genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26133567--26133722	78	2.0	78	97	0	294	42	14	14	28	1.85
26133756--26133969	61	3.5	61	89	2	324	36	20	11	31	1.88
26136861--26136898	18	2.1	18	90	9	60	50	15	10	23	1.75
26137036--26137111	34	2.2	34	95	0	134	28	22	0	48	1.51
26163974--26164126	18	8.5	18	83	1	146	22	21	23	32	1.98
26164101--26164137	18	2.1	18	89	0	56	27	18	27	27	1.98
26168409--26168583	51	3.5	51	91	3	282	32	14	23	29	1.94
26176789--26176828	17	2.4	17	86	0	62	37	20	17	25	1.94
26176803--26176875	29	2.5	29	84	4	94	38	17	21	21	1.93
26177434--26177564	53	2.5	53	87	0	181	29	36	12	20	1.90
26177538--26177672	53	2.5	53	85	0	171	31	35	13	20	1.91
26177715--26177833	62	1.9	62	89	0	184	25	35	13	26	1.93
26183952--26184032	43	1.9	43	84	2	110	22	22	24	30	1.99
26184402--26184620	40	5.5	40	79	3	217	38	20	15	25	1.92
26215055--26215101	17	2.8	17	86	0	58	14	21	14	48	1.80
26218801--26218855	19	2.8	20	72	8	51	56	3	14	25	1.55
26232501--26232589	4	22.2	4	81	0	106	44	23	7	23	1.79
26232885--26232915	12	2.6	12	94	0	53	41	25	6	25	1.79
26242354--26242386	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
26259473--26259812	52	6.4	52	85	7	434	28	14	22	34	1.93
26259473--26259752	103	2.7	103	91	1	434	27	14	23	35	1.93
26259701--26259818	60	2.0	60	84	3	157	30	13	22	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26266090--26266291	105	1.9	105	83	2	262	30	13	25	30	1.94
26268096--26268459	48	7.6	48	80	3	342	37	15	26	21	1.93
26268112--26268387	72	3.8	72	84	0	329	36	15	26	21	1.94
26268132--26268459	24	13.7	24	74	5	184	36	15	26	21	1.93
26270484--26270519	18	1.9	19	88	5	56	27	2	0	69	1.02
26275150--26275189	18	2.3	18	86	4	55	82	0	12	5	0.82
26279692--26280648	99	9.7	98	76	10	747	35	18	21	25	1.96
26279678--26280636	297	3.2	295	81	5	1113	34	18	21	25	1.96
26279663--26280653	198	5.0	198	80	4	1083	35	18	20	25	1.95
26280603--26280766	82	2.0	82	95	0	292	43	18	17	20	1.88
26280818--26281177	50	7.2	50	85	0	452	36	18	25	20	1.95
26280734--26281177	151	3.0	150	83	3	528	36	18	25	20	1.95
26281366--26281408	10	4.3	10	79	8	52	83	13	0	2	0.74
26281366--26281405	19	2.2	18	90	4	62	82	15	0	2	0.77
26281375--26281406	14	2.3	14	94	0	55	81	15	0	3	0.82
26281850--26281897	2	25.5	2	81	12	57	50	0	0	50	1.00
26282736--26282770	18	1.9	18	88	0	52	22	2	2	71	1.13
26284564--26284726	81	2.0	81	100	0	326	36	7	11	45	1.68
26285877--26285906	12	2.6	11	90	10	51	50	3	0	46	1.18
26286161--26286193	17	2.0	16	94	5	57	27	0	0	72	0.85
26293209--26293241	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
26294340--26294622	60	4.8	58	76	8	207	35	2	25	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26294380--26294604	90	2.5	89	79	8	224	36	2	25	35	1.70
26294340--26294599	30	8.7	29	78	8	186	35	2	26	36	1.69
26294462--26294622	30	5.4	28	77	11	119	39	2	22	35	1.68
26296754--26297543	49	16.0	50	77	4	575	15	30	18	35	1.92
26296754--26297532	99	7.9	99	81	3	649	15	30	18	35	1.92
26296754--26297532	148	5.2	149	78	4	628	15	30	18	35	1.92
26296828--26297571	248	3.0	245	84	3	897	15	31	18	35	1.92
26299622--26299648	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
26300776--26300806	11	2.8	11	100	0	62	25	9	25	38	1.86
26302400--26302613	107	2.0	107	97	0	401	55	11	14	18	1.69
26318382--26318435	19	2.6	21	77	14	58	68	3	3	24	1.22
26318396--26318444	19	2.7	17	79	14	53	65	4	4	26	1.29
26318441--26318483	8	5.5	8	81	13	54	65	0	9	25	1.22
26319698--26319722	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
26319694--26319734	20	2.0	20	85	0	55	34	0	2	63	1.08
26321904--26321953	21	2.2	24	76	16	63	32	4	10	54	1.52
26321904--26321956	23	2.4	21	81	12	63	32	3	9	54	1.50
26337918--26337992	6	12.5	6	74	16	57	44	1	2	52	1.23
26337918--26338002	17	5.1	17	81	11	68	47	1	2	49	1.22
26338648--26338691	18	2.4	18	88	7	63	50	6	4	38	1.50
26338638--26338691	18	2.7	20	72	21	51	46	5	7	40	1.55
26339831--26340116	30	9.8	29	74	5	209	37	25	3	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26339862--26340102	87	2.8	86	80	8	238	38	24	3	34	1.72
26339831--26340041	59	3.6	58	76	8	169	39	25	3	31	1.72
26339853--26340117	146	1.8	146	85	3	372	37	25	3	32	1.74
26346073--26346136	21	3.0	21	88	8	87	31	14	26	28	1.95
26351163--26351777	30	20.8	30	77	7	427	34	2	27	35	1.71
26351161--26351769	89	6.9	88	73	9	258	35	2	27	34	1.72
26351348--26351733	89	4.3	89	77	6	345	37	3	26	33	1.74
26351189--26351769	119	4.9	120	82	5	519	35	2	27	34	1.72
26353574--26353675	37	2.8	37	83	0	141	24	21	17	36	1.95
26353414--26353882	245	1.9	242	89	1	722	23	21	17	37	1.94
26353615--26354055	208	2.1	209	91	1	715	23	21	16	37	1.94
26354085--26354209	39	3.2	39	82	4	171	26	16	29	28	1.96
26354473--26355098	50	12.7	49	76	3	432	17	29	17	35	1.93
26354472--26355098	148	4.3	147	76	2	551	17	29	17	35	1.93
26354544--26355111	196	2.9	198	79	4	592	17	29	17	35	1.93
26356989--26357029	12	3.5	11	87	9	55	0	31	0	68	0.90
26360845--26361310	30	15.6	30	78	8	391	36	0	25	37	1.62
26360845--26361310	89	5.2	89	79	6	403	36	0	25	37	1.62
26360845--26361310	59	7.8	58	76	10	372	36	0	25	37	1.62
26362125--26362151	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
26367824--26368314	244	2.0	244	98	0	955	28	17	25	28	1.97
26376702--26376882	52	3.5	52	83	1	229	37	24	12	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26376870--26376894	12	2.1	12	100	0	50	52	24	16	8	1.70
26376821--26376944	64	1.9	64	90	0	194	37	25	14	22	1.92
26376882--26377017	52	2.6	52	86	0	218	36	26	13	23	1.92
26376769--26376996	116	2.0	116	90	0	357	37	25	13	23	1.91
26387632--26387759	52	2.5	52	90	2	195	35	25	15	24	1.94
26388636--26388682	20	2.2	22	82	17	64	34	14	2	48	1.56
26391475--26391966	93	5.3	93	85	3	621	31	19	23	25	1.98
26391475--26391957	187	2.6	186	88	2	677	32	19	23	24	1.98
26394591--26394650	25	2.5	24	81	10	68	25	0	1	73	0.93
26401886--26401920	18	1.9	18	88	0	52	25	5	11	57	1.56
26407828--26407865	19	2.0	19	94	0	67	26	7	31	34	1.85
26409293--26409338	19	2.4	19	85	0	56	34	28	6	30	1.82
26414514--26414557	12	3.7	12	79	11	54	22	2	0	75	0.92
26419625--26419686	8	8.0	8	76	21	53	75	0	24	0	0.80
26419636--26419682	22	2.2	22	88	11	71	78	0	21	0	0.75
26419635--26419683	23	2.2	23	83	16	68	79	0	20	0	0.73
26419622--26419685	29	2.2	30	86	10	89	78	0	21	0	0.76
26419625--26419690	17	3.7	18	74	18	66	74	0	25	0	0.82
26420581--26420677	50	1.9	50	80	0	113	37	17	23	21	1.94
26420737--26421160	80	5.2	80	85	5	562	34	22	16	26	1.95
26420892--26421358	39	11.7	39	68	10	216	33	23	16	26	1.95
26420737--26421160	168	2.6	160	87	4	589	34	22	16	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26421030--26421278	120	2.1	118	83	3	311	31	23	17	27	1.97
26421149--26421357	79	2.6	79	83	1	258	31	23	16	28	1.96
26421053--26421278	118	1.9	120	86	1	321	31	23	18	27	1.97
26421471--26422294	412	2.0	411	96	0	1504	36	17	20	25	1.94
26422289--26422438	63	2.5	60	88	7	239	42	0	4	52	1.25
26430634--26430675	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
26438054--26438090	7	5.3	7	96	0	65	18	0	67	13	1.23
26444686--26445029	167	2.1	168	93	0	582	29	14	17	38	1.89
26450401--26450570	52	3.3	52	90	1	263	30	16	22	30	1.96
26452705--26452783	38	2.1	38	97	0	149	29	25	5	40	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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