genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
734960--735236	137	2.0	138	96	3	515	35	2	9	52	1.49
742775--742885	27	4.1	27	82	0	132	36	21	27	14	1.92
742775--742885	54	2.1	54	89	0	168	36	21	27	14	1.92
745374--745432	16	3.1	19	69	20	52	40	3	28	27	1.72
752686--752719	4	8.5	4	100	0	68	50	26	0	23	1.50
758582--758677	28	3.3	28	75	15	86	59	1	1	38	1.11
758593--758665	24	3.2	24	76	18	68	61	0	0	38	0.96
758604--758683	14	5.5	14	70	14	63	60	0	0	40	0.97
758593--758658	8	8.6	8	70	21	52	62	0	0	37	0.96
760075--760125	21	2.5	21	81	12	61	15	3	3	76	1.08
762508--762585	37	2.1	37	100	0	156	42	16	7	33	1.77
767577--767623	24	1.9	25	83	12	62	57	10	10	21	1.62
768684--769015	165	2.0	163	84	4	427	31	15	11	40	1.83
778684--778717	16	2.1	16	94	0	59	47	23	2	26	1.66
781008--781064	23	2.5	22	83	13	71	28	0	0	71	0.86
786141--786186	4	11.5	4	100	0	92	50	26	0	23	1.50
788329--788600	101	2.6	105	81	6	365	35	16	17	30	1.92
796169--796208	19	2.1	19	86	9	55	52	2	2	42	1.28
805677--805712	15	2.3	15	95	4	63	86	0	2	11	0.68
806055--806084	9	3.2	9	95	4	51	86	0	0	13	0.57
809103--809133	10	3.1	10	95	0	53	9	0	77	12	0.99
809304--809355	23	2.3	23	79	0	59	36	0	7	55	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813554--813666	60	1.9	60	85	5	158	38	10	8	41	1.71
814715--814747	3	10.7	3	93	6	57	33	0	0	66	0.92
840176--840215	21	2.0	21	85	5	55	32	12	10	45	1.75
843469--843681	113	1.9	113	87	2	311	43	17	10	28	1.82
850253--850298	6	7.7	6	85	9	58	50	17	2	30	1.58
866357--866527	76	2.3	74	89	4	256	13	23	18	45	1.84
866416--866550	72	1.9	72	84	0	180	12	27	17	42	1.85
870729--870880	53	2.9	53	88	0	232	21	20	30	27	1.98
875437--875463	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
875503--875527	12	2.1	12	100	0	50	56	8	0	36	1.29
875611--875660	24	2.1	24	100	0	100	58	14	12	16	1.64
877357--877414	29	2.0	29	83	6	73	53	22	8	15	1.69
880315--881003	39	18.1	38	84	6	755	11	35	7	46	1.68
880344--880437	30	3.1	30	92	0	143	7	38	9	44	1.65
880350--880448	30	3.4	30	90	2	139	9	37	9	44	1.68
880410--881003	117	5.1	117	88	0	832	11	34	7	45	1.69
888891--888946	27	2.1	27	100	0	112	10	26	17	44	1.82
892732--892802	32	2.2	32	80	12	83	29	2	9	57	1.45
895623--896655	393	2.6	392	86	3	1440	37	16	15	29	1.90
901096--901412	169	1.9	163	80	8	361	23	14	18	43	1.86
911246--911704	249	1.8	250	86	2	661	34	21	15	28	1.94
911519--912033	203	2.5	202	80	8	562	31	23	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917789--917818	14	2.1	15	93	6	53	63	0	0	36	0.95
918645--918699	26	2.1	26	93	0	92	54	18	14	12	1.71
928526--928598	29	2.5	30	72	14	80	63	5	6	24	1.41
931167--931200	12	2.7	13	81	9	52	38	0	0	61	0.96
934781--934818	17	2.3	17	81	4	51	23	0	7	68	1.16
946589--946647	19	3.2	18	80	4	73	38	10	0	50	1.36
946597--946647	18	2.7	19	81	3	68	37	11	0	50	1.39
946721--946779	19	3.2	19	80	4	84	38	11	0	49	1.40
946813--946871	19	3.2	19	82	4	84	47	0	11	40	1.40
947390--947441	27	1.9	27	92	0	86	15	32	21	30	1.94
947499--947561	26	2.4	27	94	2	110	47	1	11	39	1.49
949207--949275	30	2.4	27	79	15	75	60	5	1	31	1.29
952090--952129	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
952076--952141	35	1.9	34	90	6	107	34	7	10	46	1.67
959476--959519	23	2.0	22	90	4	70	38	2	4	54	1.33
963320--963383	31	2.0	32	84	6	85	45	12	3	39	1.58
976148--976187	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
976133--976199	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
980172--980255	41	2.0	41	100	0	168	48	20	7	23	1.74
988020--988343	124	2.6	125	79	7	357	46	6	5	41	1.55
989046--989096	26	2.0	26	88	7	77	25	5	3	64	1.33
1016947--1017022	23	3.3	23	96	0	143	31	26	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1023601--1023659	28	2.1	28	93	0	100	40	3	5	50	1.41
1024660--1024694	17	2.1	17	100	0	70	45	0	25	28	1.54
1030532--1030633	26	3.7	26	73	16	80	19	13	16	50	1.78
1030521--1030634	57	2.0	57	89	0	174	19	14	16	49	1.80
1031979--1032035	24	2.4	24	76	5	62	50	1	1	45	1.22
1032913--1032957	19	2.3	20	81	11	58	55	17	0	26	1.42
1044571--1044630	31	1.9	31	86	0	84	40	11	13	35	1.81
1046780--1046838	30	1.9	31	89	3	93	44	11	16	27	1.83
1050102--1050139	15	2.4	17	86	8	53	34	5	0	60	1.19
1051612--1051641	14	2.1	14	93	0	51	80	0	10	10	0.92
1052165--1052199	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
1055876--1055920	15	3.0	15	93	0	72	0	17	33	48	1.48
1055878--1055918	18	2.3	18	100	0	82	0	14	34	51	1.43
1059643--1059683	21	1.9	22	85	5	57	51	2	2	43	1.28
1063821--1063860	7	5.7	7	85	8	55	30	27	12	30	1.93
1076048--1076113	15	4.2	16	70	24	52	33	0	1	65	1.02
1076046--1076115	30	2.2	32	82	12	92	34	0	1	64	1.03
1076874--1076932	31	1.9	30	82	3	73	47	13	6	32	1.69
1080639--1080679	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1089912--1089936	13	1.9	13	100	0	50	56	8	0	36	1.29
1091373--1091437	24	3.0	21	82	12	94	32	24	12	30	1.92
1091436--1091521	45	1.9	45	97	0	163	19	25	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1092033--1092093	31	2.0	31	93	0	104	39	9	19	31	1.84
1094335--1094427	44	2.1	44	90	6	143	36	4	22	36	1.74
1094605--1094677	37	2.0	37	84	7	96	45	6	1	46	1.38
1094535--1094668	57	2.3	56	82	7	144	50	5	0	43	1.29
1094641--1094698	21	2.6	21	79	17	64	50	8	1	39	1.43
1096356--1096406	20	2.5	21	81	9	70	64	1	27	5	1.27
1096836--1096893	26	2.2	26	96	0	107	58	12	6	22	1.57
1096917--1096985	27	2.6	27	100	0	138	17	33	40	8	1.80
1096937--1097026	27	3.3	27	85	0	99	17	34	35	12	1.87
1097128--1097165	11	3.5	11	82	10	51	73	0	26	0	0.83
1097126--1097162	19	1.9	19	89	10	58	75	0	24	0	0.80
1097421--1097445	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
1097664--1097709	24	1.9	24	86	0	65	52	2	0	45	1.13
1098269--1098315	24	2.0	24	86	0	67	44	0	2	53	1.12
1101479--1101562	33	2.5	33	72	0	87	20	44	14	21	1.86
1104125--1104341	52	4.3	52	87	7	329	34	14	22	28	1.93
1104125--1104341	98	2.2	99	90	6	330	34	14	22	28	1.93
1104322--1104393	37	2.0	37	89	5	112	36	16	22	25	1.94
1107873--1107945	27	2.7	27	82	0	74	23	26	34	16	1.95
1107890--1107956	27	2.5	27	82	0	80	20	28	34	16	1.95
1110686--1110725	13	3.0	13	85	3	53	72	2	2	22	1.09
1113376--1113425	12	4.2	12	84	0	55	16	46	2	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1113379--1113419	15	2.7	15	84	0	55	17	43	2	36	1.62
1113771--1113807	15	2.5	15	86	0	56	16	40	0	43	1.48
1115345--1115423	27	3.0	26	83	8	99	60	0	39	0	0.97
1115384--1115468	19	4.2	20	73	18	61	64	1	34	0	1.01
1115366--1115434	37	1.9	35	82	5	84	65	0	34	0	0.93
1115378--1115489	27	4.0	28	76	15	90	64	0	34	0	1.00
1116100--1116221	63	2.0	62	88	1	181	48	9	4	37	1.56
1116207--1116269	27	2.4	27	89	2	101	41	9	0	49	1.35
1116706--1116735	16	1.9	15	93	6	51	70	0	3	26	1.03
1120022--1120152	63	2.1	64	87	7	187	41	3	9	45	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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