genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  27  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8032854--8032902	21	2.3	21	85	0	62	32	24	12	30	1.92
8037548--8037656	9	11.6	9	69	13	51	64	0	1	33	1.11
8037581--8037640	21	2.8	22	82	12	72	56	0	0	43	0.99
8040936--8040992	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
8041520--8041563	17	2.5	18	85	3	63	45	0	2	52	1.13
8044893--8044948	27	2.1	27	96	0	103	21	30	3	44	1.69
8050027--8050128	4	24.8	4	83	2	96	23	4	3	67	1.27
8051860--8052091	42	5.5	41	80	5	196	36	11	25	26	1.90
8051858--8052091	85	2.8	84	80	4	265	35	11	25	26	1.90
8055874--8055937	32	2.0	32	96	0	119	54	3	9	32	1.48
8058836--8058896	28	2.2	28	80	8	72	59	1	1	37	1.17
8060412--8060496	33	2.6	33	90	0	125	29	25	24	20	1.99
8063212--8063256	17	2.6	18	85	3	65	62	0	33	4	1.15
8064198--8064237	12	3.3	12	89	0	53	0	42	0	57	0.98
8064198--8064237	18	2.2	18	86	0	53	0	42	0	57	0.98
8064245--8064288	21	2.1	21	87	8	63	54	0	40	4	1.21
8064241--8064334	27	3.4	26	73	15	82	55	1	40	3	1.23
8064242--8064320	6	13.8	6	74	12	51	51	1	43	3	1.27
8064290--8064325	16	2.2	17	90	5	56	47	2	50	0	1.15
8064415--8064452	12	3.2	12	88	7	51	0	36	0	63	0.95
8064434--8064509	21	3.2	25	76	17	74	1	44	0	53	1.08
8064469--8064500	15	2.1	15	94	0	55	0	43	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8064457--8064506	21	2.4	21	93	0	82	0	48	0	52	1.00
8064539--8064617	6	13.8	6	76	12	51	46	2	45	5	1.38
8064531--8064573	21	2.1	20	91	4	68	55	0	39	4	1.20
8064737--8064788	6	8.7	6	84	0	59	0	40	0	59	0.97
8064717--8064788	12	6.0	12	83	4	65	0	41	0	58	0.98
8064737--8064788	18	2.9	18	91	0	77	0	40	0	59	0.97
8065080--8065115	12	3.0	12	91	0	54	0	38	0	61	0.96
8065088--8065147	21	2.9	21	80	9	86	0	38	0	61	0.96
8065064--8065128	28	2.3	28	82	10	80	0	36	0	63	0.95
8065499--8065533	6	5.8	6	89	0	52	0	51	0	48	1.00
8066018--8066042	13	1.9	13	100	0	50	64	20	0	16	1.30
8067876--8067999	58	2.1	58	82	11	157	47	6	16	29	1.71
8070882--8071010	67	1.9	68	80	4	154	47	6	4	41	1.49
8074134--8074160	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8079305--8079347	22	1.9	23	85	4	61	58	16	2	23	1.50
8081995--8082085	18	4.8	19	77	12	73	60	3	2	34	1.25
8081999--8082085	19	4.6	19	75	13	65	62	3	2	32	1.25
8082018--8082087	27	2.6	25	72	24	63	62	4	1	31	1.23
8082129--8082193	19	3.4	20	71	16	57	60	0	6	33	1.22
8082464--8082697	9	24.8	9	73	14	145	33	3	1	61	1.21
8082464--8082680	29	7.6	29	73	20	104	35	3	1	59	1.22
8082563--8082650	19	4.6	20	77	17	71	35	3	0	61	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8082637--8082684	16	2.8	18	84	15	75	31	0	0	68	0.90
8088341--8088402	30	2.0	31	90	3	99	24	37	0	38	1.56
8088600--8088646	24	2.0	23	87	4	67	31	2	0	65	1.04
8089300--8089379	41	1.9	42	82	2	99	21	6	12	60	1.54
8094149--8094306	41	3.9	41	84	0	192	29	22	29	18	1.97
8099538--8099741	86	2.4	84	85	5	275	28	19	25	26	1.99
8099545--8099747	43	4.8	42	83	3	244	27	20	25	27	1.99
8100198--8100237	20	2.0	20	90	0	62	40	0	12	47	1.41
8100199--8100243	20	2.2	20	84	4	54	37	2	11	48	1.51
8100399--8100436	18	2.2	17	90	4	58	44	0	2	52	1.14
8107218--8107260	18	2.4	18	88	0	59	0	20	2	76	0.89
8110985--8111022	17	2.0	20	85	14	55	47	0	0	52	1.00
8116660--8116712	4	13.2	4	84	7	63	66	0	33	0	0.92
8116660--8116712	15	3.3	15	85	12	70	66	0	33	0	0.92
8120256--8120347	45	2.0	45	93	0	157	20	17	31	30	1.96
8122121--8122210	47	1.9	47	84	4	119	53	10	4	32	1.54
8122293--8122342	16	3.2	16	73	21	52	36	0	6	58	1.23
8122887--8122929	21	2.1	21	91	4	70	60	13	0	25	1.34
8123023--8123062	21	2.0	20	85	5	53	72	7	0	20	1.08
8123273--8123324	4	13.2	4	76	11	54	0	23	0	76	0.78
8130849--8130912	3	20.7	3	76	17	60	65	0	4	29	1.13
8130825--8130965	37	4.1	34	70	22	89	70	3	3	22	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8130849--8130997	15	10.3	14	71	15	74	69	2	4	23	1.18
8130918--8130959	21	2.0	21	85	4	57	71	7	0	21	1.09
8130959--8131003	20	2.1	22	84	12	58	73	0	11	15	1.10
8132072--8132101	8	3.8	8	90	0	51	10	6	0	83	0.81
8132072--8132103	16	2.0	16	100	0	64	12	6	0	81	0.87
8139545--8139595	23	2.2	23	89	0	84	15	19	15	49	1.80
8139593--8139628	19	1.9	19	88	5	56	0	25	2	72	0.98
8162828--8162873	16	2.9	16	78	12	58	47	2	17	32	1.60
8163238--8163367	42	3.0	43	75	6	127	51	4	3	40	1.41
8163307--8163412	37	2.8	36	80	13	90	52	0	2	43	1.22
8163230--8163410	87	2.1	87	83	6	233	52	3	2	40	1.34
8163464--8163496	16	1.9	18	88	11	52	15	12	6	66	1.42
8163672--8163718	24	2.0	24	88	8	71	65	0	4	29	1.11
8163685--8163736	20	2.7	20	78	3	61	65	3	3	26	1.27
8163805--8163839	9	3.9	9	88	0	52	71	0	2	25	1.00
8163800--8163837	18	2.1	19	90	5	60	68	0	2	28	1.03
8167319--8167683	135	2.9	123	79	7	315	42	23	16	17	1.88
8179582--8179644	21	2.9	21	72	6	63	47	1	9	41	1.45
8196112--8196146	18	1.9	18	88	0	52	22	8	11	57	1.61
8196580--8196823	50	4.9	51	73	11	179	39	20	23	16	1.91
8196576--8197418	99	8.6	97	88	2	961	40	19	23	16	1.91
8196757--8197205	49	9.1	50	69	11	298	39	20	24	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8196577--8197418	297	2.8	293	85	3	1112	40	19	23	16	1.91
8196583--8197417	49	17.0	47	65	13	288	40	19	23	16	1.91
8201563--8201626	19	3.3	18	81	14	67	67	3	1	28	1.15
8201527--8201626	10	9.6	10	70	17	53	63	3	1	33	1.17
8201828--8201872	21	2.1	21	83	0	54	26	17	11	44	1.82
8203556--8203639	20	4.2	19	76	11	62	36	0	5	57	1.23
8203603--8203640	20	1.9	20	94	0	67	34	0	7	57	1.28
8203556--8203639	39	2.1	41	82	8	102	36	0	5	57	1.23
8211635--8211686	16	3.2	16	73	10	52	36	3	3	55	1.36
8211635--8211723	34	2.7	32	84	8	108	34	3	6	55	1.43
8211642--8211733	17	5.6	17	74	6	66	35	3	6	54	1.43
8213252--8213814	30	18.9	30	72	13	352	37	26	2	34	1.69
8213260--8213789	89	5.9	91	72	12	298	37	26	2	34	1.69
8213247--8213809	119	4.7	118	77	8	319	37	26	2	34	1.69
8213260--8213809	59	9.2	59	74	11	337	37	26	2	34	1.69
8218969--8219023	18	3.1	18	77	15	69	80	0	12	7	0.91
8218979--8219033	10	5.4	10	76	23	53	80	0	12	7	0.91
8218965--8219050	29	3.0	29	81	11	97	75	0	16	8	1.03
8219983--8220130	49	3.0	49	87	3	199	36	18	27	16	1.93
8220071--8220446	139	2.7	139	89	1	542	36	15	28	19	1.92
8220858--8221446	209	2.8	208	89	1	919	37	17	22	22	1.94
8221848--8221872	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8221925--8221974	6	8.8	6	78	12	61	44	0	0	56	0.99
8221856--8221973	17	7.1	17	78	4	125	37	2	5	55	1.36
8221925--8221974	11	4.4	12	78	12	61	44	0	0	56	0.99
8223514--8223876	30	12.2	30	78	12	308	37	23	1	36	1.65
8223514--8223837	90	3.6	89	83	7	347	37	24	1	35	1.65
8223682--8224024	30	11.7	29	73	15	115	34	24	4	35	1.76
8223710--8224013	89	3.5	86	81	8	253	35	24	4	35	1.75
8223950--8224019	28	2.5	28	81	4	79	35	22	7	34	1.82
8227719--8227901	44	4.2	43	82	6	217	37	11	26	25	1.90
8227719--8227901	87	2.1	87	83	6	228	37	11	26	25	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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