genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2029259--2029455	46	4.6	45	80	14	245	34	14	21	28	1.93
2029295--2029367	36	2.0	36	91	0	119	35	16	20	27	1.94
2029259--2029413	82	1.9	82	95	0	283	34	14	21	29	1.93
2031298--2031344	24	2.0	24	87	4	69	42	2	6	48	1.40
2036000--2036030	14	2.2	14	94	0	53	48	12	0	38	1.42
2050778--2050918	68	2.1	68	94	0	246	26	23	12	36	1.91
2057146--2057184	19	2.0	21	90	10	64	38	0	2	58	1.12
2058531--2058582	24	2.2	24	82	0	59	53	11	3	30	1.54
2064912--2064967	29	2.0	28	89	3	85	32	16	8	42	1.79
2064966--2065008	21	2.0	21	100	0	86	13	32	0	53	1.41
2067097--2067197	40	2.5	41	82	3	116	34	6	18	39	1.78
2067408--2067501	45	2.2	43	83	10	115	25	18	15	40	1.90
2069235--2069292	24	2.5	24	77	11	66	56	0	6	36	1.26
2073529--2073570	19	2.2	19	86	0	57	33	19	2	45	1.63
2073737--2073865	69	1.9	66	85	4	177	41	19	17	22	1.91
2073742--2073869	23	5.7	23	81	2	145	39	21	17	21	1.92
2077681--2077727	13	3.3	14	76	11	51	61	2	2	34	1.20
2085995--2086570	50	11.5	50	70	2	384	23	21	22	32	1.98
2085993--2086601	100	6.1	100	90	0	923	23	21	23	32	1.98
2089362--2089389	14	2.0	14	100	0	56	35	21	0	42	1.53
2089903--2089945	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
2090169--2090265	49	2.0	49	82	10	117	36	24	4	35	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2090255--2090302	16	3.0	16	93	0	87	25	33	4	37	1.75
2093589--2093655	34	1.9	35	84	3	91	43	13	10	32	1.78
2093896--2094035	7	19.7	7	69	11	52	46	32	0	21	1.52
2094405--2094557	41	3.8	41	81	7	168	33	30	17	18	1.94
2094433--2094557	41	3.0	41	88	4	198	30	32	20	16	1.95
2094613--2094719	40	2.7	39	82	2	133	22	20	21	35	1.96
2094587--2094721	39	3.4	38	80	8	128	20	19	22	37	1.94
2096554--2096602	19	2.5	19	87	9	64	38	0	8	53	1.31
2104929--2104982	21	2.6	21	74	11	58	42	3	11	42	1.58
2115668--2115883	118	1.8	118	85	4	301	27	5	15	50	1.66
2118722--2118756	3	11.7	3	93	0	61	34	2	0	62	1.10
2124828--2124869	21	2.0	21	95	0	75	64	4	7	23	1.38
2125738--2125795	24	2.4	25	82	2	73	27	22	20	29	1.99
2132168--2132204	19	2.0	19	94	5	67	64	0	2	32	1.07
2133074--2133214	70	2.0	71	97	1	266	47	12	13	26	1.79
2136307--2136340	18	1.9	17	94	5	59	58	5	20	14	1.57
2136936--2137001	30	2.2	31	83	2	80	37	1	4	56	1.29
2140919--2140947	13	2.2	13	100	0	58	27	0	10	62	1.28
2144946--2145038	19	4.8	19	89	1	123	37	9	13	38	1.78
2146309--2146505	98	2.0	98	95	0	358	29	9	23	37	1.87
2147643--2147696	24	2.2	25	83	9	67	46	1	1	50	1.23
2165208--2165237	14	2.1	14	93	0	51	20	10	0	70	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2169443--2169505	30	2.1	29	85	8	83	34	7	4	52	1.52
2176058--2176109	23	2.2	24	82	6	61	48	0	3	48	1.20
2176484--2176526	14	3.0	14	86	6	59	32	9	2	55	1.44
2176487--2176529	15	2.9	15	86	3	61	32	9	2	55	1.44
2176548--2176572	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2203279--2203402	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
2203289--2203396	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
2210401--2210524	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
2210411--2210518	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
2212652--2212705	24	2.2	24	90	0	81	50	9	3	37	1.52
2214723--2214764	8	5.2	8	77	11	50	30	0	0	69	0.89
2214722--2214764	15	2.7	16	82	10	61	32	0	0	67	0.91
2236760--2236797	6	6.3	6	100	0	76	34	0	15	50	1.45
2243333--2243390	30	1.9	30	86	6	82	24	3	10	62	1.43
2249274--2249317	20	2.2	20	88	4	63	43	0	0	56	0.99
2249306--2249363	18	3.1	19	76	20	59	36	0	1	62	1.06
2249306--2249361	19	3.1	18	84	7	60	37	0	1	60	1.07
2256640--2256685	23	2.0	23	100	0	92	34	4	30	30	1.77
2262043--2262238	97	2.0	97	98	0	383	30	11	13	44	1.79
2266617--2266663	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
2268487--2268511	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2269742--2269833	13	7.0	13	86	7	123	33	2	6	57	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2269762--2269865	27	3.9	27	77	5	95	35	2	6	54	1.42
2269741--2269874	66	2.0	66	80	11	150	34	3	5	55	1.42
2269869--2269902	15	2.3	15	94	0	59	41	14	2	41	1.61
2273295--2273339	15	2.9	16	76	6	56	57	24	2	15	1.49
2273346--2273387	21	2.0	21	86	9	59	19	0	0	80	0.70
2276062--2276105	19	2.2	20	80	4	54	25	6	18	50	1.71
2276536--2276572	18	2.1	18	89	0	56	54	8	5	32	1.53
2281380--2281422	18	2.3	18	84	4	50	65	2	4	27	1.25
2283321--2283374	3	18.3	3	85	11	60	68	0	0	31	0.90
2293993--2294037	3	15.0	3	100	0	90	33	0	33	33	1.58
2298876--2298913	19	2.0	20	89	5	60	26	7	0	65	1.19
2298880--2298952	29	2.5	29	82	6	76	26	5	5	63	1.38
2303127--2303245	46	2.6	46	93	0	202	42	2	8	47	1.47
2308388--2308413	12	2.2	12	100	0	52	57	0	0	42	0.98
2309038--2309094	15	3.5	15	71	17	51	47	1	3	47	1.29
2318449--2318479	3	10.3	3	92	0	53	32	3	0	64	1.09
2318480--2318504	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2337334--2337396	31	2.1	31	82	5	76	42	11	12	33	1.78
2338521--2338668	69	2.1	70	97	1	280	45	6	0	46	1.34
2342985--2343023	20	2.0	20	89	0	60	25	30	28	15	1.96
2344859--2344929	19	3.8	18	82	10	65	66	2	1	29	1.15
2344859--2345003	10	15.6	9	70	17	75	66	2	2	28	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2344944--2345003	19	3.1	18	75	15	57	71	1	5	21	1.14
2344952--2345005	11	5.5	10	77	16	51	74	1	3	20	1.07
2347584--2347615	16	2.0	16	100	0	64	62	0	0	37	0.95
2347802--2347885	27	3.1	26	71	8	69	44	0	5	50	1.26
2347794--2347930	58	2.4	57	81	12	158	42	2	3	51	1.31
2368958--2368994	15	2.4	16	86	13	51	48	10	8	32	1.67
2369126--2369167	18	2.2	20	83	8	52	38	0	2	59	1.10
2370156--2370211	25	2.3	25	81	9	62	50	5	1	42	1.35
2370169--2370220	24	2.1	24	85	7	68	50	3	0	46	1.20
2370507--2370557	13	3.9	13	72	10	50	37	27	5	29	1.80
2372261--2372330	29	2.3	30	80	9	72	31	11	10	47	1.73
2381146--2381206	25	2.4	25	75	0	68	18	14	42	24	1.88
2381492--2381524	15	2.3	15	89	5	50	36	9	0	54	1.32
2385594--2385700	31	3.5	31	93	0	178	45	14	8	30	1.75
2395489--2395513	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2397769--2397811	23	2.0	22	86	9	61	30	13	2	53	1.53
2401150--2401188	17	2.4	17	86	4	53	74	5	0	20	1.01
2401310--2401353	21	2.1	21	91	8	72	15	9	0	75	1.05
2407337--2407565	42	5.4	41	81	8	185	28	23	21	26	1.99
2407337--2407564	85	2.7	86	84	4	257	28	23	21	26	1.99
2413558--2413885	9	36.2	9	75	12	280	35	0	17	46	1.51
2413708--2413760	12	4.2	12	76	19	54	35	0	15	49	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2413702--2413825	25	4.6	27	77	15	116	34	0	17	47	1.48
2414026--2414059	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
2416779--2416828	26	1.9	26	95	0	91	14	24	32	30	1.94
2419380--2419430	21	2.4	21	83	0	66	31	43	1	23	1.65
2419401--2419463	28	2.2	28	82	0	72	33	30	4	31	1.78
2421636--2421662	7	3.9	7	100	0	54	44	0	14	40	1.46
2422105--2422137	14	2.4	14	90	10	50	51	0	12	36	1.39
2423716--2423766	25	2.1	24	85	3	66	11	13	0	74	1.07
2425260--2425301	20	2.0	20	86	4	57	2	11	14	71	1.24
2430707--2430731	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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