genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24400999--24401114	10	12.5	10	70	17	65	28	1	0	68	1.05
24406618--24406994	28	13.5	28	76	7	230	23	16	23	36	1.94
24406640--24406964	56	5.8	56	85	0	400	22	17	24	36	1.95
24406618--24406981	112	3.2	112	78	4	358	22	16	23	36	1.94
24408626--24408718	18	4.6	21	83	11	99	68	21	3	6	1.26
24415303--24415345	19	2.3	19	87	0	59	74	6	2	16	1.14
24419131--24419160	14	2.2	14	94	5	53	40	10	20	30	1.85
24420680--24420732	13	4.2	12	81	13	63	1	16	0	81	0.79
24420682--24420733	18	2.9	17	81	18	61	1	19	0	78	0.84
24421316--24421355	17	2.3	18	87	8	57	55	12	17	15	1.70
24422942--24423058	50	2.3	52	86	10	170	41	12	11	34	1.80
24424697--24424753	23	2.4	24	73	2	62	14	24	1	59	1.44
24424737--24424782	18	2.5	20	75	17	53	10	21	0	67	1.21
24424795--24424841	21	2.2	21	85	7	60	8	23	6	61	1.48
24424746--24424841	48	2.1	45	83	13	115	11	21	3	63	1.41
24427261--24427369	51	2.1	52	83	5	141	43	12	9	34	1.75
24429681--24429718	18	2.1	18	85	9	51	60	2	5	31	1.33
24432634--24432677	10	4.5	10	80	5	54	34	0	0	65	0.93
24432802--24432885	43	2.0	43	95	0	150	38	14	14	33	1.86
24433606--24433658	24	2.2	24	80	6	63	18	52	3	24	1.62
24435419--24435479	22	2.8	22	78	7	61	32	0	1	65	1.02
24437106--24437140	16	2.2	16	90	10	54	74	2	0	22	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24437938--24437984	18	2.5	18	83	16	60	31	0	2	65	1.04
24438262--24438304	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
24442799--24442840	21	2.0	21	85	0	57	52	4	9	33	1.55
24448039--24448342	43	7.1	42	84	2	331	30	27	15	25	1.96
24448678--24448724	21	2.2	21	92	0	76	0	42	19	38	1.51
24454218--24454283	32	2.1	32	97	0	123	48	7	6	37	1.56
24456507--24456557	21	2.4	21	83	0	66	39	11	41	7	1.71
24456687--24456769	23	4.0	21	75	20	68	43	1	2	53	1.21
24456697--24456769	17	4.9	15	72	20	55	42	1	1	54	1.17
24456667--24456761	40	2.4	40	80	5	113	41	1	2	55	1.18
24456707--24456776	23	3.2	22	80	9	72	41	1	1	55	1.17
24456935--24457270	168	2.0	167	89	5	509	31	22	15	30	1.94
24457945--24458050	55	1.9	55	86	3	151	23	29	24	22	1.99
24458000--24458233	41	5.7	41	86	0	272	21	27	24	26	2.00
24458220--24458298	41	1.9	41	87	5	115	27	26	22	22	1.99
24460012--24460086	13	5.5	13	75	9	60	30	8	24	37	1.84
24461301--24461401	34	3.0	34	85	1	123	35	10	14	38	1.82
24467949--24467975	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24468176--24468454	139	2.0	139	97	0	522	51	7	21	19	1.72
24470166--24470199	3	11.3	3	93	0	59	67	2	29	0	1.05
24484747--24484791	17	2.6	19	76	16	53	35	0	6	57	1.25
24485152--24485176	12	2.1	12	100	0	50	36	32	8	24	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24494302--24494489	51	3.6	51	77	6	173	34	12	22	31	1.91
24496788--24496829	20	2.1	20	90	0	66	28	4	30	35	1.78
24498790--24499723	469	2.0	469	97	0	1778	21	16	13	48	1.79
24501245--24501362	58	2.0	58	93	0	200	24	9	19	46	1.79
24510139--24510213	29	2.6	29	86	0	96	22	18	17	41	1.90
24510160--24510211	17	3.4	17	67	25	51	23	21	13	42	1.88
24511049--24511228	72	2.5	72	90	0	281	24	3	16	55	1.58
24515133--24515181	10	5.2	10	78	11	59	65	0	0	34	0.93
24515132--24515166	11	3.4	11	84	15	56	71	0	0	28	0.86
24523120--24523153	17	1.9	17	88	5	50	44	17	5	32	1.73
24537841--24537881	19	2.1	20	90	4	66	60	12	2	24	1.43
24537837--24537883	19	2.6	18	83	12	60	59	10	4	25	1.49
24542783--24542826	23	1.9	23	90	0	70	56	0	2	40	1.11
24546658--24546751	29	3.2	29	86	0	125	46	13	14	24	1.81
24546658--24546767	29	3.8	29	87	0	121	46	13	15	24	1.82
24547504--24547673	92	1.8	92	81	7	211	31	27	20	21	1.98
24551714--24551786	29	2.5	29	84	0	92	39	13	26	20	1.90
24554369--24554404	16	2.2	16	90	0	54	36	2	30	30	1.72
24563236--24563270	18	1.9	18	88	0	52	34	14	14	37	1.86
24576346--24576385	20	2.0	20	85	0	53	32	30	5	32	1.79
24576572--24576627	20	2.8	20	89	5	78	33	30	5	30	1.80
24578691--24578725	12	2.9	12	91	0	61	77	0	11	11	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24588397--24588658	132	2.0	132	87	3	359	40	5	4	49	1.47
24594390--24594795	206	2.0	205	93	1	688	39	18	9	32	1.83
24595810--24595861	25	2.1	25	88	0	77	30	21	11	36	1.89
24606550--24606595	23	2.0	23	83	8	58	15	28	4	52	1.61
24609855--24609926	34	2.1	34	92	0	117	48	19	9	22	1.77
24609931--24609976	23	2.0	23	86	0	65	34	19	13	32	1.90
24612836--24612903	35	1.9	36	90	3	111	20	2	32	44	1.67
24614970--24615015	24	2.0	23	82	4	56	58	4	0	36	1.18
24615067--24615144	31	2.6	30	87	6	104	28	12	11	47	1.76
24629751--24629784	16	2.1	17	89	10	54	47	5	0	47	1.26
24630622--24630688	15	4.3	15	78	10	80	41	0	0	58	0.98
24630622--24630736	15	7.1	15	70	18	70	40	0	0	58	1.10
24640606--24640639	17	2.0	17	88	0	50	58	2	2	35	1.28
24640611--24640795	42	4.5	42	65	24	108	56	3	3	36	1.32
24640619--24640668	24	2.1	24	82	14	59	62	2	2	34	1.18
24640862--24640933	27	2.7	27	77	12	76	41	5	1	51	1.34
24641012--24641041	15	1.9	16	93	6	53	56	23	0	20	1.42
24649642--24649673	12	2.6	13	80	19	50	71	0	0	28	0.86
24649779--24649811	17	2.0	17	88	5	50	39	0	9	51	1.34
24657154--24657213	3	21.0	3	90	10	99	70	0	0	30	0.88
24657588--24657629	11	3.8	11	78	12	50	33	0	2	64	1.07
24659611--24659679	30	2.4	28	75	15	68	34	5	31	27	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24659614--24659771	29	5.4	29	74	10	117	37	3	27	31	1.73
24659618--24659822	30	6.9	29	75	10	139	37	2	25	33	1.71
24659628--24659822	60	3.3	58	77	13	175	35	3	26	34	1.72
24659642--24659822	29	6.1	30	75	12	128	37	2	25	34	1.71
24661645--24661682	13	2.9	13	88	7	51	26	10	23	39	1.87
24662105--24662795	208	3.4	206	86	3	921	20	23	20	35	1.96
24662723--24662844	49	2.5	49	100	0	244	21	26	16	36	1.94
24663068--24663153	39	2.2	37	80	11	93	24	25	22	27	1.99
24663195--24663364	92	1.9	92	89	1	270	30	18	18	32	1.95
24663359--24663824	101	4.6	101	84	2	533	13	24	20	41	1.88
24663434--24663786	51	7.0	50	68	10	180	13	25	20	40	1.89
24663359--24663835	202	2.4	202	83	3	627	13	24	20	41	1.88
24663653--24663844	50	3.8	50	72	8	156	12	24	20	42	1.87
24665036--24665102	7	9.1	7	77	18	57	0	14	4	80	0.86
24665036--24665107	6	11.3	6	78	12	56	0	15	4	80	0.86
24665040--24665107	20	3.6	19	72	7	66	0	14	4	80	0.85
24665999--24666045	20	2.2	22	88	7	71	2	19	0	78	0.85
24665999--24666048	11	4.4	12	73	14	52	2	18	0	80	0.82
24669094--24669121	11	2.5	11	100	0	56	57	17	10	14	1.65
24670591--24670863	30	9.2	29	77	7	156	35	3	26	34	1.73
24670620--24670870	30	8.4	30	83	3	283	34	2	26	36	1.71
24670589--24670870	59	4.8	59	86	2	343	35	3	25	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24670643--24670899	30	8.7	29	79	8	234	35	2	25	36	1.71
24670620--24670914	59	4.9	58	83	5	281	34	3	26	35	1.73
24672822--24672880	6	10.0	6	75	17	61	50	0	5	44	1.24
24672822--24672903	17	5.0	16	75	14	69	50	3	3	42	1.37
24678482--24678717	79	3.0	79	87	1	312	28	20	16	34	1.95
24679545--24679615	21	3.4	21	82	0	79	36	26	11	25	1.90
24685161--24685301	67	2.1	67	94	0	246	23	11	33	31	1.90
24688654--24688789	67	2.1	65	88	2	200	26	8	30	34	1.85
24700292--24700909	309	2.0	309	95	0	1119	37	16	12	33	1.87
24703328--24703388	25	2.4	26	76	13	65	14	18	3	63	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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