genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   

This is table  28  of  170  ( 20315 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7557213--7557294	41	2.0	41	100	0	164	29	14	14	41	1.86
7560335--7560366	16	1.9	17	93	6	57	31	6	18	43	1.75
7560110--7560364	39	6.5	39	88	0	357	30	3	20	45	1.68
7560335--7560372	17	2.2	17	86	9	51	34	5	21	39	1.76
7563577--7563663	36	2.5	35	90	3	138	42	18	4	34	1.71
7565638--7565794	78	2.0	78	96	0	287	26	17	27	28	1.97
7573361--7573401	21	2.0	21	95	0	73	26	2	7	63	1.33
7573362--7573403	11	3.9	11	81	6	59	26	2	7	64	1.32
7574254--7574327	24	3.3	22	66	14	53	37	2	6	52	1.42
7576384--7576535	41	3.7	41	81	0	160	34	15	27	21	1.94
7592083--7592161	29	2.6	30	82	15	108	17	27	11	43	1.84
7591954--7592217	119	2.2	120	86	2	370	22	25	14	37	1.92
7594072--7594097	12	2.2	12	100	0	52	7	30	38	23	1.83
7594968--7595089	41	3.0	40	81	9	140	37	12	27	22	1.90
7594984--7595112	41	3.2	40	77	8	127	37	13	25	23	1.91
7606917--7606963	24	1.9	25	86	4	69	27	19	0	53	1.45
7614778--7615071	147	2.0	147	96	1	545	38	13	16	31	1.88
7624198--7624252	16	3.4	16	74	18	60	27	21	5	45	1.74
7624205--7624266	32	1.9	32	93	0	106	24	25	3	46	1.67
7630380--7630572	4	48.2	4	100	0	386	25	0	24	49	1.50
7632210--7632331	60	2.0	60	100	0	244	29	14	31	23	1.95
7635840--7635873	14	2.4	14	95	0	59	23	26	8	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7635844--7636013	51	3.4	51	95	0	297	28	25	14	31	1.95
7641276--7641387	44	2.6	44	94	1	190	31	24	14	30	1.94
7648385--7648437	18	2.9	17	74	20	54	45	1	15	37	1.57
7653619--7653672	24	2.2	24	96	0	99	51	5	3	38	1.43
7655655--7655684	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
7656675--7656709	12	2.9	12	91	0	52	14	0	17	68	1.21
7656954--7657092	66	2.1	66	91	2	226	39	18	7	33	1.80
7665646--7665702	15	3.8	15	73	13	55	59	0	3	36	1.14
7667899--7667933	17	2.0	18	88	5	54	22	40	22	14	1.90
7670206--7670287	36	2.3	36	85	4	103	31	7	18	42	1.77
7672055--7672086	16	2.0	16	100	0	64	31	0	25	43	1.55
7673108--7673173	33	2.1	31	83	11	80	56	12	4	27	1.55
7679217--7679431	51	4.2	51	87	0	295	33	8	21	36	1.83
7679217--7679445	102	2.2	102	88	0	341	33	7	21	37	1.82
7679720--7679845	32	3.8	32	81	7	146	26	14	25	34	1.94
7680092--7680145	18	2.9	18	77	2	54	40	42	1	14	1.57
7680147--7680197	24	2.1	24	85	7	68	68	1	0	29	1.00
7680308--7680382	37	2.0	37	94	0	132	33	6	13	46	1.69
7680313--7680373	17	3.4	17	68	12	50	31	4	11	52	1.58
7680390--7680437	17	2.7	18	87	3	62	27	10	22	39	1.87
7680381--7680437	9	6.4	9	80	11	64	26	10	22	40	1.86
7680845--7680882	14	2.8	13	92	7	67	47	5	10	36	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7681139--7681345	35	6.1	35	80	6	219	19	20	17	42	1.89
7681139--7681333	67	2.9	69	84	5	229	18	21	17	42	1.90
7681139--7681345	102	2.0	102	90	0	324	19	20	17	42	1.89
7684893--7684941	26	1.9	25	91	4	80	0	30	16	53	1.43
7684893--7684955	33	2.0	33	87	6	94	1	28	19	50	1.56
7687521--7687581	13	4.7	13	81	0	77	39	27	8	24	1.84
7687518--7687581	26	2.5	26	86	0	101	37	26	7	28	1.84
7696272--7696362	29	3.2	28	67	25	73	30	17	10	40	1.84
7696265--7696375	57	1.9	57	90	0	177	32	17	9	40	1.82
7702825--7702852	10	2.8	10	100	0	56	42	28	0	28	1.56
7705246--7705295	8	5.9	8	82	13	64	80	0	0	20	0.72
7705233--7705296	19	3.5	19	81	12	89	73	0	0	26	0.84
7706091--7706125	11	3.2	11	87	0	52	68	2	5	22	1.24
7706082--7706157	21	3.6	21	72	15	68	63	3	3	28	1.30
7706103--7706145	19	2.3	19	87	0	59	60	2	4	32	1.30
7706091--7706157	22	3.2	22	77	16	79	62	2	4	29	1.29
7706092--7706233	62	2.3	62	75	7	137	59	2	7	30	1.38
7709553--7709886	168	2.0	168	98	0	650	32	7	19	41	1.79
7710523--7710570	17	2.8	16	75	12	51	41	0	14	43	1.45
7711070--7711144	21	3.6	21	94	0	123	16	20	17	46	1.84
7711067--7711154	21	4.2	21	91	0	113	17	20	17	45	1.86
7716270--7716461	28	6.6	28	68	9	107	29	19	36	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7716306--7716485	56	3.0	60	86	11	278	26	19	40	14	1.90
7716393--7716480	28	3.1	28	70	0	95	27	20	39	12	1.88
7725133--7725225	18	5.2	18	88	0	141	27	23	16	32	1.96
7725133--7725225	36	2.6	36	92	0	159	27	23	16	32	1.96
7732275--7732311	6	6.2	6	93	0	65	32	13	0	54	1.40
7734037--7734083	11	4.2	11	88	2	67	23	34	0	42	1.54
7734037--7734101	22	2.9	22	86	6	78	26	30	1	41	1.65
7738101--7738130	15	1.9	16	93	6	53	33	3	13	50	1.58
7739687--7739726	22	1.9	20	90	10	62	47	15	7	30	1.72
7742605--7742645	18	2.3	18	87	8	57	58	0	14	26	1.37
7742711--7742765	21	2.7	20	78	13	58	9	16	5	69	1.34
7742711--7742834	20	6.0	21	66	12	69	12	20	6	61	1.52
7742756--7742852	20	4.8	20	72	16	83	15	19	6	58	1.58
7744189--7744266	31	2.5	31	79	8	77	47	8	6	37	1.61
7744276--7744341	3	21.3	3	73	17	55	63	0	0	36	0.95
7744278--7744341	34	2.0	32	85	14	87	64	0	0	35	0.94
7745844--7747272	133	10.6	132	81	8	1380	27	24	19	28	1.98
7745977--7746607	132	4.5	146	77	11	646	27	24	19	29	1.98
7745844--7746872	278	3.7	278	89	3	1464	27	24	19	28	1.98
7746400--7747268	265	3.3	265	89	1	1285	28	23	20	28	1.99
7752938--7752987	20	2.3	22	76	13	59	72	0	4	24	1.02
7753130--7753195	3	21.3	3	73	17	55	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7753132--7753195	34	2.0	32	85	14	87	64	0	0	35	0.94
7754312--7754361	20	2.5	19	84	9	64	20	20	6	54	1.65
7754294--7754381	20	4.6	18	75	17	63	20	19	4	55	1.60
7754338--7754420	19	4.3	19	68	20	55	18	13	4	63	1.46
7754921--7754967	21	2.2	21	92	0	76	68	12	8	10	1.40
7755043--7755097	17	3.1	17	78	14	65	47	10	18	23	1.80
7756382--7756542	81	2.0	80	93	1	277	37	13	17	31	1.89
7757099--7757133	14	2.5	14	90	0	61	54	0	0	45	0.99
7757369--7757420	3	17.0	3	96	4	95	67	0	0	32	0.91
7758389--7758435	25	2.0	23	83	8	58	8	14	4	72	1.24
7759026--7759484	44	10.5	44	75	10	370	31	18	18	32	1.95
7759144--7759217	38	1.9	38	94	0	130	36	22	13	27	1.92
7759101--7759357	132	1.9	133	90	2	410	32	19	18	29	1.95
7761463--7761619	79	2.0	80	88	3	237	37	12	18	31	1.88
7762178--7762218	14	2.9	15	82	10	50	53	2	4	39	1.35
7762466--7762517	26	2.0	26	88	3	79	73	5	3	17	1.19
7762770--7762804	16	2.2	16	89	0	52	57	8	20	14	1.63
7785069--7785118	26	1.9	26	83	0	64	46	8	34	12	1.70
7792010--7792044	18	1.9	18	88	0	52	28	20	8	42	1.81
7792077--7792131	21	2.7	21	85	2	67	36	16	14	32	1.89
7795701--7795753	26	2.0	26	100	0	106	33	35	0	30	1.58
7797989--7798021	17	1.9	17	93	0	57	39	12	0	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7801491--7801527	14	2.8	13	92	8	65	48	5	10	35	1.61
7801765--7801940	34	5.1	34	84	4	237	19	25	14	39	1.90
7801765--7801940	69	2.6	68	82	5	246	19	25	14	39	1.90
7804750--7804794	20	2.1	23	88	12	69	13	8	8	68	1.38
7836356--7836440	35	2.4	35	78	3	100	17	10	31	40	1.84
7837276--7837319	15	2.7	16	82	13	54	20	27	29	22	1.99
7841968--7842001	17	2.0	17	88	0	50	55	2	0	41	1.15
7842145--7842203	9	6.4	9	74	16	50	35	0	1	62	1.05
7842149--7842204	29	2.0	29	82	3	69	33	0	1	64	1.04
7842332--7842378	8	5.8	8	87	12	69	23	2	0	74	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170