genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13468394--13468619	80	2.8	79	83	1	290	32	15	10	41	1.81
13468383--13468636	79	3.2	79	80	5	305	31	16	12	40	1.85
13468604--13469076	84	5.7	84	85	6	592	30	11	12	45	1.77
13468668--13469076	160	2.5	162	87	5	578	31	11	11	46	1.74
13474643--13474669	13	2.1	13	100	0	54	48	29	0	22	1.51
13475528--13475573	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
13475468--13475678	107	2.0	108	96	0	388	43	1	6	49	1.36
13475635--13475676	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
13475626--13475667	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
13475892--13475943	16	3.2	16	94	0	95	38	38	0	23	1.55
13484020--13484063	23	1.9	23	85	0	61	29	6	20	43	1.78
13492700--13492747	23	2.1	23	84	7	62	64	8	8	18	1.46
13493765--13493802	6	6.5	6	90	6	60	84	0	13	2	0.73
13493762--13493802	11	3.6	11	90	6	64	82	0	14	2	0.76
13493762--13493802	17	2.4	17	92	8	66	82	0	14	2	0.76
13496058--13496236	85	2.1	84	90	3	279	34	25	18	21	1.96
13496099--13496236	43	3.2	43	78	10	165	35	25	18	21	1.95
13503058--13503354	158	1.9	158	89	0	459	25	18	16	39	1.92
13509081--13509147	26	2.5	26	76	7	73	38	1	1	58	1.17
13509521--13509825	79	3.9	79	83	6	368	31	14	11	41	1.82
13509766--13510049	86	3.3	87	84	3	342	32	13	11	41	1.81
13509771--13510143	86	4.3	85	79	8	308	32	12	10	43	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13509766--13510130	173	2.1	172	80	7	402	32	12	10	43	1.78
13510011--13510165	84	1.8	84	83	2	204	30	10	9	49	1.68
13517147--13517184	18	2.1	18	85	9	51	39	26	13	21	1.89
13520559--13520583	11	2.3	11	100	0	50	0	16	0	84	0.63
13528761--13528893	30	4.2	33	75	15	104	30	23	22	24	1.99
13528802--13528890	30	3.0	30	85	8	128	28	23	23	24	2.00
13528799--13528881	28	2.9	29	87	7	116	28	25	22	22	1.99
13528990--13529072	26	3.2	26	77	0	94	43	22	16	16	1.88
13529247--13529497	27	9.3	27	82	6	192	17	17	19	45	1.86
13529247--13529497	54	4.6	54	79	9	228	17	17	19	45	1.86
13529247--13529497	81	3.1	82	83	8	300	17	17	19	45	1.86
13531334--13531514	72	2.5	73	94	0	319	27	27	27	18	1.98
13532611--13532691	24	3.3	24	77	13	76	40	22	19	17	1.91
13532816--13532862	25	1.9	25	91	4	78	42	21	19	17	1.89
13536882--13537303	214	2.0	214	97	0	790	37	16	10	36	1.83
13545946--13545981	17	2.1	17	89	0	54	8	19	13	58	1.61
13548405--13548433	14	2.1	14	100	0	58	24	20	6	48	1.74
13550425--13550452	14	2.0	14	100	0	56	42	0	21	35	1.53
13565365--13565421	26	2.2	26	87	6	80	42	8	19	29	1.81
13572355--13572544	96	2.0	97	90	3	303	26	14	28	30	1.95
13579195--13579242	25	1.9	25	95	0	87	77	0	22	0	0.78
13579196--13579244	14	3.7	14	76	15	59	77	0	22	0	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13580524--13580901	50	7.6	50	76	0	380	33	21	19	25	1.97
13580506--13580937	100	4.3	100	90	0	652	31	20	21	26	1.98
13580969--13581008	21	1.9	21	89	0	62	40	7	27	25	1.82
13581212--13581357	44	3.3	44	75	0	139	33	21	20	23	1.97
13581214--13581383	88	1.9	89	82	1	216	32	21	19	27	1.97
13581231--13581384	44	3.5	44	74	2	139	31	20	20	27	1.97
13581454--13581573	44	2.8	44	85	3	145	30	22	21	25	1.99
13581504--13581607	44	2.4	44	86	3	138	27	20	21	30	1.98
13590912--13590936	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
13595043--13595079	3	12.3	3	94	0	65	64	0	2	32	1.07
13595685--13595714	14	2.2	14	94	5	53	26	3	0	70	1.03
13600805--13600865	7	8.7	7	94	0	104	24	0	0	75	0.80
13600884--13600912	8	3.6	8	100	0	58	10	0	0	89	0.48
13602666--13602715	26	2.0	25	84	11	66	66	12	6	16	1.43
13602666--13602715	25	2.0	26	84	11	68	66	12	6	16	1.43
13606070--13606418	123	2.8	124	92	0	601	29	16	21	32	1.95
13609417--13609567	41	3.7	42	78	7	159	25	27	18	27	1.98
13609420--13609586	41	4.1	40	76	9	106	26	26	18	28	1.98
13609925--13610083	72	2.2	71	81	10	182	43	13	1	42	1.51
13611447--13611471	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
13612439--13612595	55	2.8	55	91	3	235	43	6	13	36	1.69
13612590--13613139	29	19.8	29	77	15	481	29	0	24	46	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13612650--13612975	130	2.4	130	87	7	436	28	0	25	46	1.53
13612621--13612917	159	1.9	159	92	0	504	28	0	24	46	1.53
13612590--13613139	217	2.5	217	94	1	956	29	0	24	46	1.55
13613087--13613191	23	4.4	23	68	19	72	32	0	20	45	1.58
13612838--13613240	164	2.5	160	93	2	664	30	0	22	46	1.56
13613161--13613242	29	2.8	29	90	0	137	28	1	21	48	1.58
13613055--13613273	101	2.1	104	91	4	354	31	0	21	46	1.58
13614419--13614443	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
13615521--13615586	10	6.5	10	75	3	60	65	0	0	34	0.93
13615521--13615585	31	2.1	31	100	0	130	66	0	0	33	0.92
13615521--13615572	21	2.5	20	75	6	59	69	0	0	30	0.89
13615587--13615699	51	2.2	51	90	3	174	43	1	26	28	1.65
13615674--13615715	22	2.0	22	95	4	77	42	0	28	28	1.56
13615674--13615721	22	2.2	22	88	7	71	43	0	29	27	1.55
13625290--13625333	18	2.6	16	86	10	61	40	11	2	45	1.53
13630637--13630694	30	1.9	30	82	6	73	53	1	12	32	1.48
13635006--13635040	16	2.1	17	89	5	54	31	0	5	62	1.18
13646655--13646728	27	2.8	27	76	10	80	43	12	16	28	1.83
13649504--13649580	20	3.8	21	70	14	63	38	1	2	57	1.21
13653615--13653654	19	2.1	19	95	0	71	35	2	5	57	1.34
13653661--13653721	25	2.6	23	82	12	79	31	3	3	62	1.27
13653758--13653794	11	3.5	11	85	14	51	21	2	0	75	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13660220--13660290	21	3.2	21	71	11	61	56	5	2	35	1.38
13662540--13662594	27	2.0	27	92	0	92	36	18	10	34	1.86
13662902--13662945	21	2.1	21	83	8	54	63	2	9	25	1.35
13665027--13665080	27	1.9	29	88	7	85	27	0	11	61	1.30
13665068--13665104	19	1.9	19	88	0	56	56	0	5	37	1.22
13665380--13665446	29	2.3	29	73	0	71	40	2	5	50	1.42
13665859--13665883	5	5.0	5	100	0	50	0	60	0	40	0.97
13671617--13671784	85	2.0	85	89	4	259	17	20	25	36	1.94
13671713--13671758	21	2.2	21	84	7	58	17	10	36	34	1.85
13677938--13678214	50	5.7	49	84	4	296	27	21	28	22	1.99
13680492--13680572	41	1.9	44	85	7	114	39	4	6	49	1.49
13682755--13682788	8	4.2	8	84	0	50	38	0	11	50	1.39
13683282--13683388	41	2.6	41	84	0	133	25	18	24	31	1.98
13683553--13683658	31	3.4	30	68	22	83	29	12	16	42	1.84
13683547--13683674	63	2.0	63	92	0	211	30	10	15	43	1.80
13685651--13685939	44	6.4	46	73	7	243	45	16	6	30	1.74
13685651--13685969	90	3.5	90	89	0	440	43	17	8	30	1.78
13685651--13685952	46	6.7	46	75	6	278	44	16	7	31	1.76
13686066--13686111	11	4.2	11	85	0	65	32	10	8	47	1.69
13686066--13686111	22	2.1	22	91	0	74	32	10	8	47	1.69
13687932--13687993	30	2.1	29	82	11	74	37	19	0	43	1.51
13687943--13688001	30	2.0	28	84	12	75	40	18	0	40	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13688233--13688288	4	14.8	4	72	23	50	0	25	0	75	0.81
13688234--13688288	17	3.0	17	86	10	65	0	23	0	76	0.79
13707812--13707856	23	2.0	23	86	0	63	33	4	24	37	1.76
13713043--13713094	23	2.3	23	80	3	61	42	3	19	34	1.69
13718339--13718463	58	2.1	59	94	1	216	34	7	21	36	1.81
13718839--13718912	27	2.8	26	87	4	105	33	0	1	64	1.02
13718852--13718912	26	2.3	26	86	8	88	37	0	1	60	1.07
13720300--13720331	9	3.6	9	95	0	55	46	3	0	50	1.17
13720365--13720404	21	2.0	21	85	9	57	60	2	2	35	1.24
13724955--13725000	21	2.2	21	84	7	58	32	15	0	52	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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