genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14786177--14786284	37	2.9	37	94	0	180	23	20	29	26	1.99
14791676--14791806	65	2.0	65	100	0	262	47	12	6	34	1.66
14805177--14805292	44	2.6	44	91	0	178	31	17	22	28	1.96
14805213--14805569	44	8.0	44	68	12	154	32	17	19	29	1.95
14805342--14805535	94	2.1	94	80	5	214	35	18	18	27	1.94
14805366--14805637	138	2.0	138	80	0	310	33	18	19	29	1.95
14805506--14805952	94	4.8	94	80	1	416	32	19	19	28	1.96
14805220--14805747	232	2.3	226	83	3	648	33	18	19	28	1.95
14805783--14805935	44	3.4	43	69	21	116	33	19	18	28	1.96
14805804--14805954	44	3.3	43	68	18	108	34	17	19	28	1.95
14806332--14806372	16	2.6	16	96	0	73	60	19	0	19	1.36
14811300--14811331	4	8.0	4	100	0	64	25	0	25	50	1.50
14814261--14814570	157	2.0	157	93	0	530	47	4	3	43	1.41
14814700--14814767	16	4.2	16	94	0	118	38	33	0	27	1.57
14815346--14815410	32	2.0	32	90	0	103	24	18	13	43	1.87
14816288--14817144	427	2.0	427	93	0	1473	39	13	19	28	1.89
14823337--14823375	15	2.5	16	87	4	53	56	0	0	43	0.99
14826018--14826055	14	2.9	13	85	11	51	65	0	5	28	1.14
14826015--14826055	20	2.1	19	86	4	55	68	0	4	26	1.10
14828131--14828505	186	2.0	186	100	0	750	31	23	11	33	1.90
14839398--14839460	26	2.4	26	81	5	74	36	7	14	41	1.75
14839417--14839472	26	2.2	26	83	3	69	39	10	14	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14840976--14841103	27	4.8	26	73	8	87	25	23	13	37	1.91
14841038--14841127	27	3.3	27	73	11	85	24	20	11	44	1.83
14841015--14841121	54	2.0	54	84	0	142	26	20	12	41	1.87
14844187--14844296	56	2.0	56	96	0	202	40	29	7	23	1.81
14848952--14848999	20	2.4	20	89	0	69	31	14	22	31	1.94
14848952--14849006	20	2.8	20	78	15	60	32	16	21	29	1.95
14853224--14853281	30	1.9	30	85	0	80	44	0	36	18	1.50
14854334--14854443	37	3.0	37	94	0	184	25	31	20	21	1.98
14854562--14855320	47	15.6	47	81	12	708	28	29	8	33	1.87
14854562--14855320	141	5.2	141	88	6	1104	28	29	8	33	1.87
14854882--14854916	18	1.9	18	100	0	70	22	28	11	37	1.89
14854835--14854963	65	2.0	65	100	0	258	27	27	9	34	1.88
14854790--14855010	112	2.0	112	98	1	426	28	27	9	34	1.87
14864874--14864925	22	2.4	21	84	9	68	7	11	1	78	1.02
14866064--14866698	317	2.0	317	95	0	1137	29	22	16	32	1.95
14870291--14870867	47	12.1	49	94	4	986	32	8	29	29	1.87
14870291--14870867	96	6.0	95	95	2	959	32	8	29	29	1.87
14872247--14872584	39	8.6	39	91	2	507	23	21	28	26	1.99
14872247--14872597	79	4.5	79	90	2	519	23	21	28	26	1.99
14872247--14872597	118	3.0	118	90	2	526	23	21	28	26	1.99
14876240--14876800	96	6.0	94	92	4	904	32	7	29	30	1.86
14876240--14876751	238	2.2	235	96	3	942	32	7	29	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14876240--14876800	47	12.0	47	92	4	904	32	7	29	30	1.86
14878853--14879042	39	4.9	39	81	9	167	22	22	28	26	1.99
14883130--14883698	47	11.9	47	95	2	978	32	8	29	29	1.86
14883130--14883698	96	6.0	94	95	2	978	32	8	29	29	1.86
14885080--14885430	119	3.0	118	88	4	494	23	21	28	26	1.99
14885080--14885417	40	8.6	40	90	2	497	23	21	28	26	1.99
14889086--14889660	47	12.1	47	94	2	970	32	8	29	29	1.87
14889086--14889660	96	6.0	94	95	1	970	32	8	29	29	1.87
14889086--14889660	143	4.0	143	94	2	987	32	8	29	29	1.87
14894771--14894886	55	2.1	57	84	9	152	73	5	12	9	1.24
14894771--14894894	53	2.3	55	80	9	148	72	4	12	9	1.25
14897011--14897433	87	4.9	87	91	0	675	28	22	24	24	1.99
14897457--14897765	131	2.4	131	93	0	539	30	22	25	22	1.99
14897814--14898407	44	13.7	44	67	11	213	28	18	23	29	1.98
14897809--14898167	88	4.1	88	77	5	291	28	18	23	28	1.98
14898248--14898407	87	1.8	87	82	5	207	30	18	22	28	1.98
14897814--14898499	44	15.8	44	66	13	197	28	18	23	28	1.98
14898068--14898474	217	1.9	219	87	2	613	28	17	23	30	1.97
14898030--14898498	217	2.1	215	83	5	591	28	17	24	30	1.97
14900547--14900593	19	2.5	20	75	10	53	25	4	6	63	1.36
14905099--14905149	26	2.0	26	88	0	75	27	25	11	35	1.91
14905437--14905512	38	2.0	38	94	0	134	30	25	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14911995--14912036	11	3.7	12	79	20	54	26	30	0	42	1.55
14913901--14913940	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
14914494--14915244	21	35.9	21	88	1	1051	45	28	0	25	1.57
14916745--14916808	23	2.9	22	77	13	69	50	4	6	39	1.49
14918234--14918458	114	2.0	115	97	0	425	40	9	9	40	1.70
14921465--14921994	249	2.1	247	92	1	873	30	22	18	28	1.97
14921465--14921994	124	4.3	124	92	1	857	30	22	18	28	1.97
14922553--14922857	160	1.9	160	88	5	459	37	8	12	40	1.75
14923687--14923733	23	2.0	24	95	4	87	51	17	14	17	1.77
14937490--14937530	20	2.0	20	90	0	64	60	9	12	17	1.57
14938601--14938655	26	2.1	26	100	0	110	41	12	7	38	1.71
14939504--14939553	25	2.0	25	100	0	100	36	16	4	44	1.66
14941823--14941999	50	3.6	50	80	2	187	27	23	28	20	1.99
14942207--14942245	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
14951074--14951128	25	2.2	26	83	3	67	50	16	0	32	1.45
14971283--14971731	222	2.0	222	98	0	862	32	16	20	31	1.94
14974754--14974786	14	2.5	14	90	9	52	24	9	27	39	1.85
14974704--14974924	51	4.4	51	78	4	205	26	15	26	31	1.96
14974700--14974925	101	2.2	101	81	3	249	26	16	26	30	1.97
14975972--14975998	7	3.9	7	100	0	54	44	11	0	44	1.39
14991446--14991506	26	2.3	26	83	8	70	19	31	18	31	1.96
14994324--14994352	14	2.1	14	100	0	58	34	0	6	58	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14998170--14998261	41	2.3	39	85	9	132	33	2	0	64	1.06
14998198--14998299	30	3.3	30	82	10	118	39	2	0	57	1.14
14998240--14998277	19	2.1	19	90	5	60	44	0	0	55	0.99
14998187--14998278	11	8.9	11	72	20	65	40	2	0	57	1.11
14998267--14998306	21	1.9	21	94	0	71	40	2	0	57	1.12
14998266--14998324	21	2.8	20	82	14	66	42	1	3	52	1.28
15001894--15001920	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
15002656--15002698	20	2.0	22	86	8	63	62	0	0	37	0.95
15002923--15002962	18	2.2	18	86	0	53	72	0	0	27	0.85
15007263--15007330	26	2.6	26	88	0	100	22	25	26	26	2.00
15009535--15009580	21	2.2	21	100	0	92	52	4	19	23	1.64
15009573--15009606	16	2.1	17	88	5	52	38	5	20	35	1.77
15011133--15011162	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
15017423--15017539	49	2.4	49	86	0	153	40	19	17	22	1.92
15021505--15022015	257	2.0	257	87	1	738	22	25	18	33	1.96
15026986--15027064	25	3.2	25	90	0	131	24	34	31	10	1.88
15034432--15034564	37	3.6	37	83	8	157	33	31	15	19	1.93
15043246--15043311	21	3.1	21	95	0	114	16	30	27	25	1.97
15046769--15046807	19	2.1	19	100	0	78	43	10	20	25	1.83
15051916--15051950	18	1.9	18	94	0	61	37	17	5	40	1.73
15054171--15054334	48	3.2	48	70	13	148	23	20	17	38	1.93
15054174--15054391	56	4.1	54	69	14	173	21	22	17	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15054171--15054391	105	2.1	105	88	1	318	22	21	17	38	1.93
15066077--15066284	39	5.4	39	87	1	301	30	13	23	32	1.93
15066083--15066284	77	2.6	78	86	1	298	31	13	23	31	1.93
15080192--15080258	25	2.7	25	92	0	107	20	14	25	38	1.91
15081351--15081391	20	2.0	20	95	0	73	29	36	26	7	1.83
15097341--15097424	37	2.3	37	93	0	150	35	14	27	22	1.93
15106585--15106717	66	2.0	66	95	0	239	24	22	22	30	1.99
15109635--15109683	17	2.8	17	75	6	53	55	0	0	44	0.99
15117345--15117804	160	2.9	155	84	6	572	43	4	8	43	1.56
15117649--15117694	21	2.1	23	84	8	60	54	0	6	39	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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