genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28387590--28387665	27	2.8	27	87	0	116	32	21	26	19	1.97
28387721--28387768	15	3.3	14	82	8	60	12	10	31	45	1.76
28388765--28388821	29	1.9	30	92	3	98	38	21	0	40	1.53
28388758--28388880	30	4.1	29	77	5	120	34	23	2	39	1.68
28388758--28388918	30	5.4	29	77	4	108	34	26	2	36	1.70
28388909--28389049	29	4.9	29	86	6	171	38	26	3	31	1.73
28388910--28389049	58	2.4	59	85	8	189	38	26	3	31	1.73
28391288--28391337	10	5.0	10	75	18	50	40	24	22	14	1.90
28397562--28398096	39	13.7	39	70	11	308	22	30	20	26	1.98
28397788--28397892	43	2.6	39	87	6	138	21	29	18	30	1.97
28397523--28398105	78	7.5	78	81	4	681	22	29	20	26	1.99
28400229--28400488	29	8.9	29	70	12	138	35	22	2	39	1.68
28400229--28400479	88	2.9	86	82	8	258	36	21	2	39	1.68
28400230--28400487	58	4.4	59	81	6	274	35	22	2	39	1.68
28400229--28400487	30	8.8	29	75	8	204	35	22	2	39	1.68
28403862--28404247	29	13.1	30	70	12	135	35	3	24	36	1.72
28403842--28404052	88	2.4	88	78	9	207	35	3	25	35	1.73
28403920--28404247	30	11.2	30	77	8	221	35	3	24	36	1.73
28403920--28404081	59	2.8	56	83	8	191	32	3	28	35	1.73
28403853--28404247	117	3.4	117	77	9	297	36	3	23	36	1.72
28403834--28404257	59	7.2	57	71	14	188	36	3	23	36	1.72
28406469--28406914	78	5.7	78	82	3	504	26	19	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28406450--28406914	156	3.0	156	84	2	569	26	19	29	24	1.98
28406469--28406917	39	11.5	39	71	12	260	26	19	30	24	1.98
28418474--28418870	58	6.8	58	79	10	321	37	2	23	36	1.68
28418491--28418865	29	12.9	28	75	12	215	36	2	23	37	1.68
28418496--28418865	59	6.3	58	81	8	333	37	2	23	37	1.68
28419185--28419565	190	2.0	190	99	0	753	38	16	21	23	1.93
28420816--28420897	6	13.8	6	72	11	62	57	3	0	39	1.16
28420824--28420892	17	4.1	17	88	0	102	59	4	0	36	1.17
28420824--28420892	34	2.0	34	94	0	120	59	4	0	36	1.17
28423359--28423449	45	2.0	45	97	0	173	41	14	4	39	1.65
28425241--28425329	10	8.8	10	71	6	63	25	5	2	66	1.25
28427753--28428017	132	2.0	132	89	1	406	23	22	24	30	1.99
28433184--28433267	42	2.0	42	88	4	125	47	21	1	29	1.58
28435365--28435412	21	2.3	21	79	10	55	52	2	0	45	1.12
28435841--28435920	37	2.1	38	86	6	110	26	5	1	67	1.18
28452221--28454770	859	3.0	859	91	0	4012	29	12	24	33	1.92
28461161--28461213	28	2.0	25	82	17	63	58	3	0	37	1.16
28461644--28461857	107	2.0	107	98	0	410	28	20	7	43	1.77
28461895--28462102	114	1.8	114	80	10	255	24	24	12	39	1.89
28462836--28462873	19	1.9	20	89	10	60	78	0	5	15	0.91
28466888--28466931	21	2.1	21	86	0	61	29	11	13	45	1.79
28469727--28469759	17	2.1	16	88	11	50	69	0	18	12	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28470052--28470091	21	1.9	21	84	0	53	62	22	0	15	1.32
28474662--28474686	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
28475603--28475647	20	2.2	21	84	11	58	28	0	15	55	1.41
28479063--28479113	26	2.0	26	84	7	68	52	0	0	47	1.00
28479204--28479236	16	2.1	16	94	0	57	48	6	0	45	1.27
28481966--28482015	21	2.4	21	100	0	100	30	8	16	46	1.75
28481966--28482023	21	2.7	21	91	2	71	34	8	13	43	1.75
28483889--28483946	3	19.3	3	85	0	53	24	3	8	63	1.38
28493331--28493437	20	5.1	20	71	14	72	8	6	15	69	1.35
28493335--28493425	32	2.8	33	77	11	107	7	7	15	69	1.35
28493399--28493471	21	3.3	22	79	11	62	8	5	19	67	1.37
28493337--28493463	64	2.0	63	80	9	141	7	7	16	67	1.39
28493428--28493502	12	6.3	12	71	3	62	6	5	18	69	1.30
28499177--28499214	20	2.0	20	85	10	53	34	0	5	60	1.19
28499309--28499337	8	3.8	8	90	9	51	55	0	0	44	0.99
28501824--28502663	105	8.0	105	83	2	886	22	16	22	38	1.93
28503512--28503548	7	5.3	7	93	0	65	13	29	10	45	1.77
28503508--28503548	14	2.9	14	96	0	73	14	29	9	46	1.77
28512966--28513249	38	7.6	38	75	9	192	42	12	16	27	1.84
28512973--28513497	74	7.2	73	72	15	285	43	13	16	26	1.85
28512992--28513497	147	3.5	148	72	14	356	43	13	16	26	1.85
28513333--28513497	73	2.3	72	79	6	190	45	13	15	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28513319--28513510	37	5.3	37	74	12	128	45	14	14	25	1.82
28516825--28517616	398	2.0	403	86	5	1102	36	6	13	43	1.69
28518212--28518752	109	4.9	109	79	7	483	37	13	21	28	1.91
28518199--28518757	36	15.3	38	80	7	504	37	12	21	28	1.90
28518743--28519171	140	3.1	140	84	4	569	31	21	20	27	1.98
28519951--28520002	24	2.1	25	82	10	63	50	3	1	44	1.31
28533614--28533642	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
28534168--28534638	61	7.8	60	79	5	468	27	18	14	38	1.90
28534169--28534622	122	3.8	121	86	5	625	28	18	14	38	1.90
28538665--28538721	22	2.6	23	77	8	73	35	42	5	17	1.72
28539943--28539988	21	2.3	21	88	7	69	17	2	6	73	1.14
28539751--28540100	169	2.1	168	87	4	508	34	6	5	53	1.50
28541384--28541431	20	2.4	20	80	16	55	41	20	2	35	1.64
28542086--28542167	39	2.2	36	80	6	92	24	17	13	45	1.84
28542629--28542666	20	1.9	20	94	0	67	36	2	13	47	1.56
28542976--28543014	19	2.1	18	90	4	60	38	0	0	61	0.96
28542985--28543014	10	3.1	10	90	9	53	40	0	0	60	0.97
28543393--28543444	26	2.0	26	100	0	104	42	0	30	26	1.56
28546208--28546531	51	6.3	51	86	3	400	31	13	25	29	1.94
28549382--28549629	52	4.8	52	84	3	293	29	14	24	32	1.94
28550344--28550384	21	2.0	21	85	0	55	34	14	19	31	1.92
28553604--28553787	52	3.5	52	84	1	217	26	14	25	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28554977--28555214	51	4.6	51	85	4	291	31	15	23	29	1.95
28556085--28556342	129	2.0	129	100	0	516	42	7	19	30	1.79
28561391--28561445	26	2.1	26	96	0	101	34	9	21	34	1.85
28561417--28561545	52	2.5	52	84	0	159	30	13	21	34	1.93
28561417--28561584	52	3.2	52	82	1	149	28	14	23	33	1.94
28565456--28565651	52	3.8	52	91	1	295	27	16	24	31	1.97
28572689--28572835	37	4.0	37	92	0	231	10	19	30	40	1.84
28572704--28572854	74	2.0	74	84	2	196	12	18	30	38	1.88
28582291--28582373	32	2.5	33	78	5	89	28	2	22	45	1.65
28582376--28582494	62	1.9	62	84	3	159	22	0	31	45	1.58
28590550--28590586	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
28592341--28592379	15	2.5	16	83	4	53	58	0	0	41	0.98
28598897--28598930	16	2.1	17	88	5	52	61	0	0	38	0.96
28601542--28601597	27	2.1	27	93	0	94	35	19	16	28	1.93
28604834--28604878	20	2.2	20	84	7	56	51	2	15	31	1.56
28607733--28607759	5	5.4	5	100	0	54	22	0	37	40	1.54
28611664--28611918	102	2.5	102	96	0	474	34	16	18	30	1.93
28611735--28611904	50	3.4	50	68	13	150	34	15	17	32	1.91
28611682--28611854	52	3.4	53	69	13	171	33	18	17	30	1.94
28612216--28612332	6	20.0	6	66	11	64	43	4	2	49	1.35
28612201--28612284	41	2.0	42	86	2	116	36	4	2	55	1.34
28612254--28612317	17	3.7	18	82	13	73	43	1	4	50	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28612972--28613034	12	4.9	12	77	12	63	55	1	3	39	1.25
28613018--28613066	24	2.0	24	88	0	71	61	0	0	38	0.96
28614070--28614331	29	8.9	29	73	13	130	32	27	1	38	1.68
28614074--28614446	59	6.3	58	77	10	321	31	27	3	37	1.74
28614071--28614331	30	8.8	29	73	12	174	32	27	1	38	1.68
28614345--28614474	28	4.6	28	72	9	77	33	26	7	33	1.85
28614405--28614474	28	2.5	28	86	4	88	32	25	10	31	1.89
28617665--28617768	29	3.6	29	84	7	131	61	0	1	35	1.14
28617666--28617772	9	11.2	9	72	11	79	59	0	1	37	1.14
28617950--28618053	10	10.3	10	78	9	104	29	1	2	65	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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