genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24222867--24223054	51	3.7	51	80	3	193	26	15	27	30	1.96
24227022--24227246	40	5.7	40	90	3	287	26	26	21	25	2.00
24234999--24235223	40	5.7	40	90	5	289	26	27	21	24	1.99
24240590--24240829	50	4.7	50	84	5	275	23	26	21	28	1.99
24244800--24244924	50	2.5	50	85	0	160	26	25	28	19	1.98
24245529--24245588	9	6.0	10	74	20	54	43	0	0	56	0.99
24245532--24245592	20	3.0	21	80	17	67	44	0	0	55	0.99
24247145--24247339	51	3.8	51	84	6	270	31	29	16	23	1.96
24247147--24247331	101	1.8	102	91	3	311	31	28	17	23	1.97
24247141--24247365	101	2.2	102	82	3	285	31	28	16	24	1.96
24248531--24248726	98	2.0	98	100	0	392	29	8	19	42	1.80
24263678--24263736	27	2.2	27	90	0	91	40	18	20	20	1.91
24273419--24273501	39	2.1	38	84	8	105	10	24	3	61	1.45
24284037--24284079	21	2.0	21	90	0	68	34	25	13	25	1.93
24285621--24285657	19	1.9	19	100	0	74	56	10	10	21	1.64
24291777--24291932	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
24291776--24291929	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
24291777--24291932	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
24291769--24291953	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
24291769--24291953	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
24299855--24300010	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
24299854--24300007	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24299855--24300010	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
24299847--24300031	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
24299847--24300031	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
24302322--24302360	18	2.2	18	85	0	51	23	23	2	51	1.61
24305427--24305474	26	1.9	25	83	8	62	52	18	0	29	1.46
24320799--24321139	29	11.8	29	83	0	403	39	12	27	19	1.89
24322457--24322539	42	2.0	41	92	2	139	31	8	10	49	1.68
24329835--24330058	40	5.6	40	88	4	285	25	20	27	26	1.99
24329835--24330091	120	2.2	120	81	7	283	26	20	26	26	1.99
24331953--24332015	31	2.0	31	93	6	110	31	22	19	26	1.97
24337560--24337899	29	11.8	29	77	6	305	40	12	27	20	1.89
24337632--24337899	117	2.3	117	83	5	337	39	13	26	20	1.89
24339128--24339173	19	2.5	19	85	3	67	34	6	15	43	1.72
24339211--24339289	42	1.9	41	92	2	131	32	5	11	50	1.60
24346505--24346726	40	5.6	40	87	5	267	25	21	27	26	1.99
24348623--24348685	31	2.0	31	100	0	126	31	22	19	26	1.97
24356700--24356767	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
24356590--24357089	174	2.9	174	96	0	896	31	24	14	30	1.94
24356874--24356941	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
24357045--24357120	29	2.6	30	81	14	104	27	30	15	26	1.96
24369708--24369773	26	2.5	26	90	4	98	62	12	10	15	1.55
24372604--24372814	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24380808--24381018	40	5.3	40	89	4	239	23	20	27	28	1.99
24390357--24390416	28	2.1	28	81	0	66	30	26	23	20	1.98
24390522--24390598	26	3.0	26	88	0	109	37	24	22	15	1.93
24390762--24390840	27	2.9	27	83	5	97	21	18	20	39	1.93
24390793--24390862	27	2.6	27	86	0	86	20	20	17	42	1.89
24395255--24395297	22	1.9	23	90	4	70	39	25	4	30	1.76
24397921--24397962	14	3.0	14	85	0	57	35	7	16	40	1.76
24397946--24397985	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
24397931--24397997	34	1.9	35	90	3	109	32	7	13	46	1.71
24398391--24398459	18	3.8	18	76	0	84	13	40	2	43	1.58
24401991--24402570	50	11.5	50	87	2	734	26	20	30	22	1.98
24408665--24408744	28	2.9	27	86	3	88	27	25	23	23	2.00
24408691--24408752	28	2.2	28	91	0	97	33	22	20	22	1.97
24408860--24408919	26	2.3	26	88	0	84	43	20	23	13	1.86
24409110--24409198	27	3.3	27	87	3	126	22	22	16	38	1.93
24409792--24409833	22	1.9	22	85	9	59	71	4	21	2	1.16
24415264--24415335	26	2.7	26	82	8	74	72	2	6	18	1.20
24416516--24416558	18	2.3	18	92	4	68	53	2	0	44	1.13
24431035--24431101	32	2.1	32	91	0	107	34	19	14	31	1.92
24436249--24436289	15	2.7	15	88	7	57	39	14	0	46	1.45
24451422--24451469	21	2.2	22	85	3	62	18	27	16	37	1.92
24460782--24460913	49	2.7	49	76	7	124	28	20	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24467950--24468196	50	4.8	50	78	8	223	28	21	26	23	1.99
24470251--24470294	21	2.1	21	87	4	63	38	9	13	38	1.77
24473316--24473382	33	2.0	34	82	8	84	31	23	20	23	1.98
24473348--24473430	28	3.0	28	87	5	125	31	21	22	24	1.98
24479466--24479523	30	2.0	29	89	3	89	68	3	10	17	1.31
24480675--24480746	12	6.0	12	72	15	51	73	0	20	5	1.03
24480677--24480750	24	3.1	23	79	11	78	74	0	20	5	1.01
24480656--24480739	19	4.4	19	76	8	73	69	0	22	8	1.15
24480673--24480745	18	4.0	17	81	13	83	71	0	21	6	1.09
24482547--24482680	43	3.1	43	70	16	125	23	14	23	38	1.91
24482527--24482726	85	2.4	84	89	2	294	24	15	24	36	1.93
24485495--24485535	21	2.0	21	95	0	73	41	17	17	24	1.89
24485956--24486097	50	2.8	50	96	0	257	43	9	31	15	1.78
24493735--24493767	17	1.9	17	100	0	66	30	6	30	33	1.82
24494410--24494464	26	2.1	26	86	3	74	52	0	10	36	1.37
24508222--24508268	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
24508224--24508265	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
24508820--24508880	25	2.4	25	78	10	63	37	3	1	57	1.25
24510716--24510808	43	2.2	43	92	0	150	32	32	16	19	1.94
24514850--24514911	17	3.1	21	71	20	69	56	16	6	20	1.62
24517053--24517164	7	15.7	7	67	14	50	48	30	1	19	1.59
24518712--24518903	102	1.9	102	86	0	276	33	28	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24526175--24526278	43	2.4	43	85	1	138	30	25	18	25	1.98
24526218--24526397	75	2.4	75	83	0	218	32	24	16	26	1.96
24527651--24527764	41	2.8	41	85	7	151	31	28	17	21	1.96
24527648--24527764	40	2.9	41	83	8	143	30	29	17	21	1.96
24527646--24527792	41	3.6	40	76	13	140	29	27	19	22	1.98
24530572--24530614	20	2.2	20	86	0	59	16	18	25	39	1.91
24532332--24532457	42	3.0	42	80	5	148	25	23	19	30	1.98
24533509--24533540	16	2.0	16	93	0	55	40	6	15	37	1.73
24533694--24533879	50	3.7	51	75	7	193	24	16	27	30	1.97
24533698--24533881	101	1.8	101	88	6	284	24	16	27	30	1.97
24536343--24536424	27	3.0	27	73	7	67	31	31	20	15	1.94
24537705--24537744	20	2.0	20	90	0	62	40	0	2	57	1.12
24537694--24537745	9	5.3	10	82	15	56	38	0	1	59	1.08
24540579--24541509	465	2.0	465	98	0	1808	39	16	17	26	1.91
24541867--24541905	19	2.1	19	95	0	69	51	10	10	28	1.68
24549409--24549436	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
24557394--24557437	23	1.9	23	90	0	70	27	0	22	50	1.50
24573948--24574004	29	2.0	29	100	0	114	17	49	3	29	1.63
24579760--24579811	26	2.0	26	88	0	77	50	17	13	19	1.78
24590953--24591002	21	2.4	21	86	0	64	36	4	34	26	1.75
24590962--24590997	18	2.0	18	88	0	54	33	5	36	25	1.79
24602865--24603020	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24602870--24603021	54	2.8	55	80	4	182	26	28	16	28	1.97
24610974--24611129	27	5.7	27	78	6	145	27	28	16	27	1.97
24610979--24611130	54	2.8	55	80	4	182	26	28	16	28	1.97
24614308--24614376	25	2.8	25	90	0	102	30	21	23	24	1.99
24619471--24619537	35	1.9	35	84	0	89	28	25	22	23	1.99
24621994--24622193	27	7.4	27	83	4	174	23	17	18	41	1.90
24622063--24622211	81	1.8	81	85	5	212	22	14	19	43	1.87
24622078--24622209	27	4.9	27	87	3	135	22	13	18	45	1.84
24623697--24623750	25	2.2	25	86	6	74	18	44	12	24	1.85
24626765--24626945	40	4.5	40	88	2	265	18	32	18	31	1.95

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