genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  6  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1934974--1935023	16	3.2	16	75	13	50	50	0	4	46	1.20
1945997--1946775	156	5.0	156	84	4	952	29	22	13	34	1.92
1947799--1948196	157	2.5	156	85	4	505	43	16	7	32	1.76
1949138--1949171	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
1949579--1949627	21	2.2	22	78	7	55	57	2	0	40	1.10
1957501--1957532	3	10.7	3	93	0	55	31	3	34	31	1.73
1969319--1969409	45	2.0	45	97	0	173	38	23	9	28	1.86
1970150--1970188	8	4.9	8	84	12	53	51	0	0	48	1.00
1970145--1970193	16	3.1	16	83	11	57	55	0	0	44	0.99
1973084--1973114	6	5.2	6	96	0	53	29	0	51	19	1.47
1977162--1977204	22	2.0	20	86	8	59	41	0	2	55	1.12
1978142--1978178	7	5.6	7	93	6	60	0	8	0	91	0.41
1978135--1978195	26	2.4	25	81	10	70	3	14	1	80	0.92
1980772--1980919	46	3.2	44	81	9	156	12	22	22	42	1.87
1980775--1980919	69	2.1	66	87	10	202	13	22	21	42	1.87
1980751--1980873	23	5.3	23	89	1	167	11	23	22	42	1.86
1981984--1982022	20	1.9	20	84	5	51	61	0	2	35	1.10
1984422--1985068	279	2.3	281	85	3	867	36	17	12	32	1.88
1999407--1999440	8	4.0	8	85	14	50	38	0	2	58	1.13
2003712--2003776	33	2.0	35	82	17	86	49	1	3	46	1.27
2010969--2011022	19	2.9	18	86	8	65	42	0	3	53	1.18
2024667--2024754	28	3.0	28	81	6	104	30	14	2	52	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2026024--2026057	17	2.0	17	100	0	68	35	5	11	47	1.65
2028873--2028910	17	2.2	18	86	13	53	23	2	7	65	1.32
2037145--2037209	29	2.3	28	76	7	69	43	0	7	49	1.31
2042028--2042289	118	2.2	115	82	9	289	36	5	24	33	1.79
2042073--2042307	117	2.0	118	80	7	264	36	6	23	33	1.82
2042303--2042504	29	6.8	29	77	6	199	37	3	23	35	1.72
2042254--2042504	88	2.8	87	81	9	235	35	4	25	35	1.77
2042303--2042503	30	6.8	30	78	7	205	37	3	23	35	1.72
2042303--2042503	59	3.4	58	81	8	228	37	3	23	35	1.72
2043726--2043766	20	2.0	20	95	0	73	51	2	0	46	1.14
2043759--2043812	3	17.7	3	78	3	54	31	3	3	61	1.31
2044582--2044635	11	4.8	11	84	4	63	59	0	1	38	1.08
2044564--2044638	17	4.5	16	77	11	62	54	1	1	42	1.17
2044582--2044635	23	2.4	22	79	11	65	59	0	1	38	1.08
2044582--2044632	12	4.5	11	83	7	59	58	0	1	39	1.09
2044895--2045721	91	9.1	91	93	0	1368	33	19	15	31	1.93
2045356--2045695	40	7.7	40	70	23	220	32	19	15	31	1.94
2047883--2047946	15	4.5	15	86	9	98	14	0	10	75	1.06
2047883--2047946	29	2.2	28	94	2	110	14	0	10	75	1.06
2053046--2053110	30	2.2	30	94	0	112	26	1	12	60	1.41
2053551--2053590	17	2.4	17	84	16	57	35	0	0	65	0.93
2053555--2053589	16	2.2	16	90	10	54	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2064912--2064950	3	13.0	3	83	0	51	7	33	0	58	1.26
2064915--2065012	15	6.5	15	72	6	65	13	37	2	46	1.54
2067231--2067334	6	18.0	6	72	18	78	41	1	1	54	1.22
2067243--2067334	17	5.7	16	83	11	116	41	2	1	55	1.19
2067231--2067334	11	9.0	11	72	15	68	41	1	1	54	1.22
2069252--2069530	90	3.1	89	83	5	305	39	24	1	34	1.66
2069266--2069527	30	8.8	29	78	6	240	40	24	1	33	1.64
2069516--2069599	28	3.0	28	65	16	73	33	35	1	29	1.66
2069507--2069595	28	3.1	28	67	10	72	35	31	1	31	1.65
2069502--2069633	57	2.3	57	79	11	151	35	30	1	32	1.67
2071165--2071200	12	3.0	12	87	0	54	27	16	11	44	1.82
2071929--2071963	15	2.3	15	100	0	70	48	5	20	25	1.71
2072865--2072914	17	2.9	17	80	16	59	24	4	0	72	1.02
2072865--2072910	8	5.5	8	83	16	58	23	4	0	71	1.03
2076965--2077008	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
2077188--2077230	14	2.8	16	79	13	54	48	0	0	51	1.00
2077335--2077394	29	2.0	29	83	6	75	53	16	10	20	1.71
2081527--2081570	22	2.0	23	82	13	56	9	13	2	75	1.14
2081520--2081569	24	2.1	24	82	14	59	10	12	2	76	1.11
2085456--2085481	6	4.3	6	100	0	52	69	0	30	0	0.89
2085684--2085716	13	2.3	15	90	10	52	39	0	3	57	1.14
2085679--2085718	20	2.0	20	85	5	53	40	0	5	55	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2088937--2088986	25	2.0	24	84	11	64	66	2	0	32	1.03
2090574--2090640	32	2.0	34	88	5	102	32	1	10	55	1.43
2091963--2091992	7	4.3	7	100	0	60	30	0	26	43	1.55
2098588--2099101	277	1.8	274	82	4	643	34	9	14	41	1.78
2099271--2099310	21	2.0	20	86	13	57	27	0	2	70	1.01
2100270--2100344	14	5.6	13	72	9	53	41	1	1	56	1.16
2100296--2100359	21	3.0	22	73	13	62	42	3	3	51	1.33
2109465--2109501	17	2.1	19	85	10	51	29	8	2	59	1.40
2109518--2109574	21	2.6	22	77	8	62	61	1	3	33	1.23
2110742--2110795	11	5.1	10	80	8	54	25	3	1	68	1.16
2110802--2110858	19	3.0	19	82	10	64	43	1	1	52	1.21
2117209--2117240	7	4.6	7	100	0	64	28	0	0	71	0.86
2117221--2117287	27	2.5	28	76	11	77	49	1	0	49	1.10
2117577--2117606	15	1.9	16	93	6	53	66	0	3	30	1.07
2123219--2123294	31	2.5	30	83	12	93	42	5	11	40	1.64
2124223--2124272	20	2.5	20	80	3	57	70	10	0	20	1.16
2127338--2127394	30	1.9	30	96	0	105	29	14	31	24	1.94
2128476--2128516	18	2.2	19	83	12	50	26	12	17	43	1.84
2133079--2133119	22	1.9	22	90	5	66	68	4	0	26	1.10
2133735--2133769	17	1.9	19	88	11	56	25	2	5	65	1.28
2139643--2139736	46	2.0	46	95	0	170	30	12	12	43	1.80
2150952--2150986	15	2.3	15	95	0	61	22	22	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2153327--2153571	133	1.8	133	79	7	284	54	7	10	27	1.61
2154289--2154360	27	2.7	27	85	10	87	43	2	1	52	1.24
2155174--2155198	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
2155555--2155614	32	1.9	32	89	3	95	46	10	5	38	1.59
2161085--2161129	14	3.1	14	80	3	54	75	0	0	24	0.80
2173059--2173171	60	1.9	60	86	0	163	42	6	12	38	1.68
2177389--2177429	21	2.0	21	90	0	64	12	4	53	29	1.58
2177440--2177477	3	12.7	3	94	0	58	5	0	60	34	1.19
2180388--2180429	21	2.0	21	81	9	50	30	4	16	47	1.67
2185718--2185760	16	2.7	15	82	13	50	9	13	0	76	1.01
2189897--2189940	3	14.7	3	95	0	79	63	0	36	0	0.95
2196808--2196862	19	3.0	18	75	15	58	23	0	34	41	1.55
2196808--2196849	18	2.3	18	80	15	50	23	0	30	45	1.53
2199430--2199480	7	7.1	7	84	4	66	54	0	0	45	0.99
2199430--2199469	21	1.9	21	100	0	80	47	0	0	52	1.00
2208423--2208568	58	2.5	58	82	8	172	45	2	2	49	1.28
2208652--2208756	46	2.5	44	82	13	114	37	25	5	31	1.80
2208663--2208756	44	2.1	44	86	7	127	37	26	5	30	1.79
2208738--2208777	16	2.5	16	91	0	71	27	32	5	35	1.79
2209552--2209590	13	3.1	12	82	10	51	64	2	0	33	1.08
2216112--2216136	9	2.8	9	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2218144--2218179	15	2.3	16	90	4	56	61	0	2	36	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2226846--2227290	192	2.3	191	84	4	538	37	19	14	27	1.91
2231353--2231394	21	2.0	21	100	0	84	42	14	9	33	1.78
2234794--2234840	24	1.9	24	87	12	69	55	10	10	23	1.65
2234794--2234846	25	2.1	24	83	13	63	56	11	9	22	1.63
2238799--2238859	7	8.7	7	75	7	52	42	19	3	34	1.68
2243125--2243177	16	3.4	16	76	2	54	54	13	5	26	1.60
2261286--2261320	15	2.2	16	90	5	54	65	2	2	28	1.21
2263969--2264106	41	3.3	40	72	6	141	27	7	16	47	1.74
2263945--2264117	83	2.1	83	98	0	337	28	10	16	43	1.81
2271501--2271559	16	3.7	15	80	17	66	30	1	1	66	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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