genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21109296--21109336	21	2.0	20	85	4	55	34	4	12	48	1.62
21110119--21110165	17	2.8	17	90	3	69	27	2	19	51	1.58
21111385--21111474	46	2.0	46	95	0	162	34	8	27	28	1.87
21117208--21117248	18	2.3	18	95	0	73	31	41	7	19	1.79
21118012--21118192	49	3.7	49	89	1	263	33	21	16	28	1.95
21118937--21118980	11	4.1	11	83	16	65	72	0	0	27	0.85
21118944--21118984	7	5.9	7	100	0	82	73	0	0	26	0.84
21122764--21122818	21	2.6	21	78	16	60	23	32	23	20	1.98
21124876--21124969	28	3.3	28	92	1	143	26	14	27	30	1.95
21131845--21133043	600	2.0	593	86	2	1648	29	14	25	30	1.95
21133391--21133488	49	2.0	49	100	0	196	10	38	8	42	1.68
21140735--21140794	22	2.7	22	97	2	111	30	31	10	28	1.89
21145160--21145194	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
21149572--21149648	39	2.0	39	84	0	100	41	19	6	32	1.77
21152695--21152757	21	3.0	21	90	2	90	33	33	4	28	1.78
21156163--21156216	22	2.4	23	79	14	60	5	16	1	75	1.07
21161215--21161510	148	2.0	148	97	0	565	24	13	17	44	1.84
21170008--21170053	24	1.9	24	81	0	56	28	15	21	34	1.94
21175550--21175579	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
21178111--21178141	16	1.9	16	93	0	53	9	9	9	70	1.33
21179744--21179841	37	2.6	39	76	16	100	39	3	5	52	1.39
21182060--21182117	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21182388--21182545	49	3.2	48	95	2	273	31	7	31	30	1.85
21182663--21182741	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21184855--21184892	13	2.9	13	100	0	76	15	39	23	21	1.92
21190706--21190767	29	2.2	28	82	2	70	24	14	16	45	1.84
21190946--21191285	125	2.7	126	93	0	574	30	14	21	33	1.93
21194267--21194291	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
21194274--21194415	56	2.5	56	78	12	155	45	7	9	37	1.66
21194416--21199472	57	88.8	57	90	2	7129	24	0	23	51	1.53
21194416--21199464	9	532.1	10	61	31	377	24	0	23	51	1.53
21194416--21199472	29	177.7	29	88	3	7068	24	0	23	51	1.53
21199700--21199760	24	2.8	21	74	13	59	1	19	34	44	1.61
21199705--21199757	24	2.2	24	93	0	88	1	22	32	43	1.64
21200012--21200057	18	2.6	18	82	0	56	39	8	30	21	1.84
21200701--21200732	7	4.6	7	100	0	64	59	12	0	28	1.34
21201814--21201875	29	2.1	29	88	5	90	67	0	0	32	0.91
21201869--21201944	40	1.9	40	94	0	134	42	0	25	32	1.55
21201921--21201971	22	2.3	22	100	0	102	39	0	33	27	1.57
21203191--21203240	26	1.9	26	88	8	75	22	20	42	16	1.89
21204118--21204162	17	2.6	17	82	0	54	22	33	22	22	1.97
21205996--21206113	25	4.8	25	78	6	132	32	20	20	27	1.97
21213717--21213931	25	8.6	25	77	6	175	26	21	22	29	1.99
21213717--21213931	50	4.3	50	76	4	200	26	21	22	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21213721--21213931	75	2.8	75	84	1	271	26	22	22	29	1.99
21223597--21223680	31	2.7	31	78	12	93	44	15	8	32	1.76
21232233--21232479	50	4.8	50	81	4	237	27	22	27	22	1.99
21282059--21282093	18	1.9	19	88	11	56	48	0	0	51	1.00
21282823--21283211	197	2.0	197	90	2	620	34	25	13	26	1.93
21289754--21289931	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
21289755--21289910	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
21289751--21289931	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
21297259--21297301	12	3.6	12	75	12	52	32	0	44	23	1.54
21297243--21297298	24	2.3	24	100	0	112	28	0	42	28	1.56
21298416--21298455	18	2.3	18	86	4	55	47	20	12	20	1.81
21298433--21298861	27	16.0	27	81	5	426	42	20	17	20	1.90
21298484--21298858	81	4.6	81	86	4	497	41	20	18	20	1.91
21303157--21303186	15	1.9	16	93	6	53	53	13	0	33	1.40
21304343--21304383	16	2.6	16	85	11	50	29	36	0	34	1.58
21306541--21306590	21	2.4	21	72	0	55	78	2	8	12	1.05
21309286--21309334	11	4.4	11	76	5	53	32	0	4	63	1.13
21309743--21309789	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
21311878--21312018	51	2.8	52	84	7	198	24	17	26	32	1.96
21312040--21312270	102	2.3	102	94	1	401	20	20	28	30	1.98
21312170--21312370	75	2.7	76	93	2	343	21	18	28	30	1.97
21312170--21312381	76	2.8	75	91	3	338	21	19	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21315273--21315319	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
21322550--21322791	50	4.7	50	74	5	157	28	21	26	24	1.99
21322991--21323029	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
21330041--21330090	20	2.4	21	74	16	50	16	4	22	58	1.55
21331959--21332126	41	4.1	40	84	5	194	18	29	17	35	1.94
21331985--21332088	20	5.0	22	67	21	80	17	30	17	34	1.93
21331995--21332100	21	5.1	21	68	13	76	17	33	16	32	1.93
21338639--21338784	49	2.9	50	84	7	181	22	21	19	36	1.95
21338639--21338771	51	2.7	50	85	9	164	22	21	21	35	1.96
21350007--21350269	40	6.6	39	85	4	287	26	27	21	24	1.99
21352126--21352215	45	2.0	45	95	0	162	26	25	10	37	1.87
21362518--21362557	20	1.9	22	90	10	66	22	30	10	37	1.87
21364493--21364556	20	3.2	20	71	18	53	35	17	31	15	1.91
21364473--21365109	39	16.2	39	81	3	623	34	16	30	18	1.93
21364473--21365109	79	8.1	78	81	4	645	34	16	30	18	1.93
21365085--21365124	19	2.1	19	86	9	55	40	17	27	15	1.89
21365114--21365443	79	4.2	78	81	6	389	34	14	29	20	1.93
21365448--21365875	40	10.8	40	80	7	403	36	15	28	20	1.92
21365432--21365874	79	5.6	79	80	5	414	36	15	27	20	1.92
21364474--21365878	39	35.6	40	77	9	613	35	15	29	19	1.93
21365813--21365934	60	2.0	60	88	0	181	31	14	31	22	1.94
21365873--21366205	39	8.5	39	85	3	416	31	17	31	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21365873--21366205	79	4.2	78	86	3	452	31	17	31	18	1.95
21365873--21366205	118	2.8	117	88	1	486	31	17	31	18	1.95
21371805--21371909	40	2.9	35	81	11	115	36	18	29	16	1.92
21371841--21371906	20	3.3	19	77	8	69	34	16	33	15	1.90
21371839--21371915	40	1.9	40	91	0	127	35	16	29	18	1.93
21374506--21374561	21	2.8	20	88	2	76	17	5	5	71	1.24
21378392--21378492	35	2.9	35	82	1	132	33	14	24	26	1.94
21379957--21380141	101	1.8	102	89	5	295	24	16	26	32	1.96
21380009--21380141	51	2.6	51	80	2	151	26	15	25	32	1.96
21380150--21380238	45	2.0	45	93	0	151	25	17	23	32	1.97
21383079--21383116	14	2.7	14	88	8	51	36	5	18	39	1.73
21383233--21383271	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
21386490--21386514	13	1.9	13	100	0	50	40	8	40	12	1.72
21387081--21387210	43	3.0	43	83	4	172	23	18	24	33	1.96
21387206--21387308	44	2.3	44	91	3	163	17	18	26	37	1.93
21391533--21391662	43	3.0	43	85	0	188	21	16	26	35	1.94
21391659--21391760	44	2.3	44	87	0	150	18	18	25	37	1.94
21395676--21395766	44	2.1	44	81	8	105	27	20	15	36	1.93
21395750--21395899	45	3.4	43	76	8	149	26	22	18	32	1.97
21404011--21404050	20	2.0	20	100	0	80	30	15	25	30	1.95
21404982--21405111	43	3.0	43	85	0	188	21	16	26	35	1.94
21405108--21405209	44	2.3	44	87	0	150	18	18	25	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21409433--21409562	43	3.0	43	86	0	197	20	16	27	35	1.94
21415808--21416232	89	4.8	87	73	9	319	26	24	19	29	1.98
21416068--21416312	44	5.7	43	71	9	149	27	22	19	30	1.98
21415983--21416317	172	1.9	174	89	2	523	27	23	20	29	1.99
21415844--21416232	45	8.8	45	72	14	233	26	24	19	29	1.99
21416449--21416630	50	3.7	50	70	10	158	25	23	19	31	1.98
21416324--21416625	98	3.1	98	85	3	426	26	23	19	30	1.98
21416927--21417065	45	3.1	45	71	6	131	29	26	15	28	1.96
21416828--21417084	88	2.9	88	81	4	304	28	24	19	28	1.98
21418316--21418370	7	7.9	7	80	15	69	14	18	0	67	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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