genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14561038--14561411	47	7.9	47	94	1	642	29	29	8	32	1.87
14565792--14565853	32	1.9	32	83	0	79	64	3	0	32	1.09
14565837--14565862	11	2.4	11	100	0	52	61	0	0	38	0.96
14565810--14565966	41	3.6	41	80	16	174	64	0	1	33	1.05
14565856--14565957	47	2.1	48	92	1	170	62	0	2	34	1.10
14567481--14567892	114	3.6	114	73	3	382	31	24	19	24	1.98
14567367--14567837	228	2.1	228	89	0	708	31	25	18	24	1.97
14568313--14568356	22	2.0	21	91	4	70	15	2	29	52	1.55
14568319--14568360	21	2.0	22	90	4	68	19	2	26	52	1.58
14568435--14568496	21	3.0	21	79	9	81	22	0	30	46	1.52
14568436--14568505	14	5.1	14	72	8	63	21	1	32	44	1.61
14568862--14568899	20	1.9	20	94	0	67	34	0	7	57	1.28
14569424--14569465	19	2.2	19	86	0	57	28	45	2	23	1.66
14569820--14569852	6	5.5	6	100	0	66	33	0	15	51	1.43
14571998--14572153	30	5.1	30	69	13	111	42	11	2	43	1.54
14571974--14572048	37	2.0	37	86	0	105	45	9	2	42	1.50
14572068--14572172	30	3.0	36	72	23	116	45	10	3	40	1.57
14571998--14572241	124	2.0	124	90	1	382	43	11	3	41	1.56
14572238--14572303	16	3.8	16	72	18	60	48	18	0	33	1.48
14572226--14572297	37	1.9	37	97	0	135	48	18	0	33	1.48
14572263--14572310	25	1.9	25	91	0	78	45	18	0	35	1.50
14572275--14572322	25	1.9	25	86	0	69	41	20	0	37	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14572342--14572423	9	9.1	9	70	19	55	43	23	1	31	1.61
14572369--14572423	25	2.2	25	83	0	65	43	23	1	30	1.64
14574077--14574122	21	2.2	21	96	0	83	30	15	47	6	1.70
14574563--14574755	43	4.5	42	75	10	185	29	18	27	24	1.98
14574481--14574755	43	6.5	42	70	11	175	31	18	26	23	1.98
14574572--14574755	84	2.2	85	83	3	219	28	18	27	25	1.98
14579235--14579291	26	2.2	26	100	0	114	59	7	7	26	1.49
14579289--14580677	28	47.4	28	84	9	1659	26	0	24	48	1.54
14579292--14580677	90	15.7	89	84	9	1694	26	0	24	48	1.54
14579563--14579618	17	3.3	17	67	7	51	21	0	30	48	1.51
14579289--14580677	175	7.9	176	90	5	1701	26	0	24	48	1.54
14580755--14580803	25	1.9	25	87	4	71	38	16	4	40	1.67
14580917--14580969	24	2.2	24	89	0	79	1	24	32	41	1.66
14581224--14581269	18	2.6	18	82	0	56	39	8	30	21	1.84
14581914--14581938	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
14583018--14583082	30	2.2	30	94	0	112	64	0	0	35	0.94
14583127--14583176	21	2.3	22	93	6	93	40	0	32	28	1.57
14588756--14588786	6	5.2	6	100	0	62	51	32	16	0	1.44
14595369--14595414	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
14602809--14603016	91	2.3	91	93	0	344	46	3	4	46	1.39
14602931--14602991	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
14602849--14602991	44	3.2	43	69	20	121	46	2	3	48	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14602810--14603047	91	2.6	89	83	9	291	45	2	4	47	1.37
14603033--14603067	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14603032--14603569	120	4.5	120	94	1	920	42	2	5	49	1.40
14603153--14603187	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14603526--14603567	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14603517--14603558	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14604246--14604290	21	2.1	21	95	0	81	15	28	4	51	1.63
14604432--14604484	25	2.1	26	92	3	90	56	7	22	13	1.62
14605750--14605800	19	2.7	19	84	6	68	47	0	1	50	1.12
14606977--14607011	3	11.7	3	93	0	61	68	0	31	0	0.90
14609341--14609401	16	3.7	17	70	14	56	55	0	1	42	1.09
14617655--14617679	13	1.9	13	100	0	50	28	32	32	8	1.86
14622046--14622142	22	4.4	22	78	2	106	20	24	17	37	1.94
14622046--14622142	44	2.2	44	81	7	126	20	24	17	37	1.94
14622133--14622184	22	2.3	23	87	12	81	28	26	13	30	1.94
14626126--14626155	10	3.0	10	95	0	51	16	0	20	63	1.31
14628001--14628032	16	2.0	16	93	0	55	31	0	9	59	1.29
14628388--14628435	18	2.5	20	80	13	64	25	4	2	68	1.18
14631448--14631526	37	2.1	37	86	9	108	25	31	18	24	1.98
14631645--14632347	47	14.5	47	90	4	1046	28	29	9	32	1.89
14631927--14632347	49	8.7	48	95	2	695	29	28	9	32	1.88
14635807--14635883	29	2.7	29	90	6	122	45	10	0	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14635957--14636023	27	2.5	27	95	0	116	28	29	26	14	1.96
14636070--14636201	22	5.6	23	78	12	126	65	0	34	0	0.93
14636068--14636226	40	3.9	40	80	14	166	66	0	33	0	0.92
14636067--14636244	40	4.3	43	78	12	155	65	0	34	0	0.93
14636067--14636200	18	6.6	20	72	25	104	65	0	34	0	0.93
14636070--14636247	22	8.6	21	74	19	103	65	0	34	0	0.93
14636137--14636229	23	4.3	23	69	20	74	69	0	30	0	0.88
14636164--14636263	21	4.8	21	73	16	66	68	0	32	0	0.90
14636086--14636262	82	2.1	83	80	14	195	66	0	33	0	0.92
14636265--14636303	19	2.0	20	85	5	53	30	0	7	61	1.24
14640448--14640500	26	2.0	26	85	7	72	47	7	1	43	1.42
14640676--14640710	3	11.7	3	100	0	70	68	31	0	0	0.90
14640774--14640812	20	2.0	21	85	10	55	66	7	0	25	1.18
14640872--14640922	25	2.0	25	92	3	84	9	15	5	68	1.36
14640952--14641054	27	3.8	27	86	0	134	18	28	27	26	1.98
14641132--14641217	28	3.1	26	88	9	102	50	0	11	38	1.39
14641118--14641217	29	3.5	28	91	6	148	49	0	11	40	1.38
14641439--14641482	17	2.8	17	86	13	67	50	0	0	50	1.00
14655319--14655362	16	2.6	17	82	3	54	27	0	2	70	0.99
14657598--14657630	17	2.0	17	88	5	50	66	0	15	18	1.25
14666658--14666726	5	13.8	5	80	6	77	36	5	21	36	1.78
14667004--14667039	18	1.9	19	88	5	56	2	5	30	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14669460--14669698	50	4.7	50	82	5	250	27	21	28	23	1.99
14677016--14677247	50	4.5	50	79	4	216	27	21	28	23	1.99
14700035--14700122	38	2.3	38	80	0	104	27	7	27	37	1.84
14701883--14702083	60	3.3	60	78	8	185	29	15	25	28	1.96
14701906--14702103	60	3.3	61	79	4	179	30	16	25	27	1.96
14704833--14704859	5	5.4	5	100	0	54	40	0	18	40	1.51
14720534--14720721	59	3.2	58	68	10	157	42	3	4	50	1.38
14720523--14720819	119	2.5	120	93	2	499	42	3	5	49	1.40
14720643--14720677	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14720597--14720779	63	3.1	58	65	25	139	42	2	7	48	1.45
14720767--14720808	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14720962--14721051	45	2.0	44	89	6	137	33	28	5	32	1.80
14721031--14721087	16	3.6	16	97	0	105	22	36	7	33	1.81
14721615--14721794	90	2.0	91	96	1	335	33	29	10	26	1.90
14725500--14725564	19	3.4	19	97	2	121	41	15	15	27	1.87
14728288--14728317	11	2.7	11	100	0	60	56	10	0	33	1.32
14730418--14730473	27	2.1	27	83	6	69	21	26	17	33	1.96
14736640--14736677	20	1.9	20	88	0	58	47	15	10	26	1.78
14738176--14738203	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
14738756--14738873	3	39.3	3	94	0	209	0	32	0	66	0.97
14738847--14738938	44	2.1	44	85	4	123	14	31	4	50	1.62
14742473--14742670	105	1.9	105	92	0	333	34	16	19	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14749104--14749169	32	2.1	32	97	0	123	45	10	6	37	1.64
14750070--14750123	24	2.2	25	75	15	60	31	0	1	66	1.02
14750040--14750104	29	2.3	28	73	23	64	32	0	4	63	1.15
14755662--14755718	25	2.3	25	78	0	60	45	21	14	19	1.85
14758816--14759298	241	2.0	241	92	0	804	28	21	16	32	1.96
14760990--14761048	16	3.6	17	73	13	61	67	0	10	22	1.20
14762749--14762792	20	2.1	21	84	12	56	50	0	4	45	1.22
14777650--14777839	31	6.1	31	74	9	154	38	11	27	22	1.88
14780284--14780414	65	2.0	65	100	0	262	47	12	6	34	1.66
14784938--14786058	47	23.6	47	91	1	1792	33	9	29	28	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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