genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23895711--23895813	39	2.6	39	80	7	113	37	4	6	50	1.50
23903330--23903360	16	1.9	16	93	0	53	35	0	3	61	1.12
23918574--23918608	15	2.2	16	90	5	54	68	0	22	8	1.16
23928400--23928456	26	2.2	26	96	0	105	52	12	10	24	1.70
23930730--23930776	21	2.2	21	82	14	53	23	6	6	63	1.41
23937367--23937460	47	2.0	47	91	0	152	31	15	18	34	1.92
23940697--23940944	49	5.0	49	86	4	361	52	14	8	25	1.70
23943854--23943905	21	2.5	21	100	0	104	3	28	3	63	1.30
23945397--23945431	15	2.2	16	90	5	54	5	37	14	42	1.69
23946154--23946187	13	2.6	13	85	0	50	23	0	8	67	1.18
23947103--23947441	49	7.0	49	81	6	377	49	13	10	27	1.74
23947103--23947441	100	3.5	99	83	7	426	49	13	10	27	1.74
23948596--23948628	15	2.3	15	89	5	50	27	15	6	51	1.66
23955455--23955484	10	3.0	10	95	0	51	36	10	40	13	1.78
23957683--23957925	50	4.8	50	76	7	197	23	27	19	28	1.99
23959533--23959582	20	2.5	20	86	0	73	40	14	30	16	1.87
23961745--23961784	20	2.0	20	85	5	53	60	0	2	37	1.11
23962354--23962525	10	17.8	10	68	18	64	58	0	4	37	1.17
23962354--23962462	30	3.7	28	76	12	94	59	0	1	38	1.08
23962354--23962445	31	3.0	30	78	12	98	58	0	2	39	1.10
23962383--23962491	27	3.9	27	82	10	112	57	0	3	38	1.16
23962411--23962502	28	3.2	28	78	20	77	58	0	5	35	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23973805--23973857	19	2.7	20	77	11	56	41	0	3	54	1.18
23976513--23976538	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
23979057--23979167	59	1.9	56	85	5	150	50	3	2	43	1.33
23979158--23979212	25	2.2	25	81	12	60	47	7	1	43	1.41
23979149--23979255	37	2.9	39	75	19	104	52	4	2	40	1.37
23979330--23979365	14	2.6	14	100	0	72	47	47	5	0	1.25
23986593--23986774	97	1.8	99	89	3	287	21	33	18	26	1.96
23986546--23986779	50	4.8	48	80	8	244	23	32	18	26	1.97
23986602--23986803	50	4.1	48	73	17	148	22	34	17	25	1.96
23987174--23987266	42	2.2	42	90	0	141	21	25	13	38	1.91
23989959--23990067	18	5.9	18	72	18	73	51	3	1	43	1.30
23992078--23992267	51	3.8	49	81	4	209	29	26	16	27	1.97
23999117--23999192	20	3.8	20	87	5	102	23	28	17	30	1.97
24000645--24000683	12	3.3	12	89	7	62	74	7	7	10	1.22
24005864--24005939	29	2.6	29	89	2	116	47	3	0	48	1.20
24005874--24005933	16	3.8	16	70	17	54	45	3	0	51	1.17
24007641--24007692	23	2.4	22	78	12	63	48	0	5	46	1.26
24010040--24010085	21	2.1	21	88	8	65	67	0	6	26	1.15
24010246--24010314	10	7.4	9	80	15	79	60	0	2	36	1.11
24010241--24010330	37	2.5	36	82	12	96	60	0	3	36	1.14
24010269--24010330	18	3.4	17	77	20	63	61	0	1	37	1.06
24010779--24010826	13	3.6	12	77	22	51	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24014938--24014988	17	3.0	17	94	0	84	33	13	13	39	1.84
24015339--24015390	10	5.1	10	77	11	52	32	15	0	51	1.43
24016528--24016591	33	2.1	29	76	20	69	32	15	0	51	1.44
24016536--24016604	33	2.1	33	100	0	138	30	18	0	50	1.47
24016958--24016989	4	8.0	4	100	0	64	0	25	0	75	0.81
24017050--24017080	15	2.1	15	93	0	53	3	19	0	77	0.90
24017089--24017160	5	14.4	5	75	20	62	56	4	0	38	1.18
24017090--24017132	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
24017096--24017161	24	2.7	25	81	9	73	59	4	0	36	1.18
24020534--24020642	29	3.7	29	75	9	96	18	15	30	35	1.92
24030633--24030679	2	23.5	2	100	0	94	0	48	0	51	1.00
24030855--24030922	34	2.0	35	85	8	95	41	2	0	55	1.15
24033125--24033175	24	2.1	24	82	7	59	33	1	13	50	1.53
24041229--24041280	25	2.0	28	88	11	83	51	3	11	32	1.56
24043176--24043320	41	3.5	41	95	0	254	26	22	28	22	1.99
24052472--24052510	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
24052736--24052857	23	5.3	23	86	4	167	25	20	24	29	1.99
24052736--24052850	46	2.5	46	92	2	187	25	20	24	29	1.99
24059584--24059622	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
24059853--24059992	23	6.1	23	87	5	176	21	19	28	30	1.97
24070507--24070547	20	2.0	20	100	0	82	43	12	9	34	1.75
24081682--24081722	20	2.0	20	100	0	82	43	12	9	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24083404--24083428	7	3.6	7	100	0	50	48	16	24	12	1.79
24084909--24084969	29	2.0	30	87	9	88	27	3	21	47	1.66
24099482--24099527	19	2.4	18	82	10	56	26	23	10	39	1.88
24108091--24108601	44	11.3	44	67	20	191	32	18	21	27	1.97
24108204--24108272	36	1.9	36	85	5	95	28	21	18	30	1.97
24108118--24108366	124	2.0	124	96	0	453	30	19	21	28	1.97
24108240--24108652	142	2.9	142	95	0	745	32	18	20	27	1.96
24108410--24108601	98	2.0	97	80	6	217	32	19	20	27	1.97
24108524--24108679	44	3.6	42	78	10	131	30	19	20	28	1.97
24114361--24114394	17	2.1	17	88	5	52	29	11	11	47	1.76
24120378--24120416	12	3.2	12	85	0	51	20	23	7	48	1.75
24120673--24120859	50	3.7	50	86	1	241	21	30	21	26	1.98
24120665--24120904	100	2.3	103	83	5	290	22	29	21	26	1.99
24127856--24128041	50	3.7	50	87	2	230	23	29	20	26	1.99
24127860--24128089	100	2.2	102	82	7	261	24	28	21	25	1.99
24130409--24130447	19	2.0	20	90	9	64	20	30	2	46	1.64
24132372--24132430	20	3.0	20	84	0	82	40	22	30	6	1.79
24136102--24136139	17	2.4	16	91	8	60	31	10	2	55	1.48
24137505--24137541	17	2.3	16	90	9	58	27	16	0	56	1.40
24137874--24137912	21	1.9	20	84	5	51	46	17	15	20	1.84
24140897--24140931	18	1.9	18	88	0	52	40	5	20	34	1.76
24146731--24146917	100	1.8	103	81	6	236	22	28	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24146681--24146923	50	4.8	50	80	3	209	23	27	22	27	1.99
24149983--24150114	50	2.6	51	84	3	176	34	15	12	37	1.85
24152392--24152447	18	2.9	19	87	12	71	67	1	23	7	1.24
24152435--24152481	17	2.8	16	83	6	58	53	6	29	10	1.60
24152435--24152473	16	2.4	16	84	16	53	48	7	30	12	1.69
24157413--24157467	23	2.3	23	79	20	69	36	0	1	61	1.06
24158046--24158105	27	2.2	27	88	5	86	60	8	1	30	1.36
24158271--24158317	18	2.6	18	78	18	53	23	4	2	70	1.16
24159532--24159607	20	3.8	19	68	20	57	17	28	17	36	1.92
24159495--24159615	40	3.0	40	81	4	145	18	28	17	36	1.93
24166315--24166353	19	2.1	19	95	0	69	25	10	12	51	1.71
24169829--24169889	9	6.8	9	96	0	104	52	1	13	32	1.50
24174135--24174236	27	3.8	27	90	0	141	44	23	15	16	1.86
24175729--24175762	3	11.3	3	93	0	59	29	0	2	67	1.05
24181383--24181413	16	2.0	16	93	6	55	3	32	0	64	1.09
24193280--24193314	16	2.2	16	95	5	63	11	25	0	62	1.28
24195343--24195378	14	2.6	14	86	0	54	30	16	22	30	1.96
24196187--24196211	8	3.1	8	100	0	50	24	36	0	40	1.55
24198682--24198722	18	2.3	18	91	0	64	73	0	21	4	1.02
24201248--24201285	20	1.9	20	94	0	67	23	21	10	44	1.83
24201483--24201575	19	5.1	19	72	12	86	46	12	10	30	1.76
24201480--24201596	54	2.2	54	93	1	200	44	12	11	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24203714--24204104	27	14.5	27	85	2	421	46	18	17	17	1.85
24204307--24204422	26	4.5	26	85	0	160	16	19	23	40	1.91
24204305--24204406	52	2.0	52	94	0	177	16	18	21	43	1.88
24204528--24204587	30	2.0	30	86	0	84	21	25	26	26	2.00
24207629--24207665	17	2.2	18	85	9	51	13	18	0	67	1.23
24209621--24209658	20	1.9	20	100	0	76	21	21	13	44	1.85
24209891--24209929	19	2.1	19	90	0	60	46	15	10	28	1.78
24218870--24219157	50	5.7	48	78	6	173	24	28	19	27	1.99
24218919--24219157	50	4.7	50	83	3	262	24	29	19	26	1.98
24218919--24219157	100	2.3	103	84	4	295	24	29	19	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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