genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14277824--14277858	18	1.9	18	100	0	70	45	42	0	11	1.40
14282526--14282828	27	11.3	27	80	7	271	44	19	18	18	1.87
14282549--14282828	81	3.5	79	81	5	310	43	18	18	18	1.88
14282526--14282828	54	5.6	54	81	3	326	44	19	18	18	1.87
14284751--14284792	8	5.5	8	88	11	61	69	0	0	30	0.89
14284752--14284798	7	6.6	7	83	9	51	68	0	0	31	0.90
14284751--14284799	15	3.3	15	88	2	73	69	0	0	30	0.89
14284751--14284799	8	6.7	7	84	11	55	69	0	0	30	0.89
14284730--14284814	22	3.9	21	76	10	55	72	2	2	22	1.07
14286476--14286608	5	25.4	5	69	20	53	71	3	6	18	1.22
14291282--14291340	30	2.0	30	83	12	77	10	30	37	22	1.87
14294644--14294699	20	2.8	20	89	5	78	21	28	1	48	1.60
14297259--14297368	54	2.0	54	96	0	202	26	20	13	39	1.90
14300455--14300497	22	2.0	22	85	0	59	32	16	25	25	1.96
14304875--14304973	40	2.5	40	83	4	112	34	20	29	16	1.94
14304907--14304998	20	4.6	20	71	10	55	30	17	34	17	1.93
14304957--14305192	40	5.9	39	74	5	188	38	16	27	16	1.91
14305045--14305102	20	2.9	21	79	5	66	44	24	24	6	1.77
14304907--14305192	80	3.6	79	73	7	231	37	17	28	16	1.92
14312918--14312971	20	2.7	20	88	5	74	22	22	1	53	1.55
14313849--14313935	40	2.2	40	79	4	95	40	18	26	14	1.89
14313789--14313935	80	1.9	78	81	5	179	39	16	27	16	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14314969--14315146	40	4.4	40	87	4	227	38	17	26	16	1.91
14314969--14315150	80	2.3	80	89	3	269	37	17	28	16	1.91
14314969--14315166	20	9.9	20	70	12	120	37	17	28	16	1.91
14321869--14322051	51	3.6	50	85	3	233	31	27	15	25	1.95
14329960--14330642	50	13.7	50	66	7	222	23	20	22	32	1.98
14329976--14330642	100	6.7	100	82	2	723	23	20	22	33	1.97
14330772--14331706	44	19.9	44	68	16	380	26	20	19	33	1.96
14330710--14331704	142	7.0	142	93	0	1645	27	20	18	34	1.96
14333851--14333884	14	2.3	15	90	5	52	0	23	0	76	0.79
14341567--14341754	51	3.7	49	83	3	205	30	27	16	25	1.97
14347156--14347328	39	4.5	39	80	10	162	26	21	26	25	1.99
14347109--14347328	77	2.8	76	78	11	205	25	21	26	25	2.00
14347109--14347328	40	5.7	39	79	10	211	25	21	26	25	2.00
14355014--14355237	40	5.7	40	82	7	242	25	21	27	25	1.99
14355014--14355237	79	2.8	78	82	6	254	25	21	27	25	1.99
14355094--14355270	79	2.3	79	82	4	198	25	22	28	24	1.99
14356994--14357029	17	2.1	17	90	10	56	69	0	0	30	0.89
14365804--14365838	16	2.1	17	89	5	54	11	51	0	37	1.38
14376531--14376586	14	3.9	14	84	9	67	16	46	0	37	1.47
14376544--14376602	7	8.4	7	83	14	77	13	44	0	42	1.44
14376544--14376602	19	2.8	21	87	10	77	13	44	0	42	1.44
14384796--14385067	135	2.0	136	89	4	413	26	15	25	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14395770--14395955	100	1.9	99	87	1	273	30	20	23	25	1.99
14396096--14396219	45	2.8	45	88	0	176	29	21	25	24	1.99
14397936--14397974	20	2.0	20	90	10	62	33	2	7	56	1.41
14397975--14398016	22	2.0	21	86	9	59	23	4	4	66	1.30
14418764--14418852	27	3.3	27	88	0	133	39	21	17	21	1.93
14419216--14419314	28	3.5	28	95	0	171	22	20	23	34	1.97
14424870--14424967	27	3.6	27	87	5	135	46	19	12	21	1.82
14424880--14424996	54	2.2	54	84	0	144	43	20	15	20	1.88
14431476--14431534	23	2.4	24	77	11	57	50	0	1	47	1.11
14435779--14435994	27	8.0	27	80	5	222	43	17	17	22	1.88
14435785--14436022	54	4.4	53	75	12	166	42	18	16	23	1.89
14438531--14438577	24	1.9	25	86	4	69	38	0	36	25	1.56
14439158--14439379	27	8.2	27	88	2	320	39	22	17	20	1.92
14439745--14439835	28	3.2	28	92	4	139	21	21	24	31	1.98
14439800--14439868	33	2.1	34	83	2	86	23	23	24	28	1.99
14445775--14445839	22	3.0	21	72	4	58	44	12	20	23	1.84
14445882--14445975	32	2.9	31	76	6	89	38	23	19	19	1.93
14446162--14446239	24	3.3	23	85	5	102	47	26	7	17	1.75
14461814--14461848	17	2.0	17	88	5	52	74	0	2	22	0.95
14461805--14461853	21	2.2	24	82	10	59	73	0	6	20	1.04
14467975--14468027	23	2.3	24	81	12	67	15	47	1	35	1.56
14467970--14468031	7	8.1	8	81	15	62	14	48	1	35	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14467998--14468028	16	1.9	16	100	0	62	12	45	3	38	1.59
14477107--14478084	27	36.4	27	83	1	1088	18	17	21	41	1.90
14482149--14482293	72	2.0	72	87	0	209	33	18	15	32	1.92
14482712--14482802	11	8.5	11	75	20	68	40	3	1	54	1.24
14482694--14482778	41	2.1	41	91	4	136	34	2	0	63	1.07
14482736--14482828	17	5.0	17	67	23	53	38	1	1	59	1.12
14482712--14482844	59	2.1	63	89	10	204	40	2	0	56	1.17
14482819--14482844	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
14485794--14485835	13	3.1	14	83	10	52	73	4	0	21	1.01
14490461--14490502	22	1.9	22	85	9	59	28	2	7	61	1.35
14492579--14492619	15	2.7	15	92	3	64	78	2	7	12	1.06
14494780--14494845	27	2.4	27	84	0	96	31	19	16	31	1.94
14496099--14496133	15	2.3	15	100	0	70	14	20	42	22	1.88
14501805--14501870	27	2.4	27	82	5	89	31	18	16	33	1.93
14506871--14506895	11	2.3	11	100	0	50	52	8	0	40	1.31
14511960--14512070	45	2.5	44	77	2	123	27	27	15	29	1.96
14513133--14513175	21	2.0	21	82	8	52	53	4	6	34	1.49
14518460--14519207	47	15.7	47	95	2	1268	32	8	29	29	1.86
14518460--14519207	96	7.9	94	94	3	1268	32	8	29	29	1.86
14519326--14519402	36	2.1	36	90	0	118	24	19	29	25	1.98
14520614--14520913	39	7.6	39	89	4	435	24	21	28	26	1.99
14524599--14525564	49	19.8	49	85	8	1235	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14524599--14525564	145	6.6	145	89	6	1434	32	8	29	29	1.87
14525272--14525311	20	2.0	20	100	0	80	35	10	30	25	1.88
14525127--14525452	165	2.0	161	95	2	580	32	8	28	29	1.87
14525223--14525358	67	2.0	68	94	2	238	33	9	28	28	1.89
14525174--14525405	116	2.0	115	94	3	403	33	9	28	29	1.88
14525293--14525564	141	1.9	141	90	1	438	31	8	30	29	1.86
14525683--14525761	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
14529822--14529904	35	2.4	35	89	0	121	33	18	22	25	1.96
14529890--14530052	43	3.8	43	77	1	130	26	21	22	29	1.99
14529890--14530141	86	2.9	86	79	4	258	25	20	20	33	1.97
14529976--14530160	43	4.3	44	82	4	216	24	21	17	35	1.95
14530828--14530856	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
14534385--14534458	37	2.0	37	100	0	148	48	8	18	24	1.75
14534719--14534789	27	2.6	27	82	10	99	47	11	16	23	1.79
14535695--14535735	20	2.0	20	90	4	64	63	9	0	26	1.25
14535993--14536127	7	18.6	7	68	15	51	48	33	0	17	1.53
14536183--14536260	7	11.3	7	72	13	54	48	30	1	19	1.57
14536183--14536260	14	5.6	14	76	11	72	48	30	1	19	1.57
14536175--14536260	28	3.0	28	71	21	81	48	31	1	18	1.56
14536008--14536230	102	2.2	102	83	7	292	48	34	0	15	1.49
14536661--14536927	114	2.3	114	88	0	381	30	18	18	32	1.95
14536930--14537257	40	8.2	40	92	0	539	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14540348--14541117	47	16.3	47	94	0	1261	32	9	29	28	1.88
14541236--14541314	37	2.1	37	88	0	113	24	20	31	24	1.98
14550701--14550726	11	2.4	11	100	0	52	26	7	7	57	1.54
14552431--14552479	24	2.0	24	92	0	80	32	22	18	26	1.97
14554148--14554235	40	2.2	40	97	0	167	26	28	20	25	1.99
14555445--14555520	37	2.1	37	87	0	107	27	31	17	23	1.97
14555639--14556013	47	7.9	47	93	1	624	29	29	8	31	1.87
14555639--14556013	190	2.0	188	93	1	633	29	29	8	31	1.87
14559412--14559636	40	5.7	40	88	2	328	25	28	22	23	1.99
14560841--14560919	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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