genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22140648--22140898	102	2.5	102	86	1	333	26	15	26	31	1.96
22140648--22140887	51	4.7	51	80	0	237	27	15	26	30	1.96
22142854--22142943	25	3.6	25	82	5	101	24	21	23	31	1.98
22147815--22147875	30	2.0	30	96	0	113	34	16	14	34	1.89
22151027--22151124	29	3.4	29	80	6	94	37	9	25	27	1.86
22151113--22151183	29	2.4	29	83	4	81	42	12	25	19	1.87
22157287--22157334	20	2.4	21	76	13	57	77	6	2	14	1.06
22161260--22161311	27	1.9	27	96	0	95	28	32	25	13	1.93
22161165--22161387	103	2.2	104	92	2	369	31	31	19	17	1.95
22161716--22161779	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
22161723--22161779	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
22166727--22166787	20	2.9	20	80	7	59	49	9	8	32	1.66
22169278--22169323	16	2.9	16	78	18	51	47	2	19	30	1.61
22173988--22174427	27	16.3	27	78	11	277	18	19	20	41	1.90
22173988--22174427	54	8.2	53	78	9	340	18	19	20	41	1.90
22174000--22174433	81	5.4	80	79	8	436	17	19	20	41	1.90
22176251--22176296	23	2.0	23	100	0	92	21	21	17	39	1.93
22176606--22176696	46	2.0	46	86	2	130	47	15	2	35	1.58
22182785--22182977	91	2.1	92	89	2	291	44	4	4	46	1.43
22183008--22183298	120	2.4	118	91	3	460	41	3	4	50	1.39
22183133--22183184	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
22183081--22183266	59	3.1	58	68	13	171	43	2	6	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22183271--22183320	26	2.0	25	84	11	66	42	0	4	54	1.19
22183404--22183438	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22183235--22183551	157	2.0	157	95	0	571	47	5	3	44	1.43
22183674--22183726	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
22190557--22190590	16	2.0	16	88	11	50	47	0	35	17	1.48
22195619--22195680	26	2.4	26	81	5	72	29	27	25	17	1.98
22195844--22196213	27	13.7	27	77	5	273	17	17	21	42	1.89
22195841--22196213	54	6.9	54	75	6	324	17	17	21	42	1.89
22195855--22196205	81	4.3	79	77	9	323	17	18	21	43	1.89
22203075--22203229	41	3.8	40	89	1	229	18	30	15	34	1.92
22203090--22203229	21	6.9	19	64	16	57	17	32	15	35	1.91
22203075--22203232	82	1.9	82	90	2	255	18	30	15	34	1.93
22205204--22205348	25	5.8	25	90	0	218	32	24	15	28	1.95
22205199--22205372	50	3.5	50	87	0	231	33	24	13	28	1.93
22205209--22205372	75	2.2	75	84	1	202	33	23	14	28	1.94
22210836--22210887	20	2.5	20	93	3	86	50	19	9	21	1.76
22211855--22211907	20	2.7	20	84	0	61	41	24	24	9	1.84
22217632--22217715	26	3.2	27	81	6	102	29	16	25	28	1.97
22219740--22219771	15	2.1	15	94	0	55	62	6	0	31	1.20
22243339--22243413	22	3.4	22	76	10	73	33	22	14	29	1.94
22243391--22243459	29	2.4	29	76	11	70	33	17	17	31	1.93
22251584--22251613	15	2.1	15	93	6	53	76	0	16	6	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22254819--22254874	28	2.0	28	86	6	78	28	7	10	53	1.62
22263655--22263684	15	1.9	16	93	6	53	56	0	0	43	0.99
22264835--22264898	27	2.3	28	91	5	103	46	6	0	46	1.27
22264898--22264936	8	4.8	8	87	9	53	87	7	2	2	0.73
22264898--22264939	16	2.5	17	84	3	59	88	7	2	2	0.69
22264980--22265046	27	2.5	27	87	0	89	20	28	34	16	1.95
22270333--22270390	30	2.0	30	83	10	75	10	22	3	63	1.40
22274138--22274182	18	2.5	18	81	0	54	31	4	44	20	1.71
22276547--22276585	14	2.7	15	84	8	53	61	5	5	28	1.39
22276559--22276587	14	2.1	14	100	0	58	55	0	6	37	1.27
22277555--22277588	17	2.0	17	100	0	68	47	5	17	29	1.71
22279264--22279362	49	2.0	49	98	0	189	27	7	26	39	1.82
22282707--22282748	17	2.5	17	85	11	59	76	0	4	19	0.96
22282709--22282748	18	2.3	17	86	4	53	77	0	5	17	0.94
22282847--22282899	18	2.9	17	83	10	61	37	0	3	58	1.16
22293799--22293840	21	2.0	20	86	13	59	21	9	47	21	1.79
22294354--22294393	22	1.9	19	85	14	53	52	0	2	45	1.14
22294456--22294513	30	1.9	30	86	6	82	50	13	6	29	1.68
22306444--22306594	48	3.1	48	82	3	160	25	21	29	23	1.99
22313807--22313949	48	3.0	48	82	8	139	26	19	30	23	1.98
22322898--22322940	20	2.2	20	86	0	59	27	13	9	48	1.73
22329601--22329805	27	7.6	27	86	3	250	30	27	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22337606--22337810	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
22352355--22352400	23	2.0	23	100	0	92	21	21	17	39	1.93
22352655--22352745	46	2.0	46	86	2	130	47	15	2	35	1.58
22358861--22359053	91	2.1	92	89	2	291	44	4	4	46	1.43
22359207--22359258	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
22359085--22359375	117	2.5	120	88	7	434	41	3	4	49	1.40
22359324--22359557	75	3.0	75	63	16	179	45	3	3	47	1.36
22359476--22359510	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
22359308--22359623	157	2.0	156	95	0	560	46	5	3	44	1.43
22359746--22359798	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
22363416--22363454	20	1.9	21	89	5	62	43	12	0	43	1.42
22365575--22365717	66	2.2	66	98	1	277	35	30	6	27	1.83
22370102--22370269	84	2.0	83	91	1	273	19	20	25	34	1.96
22373348--22373372	13	1.9	13	100	0	50	40	28	8	24	1.83
22375961--22376069	42	2.6	41	80	11	130	22	22	33	22	1.98
22381456--22381504	25	2.0	24	84	4	62	0	36	4	59	1.17
22390199--22390287	27	3.3	27	83	9	110	23	38	20	17	1.93
22390307--22390370	27	2.4	27	78	0	65	32	32	14	20	1.92
22392414--22392440	14	1.9	14	100	0	54	51	18	7	22	1.70
22393871--22393940	26	2.7	26	84	6	88	21	18	31	28	1.97
22394600--22394628	13	2.3	13	94	5	51	44	13	0	41	1.44
22403663--22403835	41	4.2	40	81	2	184	35	15	27	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22403652--22403835	82	2.2	82	83	1	226	35	15	27	22	1.94
22407663--22407691	8	3.6	8	100	0	58	24	0	0	75	0.80
22411866--22412634	115	6.8	113	76	11	566	31	18	22	26	1.97
22411873--22412536	334	2.0	332	81	6	765	31	19	22	26	1.97
22412570--22412777	84	2.6	80	78	11	196	31	18	21	27	1.97
22413171--22413222	7	7.3	7	73	4	50	17	1	40	40	1.60
22414161--22414228	23	3.0	22	75	16	66	17	41	1	39	1.59
22415747--22415779	15	2.2	15	100	0	66	39	0	6	54	1.25
22415728--22415819	43	2.1	45	87	4	134	40	3	7	48	1.48
22415717--22415853	60	2.3	60	80	14	158	37	3	7	51	1.47
22415962--22416045	17	5.2	17	84	11	122	34	5	8	51	1.57
22416114--22416169	24	2.2	26	87	6	80	53	17	1	26	1.54
22416098--22416383	9	33.4	9	74	14	196	49	19	2	28	1.61
22416135--22416179	19	2.3	19	84	3	54	51	20	4	24	1.66
22416212--22416394	25	7.2	25	87	2	258	47	21	1	29	1.60
22416121--22416394	16	16.1	17	74	12	165	50	19	2	27	1.59
22416216--22416394	34	5.3	35	76	12	153	47	21	1	29	1.60
22418941--22419009	21	3.3	21	89	0	102	33	18	44	2	1.65
22419468--22419714	42	5.8	42	83	3	289	23	23	21	31	1.98
22419468--22419698	85	2.7	83	83	7	302	22	23	20	33	1.97
22420241--22420331	10	8.9	10	74	16	71	56	0	3	40	1.16
22420244--22420290	23	2.1	22	88	11	69	57	0	4	38	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22420251--22420392	40	3.5	40	84	4	187	59	0	2	37	1.12
22420262--22420319	29	2.0	29	86	0	80	58	0	3	37	1.15
22420264--22420390	42	3.1	42	87	5	172	61	0	2	36	1.09
22427204--22427363	2	80.5	2	89	1	250	50	45	0	4	1.21
22428852--22428882	15	2.1	15	100	0	62	25	6	6	61	1.45
22430021--22430123	29	3.6	29	67	10	77	36	31	10	21	1.88
22429993--22430113	56	2.2	56	89	0	179	38	28	13	19	1.89
22438747--22438778	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
22438996--22439348	51	7.0	51	79	7	414	30	28	17	23	1.97
22438996--22439348	152	2.3	152	96	0	652	30	28	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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