genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8777297--8777358	31	2.0	31	90	6	99	37	16	6	40	1.74
8779498--8779527	15	2.1	14	93	6	51	16	6	0	76	0.99
8788296--8788332	6	5.8	6	90	9	56	45	16	16	21	1.84
8788307--8788461	45	3.4	45	89	0	247	41	21	18	19	1.91
8788316--8788488	45	4.2	39	81	10	143	38	21	19	19	1.93
8795355--8795391	6	5.8	6	90	9	56	45	16	16	21	1.84
8795366--8795520	45	3.4	45	89	0	247	41	21	18	19	1.91
8795375--8795547	45	4.2	39	81	10	143	38	21	19	19	1.93
8795724--8795809	40	2.2	40	83	6	104	40	19	5	33	1.76
8799503--8799540	19	1.9	19	89	5	58	52	2	5	39	1.38
8801578--8801741	50	3.3	50	74	2	161	25	18	21	35	1.95
8801895--8802211	44	7.2	44	63	13	132	25	23	19	31	1.98
8801824--8802355	132	4.0	132	92	0	868	25	23	18	31	1.98
8814670--8814707	19	1.9	19	89	5	58	52	2	5	39	1.38
8814847--8814883	12	3.2	12	84	7	58	56	0	10	32	1.34
8818156--8818195	17	2.4	17	91	0	62	12	27	37	22	1.90
8819650--8819711	29	2.1	30	96	3	117	22	3	17	56	1.55
8820888--8820934	18	2.7	18	83	3	60	14	25	2	57	1.49
8823137--8823200	5	12.8	5	76	0	65	39	21	3	35	1.70
8826679--8826767	34	2.6	34	78	1	90	25	7	19	47	1.76
8830926--8830950	11	2.3	11	100	0	50	28	0	8	64	1.22
8832692--8832727	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8834331--8834389	19	3.1	19	85	4	82	50	6	1	40	1.39
8834377--8834403	14	1.9	14	100	0	54	51	11	0	37	1.37
8836017--8836051	18	1.9	18	88	0	52	31	2	11	54	1.51
8837513--8837591	27	2.9	27	76	0	95	36	25	8	29	1.86
8837513--8837606	36	2.7	35	83	4	111	37	24	8	29	1.85
8837513--8837593	9	9.0	9	73	0	63	35	25	8	29	1.86
8837513--8837594	18	4.6	18	89	0	110	35	25	9	29	1.88
8837548--8837603	18	3.1	19	76	19	57	37	25	5	32	1.78
8841410--8841449	18	2.2	19	86	4	55	60	25	0	15	1.35
8845217--8845254	16	2.2	18	81	13	53	31	5	0	63	1.17
8852221--8852314	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
8856727--8856820	23	4.1	23	85	0	134	22	25	4	47	1.69
8860759--8860785	12	2.2	12	100	0	54	22	22	14	40	1.90
8878974--8879335	44	8.1	44	69	14	213	32	18	21	27	1.96
8878974--8879385	142	3.0	139	88	5	601	33	17	21	27	1.96
8879116--8879374	44	6.0	43	72	8	150	33	18	19	28	1.96
8878993--8879400	129	3.1	129	88	5	566	32	18	20	29	1.96
8883704--8883754	25	2.0	25	92	0	84	45	3	1	49	1.32
8883803--8883908	37	2.9	35	72	17	90	53	3	0	41	1.25
8883835--8883910	11	6.8	11	68	24	52	55	2	1	40	1.22
8884314--8884353	19	2.1	19	85	0	53	30	2	7	60	1.38
8885513--8885544	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8891920--8891984	16	4.1	16	93	0	112	38	7	35	18	1.80
8904108--8904182	27	2.8	28	75	4	82	24	32	22	21	1.98
8909593--8909634	18	2.3	19	83	4	59	45	0	2	52	1.13
8913439--8913603	91	1.8	90	83	8	219	29	24	12	33	1.91
8913438--8913642	91	2.3	89	80	6	218	31	23	12	32	1.92
8915843--8915973	44	3.0	43	77	11	158	22	19	26	30	1.98
8919813--8919850	3	12.7	3	100	0	76	68	31	0	0	0.90
8922602--8922640	14	2.7	15	88	8	62	28	10	0	61	1.28
8924798--8924863	27	2.5	27	85	7	91	48	3	7	40	1.47
8924829--8924872	22	2.0	23	86	4	63	50	2	9	38	1.47
8926364--8926574	44	4.8	44	66	6	122	26	22	18	31	1.97
8926304--8926640	132	2.6	132	95	2	590	27	24	19	28	1.98
8926656--8926804	44	3.4	44	76	1	154	29	21	18	30	1.97
8927019--8927297	45	6.3	44	72	4	211	25	25	18	30	1.98
8927020--8927539	89	5.8	89	87	4	595	25	24	19	30	1.98
8927332--8927586	44	5.7	44	71	7	172	24	23	21	30	1.99
8927338--8927603	92	2.9	92	87	2	270	24	24	21	29	1.99
8928854--8928977	47	2.6	47	80	2	140	15	28	15	41	1.87
8928891--8928980	47	1.9	47	90	0	144	12	25	16	45	1.82
8928892--8928991	47	2.1	47	84	0	128	12	27	15	46	1.80
8936321--8936529	43	4.9	43	89	2	298	22	29	18	29	1.97
8949321--8949387	32	2.1	32	97	0	125	55	5	1	37	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8951326--8951405	30	2.7	30	84	0	106	16	27	41	15	1.88
8953252--8953312	24	2.6	24	81	2	61	19	31	27	21	1.97
8954241--8954288	20	2.4	20	85	0	60	43	16	27	12	1.84
8962182--8962535	84	4.2	84	84	1	460	30	32	16	20	1.95
8963218--8963259	6	6.7	6	80	20	50	80	2	4	11	0.95
8965124--8965171	22	2.2	22	85	7	62	54	18	2	25	1.55
8966630--8966675	17	2.6	18	80	13	51	45	4	0	50	1.21
8966680--8966726	23	2.1	23	84	4	60	12	2	25	59	1.45
8975779--8975817	17	2.3	17	86	8	53	43	0	0	56	0.99
8976137--8976249	34	3.3	34	84	0	136	28	17	11	42	1.84
8977561--8977606	24	1.9	24	90	0	74	19	13	21	45	1.84
8980672--8980857	45	4.1	44	75	4	129	31	18	13	36	1.90
8981216--8981585	67	5.5	67	81	3	314	34	15	22	26	1.94
8986192--8986495	67	4.6	67	85	3	398	36	15	22	25	1.93
9004841--9004896	27	2.2	25	81	12	60	62	0	14	23	1.31
9005517--9005546	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
9005714--9005759	21	2.2	20	85	11	58	34	8	0	56	1.30
9006865--9006904	20	2.0	20	100	0	80	35	10	25	30	1.88
9008848--9008898	23	2.3	21	78	18	50	11	23	1	62	1.39
9019408--9019507	39	2.6	39	84	4	123	40	4	8	48	1.51
9033004--9033058	21	2.6	21	91	0	83	14	20	16	49	1.80
9037859--9037904	22	2.0	24	84	12	62	43	2	2	52	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9037935--9038087	77	2.0	76	94	1	270	49	4	5	39	1.47
9039084--9039164	24	3.6	22	69	15	67	43	2	2	51	1.28
9039087--9039151	20	3.0	20	70	12	58	41	3	1	53	1.25
9039132--9039165	18	1.9	17	94	5	59	41	0	2	55	1.15
9047564--9047613	24	2.1	23	82	10	57	52	0	0	48	1.00
9049606--9049670	11	6.1	11	83	16	84	44	1	0	53	1.09
9050535--9050696	59	2.7	60	80	6	159	39	10	5	44	1.62
9051196--9051264	29	2.4	27	81	9	75	43	4	8	43	1.55
9051196--9051264	28	2.5	28	83	4	77	43	4	8	43	1.55
9055512--9055755	46	5.6	45	83	10	303	34	14	22	28	1.94
9055548--9055620	36	2.0	36	94	0	128	36	13	20	28	1.91
9055512--9055755	82	2.8	85	83	11	311	34	14	22	28	1.94
9060187--9060346	41	3.9	41	90	1	232	23	18	25	32	1.97
9062424--9062469	23	2.0	23	95	0	83	39	15	13	32	1.85
9062627--9062685	22	2.8	21	75	14	59	50	1	5	42	1.34
9062786--9062914	68	1.9	68	85	9	181	38	9	9	42	1.69
9063041--9063183	70	2.1	69	80	9	157	44	9	11	34	1.73
9064722--9065778	105	9.6	109	87	6	1458	43	14	15	26	1.86
9064722--9065778	220	4.8	217	88	6	1463	43	14	15	26	1.86
9065476--9065515	17	2.2	19	86	8	57	80	5	2	12	0.98
9065385--9065778	116	3.5	116	86	8	544	41	14	15	27	1.87
9068570--9068785	107	2.0	109	96	1	400	32	16	15	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9071216--9071288	36	2.0	36	89	0	110	27	16	24	31	1.96
9074157--9074196	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
9074180--9074219	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
9074165--9074231	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
9074159--9074235	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
9081122--9081191	31	2.1	34	82	7	83	37	2	2	57	1.29
9087339--9087409	27	2.6	27	86	6	99	39	8	1	50	1.41
9087443--9087525	39	2.1	39	97	0	157	26	27	31	14	1.95
9087595--9087710	18	6.5	17	76	13	76	65	0	33	0	0.99
9087597--9087668	10	6.6	10	73	17	54	68	0	31	0	0.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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