genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28912101--28912139	16	2.4	16	82	0	51	56	2	0	41	1.13
28912709--28912771	26	2.4	25	78	5	63	60	0	0	39	0.97
28920849--28920900	21	2.5	21	90	0	77	36	26	11	25	1.90
28920966--28921016	24	2.2	24	90	10	81	39	27	9	23	1.86
28925519--28925722	23	8.8	23	87	0	282	35	4	13	46	1.63
28925519--28925722	69	2.9	69	91	0	318	35	4	13	46	1.63
28925785--28925897	36	3.1	36	82	5	147	26	10	27	35	1.89
28926388--28926426	17	2.2	17	86	13	53	23	0	23	53	1.46
28930835--28930867	5	6.6	5	100	0	66	42	18	21	18	1.89
28941884--28941933	22	2.4	20	78	12	55	42	14	4	40	1.64
28941890--28941932	22	2.0	22	85	0	59	41	13	4	39	1.66
28942124--28942174	25	2.1	24	82	10	59	54	3	15	25	1.58
28943656--28943697	17	2.4	17	88	4	57	47	2	28	21	1.63
28943670--28943717	24	2.0	24	83	0	60	43	2	35	18	1.62
28949042--28949084	17	2.5	17	88	3	59	48	0	27	23	1.51
28950510--28950649	29	4.8	29	69	22	96	39	2	25	32	1.70
28950505--28950888	58	6.6	58	82	5	427	36	2	28	32	1.69
28950505--28950884	117	3.2	117	85	2	539	36	2	27	33	1.69
28951153--28951215	32	2.0	32	84	6	83	60	4	12	22	1.51
28952671--28952739	17	4.0	16	71	20	50	52	2	2	42	1.31
28952670--28952738	11	5.8	12	72	14	54	52	1	2	43	1.25
28952670--28952738	6	11.7	6	70	14	54	52	1	2	43	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28952670--28952753	42	2.0	42	83	4	107	51	2	3	42	1.32
28958718--28958757	20	2.0	20	85	5	53	37	0	10	52	1.35
28958765--28958803	20	1.9	21	94	5	71	46	7	5	41	1.55
28958763--28958809	20	2.3	20	85	3	67	46	6	4	42	1.48
28961067--28961128	29	2.1	29	82	11	74	59	3	12	24	1.48
28961218--28961495	30	9.5	30	66	24	125	35	4	28	32	1.77
28961218--28961523	59	5.2	58	87	2	407	35	3	28	32	1.76
28961218--28961495	29	9.5	31	66	23	129	35	4	28	32	1.77
28961209--28961523	118	2.7	117	88	2	463	34	4	28	31	1.77
28962633--28962666	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
28963381--28963464	17	4.8	17	76	4	78	52	7	2	38	1.42
28963511--28963543	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
28963542--28963570	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
28969916--28970214	106	2.8	106	81	1	339	37	19	12	31	1.88
28972395--28972443	15	3.1	15	82	5	53	28	0	2	69	1.00
28978368--28978510	71	2.0	71	98	0	277	23	11	13	51	1.73
28980270--28980313	16	2.8	16	83	10	54	18	11	2	68	1.30
28985975--28986021	21	2.2	21	92	0	76	23	21	4	51	1.65
28990281--28990320	7	5.4	8	90	6	50	27	0	0	72	0.85
28990289--28990320	7	4.6	7	100	0	64	25	0	0	75	0.81
28990280--28990320	14	2.8	15	88	7	66	29	0	0	70	0.87
28996867--28996930	32	2.0	31	82	8	76	45	3	3	48	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29000463--29000521	3	19.7	3	100	0	118	66	0	0	33	0.92
29004318--29004425	28	3.9	27	75	15	71	30	2	2	63	1.22
29004319--29004422	10	11.0	9	80	8	75	29	1	2	65	1.18
29004331--29004426	19	5.1	19	77	13	92	31	2	3	63	1.21
29007258--29007291	13	2.6	13	95	0	59	73	0	0	26	0.83
29009769--29009798	14	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
29009716--29010056	129	2.6	132	81	9	371	24	13	10	52	1.71
29010201--29010271	37	1.9	37	83	11	92	32	2	1	63	1.18
29020409--29020443	6	5.8	6	100	0	70	14	34	0	51	1.42
29020639--29020679	14	2.7	16	77	14	50	43	0	0	56	0.99
29021649--29021673	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
29030397--29030594	104	1.9	105	92	3	337	38	22	11	27	1.89
29032489--29032521	12	2.6	13	85	9	50	27	0	3	69	1.03
29033240--29033320	42	1.9	42	87	0	117	38	9	27	24	1.87
29037085--29037139	16	3.4	16	82	0	65	38	7	27	27	1.83
29037311--29037461	58	2.6	59	84	6	200	53	1	1	43	1.17
29037430--29037480	24	2.1	24	82	10	59	56	0	5	37	1.23
29037291--29037470	58	3.1	55	76	15	170	52	1	1	44	1.18
29041910--29041943	15	2.3	15	89	0	50	14	47	29	8	1.75
29042050--29042085	18	2.0	18	94	0	63	52	2	0	44	1.15
29044667--29044702	7	5.0	7	93	3	54	52	5	0	41	1.24
29047261--29047300	19	2.2	19	86	4	55	65	2	5	27	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29062350--29062386	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
29062386--29062462	2	38.5	2	85	0	100	49	2	46	1	1.23
29062386--29062463	34	2.3	34	95	0	138	48	2	46	2	1.29
29066875--29066928	25	2.1	26	83	10	67	37	1	3	57	1.27
29070602--29070631	15	1.9	16	93	6	53	20	16	0	63	1.31
29071292--29071331	21	1.9	21	85	10	55	57	0	12	30	1.36
29072252--29072302	16	3.2	16	97	0	93	21	11	13	52	1.72
29074084--29074109	12	2.2	12	100	0	52	23	0	7	69	1.14
29074365--29074499	71	1.9	71	89	8	213	34	2	2	60	1.21
29074436--29074661	95	2.4	95	83	5	280	34	6	7	51	1.54
29074670--29074705	18	2.0	18	94	0	63	44	0	2	52	1.15
29074759--29074826	26	2.6	27	79	9	77	35	0	0	64	0.94
29074759--29074826	27	2.5	27	81	9	77	35	0	0	64	0.94
29074765--29074803	18	2.0	20	85	9	55	38	0	0	61	0.96
29078099--29078141	22	2.0	22	90	0	68	46	11	6	34	1.67
29078101--29078149	22	2.2	22	85	0	62	48	12	4	34	1.59
29080531--29080574	20	2.2	20	84	4	54	45	0	6	47	1.29
29081060--29081094	14	2.6	13	86	8	52	80	8	2	8	1.01
29081572--29081614	11	3.9	11	82	8	52	41	0	4	53	1.21
29081574--29081636	17	3.8	17	79	8	67	41	0	4	53	1.22
29081580--29081656	27	2.8	28	76	5	77	42	2	5	49	1.39
29082496--29082541	16	2.8	17	87	6	60	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29083275--29083343	32	2.1	33	81	7	79	21	14	5	57	1.58
29083609--29083906	117	2.6	116	88	5	433	34	30	2	33	1.71
29083609--29083912	59	5.2	58	87	4	425	34	30	2	33	1.70
29083757--29083906	29	5.1	28	67	22	89	34	31	2	32	1.72
29084010--29084063	20	2.7	20	74	25	51	20	14	7	57	1.61
29095889--29096287	200	2.0	200	89	0	609	35	21	23	19	1.96
29096677--29096719	11	3.9	11	82	8	52	41	0	4	53	1.21
29096679--29096741	17	3.8	17	79	8	67	41	0	4	53	1.22
29096685--29096761	27	2.8	28	76	5	77	42	2	5	49	1.39
29097147--29097192	16	2.8	17	87	6	60	63	0	0	36	0.95
29098303--29098390	29	3.0	29	64	26	67	30	29	4	35	1.78
29098275--29098818	59	9.3	59	86	5	667	32	28	2	35	1.72
29098275--29098818	176	3.1	174	86	4	736	32	28	2	35	1.72
29098275--29098818	117	4.6	118	85	4	699	32	28	2	35	1.72
29098909--29098962	20	2.7	20	74	25	51	20	12	7	59	1.58
29101403--29101458	13	4.3	13	71	8	51	62	1	0	35	1.06
29101710--29101773	29	2.2	29	91	2	103	42	3	10	43	1.55
29105811--29105997	33	5.7	33	80	5	184	28	18	18	35	1.94
29105811--29105996	99	1.9	98	81	7	225	28	17	18	35	1.94
29107975--29108021	19	2.4	20	79	10	53	36	17	14	31	1.90
29111038--29111139	23	4.4	23	89	0	150	48	12	4	34	1.63
29113074--29113122	26	1.9	26	87	4	73	51	8	2	38	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29121654--29121705	21	2.4	21	80	6	68	36	3	0	59	1.16
29121903--29121933	6	5.2	6	92	0	53	16	19	0	64	1.29
29127813--29127841	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
29134206--29134289	36	2.3	36	87	0	114	11	29	25	33	1.91
29143368--29143435	31	2.2	31	100	0	136	32	5	8	52	1.56
29145092--29145138	12	3.9	12	80	0	58	14	14	19	51	1.77
29145228--29145343	47	2.5	47	98	0	223	27	10	17	44	1.81
29145228--29145361	23	5.7	23	74	4	117	29	10	17	43	1.82
29146945--29146974	15	2.0	15	93	0	51	26	3	20	50	1.64
29149570--29149821	43	5.8	42	70	12	154	34	14	19	30	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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