genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   

This is table  69  of  143  ( 17057 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22514879--22515228	59	6.0	59	75	10	242	34	26	4	34	1.77
22514916--22515232	59	5.4	59	78	4	281	33	26	4	35	1.77
22514912--22515140	88	2.6	89	82	7	245	35	27	3	34	1.72
22514921--22515228	117	2.6	119	81	7	337	34	25	4	35	1.76
22514879--22515227	29	12.0	29	73	10	203	34	26	4	34	1.76
22520441--22520488	15	3.1	15	73	5	51	77	0	20	2	0.88
22520440--22520516	28	2.8	27	80	7	75	76	1	20	1	0.93
22520474--22520512	20	2.0	20	89	0	60	76	2	20	0	0.90
22521451--22521922	50	9.5	50	83	2	531	35	17	31	15	1.91
22521448--22521922	149	3.2	148	83	2	558	35	17	31	15	1.91
22521451--22521951	199	2.5	197	84	3	596	35	17	30	15	1.91
22522297--22522395	38	2.6	38	80	1	108	26	30	18	25	1.98
22522474--22522885	209	2.0	209	81	0	484	36	17	22	23	1.95
22523220--22523290	17	4.2	17	77	0	79	39	4	4	52	1.41
22523214--22523280	34	2.0	34	90	0	107	32	4	7	55	1.48
22523333--22523383	26	2.0	26	84	0	66	45	31	13	9	1.76
22523956--22524014	3	19.7	3	96	0	109	64	0	1	33	1.04
22524368--22524409	20	2.0	22	86	9	61	28	19	21	30	1.97
22525149--22525353	59	3.5	58	81	8	204	32	25	8	33	1.86
22525182--22525351	29	5.8	30	76	15	158	31	25	8	34	1.86
22525180--22525354	30	5.9	30	76	12	166	32	25	8	34	1.86
22527948--22527981	16	2.1	17	88	5	52	61	8	0	29	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22529090--22529119	14	2.1	14	100	0	60	73	0	6	20	1.05
22529886--22530075	103	1.8	102	81	6	231	26	25	12	36	1.91
22531108--22531877	49	15.6	49	72	9	451	34	16	30	18	1.93
22531108--22531875	99	7.8	99	75	9	568	34	15	30	18	1.93
22531108--22531867	148	5.1	147	87	2	952	34	16	30	18	1.93
22532241--22532464	39	5.7	40	74	10	158	29	27	16	26	1.97
22532233--22532995	78	9.8	79	79	9	314	32	25	16	25	1.96
22532236--22533010	40	20.0	38	76	9	469	32	25	16	25	1.96
22532360--22532995	78	8.2	77	79	9	455	33	25	16	25	1.96
22532235--22532989	116	6.5	115	75	13	464	32	25	16	25	1.96
22532233--22533032	38	20.5	40	75	12	540	32	26	16	25	1.96
22533074--22533228	51	3.0	52	69	12	140	36	19	19	25	1.95
22538161--22538206	23	2.0	23	83	12	58	65	2	17	15	1.37
22538967--22538999	11	3.0	11	90	0	57	63	3	0	33	1.10
22540389--22540448	31	1.9	31	86	3	84	30	1	10	58	1.41
22540995--22541138	9	17.3	9	66	24	50	33	2	2	61	1.22
22541097--22541142	23	2.0	23	87	8	67	32	4	0	63	1.14
22543185--22543231	24	2.0	24	83	4	60	36	17	12	34	1.87
22544319--22544356	18	2.0	20	85	10	53	39	15	13	31	1.86
22544608--22544686	36	2.1	36	88	4	113	35	26	10	27	1.89
22544756--22544894	23	6.0	23	87	0	197	45	13	5	35	1.66
22544756--22545005	46	5.7	46	79	11	270	45	14	4	35	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22544815--22544976	82	2.0	82	87	2	236	44	16	5	33	1.70
22544900--22545005	23	4.6	23	84	0	140	45	14	3	36	1.63
22544795--22544999	105	2.0	105	87	0	293	45	14	4	35	1.66
22544769--22545005	128	1.9	128	87	1	350	45	14	4	35	1.66
22549179--22549438	23	11.4	23	83	1	326	46	15	3	34	1.63
22549179--22549438	69	3.8	69	87	4	364	46	15	3	34	1.63
22551089--22551133	18	2.5	19	78	10	58	40	11	0	48	1.39
22551587--22551630	23	2.0	23	86	4	63	56	6	6	29	1.51
22553395--22553437	18	2.4	18	88	7	61	53	0	0	46	1.00
22559564--22559602	6	6.5	6	87	0	60	46	20	2	30	1.64
22561621--22561690	21	3.3	22	80	9	74	64	0	1	34	1.03
22562315--22562352	16	2.4	16	90	0	58	47	5	18	28	1.70
22571601--22571676	34	2.1	36	80	7	84	48	0	1	50	1.09
22571594--22571716	60	2.1	57	85	7	158	47	1	1	48	1.21
22571705--22571781	32	2.5	31	81	8	102	40	1	1	57	1.15
22579861--22579904	20	2.1	21	84	16	56	70	0	6	22	1.11
22579901--22579933	17	1.9	17	100	0	66	48	18	6	27	1.71
22581847--22581953	45	2.4	45	80	3	126	38	19	19	22	1.94
22582035--22582155	43	2.8	43	82	5	138	39	14	17	28	1.89
22581955--22582291	179	1.8	183	79	4	394	37	13	19	29	1.90
22584560--22584592	12	2.8	12	95	0	57	15	9	0	75	1.03
22591212--22591265	22	2.5	21	77	14	56	35	14	14	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22592872--22592902	11	2.9	11	95	4	55	64	9	16	9	1.48
22593023--22593116	16	6.5	15	79	15	76	77	1	2	19	0.93
22593031--22593116	9	9.4	9	73	19	72	79	0	2	18	0.85
22593022--22593113	6	15.3	6	76	15	84	78	1	2	18	0.92
22593022--22593114	34	2.9	30	77	19	89	78	1	2	18	0.91
22593031--22593116	26	3.2	26	76	16	77	79	0	2	18	0.85
22598489--22598527	21	1.9	21	89	5	62	64	7	12	15	1.49
22605734--22605763	14	2.2	14	94	5	53	40	10	20	30	1.85
22607772--22607826	27	2.0	27	96	0	101	9	32	18	40	1.82
22608166--22608399	100	2.3	100	76	6	231	27	19	18	34	1.95
22626382--22626428	15	2.9	16	78	9	51	44	0	19	36	1.51
22629151--22629257	6	19.0	6	74	12	75	40	2	4	52	1.37
22629154--22629252	17	5.9	17	78	2	103	38	3	5	53	1.38
22629152--22629253	34	3.1	34	80	2	127	40	2	4	51	1.38
22629215--22629257	11	3.9	11	81	6	52	44	0	0	55	0.99
22629216--22629257	22	1.9	22	95	0	75	42	0	0	57	0.99
22629943--22629998	9	5.9	9	78	12	58	51	1	3	42	1.29
22632991--22633053	9	6.9	9	77	16	67	79	0	20	0	0.73
22632997--22633077	6	13.2	6	76	14	60	79	0	18	2	0.85
22632974--22633077	23	4.6	23	79	13	94	78	0	17	3	0.89
22633006--22633053	17	2.8	17	87	9	71	81	0	18	0	0.70
22632978--22633075	39	2.6	38	81	13	114	79	0	16	4	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22632976--22633077	22	4.5	22	75	16	77	79	0	16	3	0.88
22633970--22634878	49	18.5	49	77	9	696	38	18	25	17	1.93
22634024--22634478	246	1.8	246	92	0	768	38	18	24	18	1.93
22634073--22634941	196	4.4	196	79	4	792	38	19	24	17	1.93
22635236--22635738	39	12.9	39	74	4	370	24	33	20	22	1.97
22635225--22635691	78	6.0	77	82	4	483	24	33	19	22	1.97
22635225--22635694	156	3.0	155	85	3	597	25	33	19	22	1.97
22636869--22636932	31	2.0	33	81	6	78	28	21	4	45	1.72
22641014--22641039	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
22649286--22649323	18	2.1	18	90	9	60	26	10	13	50	1.73
22649368--22649412	23	2.0	23	86	0	63	35	20	13	31	1.91
22656162--22656824	330	2.0	329	97	0	1245	36	6	20	36	1.79
22658290--22658371	34	2.4	34	89	0	128	18	14	32	34	1.91
22661127--22661168	16	2.6	16	81	7	50	66	4	9	19	1.38
22662623--22662659	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
22666749--22666890	40	3.5	40	81	3	169	38	20	17	23	1.93
22673130--22673162	13	2.5	13	100	0	66	33	33	27	6	1.81
22673658--22673801	40	3.6	40	77	9	148	41	18	16	23	1.89
22680625--22680673	22	2.3	22	82	3	55	65	4	10	20	1.39
22680703--22680738	19	1.9	19	88	5	56	58	19	5	16	1.58
22681073--22681192	58	2.1	58	93	3	206	32	0	20	47	1.50
22681403--22681447	23	2.0	23	86	0	63	35	20	13	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22681595--22681709	41	2.8	41	81	1	142	39	16	18	26	1.91
22681595--22681700	40	2.6	40	83	1	131	38	17	17	25	1.92
22683501--22683525	9	2.8	9	100	0	50	48	0	28	24	1.52
22694577--22694608	16	2.0	16	93	0	55	53	0	18	28	1.45
22695024--22695142	27	4.4	27	86	0	166	22	15	23	37	1.93
22698842--22698873	16	2.0	16	93	0	55	53	0	18	28	1.45
22699292--22699408	27	4.3	27	92	0	189	21	15	26	36	1.93
22699413--22699471	24	2.5	24	94	0	100	27	16	27	28	1.97
22704251--22704290	18	2.3	18	86	4	55	52	10	17	20	1.72
22719016--22719055	19	2.1	19	100	0	80	30	5	15	50	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143