genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1169--1615	68	6.5	68	94	1	732	34	17	19	28	1.94
1169--1631	137	3.4	137	92	1	741	34	17	19	28	1.95
1169--1631	205	2.3	205	91	1	757	34	17	19	28	1.95
1944--2020	6	13.2	6	71	15	63	46	1	2	49	1.23
1928--2020	17	5.6	17	76	11	77	46	2	4	47	1.34
1927--2019	47	1.9	48	85	8	127	47	2	4	46	1.34
1973--2028	17	3.4	17	82	2	60	53	1	1	42	1.21
2701--2756	24	2.3	24	87	6	78	55	5	7	32	1.50
2723--2760	15	2.5	15	91	0	58	60	2	7	28	1.38
3869--4097	30	7.6	30	93	0	386	36	22	4	37	1.74
4079--4393	59	5.3	59	89	2	447	30	27	6	35	1.81
4079--4393	119	2.7	117	87	5	438	30	27	6	35	1.81
4108--4387	30	9.5	30	63	19	79	31	26	5	36	1.80
12345--12381	19	1.9	19	88	0	56	21	21	29	27	1.99
14795--14835	18	2.3	18	91	0	64	70	0	4	24	1.06
21841--21897	25	2.2	26	84	3	71	63	0	1	35	1.05
39257--39306	7	7.0	7	84	11	66	56	2	0	42	1.11
41689--41759	31	2.2	32	85	9	92	36	11	8	43	1.71
47422--47471	22	2.2	23	92	3	84	58	14	8	20	1.61
50193--50233	20	2.0	20	85	0	55	7	4	21	65	1.37
50701--50761	22	2.8	20	76	16	59	75	0	18	6	1.01
53342--53380	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54830--54876	22	2.2	21	77	7	51	17	25	14	42	1.87
56787--56875	44	2.0	44	100	0	178	26	31	13	28	1.94
69273--69320	22	2.0	25	84	11	66	29	27	6	37	1.81
74878--74920	18	2.4	18	80	7	52	41	4	0	53	1.21
79370--79406	18	2.0	20	89	10	60	59	5	0	35	1.20
91778--91807	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
118875--118926	13	3.8	13	73	9	50	26	9	0	63	1.25
123281--123314	17	1.9	17	94	5	59	64	0	0	35	0.94
124398--124434	14	2.7	13	88	12	56	54	5	0	40	1.24
128112--128149	6	6.5	6	90	6	60	28	13	39	18	1.88
135864--135915	26	2.0	27	81	7	63	34	9	9	46	1.69
141526--141621	11	8.4	11	74	13	77	25	2	7	65	1.29
142587--142627	22	1.9	22	95	5	75	73	14	2	9	1.19
143546--143576	6	5.2	6	96	0	53	29	16	35	19	1.93
143993--144064	33	2.2	33	89	0	117	58	0	5	36	1.22
147613--147695	11	7.5	11	73	8	60	27	3	4	63	1.31
147640--147687	22	2.3	20	89	7	69	35	0	2	62	1.07
147644--147696	23	2.4	22	87	3	70	35	1	1	60	1.19
148682--148869	23	8.1	23	83	7	163	40	25	22	11	1.87
148751--148869	48	2.5	48	85	8	172	42	24	22	10	1.84
152338--152370	15	2.3	15	89	5	50	72	0	0	27	0.85
158326--158385	18	3.3	18	79	9	77	23	25	20	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158394--158538	72	2.0	72	98	0	281	19	16	24	40	1.91
167717--167768	27	1.9	27	84	0	68	51	17	9	21	1.73
168584--168656	18	4.1	18	80	0	65	58	5	4	31	1.39
173121--173164	22	2.0	22	86	4	63	31	2	15	50	1.57
181210--181271	31	2.0	31	87	0	88	35	11	8	45	1.70
183469--183541	38	1.9	37	97	2	137	53	5	9	31	1.56
190601--190637	10	3.8	10	85	7	58	10	8	10	70	1.35
210266--210299	6	5.8	6	93	3	52	70	11	14	2	1.27
218721--218838	51	2.3	50	78	4	121	43	6	14	35	1.72
218992--219034	17	2.6	16	82	13	52	81	4	2	11	0.93
223020--223093	29	2.4	31	82	10	82	62	6	1	29	1.29
224758--224794	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
224794--224840	2	23.5	2	95	0	85	46	0	2	51	1.13
246592--246635	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
248637--248695	23	2.6	23	83	5	75	10	25	20	44	1.83
248682--248742	22	2.7	23	82	2	63	14	22	24	37	1.92
248700--248768	22	3.2	21	81	8	77	13	20	28	37	1.90
249521--249563	16	2.7	16	85	0	50	34	9	0	55	1.32
259290--259322	11	3.3	10	84	16	50	12	18	0	69	1.18
286739--286797	23	2.6	23	75	2	66	54	1	0	44	1.10
293161--293485	160	2.1	157	81	1	371	33	17	14	34	1.91
299867--299897	12	2.6	12	94	0	53	35	0	12	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319088--319161	31	2.4	30	86	2	103	43	8	0	48	1.32
340245--340287	16	2.5	17	81	7	52	53	9	0	37	1.33
341734--341777	23	1.9	23	86	9	63	27	6	4	61	1.41
343796--343854	31	1.9	31	96	0	109	49	3	5	42	1.41
346202--346286	30	2.8	29	76	15	91	44	1	15	38	1.54
347502--347542	15	2.5	17	81	18	52	70	4	24	0	1.06
347505--347552	20	2.5	19	83	6	60	72	2	25	0	0.95
375074--375212	61	2.3	61	81	5	147	47	17	7	26	1.75
375956--376002	18	2.6	18	89	0	67	36	6	25	31	1.81
377429--377464	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
379810--379898	27	3.3	27	90	4	144	34	11	16	37	1.85
379810--379897	9	9.8	9	74	7	72	34	11	17	37	1.85
380012--380053	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
381196--381282	27	3.2	27	88	3	122	37	10	14	36	1.81
381230--381285	9	6.2	9	78	0	58	37	10	19	32	1.86
381398--381439	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
384953--384979	9	3.0	9	100	0	54	33	11	22	33	1.89
385095--385141	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
386746--386807	6	10.2	6	84	6	54	77	3	0	19	0.90
386768--386807	3	13.7	3	84	5	55	75	0	0	25	0.81
387050--387186	61	2.3	59	83	2	157	45	17	8	27	1.78
387934--388023	9	10.0	9	70	13	69	34	11	21	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
387937--388021	18	4.7	18	85	5	127	34	11	21	32	1.89
387937--388021	36	2.4	36	97	0	161	34	11	21	32	1.89
388135--388183	3	16.3	3	86	0	71	61	0	6	32	1.21
389335--390187	429	2.0	429	99	0	1670	30	11	20	36	1.88
391723--391785	18	3.5	18	76	8	65	33	9	15	41	1.80
393374--393442	31	2.2	31	84	0	84	34	15	15	33	1.90
395653--395694	21	2.0	21	90	9	68	47	9	4	38	1.57
396349--396393	9	4.9	9	84	13	56	2	11	0	86	0.65
396352--396387	11	3.2	11	96	4	63	0	11	0	88	0.50
396345--396385	18	2.2	20	91	8	68	0	14	0	85	0.60
398754--398820	29	2.3	29	82	5	73	44	2	5	46	1.43
398749--399001	125	2.0	125	89	3	384	42	5	9	43	1.59
402179--402214	9	4.0	9	85	0	54	33	11	22	33	1.89
406004--406060	23	2.4	23	78	18	64	42	1	3	52	1.28
408142--408180	21	1.9	21	84	5	53	58	2	7	30	1.39
408323--408393	31	2.3	31	87	4	99	50	9	4	35	1.55
409912--409964	21	2.5	21	87	9	72	35	3	0	60	1.15
409930--409973	21	2.1	21	83	8	54	38	2	0	59	1.10
413093--413137	16	2.6	17	79	10	56	37	6	0	55	1.26
414055--414159	46	2.3	45	80	7	124	52	14	8	24	1.69
415054--415088	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
415801--415835	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
416270--416305	18	1.9	19	88	5	56	61	0	2	36	1.11
417326--417386	27	2.2	27	80	8	70	34	1	1	62	1.15
417349--417400	16	2.9	18	72	16	54	36	1	0	61	1.07
423471--423518	3	16.0	3	86	0	51	56	0	43	0	0.99
423474--423513	15	2.7	15	88	0	62	55	0	45	0	0.99
423471--423513	12	3.6	12	83	0	59	55	0	44	0	0.99
423471--423518	18	2.7	18	86	0	69	56	0	43	0	0.99
424097--424121	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
448677--448741	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
464308--464342	17	2.1	17	100	0	70	34	8	11	45	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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