genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28144943--28145007	4	16.8	4	81	15	75	26	0	0	73	0.83
28144935--28145007	35	2.1	36	89	7	114	26	0	0	73	0.83
28146295--28146346	20	2.8	18	69	11	50	59	1	28	9	1.40
28149712--28149749	20	1.9	20	88	0	58	42	23	2	31	1.68
28161455--28161495	20	2.0	21	85	4	57	31	0	7	60	1.24
28174854--28174882	7	4.1	7	100	0	58	72	0	13	13	1.13
28175315--28175353	17	2.3	17	90	0	60	46	25	12	15	1.81
28182416--28182492	32	2.5	30	82	6	82	22	7	20	49	1.74
28182441--28182507	32	2.2	32	83	5	84	26	7	17	47	1.74
28184668--28184723	22	2.8	19	84	10	60	66	1	3	28	1.19
28185629--28185681	21	2.5	22	85	11	67	73	0	1	24	0.93
28185629--28185687	16	3.4	17	79	15	59	71	0	3	25	1.02
28186924--28186978	26	2.2	25	80	9	58	34	25	0	40	1.56
28189433--28189687	30	8.7	30	74	9	152	39	3	23	33	1.71
28191751--28192281	39	13.6	39	66	8	132	25	19	30	23	1.98
28191724--28192273	78	7.1	78	83	0	616	25	20	30	23	1.99
28204523--28204714	60	3.2	59	76	11	196	38	2	21	38	1.67
28204519--28204694	90	2.0	89	85	3	237	36	1	22	38	1.65
28204523--28204757	29	7.9	29	78	9	188	38	3	21	36	1.70
28204522--28204735	60	3.6	59	77	8	157	39	2	20	37	1.67
28205431--28205509	18	4.0	18	73	17	68	7	1	15	75	1.08
28205417--28205505	22	4.4	20	72	17	69	8	2	12	76	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28205425--28205517	43	2.2	43	88	5	138	8	3	15	73	1.21
28205475--28205499	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
28205448--28205517	21	3.2	23	76	19	94	10	2	12	74	1.18
28205511--28205553	18	2.2	20	88	8	63	13	6	11	67	1.41
28205417--28205562	61	2.4	59	78	8	143	10	3	13	72	1.23
28205532--28205633	12	8.8	12	75	8	50	9	4	16	68	1.35
28205552--28205634	21	3.9	21	75	9	78	8	4	16	69	1.31
28205544--28205630	44	2.0	44	86	4	122	8	5	17	68	1.34
28205765--28205810	10	4.3	11	76	13	51	17	0	8	73	1.07
28208577--28208611	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
28211424--28211484	17	3.6	17	86	4	79	40	1	8	49	1.42
28211426--28211484	6	10.3	6	71	10	52	40	1	6	50	1.39
28211633--28211710	38	2.1	38	97	0	147	25	42	12	19	1.87
28212256--28212297	20	2.2	19	91	4	66	57	4	0	38	1.20
28213396--28213570	29	6.0	28	71	11	82	30	24	2	42	1.67
28213417--28213746	29	11.2	29	68	13	142	32	24	3	39	1.72
28213409--28213808	59	6.8	58	74	10	246	32	23	4	39	1.73
28213406--28213780	118	3.2	116	77	6	348	32	24	3	39	1.73
28215474--28215545	16	4.5	16	92	0	126	37	5	30	26	1.79
28215527--28215620	44	2.1	44	86	7	127	30	5	26	37	1.79
28215715--28215860	58	2.5	56	82	11	179	50	1	2	46	1.21
28222969--28223343	49	7.6	49	79	5	339	37	21	26	13	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28222969--28223372	147	2.7	146	79	4	427	37	22	26	14	1.92
28223570--28223651	39	2.1	38	82	6	94	25	25	24	24	2.00
28223589--28223731	39	3.7	39	77	8	139	23	29	22	25	1.99
28223588--28223835	78	3.2	77	81	3	284	24	30	19	25	1.98
28223916--28224526	206	3.0	205	89	0	898	35	19	22	22	1.96
28226865--28226959	29	3.3	28	78	11	111	31	24	3	41	1.71
28226865--28226970	29	3.6	28	78	12	106	31	22	2	43	1.68
28226892--28227147	29	8.7	29	71	17	138	32	24	3	39	1.74
28226889--28227092	30	6.9	29	72	17	129	32	24	4	39	1.75
28226867--28227174	58	5.3	59	79	7	258	32	25	4	37	1.76
28227131--28227202	28	2.6	28	82	8	76	31	30	8	29	1.87
28229092--28229148	23	2.5	24	80	8	64	33	8	7	50	1.60
28230119--28230477	41	8.8	41	77	12	294	25	22	25	25	2.00
28230058--28230442	41	9.4	41	79	10	281	27	22	25	24	2.00
28232761--28233484	49	14.3	49	78	11	674	46	2	5	45	1.39
28232793--28232919	18	7.7	18	68	16	69	50	0	4	44	1.28
28232815--28233366	161	3.5	159	82	8	754	46	2	5	45	1.39
28232761--28233511	258	2.9	249	84	7	854	46	2	5	46	1.38
28232751--28233480	307	2.4	307	95	0	1318	46	2	5	45	1.40
28233392--28233493	8	12.2	8	68	22	59	45	0	3	50	1.20
28233531--28233624	8	11.8	8	71	22	65	44	1	2	52	1.20
28233558--28233626	22	3.2	22	82	11	74	46	0	1	52	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28239145--28239301	66	2.4	66	86	2	226	44	15	24	15	1.85
28239288--28239328	21	2.0	21	95	0	73	29	24	43	2	1.67
28239288--28239339	21	2.5	21	87	6	70	32	21	44	1	1.63
28239639--28239760	43	2.8	43	93	2	201	24	27	31	16	1.96
28239914--28240035	43	2.8	43	93	2	201	24	27	31	16	1.96
28239498--28240048	275	2.0	275	100	0	1102	26	18	25	30	1.98
28243044--28243086	19	2.1	21	83	8	54	53	4	2	39	1.34
28243062--28243167	32	3.4	30	76	8	115	53	2	1	41	1.26
28244650--28245033	30	13.0	29	80	6	362	38	2	24	35	1.67
28244650--28245033	88	4.3	85	77	9	331	38	2	24	35	1.67
28244648--28245032	118	3.2	117	80	8	388	37	2	24	35	1.68
28245543--28245574	17	1.9	17	93	6	57	0	31	0	68	0.90
28246904--28246937	14	2.4	14	90	0	50	23	0	32	44	1.54
28247356--28247390	9	3.7	10	88	11	56	28	8	0	62	1.24
28250742--28250799	21	2.8	20	84	7	80	58	13	8	18	1.61
28254829--28254897	28	2.3	28	82	9	75	24	23	20	31	1.98
28262496--28262535	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
28263635--28263659	12	2.1	12	100	0	50	28	32	16	24	1.96
28263760--28263823	21	3.0	21	74	2	65	21	26	17	34	1.95
28266347--28266371	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
28267479--28267530	20	2.7	18	80	13	59	38	1	13	46	1.54
28267788--28267875	46	1.9	46	88	0	131	42	20	7	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28271187--28271236	17	2.8	18	82	17	68	40	2	2	56	1.22
28283327--28283383	6	9.5	6	84	0	60	24	29	0	45	1.53
28283327--28283387	12	5.1	12	79	0	68	24	27	0	47	1.52
28283327--28283371	18	2.5	18	100	0	90	26	28	0	44	1.55
28293271--28293417	26	5.7	26	88	1	197	23	24	16	35	1.95
28300995--28301134	36	3.9	36	96	1	246	32	15	25	25	1.95
28315275--28315322	24	2.0	23	81	18	55	43	0	45	10	1.38
28320083--28320337	24	10.6	24	77	7	178	20	29	16	33	1.95
28320080--28320353	72	3.8	71	77	6	250	21	28	16	33	1.95
28320083--28320353	48	5.6	48	76	1	256	21	28	16	33	1.95
28327946--28327978	17	1.9	17	88	11	50	66	0	24	9	1.20
28332551--28332583	16	2.1	16	94	0	57	78	0	0	21	0.75
28336328--28336353	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
28337031--28337089	31	1.9	31	82	6	75	33	13	11	40	1.81
28338134--28338178	21	2.0	23	91	8	76	44	2	0	53	1.13
28338167--28338195	12	2.5	12	94	5	51	51	0	0	48	1.00
28339112--28339194	20	4.0	20	69	17	62	46	0	0	53	1.00
28339093--28339192	40	2.6	39	86	9	141	48	0	0	52	1.00
28339102--28339193	9	9.3	10	69	21	61	46	0	0	53	1.00
28351361--28351411	24	2.1	24	82	7	59	47	27	7	17	1.75
28359860--28360013	77	2.0	77	100	0	308	33	14	15	36	1.88
28362541--28362621	40	2.0	40	90	0	126	25	28	6	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28364494--28364553	25	2.4	25	97	0	111	30	6	16	46	1.73
28366098--28366155	26	2.2	26	81	6	64	18	10	1	68	1.26
28373295--28373319	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
28375683--28375721	20	2.0	20	94	0	69	48	28	10	12	1.74
28380368--28380397	15	2.0	15	93	0	51	60	10	0	30	1.30
28381861--28381892	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
28384445--28384491	21	2.2	21	80	0	58	27	31	10	29	1.90
28386513--28386557	3	15.3	3	95	4	83	68	0	0	31	0.89
28387593--28387687	7	14.0	7	74	6	88	29	22	28	20	1.98
28387593--28387687	20	4.7	21	78	5	97	29	22	28	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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