genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  26  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7778466--7778499	9	3.8	9	92	0	59	50	0	50	0	1.00
7778463--7778505	18	2.4	18	88	3	70	55	0	44	0	0.99
7778854--7778898	21	2.2	21	88	4	65	26	2	13	57	1.48
7778856--7779123	95	2.9	95	85	5	365	38	2	11	47	1.52
7781876--7781914	4	9.5	4	88	5	60	0	30	0	69	0.89
7794404--7794448	23	2.0	23	82	8	56	26	6	6	60	1.47
7794441--7794587	29	4.9	29	67	17	84	22	15	11	50	1.76
7794407--7794587	62	3.0	60	86	7	228	24	14	11	50	1.75
7794716--7794781	31	2.2	30	83	5	80	54	9	12	24	1.66
7803119--7803163	23	2.0	23	82	8	56	40	0	4	55	1.20
7807079--7807116	20	2.0	20	89	5	60	44	15	5	34	1.69
7815648--7815698	19	2.5	22	79	17	58	23	3	1	70	1.14
7821158--7821203	10	4.3	11	81	13	60	73	0	6	19	1.04
7821158--7821196	12	3.4	12	82	13	55	76	0	5	17	0.96
7821156--7821196	22	1.9	22	95	5	75	73	0	4	21	1.02
7821222--7821264	17	2.5	17	85	11	61	30	2	0	67	1.03
7821231--7821264	11	3.2	11	87	4	52	32	0	0	67	0.91
7822183--7822229	17	2.6	18	80	6	60	78	4	10	6	1.06
7822189--7822239	17	3.2	15	81	13	57	74	5	9	9	1.21
7825612--7825657	25	1.9	25	86	8	69	32	2	6	58	1.36
7827692--7827730	19	2.0	20	90	5	62	30	2	7	58	1.39
7830298--7830332	18	1.9	18	88	0	52	28	28	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7830354--7830402	17	2.8	18	78	6	64	30	30	20	18	1.96
7833549--7834301	49	15.6	48	76	7	542	20	28	15	34	1.94
7833538--7834316	146	5.4	146	78	8	601	21	28	15	34	1.94
7833549--7834301	195	3.9	189	79	5	679	20	28	15	34	1.94
7833549--7834301	97	7.8	98	79	4	708	20	28	15	34	1.94
7835136--7835226	47	1.9	48	84	6	123	15	19	15	49	1.80
7849823--7849913	33	2.8	33	86	3	121	31	24	15	28	1.95
7849888--7849963	33	2.3	33	88	0	116	34	23	11	30	1.91
7857591--7857661	35	2.0	35	91	0	115	35	12	5	46	1.66
7860494--7860621	65	2.0	65	85	1	175	41	4	13	40	1.65
7862616--7862648	11	3.0	11	90	0	57	63	3	0	33	1.10
7865213--7865258	24	1.9	23	86	8	65	54	6	4	34	1.46
7867771--7867831	24	2.5	24	89	0	95	27	13	8	50	1.69
7869753--7869807	24	2.3	24	87	0	74	27	12	9	50	1.70
7869753--7869814	24	2.6	24	78	14	65	27	11	8	53	1.64
7870497--7870561	31	2.1	31	100	0	130	36	12	6	44	1.67
7870860--7870899	21	1.9	21	84	0	53	25	12	10	52	1.70
7874145--7874205	30	2.1	30	84	3	79	62	1	0	36	1.05
7874910--7875034	62	2.0	62	98	0	241	46	4	15	33	1.67
7879070--7879165	50	1.9	50	87	4	140	55	11	2	31	1.47
7881426--7881534	37	2.7	40	77	12	116	25	23	10	40	1.86
7881481--7881561	41	2.0	41	85	0	108	24	22	11	41	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7882126--7882173	16	3.1	15	80	17	53	20	2	4	72	1.11
7883362--7883521	30	5.3	29	71	8	115	40	20	1	37	1.64
7883362--7883512	60	2.5	60	76	10	148	41	21	1	35	1.64
7883330--7883516	90	2.1	91	83	6	231	40	21	2	35	1.67
7883365--7883540	90	1.9	91	79	5	196	40	19	2	37	1.66
7883494--7883558	30	2.2	30	85	0	94	36	16	4	41	1.70
7884642--7884674	17	1.9	17	100	0	66	18	30	12	39	1.87
7894708--7894757	20	2.4	22	76	10	59	26	12	4	58	1.51
7895391--7895599	39	5.3	40	78	7	205	30	22	17	29	1.97
7895391--7895599	79	2.7	79	87	0	294	30	22	17	29	1.97
7896499--7896540	13	3.3	13	80	3	50	23	4	0	71	1.05
7897209--7897277	30	2.4	29	85	4	86	33	13	5	47	1.66
7897252--7897497	30	8.2	29	71	11	131	39	19	3	37	1.69
7897594--7897628	6	5.8	6	100	0	70	34	0	14	51	1.42
7898633--7898680	22	2.2	21	78	10	53	37	12	2	47	1.53
7899530--7900111	290	2.0	290	99	0	1155	23	23	13	38	1.91
7901716--7901746	15	2.1	15	93	0	53	38	6	19	35	1.77
7903477--7903512	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
7907329--7907458	23	5.5	24	82	5	99	12	22	21	43	1.85
7907353--7907453	46	2.1	47	85	3	132	12	20	21	44	1.85
7907356--7907506	71	2.1	68	82	12	173	12	23	19	44	1.85
7913544--7913673	23	5.5	24	84	5	108	10	23	23	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7913545--7913673	46	2.7	48	82	7	156	10	22	23	44	1.83
7913548--7913693	46	3.2	46	81	6	145	10	23	21	43	1.85
7914868--7914996	52	2.5	52	90	0	204	43	8	18	29	1.80
7915989--7916018	9	3.3	9	90	0	51	43	10	10	36	1.72
7915989--7916027	18	2.2	18	85	0	51	46	12	10	30	1.75
7916165--7916279	61	1.9	61	89	3	178	46	20	1	31	1.61
7917922--7918080	67	2.4	67	86	8	211	58	3	0	37	1.19
7918048--7918072	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
7918381--7918427	23	2.1	21	84	7	58	6	27	2	63	1.30
7918625--7918661	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
7922920--7922963	22	1.9	24	86	9	65	25	20	0	54	1.45
7932634--7932687	21	2.6	20	85	11	65	33	11	27	27	1.91
7941294--7941343	21	2.4	21	86	0	64	26	12	26	36	1.91
7944943--7944976	9	3.8	9	85	14	52	23	8	23	44	1.81
7949743--7949804	31	2.0	31	90	0	97	20	19	17	41	1.90
7953465--7953489	13	1.9	13	100	0	50	16	8	36	40	1.77
7954262--7954304	22	2.0	22	90	4	70	32	0	2	65	1.06
7955446--7955479	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
7956498--7956554	24	2.4	24	84	0	69	50	10	14	24	1.73
7956510--7956560	24	2.1	24	92	0	84	56	7	11	23	1.61
7958144--7958214	24	3.0	24	91	0	106	57	8	8	25	1.56
7959793--7959888	41	2.3	41	90	0	147	35	26	7	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7963780--7963818	17	2.3	17	86	0	51	17	12	23	46	1.83
7963810--7963903	41	2.3	41	98	0	179	27	6	28	37	1.81
7965782--7965838	30	1.9	29	85	3	78	49	19	5	26	1.69
7966818--7966906	45	2.0	45	95	0	160	32	5	19	42	1.74
7969060--7969241	37	4.9	37	84	4	215	13	18	30	37	1.89
7969058--7969242	74	2.5	74	83	1	237	13	18	30	37	1.89
7970680--7970816	26	5.3	26	87	0	202	28	21	17	32	1.96
7970680--7970816	52	2.6	52	92	0	238	28	21	17	32	1.96
7972502--7972550	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
7972724--7972803	2	40.0	2	97	0	61	36	0	13	50	1.42
7975679--7975779	39	2.6	39	83	0	139	24	19	21	33	1.97
7979517--7979562	10	4.5	10	89	10	67	30	0	0	69	0.89
7979509--7979557	9	5.2	9	83	9	62	32	0	0	67	0.91
7979606--7979634	9	3.0	10	90	10	51	48	0	0	51	1.00
7979502--7979634	19	7.2	19	69	11	71	43	0	0	54	1.10
7979592--7979643	19	2.7	19	81	0	68	38	1	3	55	1.29
7980232--7980336	29	3.8	29	75	17	107	52	0	0	47	1.00
7980200--7980364	81	2.0	80	82	5	199	50	1	0	47	1.13
8006706--8006760	21	2.6	21	88	0	83	29	14	29	27	1.95
8007894--8008593	98	7.3	98	76	8	541	28	19	15	36	1.93
8007980--8008591	186	3.2	185	82	5	638	28	19	15	36	1.93
8009477--8009511	16	2.2	16	89	0	52	2	5	0	91	0.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8013779--8013807	15	1.9	15	100	0	58	62	6	10	20	1.50
8016505--8016756	44	5.8	44	83	1	265	40	18	17	23	1.91
8016533--8016756	87	2.6	88	84	2	272	42	18	15	23	1.88
8016825--8016925	38	2.7	38	87	0	139	37	20	11	29	1.89
8021417--8021451	18	1.9	18	88	0	52	77	0	5	17	0.96
8022339--8022383	19	2.4	19	85	7	56	33	0	11	55	1.35
8022447--8022486	20	2.0	20	90	9	64	62	15	0	22	1.32
8024331--8024399	31	2.2	31	82	10	79	39	11	10	39	1.75
8026844--8027014	41	4.2	41	89	3	247	19	15	33	30	1.93
8029961--8030006	18	2.5	19	92	3	76	47	0	19	32	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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