genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21253326--21253423	50	2.0	50	83	4	126	38	15	11	34	1.83
21261461--21261510	12	4.2	12	81	0	55	62	0	36	2	1.07
21273268--21273307	21	1.9	21	85	10	55	2	32	2	62	1.22
21288334--21288367	9	3.7	9	88	4	50	67	0	2	29	1.05
21292896--21292945	12	4.2	12	80	10	57	2	34	0	64	1.05
21306586--21306627	10	4.1	10	80	17	50	0	19	2	78	0.86
21317589--21318458	23	37.8	23	86	1	1127	34	5	14	46	1.66
21318510--21318599	36	2.5	36	92	0	135	28	7	26	36	1.84
21320537--21320589	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
21320579--21320676	38	2.6	37	71	9	99	31	15	24	28	1.95
21320697--21320775	37	2.1	37	86	4	106	25	20	30	24	1.98
21324135--21324165	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
21329420--21329502	33	2.5	33	92	1	132	33	28	15	21	1.94
21333002--21333107	44	2.4	44	91	0	176	21	16	18	42	1.89
21333002--21333107	22	4.8	22	89	0	158	21	16	18	42	1.89
21333002--21333121	22	5.5	22	83	4	125	21	15	18	44	1.87
21338748--21338867	23	5.3	23	79	9	124	47	14	3	35	1.60
21338749--21338867	45	2.6	45	77	10	127	47	14	3	34	1.60
21338759--21338864	22	4.7	22	79	8	106	48	14	3	33	1.61
21338925--21338977	10	5.2	10	77	11	54	45	18	0	35	1.50
21346592--21346710	51	2.3	51	86	0	166	33	23	18	24	1.97
21349027--21349088	22	2.8	22	90	0	97	22	19	14	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21349503--21349558	21	2.7	21	78	13	62	42	3	0	53	1.18
21351004--21351055	24	2.2	24	89	3	79	28	13	42	15	1.85
21351299--21351353	27	2.0	27	100	0	110	14	10	25	49	1.76
21351585--21351642	17	3.5	17	69	11	57	81	3	10	5	0.97
21355402--21355460	29	2.0	30	93	3	102	28	3	15	52	1.58
21355406--21355469	29	2.2	29	86	8	85	31	4	12	51	1.60
21360184--21360383	41	4.8	41	86	2	256	25	26	11	37	1.89
21360179--21360383	82	2.5	83	89	4	306	25	25	10	37	1.89
21366226--21366785	281	2.0	281	98	0	1075	36	20	10	31	1.88
21367627--21367819	41	4.7	41	85	2	235	24	23	10	40	1.86
21367622--21367819	82	2.4	82	89	3	308	25	23	10	40	1.86
21368623--21368670	22	2.2	21	77	3	51	35	14	0	50	1.44
21378563--21379121	139	4.1	137	90	3	826	45	6	7	40	1.57
21382490--21382947	196	2.4	194	79	5	498	27	26	17	28	1.98
21394614--21394663	21	2.4	21	86	0	64	26	8	28	38	1.84
21412099--21412147	24	2.2	23	82	10	57	48	0	40	10	1.37
21418282--21418346	18	3.6	18	73	8	60	41	26	10	21	1.86
21424454--21424511	18	3.2	18	76	13	57	56	0	39	3	1.16
21424460--21424514	9	6.1	9	74	16	51	58	0	38	3	1.16
21424457--21424514	27	2.1	28	87	3	82	58	0	37	3	1.15
21424821--21424846	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
21440767--21440843	37	2.1	37	87	0	109	29	32	16	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21443107--21443146	17	2.4	17	87	8	55	85	2	10	2	0.80
21447216--21447254	3	13.0	3	84	10	53	66	0	33	0	0.92
21452606--21452841	41	5.8	41	89	1	339	29	17	30	22	1.97
21452571--21452841	123	2.2	123	83	5	359	31	16	29	22	1.96
21453234--21453278	20	2.2	20	81	18	58	60	13	4	22	1.51
21458115--21458233	43	2.8	44	85	3	127	27	19	22	30	1.98
21458132--21458247	42	2.7	43	86	4	155	27	20	20	31	1.98
21463734--21463815	37	2.2	37	82	4	94	21	29	23	25	1.99
21463912--21463969	26	2.3	26	90	3	91	29	20	24	25	1.99
21468186--21468269	37	2.3	37	85	0	105	26	32	21	20	1.98
21469223--21469253	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
21472033--21472077	12	3.8	12	81	0	63	66	0	33	0	0.92
21472031--21472074	21	1.9	24	82	17	58	65	0	34	0	0.93
21473096--21473147	20	2.7	19	79	8	52	73	1	17	7	1.16
21475401--21475426	12	2.2	12	100	0	52	15	38	23	23	1.92
21475413--21475491	39	2.0	39	85	4	106	27	35	16	20	1.94
21475447--21475581	55	2.5	54	87	4	193	25	41	17	15	1.88
21475540--21475621	41	2.0	41	90	0	128	23	46	18	12	1.82
21476613--21476792	62	2.9	62	86	4	233	43	6	3	46	1.48
21476994--21477024	16	1.9	16	93	0	53	41	9	3	45	1.53
21477729--21477845	61	1.9	59	88	6	173	41	2	4	51	1.35
21478999--21480015	508	2.0	508	96	0	1854	26	15	22	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21480326--21480407	39	2.1	40	88	2	121	40	21	15	21	1.91
21480335--21480409	40	1.9	38	88	2	105	40	22	18	18	1.92
21484641--21484706	33	2.0	33	93	0	114	27	9	34	28	1.87
21485262--21485403	74	1.9	74	91	2	232	30	14	26	28	1.95
21485911--21485950	14	3.1	13	89	7	55	20	5	0	75	0.99
21486742--21487004	72	3.6	72	71	10	221	30	20	27	21	1.98
21486820--21487083	73	3.6	73	71	8	241	28	22	27	21	1.99
21486777--21487083	145	2.1	145	92	0	506	28	21	28	22	1.99
21487204--21487456	39	6.5	39	87	3	339	41	22	15	20	1.90
21487185--21487456	78	3.5	78	88	3	393	41	22	15	19	1.89
21487196--21487514	117	2.7	116	84	4	338	41	21	16	20	1.90
21487183--21487514	78	4.2	76	81	6	344	41	21	16	20	1.90
21487267--21487522	39	6.5	39	84	4	147	40	21	16	21	1.91
21488567--21488657	29	3.2	28	71	14	87	40	4	23	31	1.74
21488567--21488655	28	3.1	28	74	7	99	40	4	23	31	1.75
21489194--21489268	21	3.6	21	80	7	82	52	18	0	29	1.46
21493080--21493795	237	3.0	237	85	2	915	24	18	25	31	1.97
21499812--21499853	11	3.9	11	81	6	50	9	16	11	61	1.55
21499814--21499853	16	2.5	16	88	8	55	10	17	7	65	1.46
21500072--21500259	11	17.1	11	63	25	53	43	3	3	49	1.38
21500113--21500478	62	5.8	62	80	10	413	42	5	3	48	1.43
21500072--21500483	134	3.1	133	82	7	549	42	4	3	48	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21500285--21500384	27	3.4	27	65	21	67	47	3	2	48	1.28
21500312--21500419	35	3.3	34	65	19	86	43	4	3	48	1.41
21501358--21501553	62	2.9	65	73	17	170	43	2	5	48	1.38
21502710--21502771	31	2.0	31	87	3	90	50	16	0	33	1.45
21502882--21502965	28	2.9	28	68	10	80	41	5	21	30	1.77
21502884--21502975	29	3.2	28	71	9	87	38	6	21	33	1.79
21503399--21503425	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21504150--21504206	21	2.6	22	80	5	62	29	1	33	35	1.68
21505393--21505461	33	2.1	33	91	0	111	31	23	17	27	1.97
21511214--21511281	21	3.2	21	86	12	95	38	23	20	17	1.93
21511214--21511267	14	3.9	14	82	2	65	38	24	20	16	1.92
21512352--21512405	17	2.8	19	83	13	58	57	1	1	38	1.20
21512601--21512648	22	2.2	22	92	7	80	47	25	0	27	1.52
21513710--21514399	231	2.9	235	84	3	888	24	19	27	29	1.98
21514805--21515129	62	5.1	63	78	14	319	41	5	3	48	1.45
21514750--21515174	134	3.2	133	81	10	518	42	4	4	48	1.44
21514750--21514999	67	3.7	69	72	19	215	42	4	3	49	1.41
21516069--21516118	20	2.8	17	84	9	64	42	0	4	54	1.19
21517552--21517610	30	1.9	31	93	3	102	52	13	0	33	1.41
21517723--21517819	29	3.4	29	78	13	119	34	7	22	36	1.82
21519852--21519961	24	4.6	24	91	0	175	28	24	22	24	2.00
21519951--21520157	27	7.6	27	93	0	342	34	19	18	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21522241--21522957	237	3.0	235	85	4	897	24	18	25	31	1.98
21523278--21523725	134	3.4	134	81	8	553	41	4	5	49	1.46
21523496--21523690	62	3.1	62	91	2	302	40	4	5	49	1.45
21524152--21524203	20	2.8	19	80	11	63	44	1	1	51	1.23
21523596--21524683	582	1.8	582	88	7	1640	41	8	8	42	1.64
21527466--21527794	52	6.3	52	91	1	491	26	13	24	36	1.91
21527466--21527794	154	2.1	156	90	1	527	26	13	24	36	1.91
21527466--21527794	102	3.2	104	90	2	500	26	13	24	36	1.91
21527697--21527778	26	3.2	26	61	13	60	28	9	23	39	1.86
21528620--21528689	22	3.1	23	80	14	92	48	22	0	28	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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