genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6685019--6685135	42	2.8	42	85	0	153	17	24	17	40	1.91
6691973--6692430	30	15.2	30	84	1	578	43	17	8	30	1.79
6691952--6692430	121	3.9	120	86	3	600	43	17	8	30	1.79
6691952--6692441	91	5.4	91	87	2	696	44	17	8	30	1.78
6699442--6699950	30	16.9	30	86	1	658	42	18	9	30	1.81
6699442--6699945	151	3.3	150	85	3	715	42	18	9	30	1.81
6699442--6699961	121	4.3	121	88	0	711	42	18	8	30	1.80
6704271--6704404	58	2.2	61	82	8	152	42	2	6	48	1.42
6706416--6706565	53	2.8	54	91	5	243	29	24	12	33	1.92
6709176--6709554	22	17.2	22	86	1	499	40	17	12	29	1.86
6709185--6709557	88	4.2	88	91	0	575	40	17	12	29	1.86
6709737--6709774	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
6714959--6715021	26	2.4	26	89	0	90	38	12	14	34	1.84
6715867--6715911	23	1.9	24	86	4	65	26	51	2	20	1.59
6719409--6719438	12	2.5	12	100	0	60	0	16	50	33	1.46
6720083--6720126	13	3.3	14	87	6	56	20	20	11	47	1.80
6721895--6721931	18	2.1	18	100	0	74	16	16	16	51	1.77
6731938--6731994	16	3.7	15	76	15	55	63	3	8	24	1.39
6734744--6734858	50	2.3	50	80	5	142	21	26	15	36	1.93
6734759--6734958	75	2.7	74	79	7	192	19	25	19	36	1.95
6734852--6735002	49	3.1	50	74	13	125	18	26	22	32	1.97
6734744--6734985	25	9.8	24	76	7	119	19	26	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6734835--6734985	74	2.0	74	81	5	171	19	25	21	33	1.97
6734841--6735002	25	6.6	25	78	7	118	18	25	22	33	1.97
6735929--6736018	43	2.1	43	95	0	162	17	25	30	26	1.98
6736059--6736211	83	1.9	82	84	4	209	22	25	23	28	1.99
6743453--6743803	81	4.3	82	83	1	429	47	12	11	28	1.76
6743453--6743803	162	2.2	164	85	2	483	47	12	11	28	1.76
6743931--6744062	50	2.7	50	82	8	164	53	7	0	38	1.35
6745130--6745157	5	5.6	5	100	0	56	21	0	0	78	0.75
6745432--6745583	74	2.1	74	100	0	304	45	11	17	25	1.82
6746931--6746959	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
6748891--6748934	24	1.9	22	86	9	61	59	27	13	0	1.35
6766339--6766364	6	4.3	6	100	0	52	0	15	0	84	0.62
6767524--6767606	40	2.1	40	81	4	96	37	2	7	53	1.42
6768360--6768402	18	2.4	18	80	3	52	53	2	18	25	1.56
6768870--6769566	290	2.4	280	88	3	1018	39	19	18	22	1.92
6774917--6775213	50	5.8	51	81	7	302	21	26	22	28	1.99
6779744--6780048	152	2.0	152	98	0	592	39	12	18	29	1.88
6786099--6786176	31	2.6	29	77	4	75	21	20	7	50	1.73
6790855--6790906	24	2.2	24	85	0	68	34	3	9	51	1.53
6793835--6793904	23	3.0	22	74	22	70	34	0	4	61	1.16
6793842--6793896	28	2.0	28	89	7	85	34	0	3	61	1.13
6794030--6794064	10	3.5	10	92	0	52	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6794288--6794340	27	2.0	26	85	3	70	18	3	9	67	1.33
6794303--6794340	13	2.8	14	80	19	53	21	5	7	65	1.38
6801350--6801447	49	2.0	50	87	2	144	47	6	16	29	1.70
6801539--6801597	29	2.0	29	83	0	73	37	32	8	22	1.84
6802730--6802819	9	9.9	9	85	7	83	25	10	24	40	1.86
6805230--6805311	3	27.3	3	89	0	128	63	1	2	32	1.15
6806704--6806750	18	2.7	18	83	12	62	27	2	2	68	1.13
6806704--6806751	21	2.3	21	86	10	64	29	2	2	66	1.14
6807442--6807547	43	2.5	43	81	3	124	21	17	31	29	1.97
6807547--6807746	86	2.3	85	83	3	238	27	32	18	22	1.97
6807561--6807746	43	4.3	43	81	4	205	29	31	17	22	1.97
6807602--6807771	86	2.0	86	82	2	207	28	28	17	25	1.97
6808091--6808182	21	4.4	21	84	0	94	5	42	17	34	1.72
6808158--6808318	66	2.4	66	85	4	209	13	27	19	39	1.88
6812456--6812522	31	2.2	31	97	0	125	17	32	17	31	1.94
6813770--6813900	9	15.9	9	67	16	70	34	2	16	46	1.60
6813775--6813894	16	7.9	16	66	19	78	34	1	16	47	1.57
6813789--6813844	25	2.2	25	96	0	103	37	0	12	50	1.41
6813854--6813908	25	2.2	25	86	0	74	30	1	18	49	1.58
6813940--6813978	9	4.6	9	87	12	64	33	0	23	43	1.54
6813941--6813973	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
6815255--6815298	3	15.0	3	90	4	72	65	0	2	31	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6816918--6817285	44	8.6	43	73	11	258	25	22	21	30	1.99
6816868--6817330	212	2.2	215	92	4	769	25	22	21	30	1.99
6829765--6829807	3	14.0	3	90	4	68	65	0	2	32	1.06
6831176--6831218	9	4.8	9	77	11	52	34	0	11	53	1.37
6831143--6831539	31	13.8	31	73	20	278	38	1	13	46	1.53
6831177--6831246	22	2.9	24	85	10	81	38	0	11	50	1.39
6831258--6831520	9	28.7	9	67	22	72	38	1	14	45	1.57
6831259--6831291	16	2.1	16	94	0	57	27	0	27	45	1.54
6831277--6831451	34	4.9	34	68	23	117	38	2	13	45	1.57
6831370--6831402	16	2.1	16	94	0	57	27	0	27	45	1.54
6831311--6831462	81	1.9	77	86	7	216	37	1	15	46	1.54
6831143--6831519	56	6.7	56	77	16	370	38	1	13	46	1.53
6831193--6831469	111	2.5	112	98	1	538	38	1	14	45	1.54
6831428--6831473	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
6831787--6831823	11	3.4	11	96	0	65	54	2	5	37	1.38
6833132--6833168	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
6833708--6833759	27	1.9	27	88	0	77	50	9	0	40	1.35
6833825--6833861	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
6835708--6835745	15	2.5	15	83	8	51	36	39	0	23	1.55
6836334--6836572	41	5.8	41	73	8	200	38	22	23	15	1.92
6836312--6836573	82	3.2	82	89	2	393	39	22	23	14	1.91
6842328--6842372	19	2.4	19	86	13	67	66	13	2	17	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6842889--6842953	26	2.6	25	83	13	73	10	15	0	73	1.08
6845264--6845326	31	2.0	32	96	3	119	34	9	12	42	1.76
6847611--6847694	29	2.9	29	92	0	132	35	27	21	15	1.94
6854725--6854800	30	2.7	29	85	6	93	53	0	40	5	1.23
6854725--6854867	78	1.9	76	80	2	169	50	0	46	2	1.21
6854778--6854873	21	4.8	20	73	18	74	48	1	48	1	1.15
6854802--6854868	18	3.6	18	72	18	64	46	1	52	0	1.09
6854797--6854848	27	1.9	27	84	0	68	46	1	51	0	1.12
6860951--6860998	24	2.0	24	100	0	96	33	25	8	33	1.86
6861449--6861495	21	2.3	21	92	3	78	17	25	23	34	1.96
6862005--6862039	18	1.9	18	100	0	70	40	51	0	8	1.33
6861980--6862038	23	2.5	23	86	2	73	42	45	1	10	1.48
6862067--6862110	12	3.4	13	84	9	54	63	11	2	22	1.38
6862142--6862235	9	10.4	9	86	4	109	24	9	25	40	1.85
6862394--6862418	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
6869590--6870817	613	2.0	613	99	0	2402	35	15	18	30	1.92
6875798--6875831	17	1.9	18	88	5	52	26	11	5	55	1.58
6879578--6879617	20	2.0	20	100	0	80	30	25	15	30	1.95
6887695--6888225	89	6.0	89	92	0	855	31	17	23	27	1.97
6889831--6889864	17	1.9	18	88	5	52	26	11	5	55	1.58
6907225--6907526	95	2.9	106	86	8	403	32	18	17	31	1.94
6908341--6908403	9	7.2	9	74	13	51	71	3	1	23	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6909644--6909752	41	2.6	41	89	1	164	23	29	20	26	1.99
6912436--6912467	12	2.7	12	95	0	55	6	31	12	50	1.65
6912776--6912979	44	4.6	44	65	13	114	28	24	17	29	1.97
6912708--6913319	132	4.6	132	84	5	750	30	22	17	29	1.97
6913157--6913231	38	2.0	38	83	0	96	30	22	17	29	1.97
6912998--6913269	136	2.0	139	88	4	415	31	22	16	28	1.96
6914765--6914816	11	4.5	11	83	7	68	0	13	1	84	0.70
6914765--6914817	23	2.3	23	86	3	70	0	13	1	84	0.69
6919089--6919390	95	2.9	107	87	8	407	32	18	17	31	1.95
6920157--6920227	22	3.2	22	84	7	99	33	29	1	35	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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