genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19635326--19635378	3	17.7	3	76	0	52	60	5	1	32	1.31
19636063--19636101	18	2.2	18	86	9	53	69	5	20	5	1.28
19636804--19637077	41	6.6	40	77	7	242	22	18	25	34	1.96
19636848--19637081	84	2.8	84	92	0	396	19	19	26	35	1.95
19646682--19646720	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
19646930--19647164	50	4.6	50	79	5	195	24	27	21	26	1.99
19666548--19666617	28	2.6	28	84	4	90	24	10	14	51	1.72
19671950--19672003	25	2.2	25	96	0	99	22	48	7	22	1.75
19674521--19674605	19	4.6	19	70	14	79	28	12	15	43	1.83
19674502--19674670	54	3.1	54	91	1	250	28	13	15	41	1.86
19680640--19680880	50	4.8	50	82	1	270	29	21	27	20	1.98
19682042--19682107	30	2.2	30	83	8	80	51	7	16	24	1.70
19685687--19685724	18	2.1	18	85	9	51	13	23	44	18	1.85
19687956--19688088	51	2.6	51	77	7	142	39	14	12	33	1.84
19695654--19695915	40	6.6	40	84	5	282	25	27	20	25	1.99
19695652--19695915	79	3.3	79	84	5	284	26	28	20	25	1.99
19695654--19695915	119	2.2	119	81	5	298	25	27	20	25	1.99
19695847--19695924	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
19703265--19703525	40	6.6	40	84	6	282	26	27	20	25	1.99
19703263--19703525	79	3.3	79	84	6	284	26	28	20	25	1.99
19703265--19703525	118	2.2	119	81	6	298	26	27	20	25	1.99
19703457--19703534	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19708956--19709091	19	7.0	19	61	10	51	34	16	30	18	1.93
19708918--19709155	78	3.1	77	79	4	271	33	15	31	19	1.93
19708900--19709155	39	6.5	39	81	0	233	33	14	31	19	1.93
19714635--19714812	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19714636--19714791	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19714632--19714812	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19726129--19726306	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
19726130--19726285	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
19726126--19726306	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
19739729--19739786	30	1.9	30	86	6	82	44	5	17	32	1.70
19740076--19740572	51	9.7	51	70	12	202	28	15	26	30	1.96
19740072--19740419	102	3.3	102	85	8	441	27	15	27	29	1.96
19740167--19740385	110	2.0	110	97	0	411	26	15	29	29	1.96
19740284--19740566	51	5.7	49	80	5	284	29	15	25	29	1.96
19740393--19740605	99	2.2	97	83	8	252	33	13	23	30	1.92
19741389--19741422	16	2.1	16	100	0	68	38	23	5	32	1.79
19747857--19748195	51	6.7	49	74	11	224	28	16	26	29	1.97
19747857--19748199	102	3.4	102	78	8	319	27	16	26	29	1.97
19750773--19751040	136	2.0	138	92	1	450	38	9	6	45	1.63
19753026--19753056	13	2.4	13	94	0	53	45	12	6	35	1.68
19753785--19753817	15	2.1	17	88	11	52	39	21	6	33	1.78
19754401--19754452	22	2.3	23	80	6	63	65	0	5	28	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19756240--19756293	27	2.0	27	82	7	65	51	9	7	31	1.61
19756376--19756506	50	2.6	52	75	8	126	35	12	16	35	1.86
19762161--19762276	39	3.0	39	85	2	153	36	9	12	41	1.76
19764452--19764580	50	2.5	49	77	7	132	32	10	13	42	1.80
19768817--19768856	19	2.0	20	85	4	55	40	10	32	17	1.83
19772096--19772144	19	2.7	18	87	9	64	20	4	4	71	1.19
19775100--19775196	39	2.5	39	87	0	131	37	9	9	44	1.69
19776557--19776746	41	4.6	40	79	6	200	23	16	25	34	1.95
19776597--19776758	84	1.9	85	97	1	308	21	17	24	35	1.95
19776602--19776794	41	4.6	43	81	9	227	20	18	25	35	1.95
19779852--19779966	29	4.0	29	73	8	108	22	21	14	40	1.90
19780748--19781017	132	2.0	132	96	0	495	47	12	11	28	1.77
19781007--19781048	22	2.0	21	90	4	66	54	11	0	33	1.37
19791353--19791377	12	2.1	12	100	0	50	16	24	8	52	1.70
19793623--19793681	20	3.0	20	76	14	59	66	3	5	25	1.28
19796217--19796262	21	2.1	22	88	4	67	43	0	10	45	1.39
19796311--19796364	20	2.7	20	73	2	54	35	5	11	48	1.62
19798773--19798851	37	2.1	37	86	9	108	24	30	20	25	1.98
19798970--19799271	47	6.5	47	90	3	459	27	30	9	32	1.88
19798985--19799258	90	3.0	90	91	2	413	28	31	9	31	1.89
19799253--19799290	19	2.0	19	89	0	58	34	34	2	28	1.71
19799206--19799337	66	2.0	66	95	0	237	31	30	6	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19799166--19799374	113	1.8	113	96	0	391	30	29	8	32	1.86
19799029--19799279	137	1.9	134	94	3	407	29	29	8	31	1.87
19799277--19799460	96	1.9	96	97	0	350	29	29	8	32	1.87
19799272--19799460	47	4.0	47	95	2	333	30	30	8	31	1.87
19807206--19807230	12	2.1	12	100	0	50	40	8	24	28	1.83
19808027--19808612	132	4.4	132	82	1	618	37	14	14	33	1.86
19808048--19808612	264	2.1	265	83	2	706	37	14	14	33	1.86
19809683--19809710	12	2.3	12	100	0	56	28	10	17	42	1.83
19818560--19818600	20	2.0	21	90	4	66	31	17	29	21	1.96
19831234--19831274	19	2.3	19	91	8	68	21	0	2	75	0.92
19836932--19836966	19	1.9	19	88	11	56	31	11	14	42	1.81
19845113--19845175	21	3.2	21	61	21	55	34	4	7	52	1.52
19845105--19845179	37	2.0	37	97	0	141	32	6	8	53	1.56
19846536--19846667	50	2.6	52	78	8	146	36	14	14	34	1.87
19848517--19848627	6	18.0	6	68	18	50	4	23	1	70	1.15
19848551--19848600	13	4.2	12	80	12	50	4	26	0	70	1.05
19848517--19848627	51	2.1	50	82	15	136	4	23	1	70	1.15
19848517--19848608	26	3.4	27	76	15	86	5	22	1	70	1.14
19848551--19848635	27	3.2	26	75	22	79	5	24	1	68	1.19
19853719--19853789	28	2.5	28	84	13	92	12	25	1	60	1.40
19856029--19856070	16	2.6	16	88	0	57	28	28	11	30	1.92
19866058--19866478	151	2.8	150	87	1	599	25	17	29	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19870108--19870169	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
19870108--19870170	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
19875429--19875559	50	2.6	52	79	6	151	37	12	15	34	1.86
19880751--19880810	28	2.2	28	84	3	77	26	5	13	55	1.59
19887353--19887484	50	2.6	52	76	8	135	36	12	15	34	1.86
19894805--19895259	47	9.6	47	90	2	685	29	29	8	32	1.86
19894805--19895259	96	4.8	96	93	1	774	29	29	8	32	1.86
19904139--19904180	20	2.1	20	86	0	57	19	28	16	35	1.93
19906869--19906919	23	2.2	23	89	6	77	29	9	19	41	1.84
19908295--19908343	20	2.4	22	80	16	61	53	16	6	24	1.66
19913048--19913107	28	2.2	27	81	3	66	53	15	6	25	1.65
19915585--19915627	17	2.6	16	82	10	50	9	23	0	67	1.19
19919733--19919802	28	2.6	28	82	13	92	51	11	10	27	1.69
19926757--19926802	21	2.2	21	84	0	56	10	26	0	63	1.27
19926870--19926907	15	2.5	15	83	8	51	13	18	0	68	1.21
19927966--19927999	14	2.4	14	100	0	68	17	5	0	76	0.98
19932394--19932430	19	2.1	18	90	10	58	62	0	8	29	1.24
19934517--19934586	20	3.3	21	78	11	63	70	0	22	7	1.12
19934545--19934605	24	2.5	24	76	19	65	65	0	26	8	1.20
19934581--19934622	18	2.4	17	81	14	50	61	0	30	7	1.22
19934586--19934622	18	2.0	19	89	5	58	59	0	32	8	1.27
19942538--19942588	15	3.5	15	82	10	61	76	1	17	3	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19966306--19966530	40	5.7	40	84	5	260	27	27	20	24	1.99
19966306--19966530	119	1.9	120	83	6	296	27	27	20	24	1.99
19970542--19970589	24	2.0	24	91	0	78	62	10	6	20	1.49
19975679--19975715	19	1.9	19	88	0	56	24	13	13	48	1.78
19975652--19975758	46	2.3	47	86	1	153	30	11	10	47	1.72
19976072--19976175	31	3.4	31	81	5	120	24	25	15	34	1.94
19981050--19981143	46	2.0	46	95	0	170	35	22	19	23	1.96
19981761--19981810	23	2.3	23	86	6	68	54	14	4	28	1.58
19982457--19982503	10	4.6	10	79	10	51	44	8	21	25	1.80
19988688--19988745	30	2.0	29	83	10	73	27	13	32	25	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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