genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.66.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  66  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21528626--21528698	21	3.5	21	75	17	71	52	19	0	28	1.46
21529751--21530454	237	3.0	237	87	1	975	22	18	28	30	1.97
21530883--21531105	67	3.3	66	71	8	200	41	4	4	49	1.44
21530922--21531132	72	3.1	71	68	18	201	40	4	5	49	1.46
21530885--21531217	134	2.5	134	90	2	526	40	5	5	48	1.48
21531016--21531073	30	1.9	30	86	6	82	39	5	3	51	1.41
21531763--21531832	30	2.3	30	85	4	88	50	7	2	40	1.45
21531771--21531832	30	2.0	31	87	3	90	50	8	1	40	1.42
21532256--21532300	22	2.0	22	86	0	63	55	0	4	40	1.20
21532274--21532320	20	2.3	20	78	10	51	68	0	0	31	0.90
21532513--21532565	21	2.5	22	90	3	81	50	18	0	30	1.47
21533635--21534351	237	3.0	235	86	3	976	22	19	27	31	1.98
21534692--21534986	134	2.2	136	91	1	477	40	6	5	48	1.50
21535883--21536010	69	1.9	68	86	9	185	41	2	5	50	1.38
21535910--21536013	32	3.1	32	68	13	75	39	1	7	50	1.42
21539827--21539865	19	2.1	19	85	0	51	71	0	0	28	0.86
21546238--21546292	28	2.0	28	88	0	83	41	21	20	16	1.90
21550670--21550703	14	2.4	14	95	0	59	41	2	5	50	1.42
21552904--21552957	27	2.0	27	96	0	99	55	12	3	27	1.54
21555629--21555702	27	2.6	29	87	4	98	31	9	8	51	1.63
21555629--21555678	15	3.5	15	73	15	61	32	8	4	56	1.47
21555827--21555875	14	3.1	16	80	14	57	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21562854--21562910	29	2.0	29	89	0	87	14	17	38	29	1.89
21566264--21566288	12	2.1	12	100	0	50	36	8	16	40	1.77
21566971--21567001	16	1.9	16	93	0	53	32	3	6	58	1.40
21568322--21568371	21	2.4	21	86	0	73	38	26	8	28	1.84
21569132--21569354	94	2.4	94	87	2	308	30	22	18	28	1.97
21582437--21582501	12	5.1	13	77	15	55	63	0	36	0	0.95
21582436--21582502	24	2.8	26	76	15	72	62	0	37	0	0.95
21582910--21582969	17	3.5	17	74	17	61	18	20	13	48	1.81
21595877--21595924	17	2.8	16	81	12	60	16	12	10	60	1.58
21596512--21596545	10	3.2	10	88	12	50	79	0	20	0	0.73
21596516--21596555	12	2.9	14	82	17	57	80	0	20	0	0.72
21605606--21605927	161	2.0	161	92	2	540	26	17	22	34	1.95
21609217--21609247	10	3.2	10	95	4	55	19	25	9	45	1.81
21609413--21609451	20	2.0	19	85	5	51	43	12	17	25	1.85
21611663--21611705	20	2.2	20	87	8	61	46	18	11	23	1.82
21624149--21624315	37	4.4	38	81	8	200	16	16	40	26	1.90
21624149--21624315	75	2.2	75	93	0	280	16	16	40	26	1.90
21646480--21646528	23	2.2	22	82	10	55	30	2	12	55	1.48
21647774--21647818	16	2.7	18	77	22	53	24	13	20	42	1.87
21662431--21662479	23	2.1	24	84	3	64	28	18	6	46	1.72
21671584--21671638	3	18.3	3	75	14	51	69	1	29	0	0.99
21671584--21671635	18	2.9	17	88	5	68	69	1	28	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21672034--21672106	17	4.3	17	73	13	60	16	19	10	53	1.72
21683960--21684006	14	3.4	14	80	13	53	76	0	23	0	0.78
21683961--21684004	16	2.7	16	82	3	52	77	0	22	0	0.77
21691113--21691142	13	2.4	12	89	10	51	0	16	0	83	0.65
21711378--21711459	33	2.5	33	85	0	110	32	18	20	28	1.96
21711399--21711472	33	2.2	34	76	13	82	32	21	17	28	1.96
21723716--21724084	193	1.9	195	85	1	517	26	25	18	30	1.98
21728809--21729236	195	2.2	193	83	2	507	26	26	18	28	1.98
21734649--21734733	43	2.0	43	92	0	143	57	5	10	25	1.55
21737818--21737922	6	18.0	6	75	13	103	40	2	2	53	1.30
21737818--21737922	11	9.0	12	76	11	103	40	2	2	53	1.30
21737818--21737920	17	5.6	17	80	14	107	39	2	2	54	1.30
21737818--21737922	41	2.6	41	83	7	126	40	2	2	53	1.30
21738540--21738601	3	19.7	3	80	12	63	66	1	0	32	1.02
21739686--21739937	30	8.6	30	72	12	119	38	25	2	33	1.69
21739690--21740373	59	11.7	58	80	7	536	35	25	4	34	1.76
21739690--21740314	117	5.4	117	81	7	589	36	25	4	34	1.75
21739704--21740344	174	3.7	173	78	8	545	36	24	4	34	1.75
21739742--21740390	233	2.8	232	82	7	721	35	25	4	34	1.77
21739708--21740456	59	12.8	57	78	9	404	35	24	5	34	1.78
21740413--21740474	28	2.2	28	94	0	106	32	32	9	25	1.88
21739773--21740433	117	5.7	115	80	7	425	35	25	4	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21740006--21740476	29	16.2	29	68	15	168	33	25	6	34	1.81
21740413--21740484	28	2.6	28	88	4	92	30	30	8	30	1.87
21744673--21744705	15	2.1	16	88	5	50	75	0	21	3	0.93
21745548--21745611	12	5.2	12	72	23	53	73	3	21	1	1.06
21745544--21745583	15	2.8	14	85	14	55	75	2	22	0	0.93
21746626--21747053	48	8.8	49	73	10	369	37	22	26	14	1.92
21746576--21747133	97	5.7	97	88	2	728	38	20	25	15	1.92
21746623--21747150	48	10.9	49	71	6	196	38	20	25	15	1.92
21746576--21747133	195	2.9	193	85	3	744	38	20	25	15	1.92
21747430--21747524	39	2.4	39	87	0	136	22	29	20	28	1.98
21748122--21748225	6	18.0	6	75	13	94	40	1	2	54	1.26
21748122--21748223	17	5.6	17	78	16	98	39	1	2	55	1.26
21748134--21748184	23	2.2	24	89	10	79	43	1	1	52	1.23
21748137--21748225	11	7.7	11	75	12	81	41	1	3	53	1.24
21748122--21748205	40	2.1	40	88	4	125	39	2	1	57	1.20
21748122--21748224	40	2.6	40	81	9	113	39	1	2	55	1.26
21748841--21748882	22	1.9	22	90	0	66	61	4	0	33	1.17
21750014--21750536	59	8.8	58	78	8	344	34	26	4	35	1.75
21750057--21750459	58	6.8	58	77	8	296	33	26	4	34	1.77
21750441--21750536	29	3.2	29	71	16	97	37	21	3	37	1.70
21751431--21751483	25	2.2	24	82	3	61	33	13	7	45	1.71
21762332--21762372	17	2.4	18	80	19	52	48	12	21	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21763993--21764019	14	1.9	14	100	0	54	29	7	40	22	1.81
21778642--21778681	19	2.0	20	85	4	55	32	0	2	65	1.06
21778900--21778975	33	2.3	33	90	0	116	34	21	17	27	1.95
21780186--21780222	17	2.2	17	90	0	56	29	27	0	43	1.55
21781177--21781247	36	2.0	36	86	5	99	28	11	25	35	1.90
21795813--21795851	19	2.1	19	95	0	69	76	0	12	10	1.01
21795785--21795847	28	2.1	30	85	8	85	73	3	12	11	1.22
21806500--21806594	33	2.9	33	83	0	118	27	18	22	31	1.97
21809450--21809573	43	2.9	43	82	2	151	55	8	11	24	1.63
21811125--21811211	43	2.0	43	82	8	106	59	10	5	24	1.51
21811497--21811579	28	3.0	29	82	6	93	45	32	4	16	1.69
21811662--21811717	21	2.7	20	78	8	58	16	7	37	39	1.76
21821413--21821445	16	2.1	16	100	0	66	60	0	18	21	1.36
21833270--21833319	7	8.0	6	81	18	50	84	0	14	2	0.72
21833272--21833316	14	3.4	13	88	11	65	84	0	13	2	0.72
21833278--21833316	7	5.6	7	88	11	62	84	0	12	2	0.72
21834793--21834959	53	3.1	53	69	10	160	32	17	5	43	1.74
21834818--21834983	53	3.1	52	69	10	165	30	16	6	46	1.72
21834773--21834985	106	2.0	106	96	0	390	31	16	5	46	1.71
21837625--21837735	43	2.6	43	91	0	177	56	9	9	23	1.62
21842016--21842126	43	2.6	43	87	5	170	56	9	9	24	1.60
21844978--21845090	43	2.6	42	88	2	163	59	7	8	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21845393--21845467	13	5.5	13	75	10	60	49	42	1	6	1.37
21847946--21848030	43	2.0	43	83	4	109	60	8	7	24	1.51
21853193--21853225	17	1.9	17	93	0	57	60	12	12	15	1.59
21857856--21857910	24	2.3	24	83	0	65	30	12	5	50	1.63
21859234--21864272	794	6.4	792	87	3	6869	36	16	16	30	1.92
21863578--21864964	692	2.0	693	90	1	2161	35	16	17	30	1.92
21864271--21866707	784	3.1	784	87	3	3473	35	17	16	30	1.92
21866710--21872899	792	7.8	794	89	2	9089	35	16	17	30	1.93
21873713--21873742	10	3.1	10	90	9	53	40	20	0	40	1.52
21874652--21874699	4	12.0	4	77	0	51	68	4	6	20	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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