genome.fa.s16.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_D03
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  50986338

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7842466--7842509	12	3.8	11	85	14	54	34	0	0	65	0.93
7842635--7842670	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
7844265--7844307	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
7853723--7853770	14	3.9	12	82	15	62	18	8	2	70	1.22
7853727--7853780	11	4.7	11	88	9	56	14	5	3	75	1.12
7853741--7853780	11	3.7	11	93	3	64	10	5	5	80	1.02
7856803--7857440	29	22.1	29	81	7	719	24	0	28	46	1.58
7857133--7857191	25	2.5	24	86	5	75	25	0	28	45	1.54
7858659--7858690	7	4.6	7	96	0	55	62	12	0	25	1.30
7858653--7858690	14	2.7	14	87	0	58	60	13	0	26	1.33
7858831--7858869	20	2.0	20	85	10	53	53	7	2	35	1.43
7859800--7859923	51	2.4	51	87	2	178	43	0	25	30	1.60
7859906--7859950	11	4.0	11	91	2	63	51	0	31	17	1.46
7859903--7859949	22	2.1	23	92	4	78	48	0	34	17	1.47
7861290--7861337	24	1.9	24	83	8	60	35	2	8	54	1.42
7862487--7862564	27	3.0	26	81	7	86	29	14	47	8	1.74
7877976--7878003	14	2.0	14	100	0	56	64	0	7	28	1.20
7879382--7879419	3	12.7	3	100	0	76	0	0	31	68	0.90
7880906--7880947	20	2.0	20	86	4	57	40	2	0	57	1.12
7881156--7881191	15	2.4	15	95	0	63	16	22	5	55	1.62
7886619--7886679	27	2.3	26	88	2	86	31	4	3	60	1.34
7892814--7892852	15	2.4	17	83	16	64	76	0	10	12	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7894120--7894365	44	5.7	44	86	3	331	28	21	27	22	1.99
7894459--7894623	44	3.7	45	77	9	126	24	20	27	27	1.99
7894465--7894588	45	2.8	45	77	10	121	25	20	29	25	1.99
7894507--7894662	44	3.5	43	76	14	124	26	19	23	30	1.98
7894724--7895704	100	9.9	100	86	2	1273	34	23	18	24	1.96
7895498--7895671	50	3.5	50	70	4	136	35	20	18	25	1.95
7897310--7897370	27	2.3	26	88	2	86	31	4	3	60	1.34
7899453--7899690	51	4.6	50	75	5	147	23	28	20	27	1.99
7901038--7901084	24	2.0	24	82	0	58	44	2	19	34	1.62
7901128--7901156	15	2.0	15	93	6	51	55	3	0	41	1.17
7908595--7908682	35	2.5	34	83	7	122	37	34	12	15	1.86
7910687--7910726	16	2.3	18	87	8	57	32	15	2	50	1.57
7911118--7911153	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
7911389--7911423	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7911404--7911591	61	3.1	60	67	19	174	48	6	2	42	1.42
7911488--7911539	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
7911367--7911657	120	2.4	121	92	4	491	48	5	3	42	1.40
7911661--7911888	92	2.5	92	81	8	225	46	3	3	45	1.38
7916710--7916736	13	2.1	13	100	0	54	37	0	7	55	1.28
7924621--7924689	28	2.4	29	80	2	77	39	0	5	55	1.24
7926005--7926041	18	2.0	20	84	10	51	24	8	45	21	1.78
7931803--7931836	10	3.6	9	88	11	50	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7931842--7931891	20	2.5	20	87	12	68	64	0	2	34	1.05
7931978--7932018	20	2.0	22	90	9	68	60	4	0	34	1.18
7932098--7932296	100	2.0	100	95	2	357	56	6	6	31	1.48
7932673--7932709	19	2.1	19	85	10	51	51	0	2	45	1.15
7933078--7933116	18	2.0	20	85	9	55	51	0	2	46	1.14
7936237--7936273	19	2.0	19	89	5	58	45	0	10	43	1.39
7937797--7937836	18	2.1	18	90	9	62	52	0	0	47	1.00
7938211--7938264	3	17.7	3	77	11	56	62	1	5	29	1.28
7940690--7941157	131	3.6	131	88	0	666	27	24	18	29	1.98
7940690--7941157	44	10.7	44	66	12	203	27	24	18	29	1.98
7953236--7953299	23	2.8	23	72	9	67	54	1	4	39	1.31
7953221--7953299	24	3.4	23	75	13	72	53	1	6	39	1.35
7953422--7953635	3	71.0	3	66	12	73	56	5	3	34	1.41
7953535--7953587	12	4.4	12	97	0	97	52	13	0	33	1.40
7956163--7956198	16	2.2	16	90	9	56	19	11	2	66	1.35
7968581--7968758	98	1.8	98	89	4	279	32	16	19	30	1.95
7968685--7969318	44	14.7	43	68	12	248	29	17	21	31	1.96
7968665--7969046	129	3.0	129	86	5	540	28	17	21	32	1.96
7968891--7969226	175	1.9	175	93	0	573	27	17	22	31	1.97
7968767--7969326	304	1.8	303	85	4	790	29	17	21	30	1.96
7969025--7969339	128	2.4	128	85	5	382	29	19	20	30	1.97
7971301--7971336	16	2.3	15	90	9	54	19	11	0	69	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7981743--7981880	46	3.0	46	100	0	276	19	15	10	54	1.70
7985811--7985836	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
7986085--7986162	33	2.4	31	81	14	88	50	7	2	39	1.45
7990276--7990304	5	5.8	5	100	0	58	79	0	20	0	0.74
8001402--8001451	25	2.0	25	96	0	91	38	4	6	52	1.45
8011473--8011519	24	2.0	24	84	8	62	29	2	0	68	1.02
8011497--8011639	57	2.5	57	83	11	177	42	0	2	53	1.20
8011822--8011865	16	2.7	17	89	6	65	25	27	4	43	1.74
8014826--8014991	69	2.4	69	85	2	217	20	24	25	30	1.99
8021127--8021165	21	2.0	20	90	10	62	35	0	0	64	0.94
8021097--8021166	9	7.2	10	76	15	67	32	0	2	64	1.08
8021147--8021180	16	2.2	15	94	5	59	29	0	0	70	0.87
8021155--8021198	22	2.0	22	82	8	54	27	0	4	68	1.09
8022255--8022286	15	2.0	17	88	11	50	53	3	0	43	1.16
8031307--8031354	24	2.0	24	88	4	71	6	6	16	70	1.28
8031307--8031373	21	3.0	22	77	18	66	8	5	16	68	1.35
8037843--8037897	22	2.5	22	91	5	85	20	27	23	29	1.99
8045334--8045359	8	3.2	8	100	0	52	23	0	23	53	1.46
8046325--8046611	44	6.6	44	81	6	327	20	17	28	32	1.96
8046241--8046612	171	2.2	172	93	0	620	20	16	27	34	1.95
8046147--8046520	41	8.9	41	76	9	274	22	17	25	33	1.96
8053299--8053351	23	2.4	22	75	9	54	9	16	1	71	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8053344--8053383	18	2.2	18	86	0	53	7	25	2	65	1.32
8068721--8068957	117	2.0	117	97	0	447	33	15	13	37	1.87
8073624--8073650	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
8077347--8077384	13	2.9	13	88	0	58	39	26	10	23	1.87
8078651--8078734	44	1.9	44	85	0	114	51	4	10	33	1.58
8078921--8078959	12	3.2	12	85	7	51	61	2	0	35	1.10
8080561--8080602	22	1.9	22	95	0	75	9	54	30	4	1.53
8085615--8085914	38	7.9	38	81	0	303	14	19	30	35	1.92
8087904--8087953	26	2.0	25	92	4	82	40	6	16	38	1.73
8096828--8096904	14	5.0	15	71	20	52	44	14	7	33	1.74
8096846--8096883	20	1.9	20	88	0	58	52	13	5	28	1.61
8096832--8096898	34	1.9	35	90	3	109	47	13	7	31	1.70
8097532--8097567	18	1.9	18	88	5	54	63	0	2	33	1.08
8102124--8102176	20	2.6	19	85	11	61	50	3	1	43	1.30
8102572--8102931	179	2.0	180	86	1	508	28	17	15	38	1.90
8106353--8106727	186	2.0	185	95	0	669	46	12	14	26	1.80
8107262--8107294	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
8107998--8108033	17	2.1	17	100	0	72	30	22	11	36	1.89
8108068--8108131	31	2.1	30	85	2	83	50	4	4	40	1.44
8114945--8114977	17	1.9	17	100	0	66	39	12	12	36	1.80
8117022--8120358	836	4.0	836	100	0	6674	43	12	12	31	1.80
8123314--8123345	15	2.0	17	88	11	50	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8123311--8123364	27	2.0	27	85	7	74	40	0	0	59	0.98
8123311--8123364	26	2.0	29	82	13	71	40	0	0	59	0.98
8124549--8124603	3	18.7	3	81	7	51	60	1	3	34	1.25
8125327--8125373	19	2.6	18	76	6	51	76	0	14	8	1.01
8126007--8126033	12	2.2	12	100	0	54	48	7	0	44	1.31
8126054--8126084	12	2.6	12	94	0	53	19	9	0	70	1.14
8126531--8127267	44	16.9	44	64	10	172	29	20	23	25	1.99
8126521--8126809	131	2.2	131	88	1	418	30	18	25	25	1.98
8126741--8126901	88	1.8	88	89	2	243	27	21	23	27	1.99
8126840--8127185	131	2.6	131	88	1	532	29	21	23	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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