genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16397277--16397325	25	2.0	25	83	0	62	20	22	20	36	1.95
16400382--16400410	13	2.2	13	100	0	58	6	27	31	34	1.83
16401403--16401443	18	2.3	18	95	0	73	36	29	24	9	1.87
16402053--16402093	19	2.2	18	86	4	55	34	17	0	48	1.47
16410083--16410122	21	2.0	20	85	14	55	47	10	2	40	1.50
16416684--16416747	23	2.8	23	79	11	78	59	4	3	32	1.34
16418078--16418107	11	2.7	11	89	0	51	30	0	0	70	0.88
16418631--16419182	44	12.7	44	66	11	213	28	19	19	32	1.96
16418554--16418831	129	2.2	126	89	5	423	29	20	18	31	1.96
16418681--16419183	175	2.9	175	93	0	871	28	19	18	33	1.96
16428942--16429039	44	2.2	44	89	5	144	30	5	29	34	1.79
16429156--16429270	57	2.0	56	83	9	144	49	4	0	45	1.28
16432245--16432272	14	2.0	14	100	0	56	64	0	28	7	1.20
16432248--16432292	19	2.5	18	82	17	58	66	0	26	6	1.16
16433744--16433792	25	2.0	25	84	8	64	61	2	2	34	1.19
16434920--16434954	13	2.6	13	90	4	52	31	0	0	68	0.90
16443633--16443669	19	2.0	19	89	5	58	64	10	0	24	1.25
16443987--16444043	29	2.0	29	89	0	87	35	0	26	38	1.57
16444085--16444113	15	2.0	15	93	6	51	27	0	6	65	1.18
16444321--16444349	7	4.1	7	100	0	58	0	58	0	41	0.98
16449025--16449148	45	2.8	44	74	2	131	30	16	25	28	1.96
16452786--16452824	17	2.5	15	76	15	51	53	2	0	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16462595--16463007	27	15.3	27	80	6	138	39	19	17	23	1.92
16462595--16463007	54	7.7	54	81	3	431	39	19	17	23	1.92
16462617--16463005	108	3.6	107	84	3	478	39	18	17	24	1.92
16462617--16463002	81	4.8	80	79	6	395	39	18	17	24	1.92
16463209--16463300	26	3.5	26	73	2	87	16	18	25	40	1.91
16463412--16463524	30	3.8	30	80	2	129	21	25	22	30	1.98
16469339--16469403	24	2.5	26	82	14	80	53	3	0	43	1.16
16469532--16471284	357	4.9	354	85	5	2279	38	12	13	35	1.83
16469532--16471284	178	9.9	177	86	4	2248	38	12	13	35	1.83
16471283--16471476	96	2.0	99	89	6	306	32	13	18	35	1.90
16472733--16472766	17	1.9	18	88	5	52	11	5	8	73	1.24
16472727--16472774	17	2.7	17	80	6	51	16	4	6	72	1.20
16472979--16473030	18	2.8	19	69	16	54	26	3	7	61	1.41
16473495--16473534	21	1.9	21	89	0	62	22	12	10	55	1.67
16473898--16473933	19	1.9	19	88	5	56	38	2	5	52	1.39
16473898--16473946	19	2.7	18	84	9	55	40	2	4	53	1.32
16473903--16473946	19	2.2	21	84	11	58	38	2	4	54	1.33
16475126--16475482	43	8.3	43	85	2	430	28	31	16	23	1.96
16480202--16480269	34	2.0	34	100	0	136	41	8	11	38	1.73
16481335--16481390	29	1.9	29	85	7	78	42	46	0	10	1.38
16481332--16481534	89	2.2	89	85	3	280	43	31	0	24	1.58
16481551--16481608	21	2.8	20	76	10	62	36	37	0	25	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16481628--16481660	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
16482060--16482177	41	2.9	41	79	1	137	27	27	22	22	1.99
16482235--16482346	40	2.8	39	75	10	120	18	23	20	37	1.94
16487536--16487690	26	6.0	26	79	5	145	20	10	21	47	1.81
16487543--16487674	51	2.6	52	83	1	167	21	10	21	46	1.81
16494280--16494369	11	8.0	11	77	15	53	80	6	0	13	0.91
16494283--16494369	6	14.3	6	87	9	63	80	6	0	12	0.90
16494293--16494338	12	3.8	12	94	0	74	84	10	0	4	0.75
16494293--16494338	18	2.6	18	92	0	74	84	10	0	4	0.75
16495651--16495718	20	3.3	21	77	8	77	14	11	1	72	1.20
16495649--16495708	22	2.9	21	76	9	70	16	11	0	71	1.14
16499593--16499634	16	2.5	17	88	7	59	64	4	11	19	1.44
16499593--16499637	19	2.6	17	83	13	56	62	4	13	20	1.48
16499608--16499652	19	2.4	19	85	7	56	64	4	11	20	1.42
16500747--16500799	18	3.1	17	75	25	58	52	5	30	11	1.60
16500732--16500790	15	3.7	15	77	20	66	57	6	27	8	1.53
16500731--16500799	33	2.1	33	94	0	120	52	7	28	11	1.64
16500731--16500816	33	2.6	33	88	0	109	52	8	27	11	1.66
16506658--16506712	27	2.0	28	82	10	69	40	9	23	27	1.85
16506916--16507066	53	2.9	52	85	5	189	31	13	25	29	1.94
16507281--16507391	57	1.9	57	80	7	127	32	18	22	26	1.97
16507281--16507506	28	7.9	28	67	10	118	32	18	22	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16519146--16519200	25	2.2	25	78	12	60	60	20	1	18	1.46
16519627--16519651	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
16525835--16525943	41	2.7	41	78	2	112	33	25	16	24	1.96
16527596--16527620	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
16528351--16528523	27	6.4	27	81	7	185	32	13	21	32	1.92
16528372--16528543	80	2.1	82	83	8	219	30	14	22	31	1.94
16528610--16528681	27	2.7	27	78	2	83	40	11	23	25	1.87
16528611--16528857	53	4.9	53	69	18	175	36	12	25	25	1.92
16528650--16528774	27	4.7	27	75	12	105	35	12	27	25	1.91
16528854--16528913	27	2.2	27	87	0	93	38	11	26	23	1.89
16528642--16528943	148	2.0	148	94	0	532	36	12	25	25	1.91
16528866--16528922	27	2.1	27	90	6	89	35	12	29	22	1.91
16531002--16531046	16	2.9	16	87	9	58	48	0	8	42	1.34
16546517--16546556	21	1.9	21	94	0	71	20	12	12	55	1.69
16546938--16547003	20	3.3	20	87	8	82	37	1	6	54	1.34
16546948--16547009	19	3.2	20	86	8	85	33	0	4	61	1.17
16547091--16547139	9	5.4	9	85	0	62	32	10	10	46	1.71
16547090--16547139	18	2.8	18	93	0	91	32	10	12	46	1.74
16552321--16552345	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
16555239--16555272	18	1.9	18	88	5	52	32	20	2	44	1.67
16560364--16560407	18	2.5	18	88	3	63	40	11	0	47	1.39
16564931--16565131	100	2.0	100	95	0	357	23	21	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16566787--16566827	22	1.9	22	85	5	57	34	19	19	26	1.96
16568470--16568543	31	2.4	31	81	6	96	36	20	4	39	1.71
16570566--16570597	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
16571499--16571591	28	3.4	27	88	2	134	23	23	22	30	1.99
16572915--16572992	37	2.1	36	81	13	97	41	2	2	53	1.28
16577262--16577488	41	5.5	41	94	1	375	29	19	28	22	1.98
16590533--16590586	18	2.9	18	74	20	58	44	1	3	50	1.30
16594312--16594352	18	2.2	20	86	8	59	17	2	9	70	1.25
16597751--16597804	22	2.5	22	87	6	74	38	7	18	35	1.79
16598712--16598959	60	4.1	60	82	4	266	31	14	27	26	1.94
16608008--16608078	22	3.4	21	80	9	74	47	21	14	16	1.81
16608027--16608078	20	2.5	21	84	9	63	48	21	15	15	1.81
16611434--16611674	50	4.8	50	81	2	218	29	21	27	21	1.98
16613853--16614238	213	1.8	212	85	7	550	39	9	12	38	1.77
16616621--16616736	28	4.2	28	82	5	123	30	22	24	23	1.99
16617106--16617419	27	11.7	26	78	9	267	17	20	19	42	1.90
16617088--16617419	54	6.2	52	78	7	299	18	20	19	42	1.90
16617090--16617419	81	4.1	79	77	6	297	17	20	19	42	1.89
16624385--16624507	28	4.4	28	83	2	158	32	21	22	22	1.98
16624850--16625135	27	10.6	27	75	10	133	15	19	22	42	1.88
16624860--16625083	54	4.2	55	81	4	253	14	19	22	43	1.87
16624887--16625083	80	2.4	81	84	5	256	13	19	22	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16624860--16625135	107	2.6	108	80	8	276	14	20	21	43	1.88
16624860--16625135	54	5.1	53	76	8	220	14	20	21	43	1.88
16625828--16625866	13	3.1	13	85	7	53	71	0	25	2	0.98
16625830--16625872	17	2.5	18	85	7	54	74	0	23	2	0.93
16629112--16629365	78	3.3	78	90	1	386	38	3	16	40	1.68
16629112--16629401	154	1.9	153	81	6	356	38	5	16	39	1.71
16629711--16629908	35	5.9	33	76	12	158	29	7	18	44	1.77
16629711--16629891	64	2.8	66	85	5	260	29	7	18	44	1.76
16629726--16629891	31	5.2	31	75	13	149	28	7	19	44	1.78
16636322--16636363	13	3.3	13	76	3	50	14	16	11	57	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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