genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27076731--27076908	51	3.5	50	76	9	182	31	25	17	25	1.97
27076729--27076913	101	1.8	102	88	3	284	31	25	17	24	1.97
27079479--27079564	42	2.0	42	84	4	111	31	15	22	31	1.94
27097190--27097315	45	2.9	43	75	9	130	34	23	13	28	1.93
27102083--27102127	23	1.9	24	90	4	74	66	11	13	8	1.44
27103494--27103564	29	2.4	29	90	4	108	57	8	32	1	1.37
27103791--27103868	7	10.3	7	74	19	59	46	0	1	52	1.08
27113518--27113574	29	2.0	29	92	0	96	42	7	24	26	1.80
27113651--27113704	23	2.3	23	93	0	90	46	0	5	48	1.25
27114915--27114955	22	1.9	22	85	5	57	56	4	12	26	1.56
27115144--27115228	21	4.2	21	74	17	74	31	2	5	60	1.34
27116249--27116320	31	2.3	31	95	2	126	38	0	4	56	1.18
27120529--27120618	41	2.2	41	100	0	180	33	26	17	22	1.96
27124053--27124278	43	5.3	43	82	4	269	32	26	16	23	1.96
27124053--27124291	85	2.8	86	82	3	286	33	25	15	24	1.95
27124053--27124318	86	3.1	85	81	5	216	33	25	15	25	1.95
27127006--27127051	21	2.1	22	96	4	85	19	28	4	47	1.68
27129290--27129325	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
27129341--27129417	20	3.8	20	73	13	86	58	1	3	36	1.25
27129492--27129558	34	1.9	35	90	3	109	49	14	4	31	1.64
27129527--27129564	14	2.7	14	88	11	60	44	18	2	34	1.64
27130760--27130837	34	2.3	34	95	2	140	28	12	16	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27131299--27131471	7	24.6	7	72	5	89	46	30	1	21	1.61
27131668--27131714	21	2.2	21	88	0	67	48	36	0	14	1.44
27131676--27131719	14	3.1	14	80	0	52	50	31	0	18	1.47
27131808--27131915	40	2.7	40	79	0	126	24	22	21	32	1.98
27131964--27132066	40	2.5	41	82	1	118	23	23	23	30	1.99
27131984--27132060	41	1.9	40	86	2	109	23	20	24	31	1.98
27134484--27134519	13	2.8	13	91	0	54	38	19	2	38	1.66
27135024--27135062	17	2.3	17	100	0	78	10	30	7	51	1.64
27137879--27137957	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
27138076--27138517	47	9.4	47	92	0	713	29	29	8	32	1.87
27143568--27143876	47	6.6	47	94	0	519	33	8	30	28	1.86
27147030--27147085	27	2.0	28	83	10	71	25	21	16	37	1.93
27153717--27154075	58	6.4	57	80	8	351	35	11	28	24	1.91
27153713--27153969	116	2.2	115	88	2	390	35	11	29	23	1.90
27153931--27154043	51	2.2	51	80	0	127	36	10	27	25	1.89
27154202--27154262	31	2.0	31	86	0	86	47	19	18	14	1.82
27156220--27156258	20	2.0	20	90	10	62	51	7	0	41	1.31
27163327--27163559	32	7.3	31	75	10	186	35	24	21	18	1.96
27163321--27163559	64	3.7	64	85	4	270	36	23	21	18	1.95
27163325--27163559	96	2.4	96	84	2	294	35	23	21	18	1.95
27163729--27163801	24	3.1	23	80	5	74	50	24	5	19	1.68
27163851--27163948	27	3.6	27	92	0	160	22	20	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27164068--27164305	27	9.0	26	82	7	157	20	21	20	38	1.94
27164069--27164359	54	5.5	52	78	10	231	20	20	19	39	1.93
27164165--27164345	80	2.2	81	84	6	244	21	21	17	39	1.92
27164163--27164347	27	6.9	27	86	5	243	21	21	17	39	1.92
27164970--27165441	249	1.9	247	94	0	827	30	34	8	25	1.87
27167160--27167268	33	3.3	33	79	5	139	29	23	14	32	1.94
27169454--27169488	13	2.6	13	90	4	52	42	0	0	57	0.99
27169965--27170083	61	1.9	62	93	1	204	45	15	10	28	1.79
27171041--27171087	13	3.2	14	83	16	60	76	2	0	21	0.89
27179204--27179257	28	1.9	28	81	7	65	46	3	0	50	1.19
27179310--27179361	17	3.0	17	76	21	54	28	1	3	65	1.21
27180012--27180040	14	2.0	15	93	6	51	31	0	34	34	1.58
27184184--27184266	15	5.5	15	73	13	71	40	9	12	37	1.75
27184896--27184959	9	7.2	9	96	1	103	42	25	10	21	1.85
27191122--27191154	16	1.9	18	88	11	52	27	0	15	57	1.38
27193275--27193628	42	8.4	41	85	7	460	34	20	20	25	1.96
27193276--27193622	169	2.1	167	86	5	486	33	20	20	25	1.97
27193999--27194047	12	4.3	12	70	15	50	4	42	18	34	1.69
27194011--27194079	21	3.3	21	87	0	93	4	42	18	34	1.71
27197490--27197528	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
27197647--27197675	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
27197762--27197837	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27203651--27203689	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
27203808--27203836	8	3.6	8	100	0	58	24	13	27	34	1.93
27203923--27203995	23	3.2	23	92	0	128	23	21	24	30	1.99
27207865--27208292	9	49.7	9	69	17	284	31	1	20	46	1.61
27207963--27208006	22	2.0	22	100	0	88	27	0	22	50	1.50
27208059--27208189	34	3.8	35	75	16	96	35	1	19	44	1.60
27208019--27208148	67	1.9	67	85	4	181	33	2	20	44	1.64
27207842--27208262	196	2.1	209	84	8	534	31	1	20	46	1.60
27208115--27208268	80	1.9	80	82	5	195	31	1	20	46	1.59
27207987--27208304	71	4.6	67	73	19	199	30	1	20	46	1.60
27208155--27208322	80	2.1	79	82	12	200	29	2	20	47	1.62
27208400--27208429	9	3.3	9	95	0	51	43	0	20	36	1.52
27208410--27208493	33	2.6	31	83	9	107	47	3	13	35	1.60
27208512--27208676	13	12.5	13	74	7	136	45	4	9	40	1.56
27208503--27208652	53	2.8	53	97	0	282	44	4	10	41	1.56
27208565--27208703	66	2.1	66	83	0	170	45	2	10	41	1.52
27208723--27208825	52	1.9	53	81	14	124	53	1	5	38	1.36
27208938--27208979	21	2.0	21	100	0	84	23	23	19	33	1.97
27209596--27209625	6	5.0	6	100	0	60	50	33	0	16	1.46
27210349--27210672	147	2.2	147	78	6	345	36	23	16	24	1.94
27210335--27210711	147	2.6	147	77	6	329	35	21	15	26	1.94
27211977--27212016	14	2.8	14	84	3	53	45	42	0	12	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27212584--27213120	114	4.7	112	82	5	596	26	24	22	26	2.00
27213395--27213509	39	3.0	40	84	5	155	32	19	23	25	1.97
27213563--27213774	41	5.2	41	80	5	216	22	20	27	30	1.98
27213690--27213765	40	1.9	40	83	5	100	23	22	21	32	1.98
27213919--27213967	21	2.3	21	79	6	55	22	0	32	44	1.53
27213977--27214029	22	2.4	21	84	6	70	20	0	30	49	1.50
27213922--27214023	14	7.1	14	68	12	64	20	1	29	48	1.61
27214011--27214050	21	1.9	21	89	0	62	20	0	37	42	1.52
27214314--27214351	14	2.7	15	88	12	62	26	0	31	42	1.56
27214374--27214433	22	2.8	22	79	2	68	23	0	43	33	1.54
27217012--27217155	78	1.9	77	82	7	184	28	12	14	44	1.82
27217819--27217905	43	2.0	43	86	4	122	34	11	10	43	1.75
27218180--27218355	43	4.1	41	80	8	165	26	17	28	27	1.98
27222061--27222127	34	2.0	34	94	5	118	47	4	23	23	1.70
27224293--27224665	202	1.8	202	91	0	620	34	22	14	28	1.93
27227332--27227366	14	2.5	14	95	0	61	2	5	45	45	1.41
27232825--27233066	50	4.7	50	79	8	215	23	26	22	28	1.99
27237734--27237880	75	2.0	75	100	0	294	31	18	12	37	1.89
27255861--27255904	18	2.4	18	85	7	54	63	2	0	34	1.07
27256113--27256151	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
27256351--27256447	21	4.7	21	92	5	162	37	12	10	40	1.77
27258231--27258259	3	10.0	3	92	7	51	0	31	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27262757--27262819	25	2.5	25	84	5	74	31	17	14	36	1.90
27265863--27266482	138	4.5	138	88	1	931	39	8	6	45	1.61
27268304--27268532	42	5.5	40	76	10	145	36	27	14	22	1.93
27268299--27268532	84	2.8	84	88	0	324	35	26	14	22	1.93
27268308--27268529	43	5.3	41	74	12	193	36	26	14	22	1.93
27268506--27268556	26	2.0	26	92	0	84	23	33	25	17	1.96
27274761--27274934	27	6.4	27	82	4	188	27	14	28	29	1.96
27274762--27274917	82	1.9	81	86	3	224	26	15	28	29	1.96
27281441--27281618	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
27281462--27281617	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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