genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17169230--17169263	4	8.5	4	93	0	50	70	0	0	29	0.87
17171123--17171164	13	3.4	12	83	12	50	33	2	0	64	1.07
17171122--17171164	11	3.6	11	87	9	50	34	2	0	62	1.08
17178460--17178499	22	2.0	21	85	14	57	52	5	37	5	1.45
17179731--17179757	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
17181861--17181905	22	2.1	21	83	4	54	44	0	33	22	1.53
17181890--17181927	19	2.0	19	94	0	67	31	0	39	28	1.57
17182100--17182209	41	2.7	41	86	6	136	31	19	17	31	1.95
17183376--17183442	9	7.4	9	80	6	73	43	20	7	28	1.79
17185033--17185078	8	5.8	8	100	0	92	65	0	10	23	1.24
17185033--17185085	16	3.5	14	94	5	70	66	0	9	24	1.21
17196166--17196195	16	1.9	16	93	6	53	80	0	0	20	0.72
17196645--17196856	106	2.0	106	97	0	397	37	15	9	37	1.81
17202801--17202939	52	2.7	51	87	9	189	48	0	10	40	1.38
17206859--17208194	664	2.0	661	85	2	1802	32	11	19	37	1.87
17208608--17208660	27	2.0	27	92	0	88	35	15	18	30	1.92
17208603--17208677	27	2.8	25	78	11	78	34	13	21	30	1.92
17213217--17213262	13	3.5	13	82	8	58	34	2	0	63	1.07
17221819--17221872	15	3.6	14	80	9	54	75	7	1	14	1.09
17221835--17221916	14	5.8	14	77	17	62	84	2	7	6	0.86
17221835--17221942	29	3.8	28	85	9	130	81	2	7	8	0.96
17221863--17221942	28	2.8	28	87	9	117	82	1	8	7	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17221838--17221952	35	3.2	35	77	14	110	81	2	8	6	0.95
17221862--17221947	7	12.3	7	76	14	79	82	1	9	6	0.89
17221838--17221916	1	79.0	1	71	0	50	84	2	7	5	0.84
17224379--17224575	44	4.4	44	75	8	132	27	18	24	28	1.98
17224238--17225473	218	5.7	218	88	2	1782	28	19	24	27	1.99
17224860--17225450	44	13.5	44	66	11	198	27	19	24	27	1.99
17226889--17226948	24	2.5	22	84	10	66	40	11	5	43	1.63
17228328--17228511	40	4.6	40	89	5	250	25	28	21	24	1.99
17228328--17228512	80	2.3	81	89	2	286	25	28	21	24	1.99
17229639--17229814	56	3.1	56	99	0	343	22	23	9	44	1.81
17234116--17234153	20	1.9	20	88	0	58	28	7	26	36	1.84
17234177--17234410	118	2.0	118	100	0	468	32	16	20	30	1.95
17237465--17237562	50	2.0	50	89	0	151	32	13	27	26	1.93
17237698--17237916	60	3.6	60	85	3	262	38	10	26	25	1.87
17237709--17237865	31	5.2	31	65	14	103	35	11	26	26	1.90
17237700--17237985	121	2.4	121	82	4	321	37	11	25	25	1.89
17237700--17237977	60	4.6	61	80	7	230	37	10	26	25	1.88
17255940--17256032	48	2.0	48	84	2	125	20	15	25	38	1.91
17261962--17261990	15	2.0	15	93	6	51	13	10	0	75	1.04
17268804--17268858	27	2.0	27	96	0	101	23	7	20	49	1.74
17272432--17272465	15	2.3	15	90	5	52	61	8	0	29	1.26
17272946--17273010	30	2.2	30	83	5	78	47	0	3	49	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17272966--17272994	13	2.3	13	94	5	51	44	0	3	51	1.18
17275624--17275651	3	9.3	3	100	0	56	35	64	0	0	0.94
17281270--17281311	20	2.0	21	90	4	68	42	19	7	30	1.78
17287655--17287770	50	2.3	50	81	0	133	20	27	24	27	1.99
17290943--17291044	22	4.6	22	71	4	80	44	17	21	16	1.87
17294449--17294495	11	4.3	11	81	5	51	40	10	0	48	1.38
17299367--17299414	5	9.8	5	80	13	55	4	12	0	83	0.79
17307984--17308010	12	2.2	12	100	0	54	33	29	0	37	1.58
17314919--17314957	17	2.3	17	83	12	53	79	0	17	2	0.84
17317715--17317749	12	2.9	12	82	0	52	20	34	0	45	1.51
17319284--17319322	17	2.2	18	90	4	62	79	0	17	2	0.84
17324871--17324906	12	2.8	13	87	8	56	13	0	33	52	1.41
17339327--17339368	17	2.5	17	88	0	57	42	38	16	2	1.61
17340453--17340483	14	2.3	13	94	5	53	22	0	0	77	0.77
17358978--17359426	44	10.2	44	63	12	170	26	23	19	30	1.98
17358928--17359491	132	4.3	132	93	0	939	25	23	19	30	1.98
17362954--17362986	16	2.1	16	100	0	66	12	33	12	42	1.79
17372023--17372125	30	3.4	30	100	0	206	7	31	44	16	1.76
17381210--17381252	17	2.6	16	78	10	50	30	9	2	58	1.42
17390593--17390632	17	2.4	17	91	0	62	25	5	7	62	1.42
17390590--17390638	17	2.6	20	75	18	59	26	4	6	63	1.36
17390652--17390710	27	2.2	26	81	6	64	35	3	1	59	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17398698--17398801	54	1.9	55	88	2	156	35	14	12	37	1.84
17400078--17400104	13	2.1	13	100	0	54	40	7	0	51	1.30
17400407--17400518	41	2.7	41	91	0	170	33	25	16	24	1.96
17403393--17403439	23	2.0	23	87	0	67	21	23	19	36	1.95
17408824--17408870	24	2.0	24	83	8	60	38	10	10	40	1.75
17417368--17417506	57	2.3	60	86	9	196	21	25	21	31	1.98
17423477--17423501	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17431797--17431869	11	6.6	11	91	0	119	19	23	8	49	1.75
17431783--17431853	33	2.2	33	84	5	90	21	23	7	47	1.75
17431797--17431878	33	2.5	33	89	0	119	17	25	7	50	1.71
17431875--17431918	12	3.8	12	81	3	54	40	0	0	59	0.98
17433020--17433044	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
17433695--17433730	18	2.0	18	94	0	63	25	27	8	38	1.84
17434163--17434210	25	1.9	25	100	0	96	45	0	14	39	1.45
17434253--17434958	23	31.2	23	77	14	634	48	24	0	26	1.53
17434253--17434950	91	7.7	91	85	5	884	48	24	0	26	1.53
17434303--17434958	45	14.6	44	80	11	699	48	24	0	26	1.54
17434256--17434958	68	10.4	65	74	17	528	48	24	0	26	1.53
17434953--17435196	116	2.1	116	92	1	400	40	8	6	44	1.61
17438203--17438578	124	3.0	124	87	1	529	32	22	15	30	1.94
17440334--17440384	27	1.9	26	92	4	84	54	5	3	35	1.43
17445109--17445141	13	2.4	14	85	10	50	9	3	0	87	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17461936--17462004	24	2.9	24	78	4	86	39	4	8	47	1.54
17465707--17465828	40	3.0	40	83	7	149	15	25	18	40	1.90
17465767--17465832	20	3.3	20	68	8	53	18	30	16	34	1.93
17465763--17465851	40	2.2	40	82	4	99	16	28	16	38	1.91
17473491--17474388	447	2.0	447	95	0	1607	31	22	14	31	1.94
17480453--17480508	21	2.7	21	82	0	67	44	32	12	10	1.77
17488126--17488200	30	2.5	30	88	0	114	28	29	8	34	1.85
17488026--17488229	90	2.3	90	84	5	254	26	24	12	36	1.91
17488186--17488259	29	2.5	30	82	8	98	18	29	12	39	1.87
17490551--17490834	27	10.5	27	82	0	298	44	20	17	17	1.87
17490795--17490868	36	2.1	36	82	5	87	47	18	17	16	1.83
17490768--17490890	63	2.0	62	83	1	156	44	18	17	18	1.87
17511443--17511719	27	10.3	26	79	8	252	42	17	21	18	1.89
17511443--17511718	54	5.1	52	80	7	302	42	17	21	18	1.89
17511443--17511719	81	3.4	81	82	5	335	42	17	21	18	1.89
17512112--17512178	28	2.4	28	92	0	116	23	22	23	29	1.99
17513826--17514165	168	2.0	170	85	6	467	33	9	18	38	1.83
17514451--17514478	10	2.8	10	100	0	56	21	14	0	64	1.29
17515461--17515711	40	6.3	40	85	0	286	13	16	25	44	1.85
17519258--17519307	19	2.7	20	74	22	54	36	6	16	42	1.72
17528221--17528441	51	4.4	51	77	7	200	26	16	26	30	1.97
17528274--17528395	50	2.4	51	86	1	156	24	16	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17532246--17532279	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
17541833--17541864	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
17549012--17549260	76	3.4	73	77	10	254	44	6	9	40	1.61
17550253--17550425	25	7.0	25	84	3	172	23	22	21	32	1.98
17552407--17552457	26	2.0	26	88	3	77	33	19	9	37	1.85
17557580--17557701	23	5.3	23	87	0	190	31	26	20	21	1.98
17557927--17557965	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
17560264--17560304	21	1.9	22	85	14	59	48	9	4	36	1.58
17561076--17561145	34	2.1	34	94	0	122	42	2	34	20	1.66
17564983--17565008	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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