genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20696305--20696989	178	3.9	177	82	4	704	30	19	22	27	1.98
20696445--20696953	222	2.3	222	88	2	745	31	19	22	26	1.98
20696617--20697415	225	3.6	226	79	5	714	32	18	21	27	1.97
20697445--20697671	89	2.6	89	84	0	292	28	23	24	23	2.00
20697665--20698039	130	2.9	131	79	8	420	30	18	24	26	1.98
20702031--20702088	30	2.0	31	86	10	86	53	3	3	39	1.35
20702041--20702146	19	5.8	18	70	22	69	52	2	2	41	1.30
20703734--20703776	17	2.5	17	96	0	77	23	37	20	18	1.94
20704022--20704073	20	2.6	20	84	0	77	21	25	0	53	1.45
20721191--20721225	15	2.3	15	95	0	61	40	11	14	34	1.82
20723043--20723073	16	1.9	16	93	0	53	77	6	6	9	1.12
20724839--20725025	50	3.8	48	77	3	140	28	22	26	21	1.99
20725235--20725283	20	2.5	20	81	15	66	57	6	24	12	1.58
20731907--20731974	34	2.0	34	97	0	127	36	8	19	35	1.83
20732392--20732437	22	2.0	22	87	4	65	47	0	10	41	1.38
20736938--20737009	24	3.0	24	76	10	58	37	19	23	19	1.94
20737050--20737112	26	2.4	27	84	7	78	36	17	26	19	1.94
20743194--20743238	24	1.9	23	81	4	54	35	13	4	46	1.63
20745674--20745720	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
20751052--20751103	14	3.6	15	87	10	81	21	11	5	61	1.50
20751052--20751100	13	3.5	14	94	5	82	20	10	6	63	1.47
20751145--20751192	10	4.7	10	90	10	71	16	0	6	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20751144--20751196	11	5.0	11	90	9	92	18	0	7	73	1.06
20752185--20752231	23	2.1	23	84	7	62	51	12	4	31	1.59
20753078--20753117	21	1.9	21	84	0	53	42	20	2	35	1.65
20754359--20754424	18	3.6	18	89	2	96	42	7	22	27	1.80
20755875--20755973	27	3.6	27	83	5	128	26	24	16	33	1.96
20766955--20767139	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
20766936--20767139	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
20774919--20774983	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
20775558--20775622	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
20777393--20777455	33	1.9	33	84	12	85	12	26	6	53	1.62
20777453--20777508	21	2.7	21	72	5	51	8	17	1	71	1.21
20777452--20777508	14	4.1	14	75	16	57	8	17	1	71	1.19
20777517--20777573	17	3.3	17	82	4	69	5	14	7	73	1.21
20777458--20777576	12	9.6	12	73	15	66	5	17	4	72	1.21
20777516--20777588	17	3.9	18	74	12	67	6	13	5	73	1.21
20777516--20777606	35	2.6	34	77	8	87	7	16	4	71	1.26
20777470--20777576	6	17.7	6	68	7	65	6	17	3	71	1.22
20778589--20778646	13	4.5	13	72	16	50	5	15	5	74	1.18
20778573--20778650	27	2.8	27	81	11	88	7	12	6	73	1.25
20778641--20778667	12	2.2	12	100	0	54	14	0	7	77	0.97
20780162--20780226	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
20781886--20782070	79	2.3	82	83	7	229	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20781867--20782070	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
20790522--20790668	40	3.7	40	77	4	120	38	17	25	19	1.93
20796477--20796741	103	2.6	104	93	3	446	30	30	20	18	1.97
20797063--20797126	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
20797070--20797126	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
20803948--20804150	104	2.0	103	88	4	302	32	29	19	18	1.96
20806986--20807024	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
20807122--20807161	20	2.0	20	100	0	80	45	15	10	30	1.78
20807756--20807827	24	3.0	24	91	0	117	26	25	20	27	1.99
20812711--20812757	21	2.2	21	77	7	51	17	6	4	72	1.22
20829069--20829106	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
20831380--20831665	50	5.7	50	79	3	292	20	27	23	28	1.99
20831429--20831665	100	2.4	100	94	0	420	20	27	23	28	1.99
20831380--20831658	150	1.9	149	82	3	355	20	27	22	29	1.99
20838311--20838546	50	4.7	50	80	1	251	22	26	23	27	1.99
20843576--20843630	18	3.1	18	84	5	76	23	20	45	10	1.82
20845314--20845711	132	3.0	132	96	0	724	29	21	20	29	1.98
20848032--20848116	9	9.4	9	82	0	107	38	25	11	23	1.89
20848032--20848116	18	4.7	18	94	0	134	38	25	11	23	1.89
20848156--20848184	6	4.8	6	100	0	58	17	0	17	65	1.27
20848140--20848197	18	3.0	20	82	12	66	22	3	12	62	1.45
20857500--20857553	27	2.0	27	85	0	72	14	9	16	59	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20871874--20871946	27	2.7	27	93	0	128	32	24	16	26	1.96
20874335--20874376	12	3.5	12	76	23	52	33	0	45	21	1.52
20874991--20875248	107	2.4	107	83	1	311	41	24	18	16	1.90
20874991--20875248	27	9.6	27	84	1	295	41	24	18	16	1.90
20874991--20875263	134	2.0	135	83	4	338	41	22	18	17	1.90
20890290--20890315	5	5.2	5	100	0	52	61	38	0	0	0.96
20896587--20896673	38	2.3	39	85	2	113	51	9	3	35	1.51
20897922--20897979	27	2.2	27	90	3	91	24	29	17	29	1.97
20915841--20915889	22	2.3	21	83	13	64	75	2	0	22	0.90
20915849--20915882	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
20916944--20916987	11	3.8	12	85	11	65	72	11	4	11	1.25
20917023--20917060	13	3.0	13	92	3	60	65	0	13	21	1.26
20917023--20917060	12	2.9	14	88	11	55	65	0	13	21	1.26
20923954--20923985	4	7.8	4	93	6	55	21	0	0	78	0.76
20923947--20923987	9	4.6	9	85	11	57	21	0	0	78	0.76
20923942--20923995	21	2.5	20	74	14	54	27	0	1	70	0.98
20945573--20945624	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
20945497--20945863	199	1.8	202	91	5	620	18	19	29	32	1.96
20945497--20945863	100	3.7	100	94	4	600	18	19	29	32	1.96
20953100--20953672	103	5.6	103	96	1	1001	19	19	29	31	1.97
20958917--20958979	21	3.0	21	85	2	72	28	3	31	36	1.73
20964382--20964433	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20967166--20967213	20	2.4	20	67	0	51	33	18	27	20	1.96
20968854--20968885	12	2.7	12	95	0	55	18	21	0	59	1.38
20968867--20968928	27	2.3	27	83	10	74	9	19	1	69	1.25
20968891--20969010	12	10.0	12	71	19	72	8	16	3	71	1.24
20968869--20968927	14	4.3	14	74	16	52	10	16	1	71	1.22
20968891--20968930	15	2.9	15	82	14	50	7	17	0	75	1.03
20968889--20968996	6	17.7	6	71	9	76	6	16	3	73	1.19
20970055--20970111	19	2.8	20	81	5	71	8	8	3	78	1.05
20971621--20971668	20	2.4	20	75	0	60	33	16	27	22	1.96
20985578--20985867	50	5.7	50	85	3	330	24	21	30	23	1.99
20985575--20985867	100	2.9	101	85	4	365	24	21	30	23	1.99
20985585--20985867	150	1.8	153	82	5	367	24	21	31	22	1.98
20986121--20986162	16	2.6	16	84	0	57	52	7	26	14	1.67
20992167--20992200	16	2.1	16	94	0	59	20	0	14	64	1.28
21021771--21022197	27	15.9	26	78	5	345	19	16	22	41	1.90
21021771--21022197	54	8.0	52	81	5	397	19	16	22	41	1.90
21021769--21022203	81	5.4	81	85	3	529	19	16	22	41	1.90
21024932--21025135	54	3.8	54	85	6	279	16	18	22	42	1.89
21024932--21025135	80	2.5	80	88	5	313	16	18	22	42	1.89
21024933--21025135	27	7.6	27	83	5	250	16	18	22	42	1.89
21056449--21056567	50	2.4	50	82	2	132	25	28	20	26	1.99
21056498--21056628	50	2.5	54	82	10	155	25	29	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21057958--21058051	48	2.0	48	97	0	179	27	15	10	45	1.80
21069434--21069491	30	1.9	30	89	0	89	41	8	22	27	1.83
21069834--21070021	50	3.6	53	80	7	172	25	21	28	25	1.99
21079571--21079809	50	4.7	50	81	4	230	23	26	21	28	1.99
21085826--21085865	20	2.0	21	90	5	64	40	17	12	30	1.86
21085936--21086028	24	3.9	24	79	8	100	22	23	24	29	1.99
21087400--21087475	23	3.3	23	84	0	116	21	19	27	31	1.97
21088735--21088850	42	2.8	42	78	2	126	37	18	11	31	1.87
21089993--21090023	13	2.3	14	94	5	55	64	6	9	19	1.45
21090068--21090097	13	2.3	13	94	0	51	60	3	6	30	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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