genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5870092--5870160	31	2.2	31	82	5	77	59	14	21	4	1.53
5872186--5872230	21	2.1	21	87	0	63	46	20	17	15	1.84
5875442--5875707	144	1.8	144	86	1	381	33	21	19	25	1.97
5875556--5876189	94	6.7	94	81	2	689	35	18	19	26	1.95
5875551--5876195	282	2.3	281	83	1	824	35	18	19	26	1.95
5876470--5876508	18	2.2	18	85	0	51	61	25	5	7	1.44
5884635--5884698	29	2.3	26	80	17	67	64	0	0	35	0.94
5887113--5887150	19	2.2	17	86	13	51	65	5	0	28	1.14
5887998--5888042	18	2.5	18	92	7	74	8	13	0	77	0.98
5887997--5888045	17	2.9	17	80	14	57	8	12	0	79	0.93
5891188--5891301	58	1.9	59	84	5	151	50	3	2	42	1.33
5891276--5891328	6	8.8	6	95	0	88	50	3	0	45	1.19
5891879--5891915	13	2.8	13	95	0	65	43	10	0	45	1.39
5903398--5903428	14	2.2	14	94	0	53	16	0	38	45	1.47
5904241--5904340	45	2.2	45	89	5	146	38	3	0	59	1.13
5904247--5904360	11	10.4	11	69	16	60	38	2	0	58	1.12
5904334--5904382	11	4.3	12	75	19	52	40	0	0	59	0.98
5904343--5904382	21	1.9	21	94	0	71	40	0	0	60	0.97
5904342--5904389	21	2.2	20	82	13	60	35	0	4	60	1.16
5908640--5908736	44	2.2	43	80	8	108	30	22	17	28	1.97
5908921--5909940	89	11.5	89	86	4	784	27	22	18	31	1.97
5909074--5909940	311	2.8	310	85	3	1089	27	23	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5909119--5909941	89	9.2	89	89	2	886	26	22	18	31	1.97
5914292--5914935	47	13.6	47	93	2	938	27	29	9	33	1.88
5916382--5916501	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
5923437--5923476	20	2.0	20	90	0	62	35	15	20	30	1.93
5929265--5929350	41	2.1	41	93	0	145	36	20	12	30	1.90
5930838--5930877	17	2.3	16	87	12	53	72	12	0	15	1.12
5937039--5937073	19	1.9	17	88	11	52	74	0	5	20	1.02
5937039--5937074	18	1.9	19	88	5	56	75	0	5	19	1.00
5946337--5946396	20	3.0	20	85	7	79	41	38	5	15	1.68
5946430--5946467	13	2.8	14	84	4	51	26	7	26	39	1.83
5946421--5946467	14	3.4	14	79	5	60	25	6	29	38	1.81
5949323--5949590	35	7.9	35	82	7	284	19	22	18	39	1.92
5949318--5949581	102	2.6	102	90	3	392	18	23	18	39	1.92
5949318--5949591	67	4.0	67	84	6	313	18	22	18	40	1.91
5952186--5952381	105	1.9	101	84	6	259	33	15	23	27	1.95
5952186--5952436	105	2.5	101	77	12	244	34	16	23	25	1.95
5953102--5953197	33	3.2	32	67	27	91	43	15	9	31	1.78
5954434--5954528	42	2.3	42	85	5	122	44	9	5	41	1.59
5957343--5957370	11	2.5	11	100	0	56	82	7	10	0	0.85
5964005--5964108	11	10.4	11	73	20	61	60	0	1	37	1.08
5964003--5964126	40	3.2	40	90	4	209	62	0	1	35	1.05
5964567--5964614	13	3.7	13	75	10	53	35	0	2	62	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5967871--5968225	126	2.8	126	91	1	595	29	15	21	33	1.94
5971338--5971362	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
5971473--5972104	29	21.9	29	79	14	623	23	0	31	45	1.53
5971462--5972127	151	4.4	149	87	7	891	23	0	30	45	1.55
5971907--5971994	43	2.0	45	93	4	153	23	0	32	43	1.54
5971935--5971965	5	6.2	5	100	0	62	19	0	41	38	1.51
5971950--5972099	53	2.8	53	88	7	205	23	0	31	45	1.53
5971511--5972104	93	6.9	80	81	14	565	23	0	31	45	1.53
5972071--5972134	18	3.7	18	66	19	55	25	1	26	46	1.61
5972175--5972223	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
5972620--5972665	18	2.6	18	82	0	56	39	8	30	21	1.84
5974233--5974263	15	2.0	16	93	6	55	67	6	0	25	1.14
5974356--5974403	10	4.8	10	76	0	51	66	2	0	31	1.03
5974356--5974421	30	2.2	30	94	0	114	63	1	0	34	1.04
5975179--5975360	56	3.2	56	79	5	186	42	15	2	39	1.61
5975199--5975530	120	2.8	120	78	12	337	37	20	3	38	1.70
5975194--5975527	57	5.7	56	74	6	200	38	19	3	38	1.69
5975180--5975527	59	5.9	59	72	8	237	39	18	3	38	1.68
5975553--5975688	60	2.3	60	75	7	132	33	16	5	45	1.69
5975821--5975865	23	2.0	23	86	0	63	44	17	2	35	1.62
5976220--5976824	65	9.5	64	77	9	472	35	25	3	35	1.73
5976468--5976791	64	4.8	69	83	4	319	34	26	2	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5976281--5976791	264	1.9	262	81	7	615	35	26	3	35	1.73
5978686--5978727	3	13.7	3	90	5	66	33	2	0	64	1.07
5979488--5979629	72	2.0	72	92	0	239	28	17	19	34	1.95
5991599--5992638	50	20.7	50	76	4	756	32	20	19	27	1.97
5991594--5992611	100	10.2	100	84	0	1194	32	20	19	27	1.97
5992520--5992635	51	2.3	51	86	0	160	31	18	21	28	1.97
5992704--5992963	132	2.0	132	88	0	385	30	17	25	26	1.97
5994355--5994430	38	2.0	38	94	0	134	23	26	15	34	1.95
5995808--5995949	72	2.0	72	92	0	239	28	18	15	37	1.91
6004175--6004258	31	2.7	31	83	14	102	33	1	0	65	1.00
6005385--6005452	31	2.2	31	83	0	91	47	16	8	27	1.76
6012771--6012816	23	2.0	23	100	0	92	26	0	17	56	1.41
6013726--6013756	13	2.4	13	88	0	53	64	0	0	35	0.94
6015379--6015438	29	2.0	30	84	9	79	48	0	3	48	1.18
6024957--6025071	27	4.3	27	79	2	115	30	14	37	17	1.90
6024954--6025071	54	2.2	54	78	3	139	30	14	37	17	1.90
6028549--6028598	21	2.4	22	80	16	61	28	2	4	66	1.21
6028565--6028609	21	2.2	20	84	11	56	35	2	4	57	1.31
6030748--6030804	27	2.1	27	83	0	69	29	21	21	28	1.98
6034720--6034778	25	2.4	25	81	18	70	42	0	0	57	0.98
6034713--6034764	23	2.2	24	86	6	70	40	0	1	57	1.10
6034755--6034799	10	4.6	10	83	5	65	28	0	0	71	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6037412--6037452	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
6039885--6040002	61	1.9	61	83	6	150	40	8	14	36	1.76
6039891--6040025	61	2.2	60	79	7	137	44	8	11	35	1.71
6040906--6040936	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
6041919--6042341	138	3.1	138	91	1	688	31	23	23	21	1.98
6044334--6044374	21	1.9	22	90	5	66	73	2	12	12	1.20
6046210--6046239	5	6.2	5	92	7	53	20	0	0	80	0.72
6046205--6046243	14	2.5	16	84	16	55	20	0	0	79	0.73
6049837--6049905	2	34.5	2	100	0	138	0	49	0	50	1.00
6052195--6052234	20	2.0	20	90	0	62	30	17	17	35	1.93
6052353--6052383	8	4.0	8	91	8	55	38	0	0	61	0.96
6052629--6052665	17	2.1	18	90	5	58	35	0	2	62	1.10
6053388--6053425	16	2.2	18	86	9	53	34	0	2	63	1.09
6054465--6054521	22	2.8	21	75	15	57	36	0	5	57	1.21
6055587--6055621	14	2.5	14	100	0	70	34	5	0	60	1.21
6055584--6055674	31	2.8	32	83	9	114	42	2	0	54	1.12
6055622--6055671	10	4.8	10	80	14	57	44	0	0	56	0.99
6060064--6060092	7	4.1	7	100	0	58	31	0	0	68	0.89
6060098--6060151	23	2.3	23	78	12	58	35	0	3	61	1.14
6060153--6060177	5	5.0	5	100	0	50	0	40	60	0	0.97
6060284--6060318	17	2.0	18	88	5	54	40	2	0	57	1.14
6061781--6061837	29	2.0	29	83	13	73	24	1	17	56	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6065617--6065968	126	2.8	126	88	3	523	29	15	21	33	1.94
6068998--6069214	116	1.9	115	92	2	364	43	9	8	38	1.67
6069240--6069707	29	16.4	29	86	6	663	28	0	26	45	1.56
6069273--6069324	23	2.3	21	100	0	68	28	0	25	46	1.53
6069240--6069707	146	3.3	146	89	4	692	28	0	26	45	1.56
6069231--6069707	117	4.2	116	85	7	656	28	0	25	45	1.55
6069733--6069819	44	2.0	45	90	2	140	49	12	0	37	1.41
6070239--6070273	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
6075850--6075900	17	3.0	17	72	18	52	56	0	0	43	0.99
6075960--6076025	13	4.6	14	75	17	64	57	1	0	40	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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