genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  9  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2622736--2623045	8	36.3	9	64	24	90	48	0	5	46	1.24
2622736--2623185	49	9.3	49	92	4	736	48	0	5	45	1.27
2622736--2623185	242	1.9	242	93	2	789	48	0	5	45	1.27
2628705--2628861	66	2.4	66	85	2	217	43	15	24	15	1.86
2628847--2628889	21	2.0	21	95	0	77	27	23	46	2	1.64
2628853--2628899	21	2.2	21	84	0	58	36	21	40	2	1.65
2629215--2629381	43	3.9	43	97	0	307	28	25	28	17	1.97
2629201--2629399	86	2.3	85	87	4	301	27	26	27	19	1.99
2629548--2629582	16	2.2	16	94	0	61	40	0	8	51	1.33
2632801--2632834	9	3.9	9	92	3	52	50	0	2	47	1.16
2632846--2632910	29	2.2	31	83	10	82	49	1	3	46	1.27
2649038--2649067	1	30.0	1	100	0	60	100	0	0	0	0.00
2650005--2650040	15	2.3	16	90	4	56	50	5	5	38	1.49
2650740--2650970	115	2.0	115	100	0	462	28	21	23	26	1.99
2651825--2651889	30	2.2	30	94	0	112	23	4	15	56	1.57
2655978--2656035	23	2.5	23	83	5	73	24	3	8	63	1.38
2655947--2656036	12	7.6	11	69	17	56	23	4	8	63	1.42
2658675--2658724	8	6.1	8	76	19	50	62	0	2	36	1.07
2661042--2661083	12	3.8	12	75	18	54	73	0	23	2	0.94
2661041--2661097	10	5.5	11	77	22	61	73	0	22	3	0.98
2661043--2661096	21	2.6	21	100	0	108	72	0	24	3	1.01
2669848--2669880	17	2.0	17	88	5	50	51	12	0	36	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2706108--2706146	20	1.9	21	85	15	55	51	0	0	48	1.00
2723763--2723800	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2727390--2727416	6	4.5	6	100	0	54	18	0	81	0	0.69
2727744--2727773	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2730927--2730981	24	2.3	24	93	0	92	27	18	23	30	1.97
2733000--2733063	29	2.2	30	83	8	78	29	9	20	40	1.84
2739634--2739667	2	17.0	2	93	0	59	0	47	0	52	1.00
2739667--2739699	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2742453--2742478	8	3.2	8	100	0	52	34	0	11	53	1.37
2743681--2743841	80	2.0	80	98	0	313	32	23	9	34	1.88
2748165--2748230	30	2.2	29	78	2	69	50	9	9	31	1.65
2750139--2750178	20	2.0	20	95	0	71	25	12	25	37	1.91
2762445--2762473	10	2.7	11	89	10	51	75	0	0	24	0.80
2772378--2772437	24	2.5	24	83	0	75	51	10	10	28	1.67
2796627--2796708	17	4.6	17	70	18	60	39	2	2	56	1.26
2796787--2796854	6	11.3	6	80	12	77	42	1	1	54	1.18
2796778--2796851	17	4.6	16	83	11	89	39	1	1	58	1.15
2796793--2796852	31	1.9	31	93	0	102	41	1	1	55	1.20
2797563--2797596	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
2798396--2798743	166	2.1	159	85	6	468	26	16	12	44	1.83
2798823--2799041	30	7.4	30	86	5	268	35	25	2	36	1.71
2798823--2799027	90	2.3	90	87	4	310	36	24	2	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2798859--2799123	30	8.9	28	74	17	80	34	26	3	35	1.72
2798823--2799071	90	2.8	89	80	6	299	34	26	2	36	1.71
2799033--2799243	29	7.2	29	70	13	144	29	26	5	38	1.78
2799022--2799277	59	4.3	59	86	1	352	30	27	5	36	1.79
2811236--2811994	69	11.0	69	96	0	1328	33	16	20	29	1.94
2812348--2812415	6	11.3	6	80	12	77	42	1	1	54	1.18
2812339--2812412	17	4.6	16	83	11	89	39	1	1	58	1.15
2812354--2812413	31	1.9	31	93	0	102	41	1	1	55	1.20
2813122--2813158	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
2813863--2813926	33	2.0	33	82	8	80	15	17	12	54	1.71
2813963--2814308	162	2.1	161	89	1	523	26	17	12	43	1.84
2814377--2814674	30	10.0	30	85	4	372	35	24	3	36	1.72
2814377--2814674	59	5.0	60	86	4	381	35	24	3	36	1.72
2814377--2814674	89	3.3	90	86	5	399	35	24	3	36	1.72
2814401--2814748	30	11.8	28	77	15	97	35	24	3	37	1.72
2814647--2814903	59	4.4	59	87	1	354	30	28	6	35	1.82
2814646--2814903	118	2.2	117	89	2	390	30	28	6	35	1.82
2814677--2814896	29	7.5	30	65	18	86	30	26	6	36	1.82
2814674--2814938	59	4.5	59	75	10	231	27	28	7	35	1.85
2814672--2814938	118	2.3	117	88	3	358	27	28	7	35	1.85
2820670--2820707	18	2.1	18	100	0	76	10	15	18	55	1.68
2824786--2824874	31	3.0	30	80	4	108	33	12	14	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2828850--2828893	21	2.1	21	82	0	52	29	0	9	61	1.27
2832509--2832596	35	2.5	35	98	0	167	44	11	0	44	1.40
2833530--2833567	19	2.1	19	90	5	60	57	7	0	34	1.28
2833574--2833626	10	5.4	9	82	10	61	71	1	3	22	1.12
2838167--2838225	4	14.8	4	96	0	109	49	23	1	25	1.60
2841626--2841698	29	2.5	28	78	12	69	38	4	8	49	1.52
2844777--2844803	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
2865969--2866064	43	2.2	43	83	5	113	40	1	1	57	1.13
2865996--2866036	16	2.7	15	79	20	50	36	0	0	63	0.95
2866598--2866729	68	1.9	71	83	7	173	46	6	9	37	1.62
2867490--2867532	18	2.4	17	77	11	50	58	0	0	41	0.98
2868342--2868388	13	3.6	13	83	11	53	34	2	0	63	1.06
2874500--2874542	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
2876385--2876454	32	2.4	28	79	18	72	28	4	2	64	1.27
2876512--2876544	17	1.9	17	88	11	50	51	6	6	36	1.51
2877406--2877466	31	2.0	31	83	6	79	40	4	9	44	1.59
2878300--2878329	15	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
2890088--2890112	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2902981--2903038	29	2.0	29	83	10	73	51	6	5	36	1.51
2903349--2903393	22	2.0	22	83	8	56	37	0	0	62	0.96
2904811--2904870	28	2.1	28	87	3	84	66	1	3	28	1.17
2904788--2904873	10	8.8	10	68	23	58	68	1	3	26	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2904837--2904888	17	3.1	17	85	0	68	71	1	1	25	1.07
2909981--2910019	17	2.3	17	100	0	78	28	23	5	43	1.75
2916930--2916963	6	5.7	6	96	0	59	11	32	0	55	1.36
2923306--2923349	23	1.9	23	82	17	56	36	2	4	56	1.32
2930272--2930334	27	2.3	28	72	2	65	44	4	6	44	1.50
2932423--2932447	13	1.9	13	100	0	50	48	16	0	36	1.46
2936576--2936620	22	1.9	25	82	13	60	33	2	2	62	1.20
2939684--2939715	16	2.0	16	100	0	64	18	18	12	50	1.78
2940476--2940508	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2947897--2947999	31	3.3	31	73	2	91	27	34	12	25	1.92
2947963--2948064	49	2.1	49	83	3	125	22	32	16	28	1.96
2948087--2948252	31	5.4	31	78	2	165	23	39	12	24	1.89
2948088--2948253	60	2.7	61	80	3	183	24	39	12	24	1.89
2948163--2948270	31	3.5	31	82	5	128	25	37	13	24	1.92
2948931--2948983	18	2.9	18	81	10	72	37	18	11	32	1.87
2954899--2954946	23	2.0	24	88	4	71	54	0	0	45	0.99
2955619--2955656	14	2.7	14	100	0	76	50	0	5	44	1.24
2986194--2986226	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
3000642--3000675	2	17.0	2	87	0	50	44	0	0	55	0.99
3000642--3000697	14	4.1	14	79	6	53	39	0	1	58	1.08
3020861--3020896	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
3028439--3028479	21	2.0	21	100	0	82	39	19	17	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3036507--3036539	16	2.0	17	88	5	50	51	0	0	48	1.00
3040919--3041039	60	2.0	60	98	0	233	34	12	18	34	1.88
3042989--3043033	22	2.0	23	91	4	74	57	2	0	40	1.11
3046003--3046037	18	1.9	18	88	0	52	11	42	17	28	1.83
3052337--3052371	3	11.7	3	87	0	52	2	28	34	34	1.72
3056891--3056983	45	2.1	45	93	0	159	46	5	5	43	1.49
3060142--3060199	23	2.7	21	75	21	57	67	1	1	29	1.11
3060193--3060357	81	2.0	81	98	0	321	42	7	13	36	1.72
3061584--3061645	10	5.7	11	77	19	51	58	1	0	40	1.08
3061599--3061653	23	2.3	24	78	12	60	58	1	0	40	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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