genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  78  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25052343--25052384	21	2.0	21	90	4	68	66	2	0	30	1.04
25053038--25053086	24	2.0	24	84	0	62	28	4	20	46	1.68
25055904--25055993	44	2.0	44	100	0	180	33	26	13	26	1.93
25059330--25059401	13	5.3	13	75	15	56	20	4	1	73	1.07
25059332--25059390	14	4.4	14	75	14	61	22	3	1	72	1.08
25062197--25062246	25	2.0	25	88	4	73	64	2	2	32	1.16
25062208--25062248	9	4.9	9	80	14	52	68	0	2	29	1.03
25062969--25063004	15	2.5	14	91	8	63	77	2	0	19	0.88
25062965--25063010	19	2.3	21	82	17	62	73	2	4	19	1.10
25083141--25083282	6	22.8	6	70	18	53	23	2	2	71	1.09
25083141--25083279	18	7.9	17	77	15	124	23	2	2	71	1.10
25083141--25083188	23	2.1	23	88	3	71	20	2	0	77	0.88
25093384--25093430	24	2.0	24	86	0	67	59	8	27	4	1.45
25094154--25094222	12	5.5	13	77	16	65	76	0	21	1	0.86
25094181--25094221	7	5.6	7	85	8	55	75	0	24	0	0.80
25094155--25094221	14	4.9	14	80	14	61	77	0	20	1	0.85
25097123--25097170	16	2.7	18	84	12	64	20	2	16	60	1.46
25097701--25097747	19	2.6	18	86	6	67	78	4	8	8	1.07
25098869--25098912	22	2.2	20	88	12	63	47	0	15	36	1.46
25115022--25115100	32	2.3	36	87	12	114	48	0	2	49	1.14
25122650--25122674	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
25133255--25133292	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25146073--25146109	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
25153510--25153542	15	2.1	16	88	5	50	45	21	6	27	1.75
25153630--25153839	50	4.2	50	78	0	204	20	29	15	35	1.93
25153799--25153854	26	2.2	26	90	0	85	23	21	16	39	1.92
25160507--25160566	26	2.3	26	97	0	111	58	16	6	18	1.59
25160656--25160845	94	2.0	94	97	0	362	49	17	13	19	1.79
25160989--25161118	24	5.2	24	70	7	107	18	30	18	32	1.95
25161002--25161131	26	5.2	26	70	7	115	18	27	17	36	1.94
25160973--25161131	50	3.2	50	92	0	255	19	28	17	34	1.95
25164354--25166121	101	17.6	101	79	3	1542	36	17	17	27	1.93
25164935--25165048	50	2.3	50	79	0	129	37	18	17	26	1.93
25165035--25165752	51	14.2	51	67	6	222	35	17	18	28	1.93
25166768--25166798	10	3.1	10	95	0	53	87	0	12	0	0.55
25167791--25167888	30	3.5	26	73	20	81	20	8	5	66	1.37
25167791--25167862	27	2.5	28	80	17	69	22	5	5	66	1.34
25167973--25168022	15	3.2	15	88	5	64	14	0	2	84	0.72
25167971--25168021	11	4.7	11	79	20	63	15	0	1	82	0.76
25168214--25168272	11	5.1	11	79	8	64	25	3	3	67	1.21
25168230--25168286	19	2.9	19	80	17	64	24	3	7	64	1.34
25170820--25170912	41	2.3	41	94	3	161	36	30	6	26	1.82
25170902--25170940	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
25177748--25178077	59	5.7	59	85	7	426	33	5	29	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25177747--25178077	117	2.9	115	87	4	447	33	5	29	32	1.79
25177744--25178077	29	11.6	29	68	21	186	33	5	29	31	1.79
25178153--25178482	162	2.0	161	90	2	520	42	14	17	25	1.87
25180000--25180043	17	2.6	17	88	0	61	54	2	4	38	1.33
25186498--25186729	56	4.2	56	87	2	308	52	2	24	21	1.59
25194879--25194966	46	1.9	46	88	0	131	29	10	20	39	1.85
25196036--25196080	16	2.8	16	78	15	56	22	26	4	46	1.70
25196047--25196118	18	3.9	19	78	8	60	18	29	5	47	1.71
25196067--25196118	19	2.8	20	80	11	65	15	28	5	50	1.67
25198687--25198749	28	2.2	28	83	5	74	28	9	26	34	1.88
25198763--25199104	30	11.4	30	83	6	372	37	2	23	36	1.68
25200212--25200245	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
25200251--25200322	36	2.0	37	83	2	92	29	4	11	55	1.53
25200972--25201034	6	11.0	6	73	10	60	52	4	0	42	1.22
25200973--25201027	11	4.9	11	76	12	58	54	5	0	40	1.23
25200975--25201045	17	4.2	17	87	0	88	56	7	0	36	1.27
25201308--25202035	92	7.9	92	94	1	1237	27	17	19	35	1.94
25214042--25214104	28	2.2	28	77	5	65	28	7	26	36	1.85
25214172--25214369	30	6.6	30	87	2	247	40	2	20	37	1.64
25215478--25215502	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
25216003--25216034	16	1.9	17	93	6	57	18	12	50	18	1.78
25216229--25216291	6	11.0	6	73	10	60	52	4	0	42	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25216230--25216284	11	4.9	11	76	12	58	54	5	0	40	1.23
25216232--25216302	17	4.2	17	87	0	88	56	7	0	36	1.27
25219599--25219712	58	2.0	58	87	3	167	34	4	20	41	1.72
25220312--25220508	95	2.1	96	89	1	297	37	12	13	36	1.83
25232476--25232559	26	3.2	25	73	15	71	66	1	0	32	0.99
25232523--25232561	16	2.4	16	86	0	51	74	0	0	25	0.82
25238789--25238845	27	2.2	26	84	9	71	42	38	5	14	1.68
25240576--25240665	31	3.0	30	85	6	119	43	3	3	50	1.35
25240634--25240750	62	1.9	59	86	5	162	44	3	2	49	1.32
25244490--25244586	47	2.1	46	88	1	140	25	18	23	31	1.97
25252037--25252131	48	2.0	48	95	0	172	26	16	12	44	1.84
25254378--25254472	41	2.3	41	92	0	154	36	26	6	30	1.81
25257519--25257596	41	1.9	41	94	0	138	34	28	7	29	1.85
25262740--25262768	15	1.9	15	100	0	58	27	31	6	34	1.83
25267112--25267206	23	4.3	22	70	22	65	36	5	1	56	1.29
25274766--25274800	1	35.0	1	88	0	52	94	0	5	0	0.32
25274769--25274804	11	3.3	11	100	0	72	91	0	8	0	0.41
25285621--25285872	126	2.0	126	96	0	468	25	8	10	55	1.63
25294381--25294515	52	2.6	52	95	0	243	25	14	24	34	1.94
25300596--25300783	51	3.6	50	89	5	259	31	15	23	29	1.95
25300732--25300849	59	2.0	61	85	6	161	34	13	22	28	1.92
25305532--25305610	30	2.6	30	84	4	97	37	1	21	39	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25308586--25308686	34	3.0	34	88	1	141	37	14	9	37	1.80
25310058--25310112	14	4.0	14	77	13	60	21	30	16	30	1.95
25310012--25310078	27	2.5	27	75	4	73	23	26	16	32	1.96
25313649--25313686	20	1.9	20	84	10	51	31	0	21	47	1.51
25323435--25323490	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
25324174--25324202	14	2.1	14	100	0	58	34	0	20	44	1.52
25327793--25327881	11	8.0	11	75	7	81	43	1	1	53	1.15
25327792--25327881	6	16.0	6	75	17	86	43	1	1	54	1.14
25327792--25327845	28	1.9	28	88	0	81	38	1	1	57	1.20
25327793--25327881	23	4.0	24	69	25	61	43	1	1	53	1.15
25327792--25327897	17	6.3	17	83	6	117	45	0	1	51	1.18
25328641--25328719	21	3.6	21	75	11	61	54	1	5	39	1.30
25329814--25329898	29	2.9	28	77	6	89	37	18	5	37	1.76
25329842--25329973	30	4.5	29	72	17	87	34	25	3	37	1.71
25329871--25330008	59	2.3	60	83	2	163	31	28	2	36	1.72
25329820--25329948	29	4.4	29	75	14	79	34	24	3	36	1.74
25329994--25330049	28	2.0	28	92	0	94	30	28	10	30	1.91
25331876--25331959	30	2.9	29	67	22	70	51	3	2	42	1.32
25332645--25332694	4	12.5	4	86	0	73	46	2	4	48	1.32
25332645--25332694	6	8.3	6	93	0	73	46	2	4	48	1.32
25332645--25332694	10	5.0	10	90	0	73	46	2	4	48	1.32
25333235--25333268	16	2.1	16	88	0	50	41	2	8	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25335574--25335778	95	2.1	96	81	2	243	40	10	12	36	1.78
25335859--25335900	22	1.9	22	90	0	66	42	0	4	52	1.22
25336384--25336448	30	2.2	30	91	0	103	58	15	4	21	1.55
25337133--25337160	9	3.1	9	100	0	56	25	0	0	75	0.81
25339146--25339218	26	2.8	25	79	8	76	65	2	1	30	1.15
25356749--25356810	24	2.6	24	89	0	97	50	4	0	45	1.23
25357016--25357085	26	2.7	26	75	6	61	37	15	4	42	1.67
25357949--25357979	16	1.9	16	100	0	62	48	0	32	19	1.49
25358987--25359023	19	1.9	20	94	5	67	45	10	21	21	1.82
25360862--25360982	60	2.0	60	82	3	145	23	16	27	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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