genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  88  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27634847--27634893	21	2.2	21	84	0	58	23	34	17	25	1.96
27638151--27638190	17	2.5	15	88	8	53	0	32	0	67	0.91
27638827--27638862	17	2.1	17	89	0	54	44	0	0	55	0.99
27639167--27639225	18	3.0	20	75	25	63	49	0	0	50	1.00
27639188--27639246	16	3.4	18	75	15	61	52	0	0	47	1.00
27643967--27644023	24	2.4	24	93	0	96	33	26	19	21	1.97
27646221--27646286	30	2.1	32	86	5	91	39	6	15	39	1.72
27647089--27647128	20	2.0	20	90	4	64	15	15	17	52	1.75
27648947--27649116	30	5.7	30	75	8	132	31	9	26	32	1.88
27648947--27649087	60	2.4	60	86	1	194	29	9	27	32	1.89
27648949--27649087	59	2.3	59	85	3	163	30	10	28	31	1.90
27649078--27649155	30	2.6	30	84	8	88	42	7	16	33	1.77
27649107--27649163	30	1.9	30	85	7	80	47	8	12	31	1.72
27650805--27651101	122	2.4	122	82	3	366	23	21	15	39	1.92
27651162--27651340	76	2.4	76	84	0	234	25	17	17	39	1.92
27651414--27651508	48	2.0	48	85	0	127	24	22	13	40	1.90
27651228--27651667	124	3.6	124	88	1	616	25	20	15	39	1.92
27651635--27651700	33	2.0	33	96	0	123	25	18	16	39	1.91
27651511--27651824	157	2.0	157	92	0	520	24	21	15	38	1.92
27652501--27652618	43	3.0	40	78	18	131	9	20	16	53	1.70
27658283--27658478	23	8.4	23	72	12	132	41	17	26	14	1.88
27658336--27658471	69	1.9	70	80	11	154	41	19	24	14	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27659343--27659417	24	3.1	24	86	7	116	53	5	12	29	1.60
27666423--27666461	18	2.2	18	85	0	51	66	2	10	20	1.33
27669682--27669707	13	2.0	13	100	0	52	23	46	0	30	1.53
27673324--27673367	2	22.0	2	100	0	88	50	0	50	0	1.00
27675537--27675622	38	2.2	39	81	2	111	36	19	9	34	1.84
27680156--27680190	6	5.8	6	93	0	61	54	0	28	17	1.43
27680155--27680191	18	2.1	18	100	0	74	56	0	27	16	1.40
27690716--27690754	7	5.6	7	96	0	69	58	30	0	10	1.31
27693334--27693385	23	2.1	25	82	13	63	28	0	3	67	1.08
27696114--27696164	21	2.4	21	93	0	84	29	17	3	49	1.65
27697311--27697387	17	4.5	17	75	6	75	42	0	5	51	1.24
27697395--27697486	46	2.0	46	86	0	130	34	17	15	32	1.91
27698181--27698221	15	2.7	15	88	3	55	46	0	0	53	1.00
27698156--27698229	37	1.9	39	81	13	91	45	0	4	50	1.20
27699245--27699330	29	3.0	28	83	6	109	40	19	3	36	1.69
27699275--27699347	29	2.5	28	82	12	78	36	19	1	42	1.60
27699361--27699452	29	3.2	29	71	11	82	34	29	2	33	1.70
27699304--27699526	59	3.8	59	77	10	208	31	29	2	36	1.72
27699304--27699496	57	3.3	57	80	9	196	32	28	2	36	1.71
27699304--27699519	115	1.9	116	82	4	276	31	28	2	37	1.72
27701291--27701365	22	3.5	22	74	1	71	38	30	10	20	1.86
27713658--27713690	13	2.5	13	95	0	57	24	15	18	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27741460--27741523	27	2.4	27	79	10	76	26	18	12	42	1.86
27742935--27743021	24	3.6	24	92	3	122	28	20	27	22	1.99
27747652--27747685	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
27749035--27749068	18	1.9	18	88	5	52	35	5	17	41	1.74
27769750--27769786	15	2.5	15	87	12	51	59	2	0	37	1.12
27769800--27769848	20	2.4	21	82	3	64	48	6	0	44	1.27
27781270--27781305	13	2.8	13	91	0	54	13	22	22	41	1.89
27788460--27788507	18	2.6	19	83	3	62	52	0	8	39	1.32
27788477--27788537	16	3.8	16	74	8	52	54	1	4	39	1.32
27788740--27788764	13	1.9	13	100	0	50	24	0	56	20	1.43
27791994--27792336	117	2.9	116	87	4	476	34	2	28	34	1.72
27791994--27792318	30	11.1	30	67	18	159	34	3	28	33	1.73
27792179--27792330	28	5.2	28	71	17	130	30	3	32	33	1.74
27792190--27792349	29	5.5	28	71	23	107	31	3	33	31	1.74
27791994--27792336	59	5.9	59	86	4	480	34	2	28	34	1.72
27794121--27794181	28	2.2	29	79	8	72	55	4	1	37	1.31
27794496--27795227	200	3.7	200	91	0	1106	19	23	21	35	1.96
27808886--27808945	30	2.0	30	83	6	77	50	1	1	46	1.21
27825895--27825940	18	2.5	18	85	3	56	32	13	17	36	1.88
27827555--27827601	12	3.8	12	76	20	51	76	6	14	2	1.08
27827542--27827613	26	2.8	26	93	2	119	76	6	12	4	1.13
27827541--27827613	14	5.5	14	71	23	59	75	6	13	4	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27834147--27834218	16	4.5	16	92	0	126	37	5	30	26	1.79
27834204--27834292	44	2.0	46	84	8	121	31	5	24	38	1.79
27834388--27834533	58	2.5	56	84	11	179	50	1	2	46	1.21
27837714--27837792	31	2.6	31	90	4	117	51	6	2	39	1.41
27838066--27838096	10	3.0	10	90	9	53	41	19	0	38	1.51
27841507--27841578	23	3.2	22	77	11	74	9	5	16	68	1.37
27841528--27841576	26	2.0	24	84	8	62	10	4	16	69	1.32
27841580--27841619	20	2.0	20	90	0	62	10	15	15	60	1.60
27841627--27841682	15	3.5	15	69	21	51	8	1	17	71	1.21
27841599--27841724	24	5.4	24	73	13	102	9	3	17	69	1.32
27841619--27841723	12	9.1	12	75	8	101	8	2	18	70	1.25
27841619--27841742	44	2.8	44	85	3	142	10	2	16	70	1.26
27842283--27842330	20	2.3	20	89	3	69	18	22	2	56	1.52
27842493--27842563	26	2.8	26	93	2	126	30	26	4	38	1.76
27846864--27846934	26	2.8	25	85	4	106	30	26	4	38	1.76
27851552--27851604	24	2.2	24	82	0	61	16	22	1	58	1.48
27852657--27852734	29	2.5	31	80	10	90	41	2	15	41	1.61
27852665--27852734	32	2.3	29	83	11	79	41	2	15	40	1.62
27854167--27854209	21	2.0	22	86	8	63	20	18	6	53	1.67
27863855--27863927	23	3.0	23	76	7	65	72	10	6	9	1.27
27863843--27863953	45	2.4	45	81	3	123	68	16	6	9	1.36
27863912--27864013	34	3.0	34	81	4	125	64	22	4	7	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27863935--27864000	22	2.9	23	77	4	71	66	22	4	6	1.32
27866955--27866994	16	2.3	19	87	12	59	32	0	0	67	0.91
27867180--27867264	33	2.6	33	88	3	109	31	5	15	47	1.69
27870274--27870314	7	6.0	7	81	16	50	39	0	60	0	0.96
27873177--27873266	27	3.2	27	75	9	74	46	10	11	32	1.72
27873171--27873237	27	2.5	27	77	18	77	44	8	14	31	1.76
27874715--27874831	27	4.3	27	92	2	182	15	30	33	20	1.94
27874715--27874849	27	5.0	27	93	1	175	16	30	31	21	1.95
27875006--27875136	57	2.4	55	78	10	142	56	5	2	35	1.35
27875202--27875289	27	3.3	27	100	0	176	13	22	40	22	1.89
27875324--27875373	25	2.0	25	96	0	91	48	6	20	26	1.72
27875364--27875421	26	2.2	26	84	0	71	55	5	29	10	1.55
27878169--27878226	28	2.1	28	83	6	73	36	1	12	50	1.50
27878218--27878267	26	1.9	26	84	8	66	30	0	12	58	1.34
27878333--27878391	6	9.8	6	89	7	93	66	15	1	16	1.34
27878824--27878850	6	4.5	6	100	0	54	14	33	37	14	1.88
27880784--27880815	16	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
27881411--27881472	27	2.3	27	100	0	124	22	41	25	9	1.84
27883952--27884162	108	2.0	107	94	0	368	27	7	18	46	1.76
27898971--27899007	6	6.2	6	96	0	65	2	16	64	16	1.40
27898953--27899007	12	4.6	12	86	0	65	5	12	61	20	1.50
27900552--27900643	40	2.3	40	98	0	175	27	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27901314--27901340	12	2.2	12	100	0	54	92	0	0	7	0.38
27902824--27902862	21	1.9	20	84	5	51	71	2	0	25	0.98
27904469--27904570	40	2.5	40	81	6	116	41	19	18	20	1.91
27904576--27904678	41	2.5	41	79	4	127	22	19	27	31	1.98
27904576--27904694	41	2.9	41	76	8	125	23	19	27	29	1.98
27904781--27904978	41	4.8	41	76	1	173	25	22	25	26	2.00
27905060--27905108	10	5.1	10	80	7	57	55	0	0	44	0.99
27905057--27905108	19	2.7	19	77	11	61	53	0	0	46	1.00
27905588--27905919	168	2.0	168	89	0	511	28	16	23	31	1.96
27906100--27906153	19	2.8	18	75	13	54	59	0	0	40	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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