genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8446962--8447377	199	2.1	195	85	4	548	33	25	20	20	1.97
8447448--8447777	126	2.6	125	87	4	453	28	17	22	31	1.97
8449404--8449452	3	16.3	3	95	0	89	32	0	2	65	1.04
8449795--8449833	18	2.2	17	90	4	60	12	5	7	74	1.20
8449942--8450362	110	3.9	109	93	2	650	31	14	19	34	1.92
8450725--8450771	19	2.5	20	79	10	53	23	4	4	68	1.26
8454212--8454249	17	2.2	17	100	0	76	39	5	21	34	1.76
8458790--8458848	14	4.2	14	78	8	50	22	5	3	69	1.23
8460292--8460326	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
8461154--8461211	30	1.9	30	89	0	89	43	0	37	18	1.51
8461278--8461529	126	2.0	126	96	1	470	30	0	45	23	1.53
8463118--8463271	28	5.5	28	92	3	231	33	29	12	25	1.92
8471282--8471432	28	5.4	28	91	1	214	34	27	11	25	1.91
8474052--8474086	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
8474352--8474391	19	2.0	21	85	14	57	57	0	0	42	0.98
8476279--8476320	22	2.0	21	85	4	57	28	19	2	50	1.60
8484167--8484209	5	9.0	5	80	10	54	0	20	0	79	0.74
8484167--8484209	14	3.0	15	83	6	54	0	20	0	79	0.74
8484171--8484207	19	1.9	19	94	0	65	0	21	0	78	0.75
8495118--8495159	18	2.3	18	81	18	52	33	7	2	57	1.39
8498339--8498367	5	5.8	5	100	0	58	20	0	17	62	1.33
8504839--8504943	54	2.0	53	84	1	138	21	29	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8505520--8505564	22	2.0	22	91	0	72	24	13	17	44	1.85
8507609--8507728	42	2.9	41	75	7	107	24	27	33	15	1.95
8507505--8507822	146	2.2	146	81	3	381	27	24	28	19	1.98
8511587--8512017	27	16.2	27	78	4	419	44	20	15	19	1.87
8511596--8512015	109	4.0	108	78	9	344	44	20	15	19	1.87
8511801--8511944	73	2.0	73	86	2	200	47	17	13	21	1.82
8511785--8511971	100	1.9	100	84	4	252	45	18	14	21	1.85
8511747--8511996	127	2.0	127	84	3	324	46	18	14	20	1.84
8515404--8515650	43	5.7	44	76	10	204	31	24	14	29	1.95
8515448--8515646	87	2.3	86	77	15	212	30	24	17	28	1.97
8520440--8520494	22	2.5	22	84	0	74	23	20	18	38	1.93
8527230--8527383	45	3.4	45	72	10	134	40	14	20	24	1.90
8527361--8527532	46	3.8	46	86	3	197	46	13	19	20	1.83
8532503--8532541	11	3.6	11	93	3	62	51	7	38	2	1.44
8534360--8534462	34	3.0	34	81	8	136	24	25	19	31	1.98
8534289--8534446	35	4.5	35	77	4	140	22	25	18	32	1.97
8534343--8534479	69	2.0	69	86	0	193	22	25	19	32	1.98
8534365--8534479	34	3.4	34	79	11	126	22	25	19	33	1.97
8542391--8542452	5	12.0	5	94	1	97	40	0	0	59	0.97
8549563--8549654	35	2.6	35	80	0	112	27	17	29	26	1.97
8552704--8552797	25	3.8	25	82	2	109	25	21	22	30	1.98
8552930--8552964	17	2.1	17	94	0	61	54	8	0	37	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8553532--8553568	9	4.1	9	89	0	56	43	13	13	29	1.82
8559534--8559594	28	2.2	28	88	5	88	39	4	3	52	1.39
8573040--8573131	25	3.7	25	79	2	96	29	16	21	32	1.95
8589544--8589632	25	3.6	25	85	0	124	28	21	22	28	1.99
8594626--8594677	26	2.0	26	100	0	104	38	30	15	15	1.88
8603209--8603263	18	2.9	19	77	15	60	40	0	38	21	1.54
8607642--8607696	27	2.0	27	82	6	67	61	10	12	14	1.56
8607745--8607783	13	2.7	15	88	7	55	66	5	23	5	1.32
8614815--8614880	25	2.6	26	88	7	91	39	12	27	21	1.88
8615244--8615357	52	2.2	53	83	1	140	37	14	15	32	1.88
8615859--8615991	43	3.1	43	69	8	117	21	32	24	21	1.98
8616015--8616230	43	5.1	44	71	9	162	23	31	25	19	1.98
8616015--8616239	85	2.6	85	85	2	301	24	31	25	19	1.98
8616125--8616246	43	2.9	42	75	9	122	24	33	23	18	1.96
8616042--8616258	42	5.1	43	71	11	135	23	31	25	19	1.98
8616015--8616336	85	3.8	84	78	6	292	23	29	24	22	1.99
8616105--8616412	169	1.8	170	79	8	367	24	28	25	22	1.99
8628028--8628178	42	3.6	42	72	8	126	23	32	26	17	1.97
8628070--8628217	43	3.5	43	69	12	115	21	30	29	18	1.97
8628024--8628266	85	2.9	85	82	0	279	22	30	27	20	1.98
8630645--8630730	41	2.1	41	95	0	154	55	17	8	18	1.65
8638458--8638510	26	2.0	27	85	7	72	69	5	22	1	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8645588--8645854	90	2.9	90	75	13	217	43	14	20	21	1.87
8645595--8645850	45	5.6	46	75	8	168	43	14	20	22	1.87
8645729--8645849	47	2.6	45	87	5	163	43	11	22	22	1.85
8649458--8649495	20	2.0	20	89	5	60	39	2	0	57	1.12
8652956--8653022	29	2.2	31	78	5	75	46	7	1	44	1.40
8652972--8653037	28	2.4	29	85	14	95	40	7	1	50	1.40
8656100--8656264	89	1.9	89	87	2	242	33	17	12	35	1.88
8659379--8659474	44	2.2	45	86	1	131	30	25	12	32	1.92
8659719--8659881	45	3.6	45	72	1	157	25	23	19	31	1.98
8659702--8659913	89	2.4	89	90	0	334	28	22	18	30	1.97
8659647--8659911	44	6.0	44	72	2	163	28	22	17	31	1.97
8671834--8671877	3	14.7	3	95	0	79	63	0	2	34	1.07
8677528--8677571	22	2.0	24	82	13	58	63	11	4	20	1.44
8678048--8678238	95	2.0	95	98	0	373	37	4	13	44	1.63
8678218--8678250	15	2.3	15	89	5	50	51	0	3	45	1.16
8682007--8682082	35	2.1	35	87	2	107	42	28	14	14	1.85
8682017--8682088	35	2.1	35	94	0	126	38	27	16	16	1.90
8690272--8690324	15	3.6	14	80	7	61	50	13	0	35	1.41
8692201--8692257	6	9.3	6	78	3	60	21	3	1	73	1.07
8693062--8693121	30	2.1	28	84	6	75	36	10	8	45	1.68
8693104--8693181	35	2.2	36	84	6	97	38	7	2	51	1.44
8693446--8693479	15	2.3	15	89	0	50	17	14	8	58	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8697225--8697257	12	2.8	12	90	4	50	81	3	15	0	0.80
8697225--8697274	17	3.0	16	85	8	64	80	4	14	2	0.95
8698162--8698701	50	10.8	50	71	5	279	31	20	19	27	1.97
8698131--8698701	100	5.7	99	77	4	493	32	20	19	28	1.97
8698125--8698606	199	2.4	198	90	1	730	31	20	20	27	1.97
8698703--8699756	132	8.0	132	92	0	1655	28	18	24	28	1.98
8699726--8699964	40	5.8	40	72	14	171	28	23	22	25	1.99
8699768--8700025	127	2.0	130	90	3	407	32	22	21	22	1.98
8700772--8700836	6	10.5	6	80	5	67	18	4	1	75	1.05
8701636--8701695	30	2.1	28	84	6	75	36	10	8	45	1.68
8701678--8701755	35	2.2	36	84	6	97	38	7	2	51	1.44
8707154--8707289	66	2.1	66	98	0	263	25	11	20	42	1.86
8707753--8707786	12	2.8	12	86	0	50	73	14	0	11	1.10
8716767--8716800	17	1.9	17	88	5	50	76	0	2	20	0.92
8725888--8725994	51	2.1	51	85	3	144	23	16	29	29	1.96
8728160--8728201	20	2.1	20	86	8	59	71	0	2	26	0.98
8730428--8730457	9	3.3	9	95	0	51	83	0	3	13	0.77
8731945--8731979	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
8741451--8741522	30	2.4	30	83	2	92	23	36	25	15	1.94
8741606--8741635	6	4.8	6	95	4	51	0	0	16	83	0.65
8744620--8744653	12	2.8	12	90	0	59	0	8	35	55	1.31
8744620--8744653	6	5.7	6	92	0	50	0	8	35	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8748179--8748205	12	2.2	12	100	0	54	7	22	40	29	1.81
8753731--8753777	24	1.9	24	86	4	67	34	0	36	29	1.58
8754429--8755273	27	31.4	27	82	2	892	42	20	17	19	1.89
8758330--8758471	70	2.0	70	90	0	221	45	11	11	31	1.75
8758660--8758758	17	5.8	17	82	4	103	16	15	32	36	1.89
8764385--8764443	26	2.2	26	85	11	84	32	1	3	62	1.21
8764677--8764733	23	2.7	22	81	13	75	73	5	8	12	1.23
8764877--8764911	6	5.8	6	100	0	70	0	34	0	65	0.93
8769504--8769619	21	5.5	21	88	6	148	39	17	26	16	1.90
8769560--8769626	21	3.2	21	89	4	91	43	16	26	13	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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