	4	97	61	3	2	32	1.27
21431550--21431964	138	3.0	135	89	3	618	46	5	7	41	1.55
21431940--21432087	75	2.0	75	90	2	235	31	16	7	45	1.75
21434443--21434632	102	1.9	102	93	2	328	44	12	13	30	1.80
21439544--21440061	266	1.9	266	92	0	876	31	20	17	29	1.96
21451695--21451748	17	3.2	17	78	5	65	27	14	22	35	1.93
21466218--21466396	27	6.6	27	83	3	171	28	29	15	26	1.96
21466218--21466396	54	3.3	54	84	3	216	28	29	15	26	1.96
21468690--21468726	18	2.0	19	94	5	67	27	0	27	45	1.54
21468967--21469018	22	2.4	22	87	6	70	21	9	23	46	1.80
21472759--21472799	20	2.0	20	86	9	57	19	17	0	63	1.31
21478375--21478413	20	1.9	21	89	5	62	7	23	20	48	1.75
21478348--21478434	20	4.3	20	71	7	59	11	25	20	42	1.86
21480949--21480990	23	1.9	21	90	9	66	52	14	9	23	1.71
21489818--21489864	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
21491533--21491638	48	2.2	48	85	9	137	14	24	1	59	1.45
21494262--21494308	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
21500339--21500377	15	2.6	15	83	0	60	48	0	0	51	1.00
21511403--21511477	33	2.2	34	92	2	125	42	13	6	37	1.70
21513234--21513270	18	2.1	18	90	10	58	5	18	2	72	1.15
21527365--21527535	45	3.8	45	83	0	227	33	22	14	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21530926--21530975	25	2.0	25	100	0	100	16	24	4	56	1.57
21537629--21537722	36	2.6	36	94	0	161	22	22	15	39	1.92
21538979--21539053	28	2.7	28	95	0	141	38	13	14	33	1.85
21539046--21539092	14	3.3	14	77	14	51	46	12	12	27	1.78
21540489--21540668	41	4.4	41	79	1	175	21	28	13	35	1.92
21540489--21540668	82	2.2	81	84	2	236	21	28	13	35	1.92
21540533--21540637	21	5.1	21	63	13	56	20	31	15	33	1.93
21540721--21540788	33	2.1	33	100	0	136	42	8	5	42	1.60
21564202--21564295	45	2.1	45	91	0	152	31	24	18	25	1.97
21564297--21564435	49	2.8	50	84	7	201	29	28	16	25	1.97
21565766--21565806	14	3.0	14	85	3	57	46	12	2	39	1.54
21565767--21565807	13	3.1	13	85	3	55	48	9	2	39	1.49
21567309--21567421	51	2.3	51	86	6	151	27	15	30	26	1.95
21569087--21569176	26	3.4	26	77	8	92	30	36	18	14	1.91
21569086--21569157	27	2.7	27	82	8	94	31	36	18	13	1.90
21572016--21572087	29	2.5	29	86	0	99	38	22	19	19	1.93
21594537--21594583	18	2.6	18	100	0	94	55	4	0	40	1.19
21609511--21609639	53	2.4	54	89	1	188	21	32	21	24	1.98
21610764--21610813	26	1.9	26	95	0	91	40	20	16	24	1.91
21610765--21610825	26	2.3	26	88	0	86	36	24	18	21	1.95
21628209--21628238	11	2.7	11	89	0	51	20	33	16	30	1.94
21629514--21629548	17	2.1	17	94	0	61	20	31	5	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21634108--21634263	27	5.7	27	81	7	172	42	18	14	24	1.87
21634110--21634263	82	1.9	81	87	4	229	43	18	13	24	1.86
21634108--21634291	27	6.8	27	77	3	127	41	20	14	23	1.89
21640147--21640202	20	2.8	20	80	0	67	10	37	23	28	1.88
21646681--21646932	40	6.3	40	78	0	218	25	28	15	30	1.96
21646698--21646931	80	3.0	78	80	3	272	25	27	16	30	1.96
21649880--21650056	45	4.0	45	85	3	236	32	23	16	27	1.96
21672831--21672897	33	2.0	33	94	0	116	44	14	16	23	1.85
21674840--21674921	35	2.4	34	81	6	85	9	46	25	18	1.79
21674927--21674955	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
21681227--21681743	47	11.1	47	93	2	846	31	9	30	28	1.88
21681227--21681743	93	5.5	94	93	2	846	31	9	30	28	1.88
21681456--21681528	22	3.3	22	62	11	58	31	10	28	28	1.91
21681861--21681939	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21694683--21694731	22	2.2	23	82	10	66	42	18	8	30	1.79
21703501--21703582	42	2.0	42	100	0	164	30	12	21	35	1.90
21705031--21705105	39	1.9	39	89	5	116	42	13	12	32	1.80
21711096--21711382	29	9.8	29	78	1	268	22	26	12	38	1.89
21711096--21711382	88	3.3	88	82	1	369	22	26	12	38	1.89
21711096--21711388	59	5.0	59	81	0	329	22	26	12	38	1.89
21716546--21716595	16	2.9	18	74	14	61	20	12	4	64	1.43
21716532--21716588	18	3.3	17	78	9	62	24	10	5	59	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21721840--21721935	15	6.4	15	72	15	65	6	21	2	69	1.21
21721847--21721892	21	2.2	21	88	0	65	6	21	0	71	1.08
21721862--21721943	27	3.0	26	75	14	69	9	18	4	67	1.37
21721814--21721935	39	3.2	37	77	9	113	9	22	1	66	1.30
21728326--21728464	43	3.5	43	70	18	154	35	27	15	21	1.93
21728289--21728501	76	2.8	76	89	1	329	34	27	16	21	1.95
21728445--21728599	33	4.6	33	70	21	124	33	28	18	19	1.96
21728401--21728603	102	2.0	103	93	0	345	33	28	17	21	1.96
21729568--21729600	17	1.9	17	88	11	50	42	15	6	36	1.71
21735833--21735971	43	3.5	43	72	18	163	36	26	15	20	1.93
21735796--21736008	76	2.8	76	91	0	354	34	27	17	21	1.95
21735907--21736110	102	2.0	103	89	0	311	34	26	17	21	1.95
21738383--21738458	32	2.4	32	90	0	116	17	15	25	42	1.88
21738406--21738594	32	5.9	32	80	4	168	20	21	23	34	1.97
21738406--21738600	64	3.0	64	76	7	191	21	22	22	34	1.97
21740192--21740277	42	2.0	42	88	4	129	20	29	25	24	1.99
21741654--21741830	29	6.0	29	85	2	203	21	27	12	38	1.89
21741645--21741811	58	2.9	59	84	2	230	21	26	13	38	1.90
21751702--21751945	51	4.9	50	84	5	278	30	27	18	23	1.98
21757401--21757579	51	3.5	50	78	3	180	32	28	15	23	1.95
21757397--21757580	101	1.8	101	86	3	244	33	28	14	22	1.94
21758893--21759132	27	8.9	27	84	3	304	22	17	19	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21760074--21760225	46	3.5	46	85	9	187	38	13	21	26	1.91
21760152--21760297	37	4.0	37	91	1	233	36	15	22	24	1.93
21763599--21763706	50	2.1	51	83	8	132	29	25	18	26	1.98
21784278--21784329	26	2.0	26	100	0	104	30	3	15	50	1.62
21786377--21786928	138	4.0	138	90	0	845	41	9	5	43	1.60
21786483--21786699	71	3.1	71	62	19	166	37	10	5	47	1.61
21786377--21786928	275	2.0	276	90	0	872	41	9	5	43	1.60
21794864--21794914	23	2.2	23	89	6	77	41	19	9	29	1.84
21797865--21798145	50	5.6	50	85	0	339	26	20	30	21	1.98
21799627--21799677	23	2.2	23	89	0	75	43	21	7	27	1.80
21802071--21802285	41	5.3	41	81	1	227	33	14	29	21	1.93
21802065--21802283	82	2.7	81	83	2	269	34	15	29	21	1.93
21808085--21808221	46	3.0	47	77	6	147	30	21	18	29	1.97
21809262--21809452	92	2.1	92	85	0	265	30	24	18	26	1.98
21809403--21809573	43	4.0	43	89	1	236	31	33	14	20	1.93
21809398--21809638	86	2.8	86	83	8	269	33	30	14	21	1.93
21809416--21809602	43	4.3	43	81	5	159	32	31	14	21	1.94
21813200--21813353	40	3.8	39	75	5	139	38	18	20	21	1.93
21813387--21813505	41	2.9	41	91	0	184	21	16	33	28	1.95
21813850--21813898	14	3.4	14	82	2	62	24	2	34	38	1.67
21813921--21813999	7	10.7	7	74	9	59	20	0	45	34	1.51
21813921--21813999	15	5.4	14	73	8	59	20	0	45	34	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21813987--21814030	19	2.3	19	96	0	79	20	6	36	36	1.79
21814036--21814678	283	2.3	285	89	3	947	30	2	24	43	1.66
21814458--21814503	22	2.1	22	83	0	56	28	0	30	41	1.56
21814509--21814555	14	3.3	14	83	13	60	23	2	40	34	1.67
21814516--21814563	14	3.4	14	82	2	51	25	2	41	31	1.67
21815045--21815332	96	2.9	96	86	6	369	47	11	10	30	1.72
21815174--21815324	49	3.1	49	62	11	121	50	11	9	28	1.70
21815380--21815574	107	1.8	108	89	3	313	50	8	8	31	1.64
21819827--21820136	43	7.3	43	79	5	306	24	16	29	29	1.96
21819867--21820136	85	3.2	85	80	4	278	24	17	28	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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