genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25135057--25135366	149	2.1	149	81	6	358	38	12	25	23	1.90
25134969--25135368	30	13.5	30	75	7	187	38	12	25	24	1.90
25144307--25144532	112	2.0	111	96	0	416	34	17	4	43	1.70
25147035--25147518	244	2.0	246	84	3	636	37	8	8	45	1.65
25147689--25147721	18	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
25151100--25151328	41	5.7	39	75	8	165	20	28	14	35	1.93
25151175--25151280	21	5.2	20	70	17	76	20	30	14	34	1.92
25157475--25157569	47	2.0	47	95	0	172	24	15	29	30	1.96
25162422--25162493	25	2.9	25	83	4	83	30	25	16	27	1.97
25165926--25166293	199	1.8	199	92	0	619	27	13	23	35	1.92
25167064--25167092	13	2.2	13	100	0	58	13	20	6	58	1.58
25169247--25169424	51	3.5	50	80	5	198	24	17	26	31	1.97
25169243--25169426	101	1.8	102	88	5	284	24	17	26	30	1.97
25170333--25170370	20	1.9	20	88	0	58	31	13	23	31	1.93
25171586--25171632	17	2.8	18	87	12	57	6	19	0	74	1.03
25173856--25173884	8	3.6	8	100	0	58	24	0	0	75	0.80
25175873--25176008	50	2.7	51	86	4	186	25	15	28	30	1.96
25175931--25176012	26	3.2	26	63	27	66	24	14	28	32	1.94
25179211--25179260	17	2.8	18	85	14	61	18	14	4	64	1.44
25181247--25181386	49	2.9	49	77	4	131	27	15	22	34	1.94
25183109--25183134	10	2.6	10	100	0	52	7	0	11	80	0.89
25192218--25192269	23	2.3	23	86	6	70	28	7	21	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25194368--25194401	17	1.9	18	88	5	52	17	2	32	47	1.63
25203203--25203261	25	2.4	25	80	11	68	40	3	0	55	1.16
25211081--25211110	16	1.9	16	93	6	53	50	0	13	36	1.42
25217266--25218155	47	18.6	47	91	3	1366	33	8	28	29	1.86
25217266--25218155	143	6.2	143	91	3	1412	33	8	28	29	1.86
25218866--25219044	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
25221233--25221668	47	9.1	47	87	5	611	30	12	30	26	1.93
25221354--25221429	24	3.2	24	61	17	59	27	14	32	25	1.94
25221357--25221431	22	3.3	22	64	10	60	28	14	32	25	1.95
25221478--25221552	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
25221642--25221732	46	2.0	46	84	0	119	32	9	31	25	1.89
25221244--25221717	147	3.3	140	84	7	524	31	12	29	25	1.93
25221879--25222060	37	4.9	37	95	0	319	24	19	31	24	1.98
25224800--25224991	40	4.8	40	90	3	212	27	27	21	23	1.99
25224771--25224990	80	2.8	79	80	6	221	28	27	20	23	1.99
25229719--25229819	29	3.5	29	89	1	150	26	14	28	29	1.95
25236119--25236310	40	4.8	40	90	1	208	27	26	21	25	1.99
25239393--25239587	50	3.9	50	74	4	135	23	28	19	28	1.98
25244366--25244391	13	2.0	13	100	0	52	53	7	7	30	1.57
25245099--25245148	3	16.7	3	83	8	66	0	32	2	66	1.03
25267094--25267335	50	4.7	50	79	6	213	25	26	21	27	1.99
25267093--25267335	99	2.4	103	80	9	264	25	26	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25270178--25270221	18	2.4	18	76	0	52	20	34	4	40	1.73
25281053--25281172	25	4.8	25	82	4	134	30	24	20	25	1.98
25281803--25281843	21	1.9	22	90	5	66	36	7	21	34	1.82
25286335--25286823	47	10.4	47	94	0	800	32	8	29	28	1.87
25286942--25287018	35	2.1	37	88	4	113	25	19	28	25	1.99
25293946--25293986	21	1.9	22	90	5	66	36	9	21	31	1.86
25297792--25297890	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
25302451--25302481	15	2.1	15	93	0	53	38	32	6	22	1.80
25332904--25333035	50	2.6	51	84	1	167	35	28	11	25	1.90
25335012--25335057	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
25335643--25335669	14	1.9	14	100	0	54	14	25	22	37	1.93
25339377--25339416	14	2.7	14	84	7	53	50	0	0	50	1.00
25348230--25348358	47	2.9	43	77	11	136	27	25	26	20	1.99
25348269--25348364	47	2.0	47	93	0	165	28	27	26	18	1.98
25365522--25365620	42	2.4	42	87	3	146	25	27	21	26	1.99
25375255--25375782	269	2.0	270	96	0	986	39	20	12	27	1.89
25389793--25389827	17	2.0	18	88	5	54	71	2	5	20	1.19
25391848--25391891	22	2.0	22	95	0	79	40	2	18	38	1.63
25394654--25394685	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
25394909--25395053	51	2.8	51	80	8	186	31	28	16	24	1.96
25394909--25395079	51	3.4	50	75	12	161	30	28	15	25	1.96
25396519--25396587	16	4.0	16	71	21	50	33	31	18	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25396538--25396648	22	5.6	22	69	23	93	32	29	20	17	1.95
25396494--25396667	38	4.6	38	89	0	240	33	27	18	20	1.96
25399271--25399331	31	2.0	31	90	0	95	27	21	32	18	1.96
25404482--25404540	30	1.9	31	89	3	93	44	6	20	28	1.77
25411059--25411138	39	2.1	39	100	0	160	65	12	5	17	1.44
25411866--25411915	25	2.0	25	100	0	100	12	20	20	48	1.80
25412552--25412596	16	2.8	17	76	10	58	68	2	6	22	1.24
25413196--25413641	150	3.0	147	82	8	499	44	10	4	41	1.58
25414381--25414411	16	1.9	16	100	0	62	51	9	19	19	1.74
25414418--25414756	42	8.1	42	82	2	376	38	23	17	20	1.93
25414419--25414756	126	2.7	125	84	2	419	38	23	17	20	1.93
25415153--25415216	26	2.3	29	77	15	73	3	6	10	79	1.02
25415169--25415212	12	3.5	12	84	9	52	0	4	15	79	0.89
25423273--25423315	4	10.8	4	79	0	50	46	4	27	20	1.71
25423273--25423314	12	3.5	12	83	0	57	47	4	28	19	1.69
25428639--25428900	47	5.6	47	98	0	472	32	9	29	29	1.88
25428873--25428928	28	2.0	28	100	0	112	35	14	25	25	1.93
25428826--25428975	75	2.0	75	100	0	300	34	10	26	28	1.90
25428779--25429022	122	2.0	122	99	0	479	34	9	26	28	1.88
25428732--25429069	169	2.0	169	98	0	658	34	9	27	28	1.88
25428901--25429233	47	7.1	47	93	0	533	33	9	28	28	1.88
25428686--25429116	216	2.0	216	97	0	808	33	9	27	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25428639--25429162	263	2.0	262	95	1	942	33	9	28	29	1.88
25429352--25429430	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
25450835--25450990	27	5.8	27	86	1	206	16	14	25	44	1.85
25450809--25450967	54	2.9	55	87	7	220	18	16	22	42	1.88
25450835--25450977	54	2.6	54	93	0	241	16	14	23	45	1.84
25458940--25458999	30	2.0	30	84	12	79	48	10	8	33	1.67
25464563--25464742	51	3.5	51	81	6	170	26	15	27	30	1.96
25467342--25467380	20	2.0	20	90	10	62	15	23	5	56	1.59
25468148--25468415	28	9.4	28	86	7	353	28	24	23	23	1.99
25468833--25469162	27	12.2	27	82	6	373	19	17	22	40	1.91
25469366--25469401	17	2.1	18	94	5	65	22	41	22	13	1.89
25470674--25470772	50	2.0	50	85	0	135	23	29	20	27	1.99
25470677--25470814	50	2.8	50	80	2	134	23	28	20	27	1.99
25474933--25475012	27	3.0	27	90	5	126	31	31	20	17	1.95
25474868--25475111	128	1.9	129	92	0	409	31	28	19	20	1.97
25475685--25475901	102	2.1	102	97	0	407	31	28	20	19	1.97
25481672--25481747	37	2.1	37	97	0	143	25	25	13	36	1.92
25485192--25485376	27	6.8	27	84	3	210	18	18	21	41	1.91
25485190--25485388	81	2.4	81	84	2	238	18	20	21	40	1.92
25485222--25485377	27	5.7	27	87	3	215	18	19	21	39	1.92
25486895--25486948	25	2.2	25	86	0	72	20	48	9	22	1.78
25492124--25492227	42	2.5	41	78	10	111	27	15	22	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25494833--25494936	51	2.1	49	85	7	140	30	11	29	27	1.92
25494904--25495275	48	7.8	48	84	5	427	33	8	27	29	1.87
25494904--25495222	96	3.3	96	92	3	493	33	8	27	30	1.87
25495425--25495539	37	3.1	37	91	0	176	21	20	32	26	1.98
25496810--25496979	40	4.2	40	93	0	295	25	21	27	25	1.99
25496926--25497035	56	2.0	56	87	0	157	24	23	28	23	2.00
25500903--25501006	51	2.1	49	84	7	131	29	11	30	27	1.92
25500974--25501344	48	7.8	48	84	5	427	34	8	27	29	1.86
25500974--25501291	96	3.3	96	92	4	493	33	8	27	30	1.86
25500924--25501331	48	8.5	45	79	12	311	33	9	27	29	1.88

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