genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27289556--27289733	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
27289577--27289732	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
27291635--27291742	44	2.5	43	78	10	114	36	25	16	22	1.94
27297875--27297924	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
27306347--27306935	285	2.1	286	96	0	1081	37	16	16	28	1.91
27306700--27307152	235	1.9	235	96	0	834	36	17	16	29	1.92
27317790--27317850	31	1.9	33	83	6	81	34	9	14	40	1.79
27324195--27324232	19	2.1	19	90	5	60	50	0	7	42	1.31
27328865--27328911	19	2.5	19	86	6	60	59	4	2	34	1.29
27329290--27329397	37	2.9	38	75	20	113	43	2	2	50	1.31
27329376--27329492	62	1.9	62	82	5	150	41	4	4	50	1.41
27346495--27346541	20	2.4	20	76	16	53	12	23	8	55	1.64
27346758--27346879	49	2.5	49	90	2	192	22	22	20	33	1.97
27354012--27354050	20	2.0	20	94	0	69	15	23	2	58	1.49
27354299--27354444	50	2.9	50	80	6	152	20	28	21	29	1.98
27359217--27359311	44	2.2	44	92	0	154	43	11	21	24	1.85
27359332--27359508	50	3.6	47	77	8	176	28	18	30	23	1.97
27362141--27362192	25	2.1	25	88	0	77	32	5	28	32	1.81
27362148--27362203	25	2.2	25	84	6	78	32	10	26	30	1.90
27365345--27365424	42	1.9	42	89	0	124	25	21	2	51	1.60
27373125--27373154	12	2.5	12	94	0	51	66	20	0	13	1.24
27374014--27374124	57	1.9	57	90	0	177	37	19	16	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27385596--27385843	40	6.2	40	80	5	286	27	28	20	23	1.99
27385592--27385842	80	3.2	80	93	0	414	27	28	20	23	1.99
27385615--27385839	120	1.9	120	85	3	319	25	28	20	24	1.99
27392967--27393053	37	2.3	37	86	5	113	44	12	19	22	1.84
27393184--27393294	40	2.8	40	88	1	168	36	16	12	35	1.86
27398627--27398809	40	4.6	40	81	11	209	24	28	22	24	1.99
27398627--27398809	79	2.3	80	83	9	223	24	28	22	24	1.99
27400248--27400329	20	4.1	20	73	6	67	24	15	21	37	1.93
27400236--27400391	60	2.6	60	85	3	190	27	18	17	35	1.94
27405131--27405229	35	2.9	34	83	4	126	38	20	18	23	1.93
27415633--27415693	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
27423639--27423672	12	2.7	13	86	4	52	47	8	17	26	1.77
27449246--27449338	46	2.0	46	100	0	186	39	15	21	23	1.91
27451183--27451358	50	3.7	49	82	8	213	25	14	25	34	1.94
27453683--27453716	15	2.3	15	94	0	59	55	8	0	35	1.31
27462766--27462823	25	2.3	25	76	5	64	43	12	17	27	1.84
27465530--27465563	18	1.9	18	88	5	52	38	11	17	32	1.86
27472937--27473003	33	1.9	33	82	8	80	47	8	31	11	1.71
27487435--27487470	18	2.0	18	89	10	56	55	13	11	19	1.68
27502827--27502920	46	2.0	46	95	4	172	24	19	22	34	1.97
27504437--27504498	19	3.0	20	81	9	72	74	0	17	8	1.06
27518301--27518406	53	2.0	53	94	0	185	53	11	17	16	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27528314--27528368	29	2.0	27	82	13	67	61	10	12	14	1.56
27535037--27535091	29	2.0	27	82	13	67	60	10	14	14	1.60
27536351--27536390	21	1.9	21	89	0	62	47	7	10	35	1.65
27544944--27544987	20	2.2	20	84	15	56	27	4	11	56	1.53
27546542--27546589	21	2.3	21	78	7	53	66	2	22	8	1.29
27547890--27547918	13	2.1	14	93	6	51	27	0	13	58	1.36
27551283--27551400	50	2.3	52	82	5	134	33	15	14	37	1.88
27551743--27551836	46	2.0	46	95	0	170	34	21	20	24	1.97
27554398--27554450	20	2.7	20	84	0	70	32	13	30	24	1.93
27560925--27560981	20	2.9	19	82	7	78	29	17	28	24	1.97
27565737--27565830	46	2.0	46	91	0	152	34	21	19	25	1.96
27578229--27578412	40	4.6	40	90	2	219	24	22	26	26	2.00
27578228--27578439	80	2.7	79	82	5	239	24	21	25	28	1.99
27586388--27586582	40	4.8	41	85	9	211	24	21	27	26	1.99
27588312--27588388	39	2.0	39	82	10	95	27	23	23	25	2.00
27588698--27588776	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
27588758--27588858	41	2.4	42	96	3	186	25	35	15	22	1.94
27590696--27590775	38	2.1	37	86	2	106	27	31	17	23	1.97
27590893--27591066	47	3.8	46	84	7	205	28	31	8	32	1.87
27590893--27591055	90	1.8	90	86	1	238	28	30	7	33	1.86
27591037--27591099	30	2.1	31	91	8	103	31	26	4	36	1.78
27590991--27591146	76	2.0	78	93	4	273	30	27	7	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27590948--27591192	122	2.0	121	92	5	406	30	28	6	33	1.84
27591067--27591281	46	4.6	47	91	5	330	29	29	7	33	1.85
27619752--27619794	13	3.2	13	86	3	59	27	6	4	60	1.43
27621632--27621704	37	2.0	37	81	7	87	52	23	6	17	1.69
27630439--27630496	6	10.0	6	80	9	59	0	20	1	77	0.86
27630439--27630508	35	2.0	34	83	8	88	2	21	2	72	1.10
27638870--27638913	9	5.1	9	89	10	74	56	11	0	31	1.35
27638879--27638916	16	2.4	16	95	0	67	55	10	0	34	1.34
27638883--27639026	66	2.2	65	77	17	147	47	9	2	39	1.51
27639009--27639061	21	2.5	22	84	3	72	43	1	1	52	1.23
27644441--27644523	42	2.0	42	92	0	139	38	7	20	33	1.80
27645131--27645201	35	2.0	36	84	15	94	63	7	9	19	1.48
27667480--27667530	23	2.2	23	92	0	84	31	9	17	41	1.82
27669374--27669421	20	2.5	19	83	6	60	47	14	12	25	1.79
27673073--27673293	38	5.8	38	87	2	291	36	24	20	18	1.94
27680545--27680587	22	2.0	21	86	4	59	20	13	6	58	1.59
27682039--27682084	22	2.1	22	100	0	92	36	4	17	41	1.69
27692830--27692892	23	2.7	23	90	2	90	36	31	6	25	1.81
27693929--27693953	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
27695398--27695485	39	2.3	39	80	7	99	67	2	20	10	1.32
27697863--27697912	26	1.9	26	87	0	73	72	8	4	16	1.24
27700380--27700429	18	2.5	20	87	9	68	74	2	20	4	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27705125--27705153	11	2.5	12	94	5	51	62	0	10	27	1.28
27705159--27705196	17	2.2	17	86	9	51	47	7	18	26	1.76
27706294--27706333	18	2.3	18	91	4	64	70	5	17	7	1.30
27706379--27706422	16	2.7	16	92	3	70	63	6	25	4	1.38
27724743--27724780	19	2.0	20	94	5	69	36	10	34	18	1.85
27729447--27729737	145	2.0	145	100	0	582	41	15	13	29	1.85
27735072--27735159	43	2.0	43	100	0	176	29	11	19	39	1.86
27742271--27742442	80	2.2	79	81	7	188	26	20	26	26	1.99
27742267--27742409	40	3.6	40	81	9	166	24	20	27	26	1.99
27742634--27742801	47	3.6	47	90	0	255	32	7	30	28	1.85
27744251--27744639	40	9.8	40	88	2	534	26	21	26	25	1.99
27744251--27744639	118	3.3	119	90	2	557	26	21	26	25	1.99
27746068--27746150	44	2.0	41	88	9	123	27	13	19	39	1.89
27754589--27754728	40	3.5	39	81	10	142	24	21	26	27	1.99
27754955--27755066	46	2.4	47	94	4	192	33	5	28	33	1.80
27761458--27761720	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
27761497--27761755	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
27764311--27764392	22	3.3	27	63	33	67	37	35	3	23	1.72
27764299--27764418	45	2.6	45	92	1	195	35	33	4	27	1.76
27764301--27764418	23	5.2	22	77	9	112	34	33	4	27	1.77
27764299--27764437	45	3.1	44	85	6	172	36	33	3	25	1.74
27779205--27779251	23	2.1	23	84	7	62	51	10	6	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27781248--27781289	18	2.5	17	84	7	59	9	30	0	59	1.29
27784356--27784403	15	3.3	14	82	8	60	4	20	0	75	0.97
27784341--27784406	21	3.1	21	80	4	71	6	27	0	66	1.15
27785485--27785551	32	2.1	32	97	2	127	32	19	14	32	1.92
27791775--27791799	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
27795580--27795731	37	4.1	37	93	0	250	25	32	19	22	1.98
27795894--27796010	47	2.5	47	85	0	162	24	28	12	34	1.92
27795980--27796254	48	5.6	48	86	2	388	31	28	6	33	1.83
27795934--27796258	98	3.4	97	90	3	507	30	28	7	33	1.84
27795934--27796304	98	3.8	97	87	5	380	29	28	8	33	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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