genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28529025--28529062	19	2.1	19	95	5	69	23	15	5	55	1.61
28529448--28529486	3	13.0	3	94	0	69	30	0	35	33	1.58
28533519--28533566	23	2.1	23	92	0	78	16	14	2	66	1.34
28544596--28544645	25	2.0	25	88	0	73	12	18	28	42	1.85
28546075--28546268	46	4.2	46	81	2	210	30	20	21	27	1.98
28546026--28546268	92	2.6	92	78	8	244	30	20	20	27	1.98
28550047--28550097	21	2.4	22	80	9	61	29	15	31	23	1.95
28552205--28552257	22	2.5	20	83	16	72	73	0	5	20	1.03
28553633--28553664	6	5.3	6	100	0	64	31	50	0	18	1.48
28570131--28570163	5	6.6	5	92	0	57	42	0	57	0	0.98
28581104--28581158	25	2.2	25	87	6	76	18	34	25	21	1.96
28582273--28582386	35	3.1	34	65	14	84	30	21	20	27	1.98
28582227--28582485	74	3.5	74	83	6	317	36	22	18	23	1.95
28591673--28591705	15	2.1	16	88	5	50	27	21	6	45	1.75
28594372--28594410	15	2.6	15	100	0	78	35	25	15	23	1.94
28596872--28596924	21	2.5	20	80	14	54	66	20	7	5	1.38
28602322--28602459	73	1.9	74	93	1	242	29	10	2	56	1.48
28614783--28614825	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
28615035--28615123	45	2.0	44	86	2	124	33	28	5	32	1.80
28625216--28625320	41	2.7	38	85	4	129	50	8	4	36	1.54
28632997--28633076	20	4.0	20	86	3	106	7	26	25	41	1.81
28633004--28633085	20	4.0	21	82	4	96	8	25	25	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28633004--28633085	41	2.0	41	85	0	110	8	25	25	40	1.84
28632997--28633095	41	2.4	41	81	5	103	9	26	24	40	1.84
28634200--28634284	42	2.0	41	82	6	100	32	24	15	27	1.95
28645964--28645988	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
28649187--28649217	16	1.9	16	93	0	53	3	19	0	77	0.90
28656999--28657050	23	2.3	23	100	0	104	25	7	21	46	1.77
28657698--28657824	43	3.0	42	75	14	134	25	18	24	31	1.97
28660440--28660516	41	1.9	41	91	2	129	29	19	18	32	1.95
28661071--28661176	7	15.0	7	72	13	56	46	34	0	18	1.50
28661067--28661148	20	4.0	20	73	9	67	47	30	0	21	1.51
28661092--28661156	28	2.3	29	94	5	116	49	33	0	16	1.47
28661092--28661176	28	3.0	28	86	5	91	48	35	0	16	1.47
28661170--28661205	15	2.5	15	86	4	56	47	25	2	25	1.65
28661698--28661956	40	6.6	40	72	7	217	27	23	20	28	1.99
28661592--28662180	155	3.8	155	92	1	941	28	22	19	29	1.98
28662004--28662110	40	2.7	40	86	0	142	28	21	19	30	1.98
28669077--28669190	59	1.9	58	87	1	165	34	14	16	35	1.89
28672881--28672932	26	2.0	26	96	0	95	28	34	23	13	1.92
28672643--28673010	103	3.6	103	93	2	598	30	29	20	19	1.97
28675258--28675341	25	3.4	25	89	0	123	33	17	26	22	1.96
28675227--28675339	50	2.3	50	83	6	131	31	21	23	23	1.98
28680163--28680426	138	1.9	138	92	0	447	39	6	7	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28683755--28683834	29	2.9	27	85	7	115	48	0	16	35	1.46
28683768--28683861	32	3.1	30	85	10	120	46	0	17	36	1.48
28683955--28684250	125	2.4	123	88	4	434	40	16	15	27	1.89
28684210--28684278	28	2.5	28	82	0	93	49	10	13	27	1.73
28687861--28687896	18	2.0	18	94	0	63	38	0	25	36	1.56
28690671--28690727	25	2.3	25	96	3	107	26	21	22	29	1.99
28691798--28691843	24	2.0	22	87	8	65	69	6	2	21	1.22
28691833--28691878	10	4.7	10	74	15	51	67	2	2	28	1.14
28691823--28691879	29	2.0	28	86	10	80	66	5	1	26	1.22
28692399--28692442	20	2.2	20	84	8	54	29	2	0	68	1.02
28697588--28697630	22	1.9	23	85	4	61	39	4	2	53	1.34
28701370--28701415	23	2.0	23	83	8	58	28	19	8	43	1.80
28707653--28707691	18	2.2	18	86	9	53	20	0	12	66	1.24
28707692--28707725	12	2.9	12	95	4	61	64	0	0	35	0.94
28709469--28709520	23	2.3	23	83	12	63	26	11	3	57	1.51
28717570--28717606	14	2.7	14	88	12	51	0	24	2	72	0.97
28718364--28718438	33	2.3	33	85	0	96	26	24	14	34	1.94
28720096--28720210	53	2.2	53	93	1	194	9	13	21	54	1.67
28724446--28724474	14	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
28733085--28733138	20	2.6	20	75	13	56	62	0	9	27	1.25
28733490--28733568	39	2.0	41	85	5	108	34	1	0	64	1.02
28733526--28733589	26	2.4	28	86	5	87	35	0	1	62	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28733982--28734016	17	2.0	18	94	5	63	42	0	0	57	0.99
28733983--28734022	17	2.2	18	86	8	55	42	2	0	55	1.13
28740136--28740160	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
28740122--28740181	21	2.9	21	76	0	57	78	5	8	8	1.09
28741211--28741240	10	2.9	10	95	5	51	80	6	3	10	1.01
28741318--28741342	12	2.1	12	100	0	50	76	8	0	16	1.02
28741304--28741362	21	2.8	21	76	0	55	77	5	8	8	1.10
28741355--28741404	15	3.5	15	74	15	52	76	2	14	8	1.10
28742368--28742455	18	4.7	18	64	13	52	52	3	28	15	1.59
28764992--28765030	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
28765412--28765450	17	2.3	17	86	0	51	10	12	30	46	1.75
28776488--28776529	20	2.1	20	100	0	84	30	23	16	28	1.96
28785652--28785689	19	2.0	20	84	5	51	42	2	2	52	1.29
28797585--28797652	28	2.4	28	77	18	79	39	0	7	52	1.29
28806162--28806290	29	4.7	29	78	6	108	27	16	23	32	1.96
28806245--28806308	26	2.5	26	97	0	119	21	14	34	29	1.93
28811703--28811806	26	4.0	26	71	7	68	44	5	18	31	1.73
28811786--28811857	13	5.5	13	72	9	65	41	4	18	36	1.69
28822452--28822490	14	2.8	13	85	11	51	35	12	7	43	1.72
28825042--28825068	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
28826799--28826854	20	2.7	21	81	13	53	69	7	12	10	1.36
28826810--28826854	21	2.1	23	88	12	69	68	8	8	13	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28829654--28829892	67	3.5	67	82	6	236	42	16	21	19	1.89
28829664--28829892	35	6.8	35	79	8	235	41	17	22	19	1.91
28829654--28829892	102	2.4	99	87	2	334	42	16	21	19	1.89
28830101--28830173	29	2.5	29	70	16	69	38	10	5	45	1.63
28830139--28830176	14	2.8	13	88	7	58	36	13	5	44	1.66
28838838--28838992	68	2.2	72	88	5	228	28	18	17	35	1.94
28852254--28852550	50	5.8	50	81	3	283	27	20	28	24	1.99
28852254--28852550	100	2.9	100	81	4	319	27	20	28	24	1.99
28854461--28854596	59	2.3	59	81	6	152	43	1	3	51	1.28
28854559--28854609	26	2.0	25	88	3	75	50	3	0	45	1.20
28854774--28854815	16	2.6	16	84	0	57	30	28	2	38	1.70
28856162--28856315	53	2.8	55	80	5	186	29	9	15	45	1.77
28861087--28861127	3	13.7	3	94	0	55	68	7	0	24	1.15
28863705--28863781	31	2.5	31	80	0	82	42	3	5	48	1.44
28866673--28866846	48	3.6	48	86	3	235	24	12	27	35	1.92
28869446--28869475	15	1.9	16	93	6	53	56	0	3	40	1.16
28869460--28869500	20	2.0	20	86	9	57	43	2	7	46	1.44
28875669--28875783	25	4.7	24	80	9	90	32	19	26	21	1.97
28875850--28875912	25	2.5	25	78	0	72	31	22	25	20	1.98
28887974--28888107	45	3.0	44	87	4	187	36	26	14	22	1.93
28897194--28897239	23	2.0	23	95	0	83	30	41	17	10	1.84
28898351--28898427	24	3.1	25	73	17	72	31	20	28	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28898351--28898437	25	3.5	24	79	14	79	31	19	28	20	1.97
28898360--28898437	25	3.2	24	82	8	95	30	19	30	19	1.96
28898372--28898449	25	3.2	25	75	8	79	32	17	28	21	1.96
28898501--28898547	25	1.9	25	86	4	69	40	21	23	14	1.90
28902091--28902215	42	3.0	41	73	9	117	16	23	18	41	1.90
28910886--28910926	21	2.0	21	85	0	55	14	17	19	48	1.81
28910828--28910907	42	1.9	42	89	0	124	17	25	18	38	1.92
28917873--28917987	56	2.1	56	94	0	203	41	13	15	28	1.86
28919538--28919695	24	6.5	24	73	11	90	33	21	25	18	1.97
28919551--28919667	48	2.4	48	81	4	119	35	21	26	17	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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