genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27906126--27906189	29	2.2	29	80	5	76	56	3	0	40	1.15
27906269--27906341	21	3.5	21	84	1	103	10	39	9	39	1.73
27908464--27908519	28	2.0	28	92	0	94	51	5	0	42	1.24
27908608--27908663	14	3.9	14	72	22	53	46	0	0	53	1.00
27908603--27908663	22	2.7	23	77	7	72	45	0	0	54	1.00
27908624--27908690	18	4.1	18	74	21	83	40	1	0	58	1.07
27908610--27908682	30	2.4	30	93	4	119	42	1	0	56	1.08
27908625--27908690	8	8.2	8	75	12	64	39	1	0	59	1.07
27908610--27908692	30	2.7	30	88	3	103	42	1	0	56	1.07
27910447--27910654	42	4.9	42	81	2	202	27	17	25	28	1.97
27910445--27910636	85	2.3	85	79	7	228	27	16	25	31	1.96
27910592--27910678	42	2.1	42	88	0	129	27	16	25	31	1.96
27917957--27918001	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
27920402--27920451	21	2.4	21	82	0	55	44	16	14	26	1.85
27920413--27920452	21	1.9	21	89	0	62	42	15	17	25	1.88
27924491--27924549	16	3.5	17	82	15	77	15	3	0	81	0.82
27926667--27926759	29	3.2	29	66	19	84	36	5	30	27	1.79
27926452--27926887	59	7.4	59	86	1	527	35	4	28	31	1.77
27926811--27926896	30	2.9	30	76	13	90	33	2	27	36	1.70
27928016--27928063	20	2.4	21	83	10	57	37	0	0	62	0.95
27928825--27928910	6	15.0	6	68	13	56	50	3	1	45	1.26
27928835--27928910	17	4.5	17	76	5	82	51	3	1	43	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27929168--27929203	18	1.9	20	88	11	58	33	0	0	66	0.92
27938895--27938939	21	2.1	21	84	8	56	13	6	2	77	1.05
27947520--27947546	11	2.5	11	100	0	54	70	0	0	29	0.88
27952848--27952881	17	1.9	17	88	5	50	44	0	2	52	1.16
27953089--27953154	28	2.4	28	81	0	69	31	3	18	46	1.64
27953120--27953161	21	2.0	21	86	9	59	38	4	16	40	1.70
27956021--27956059	17	2.3	17	90	0	60	46	7	2	43	1.46
27958755--27958787	5	6.6	5	100	0	66	21	39	18	21	1.93
27962847--27962883	18	2.1	18	90	5	58	27	16	5	51	1.66
27964094--27964166	32	2.3	33	77	15	89	39	12	8	39	1.73
27964255--27964302	18	2.6	18	83	3	60	29	0	4	66	1.10
27966337--27966398	18	3.6	18	71	20	51	61	1	3	33	1.22
27966850--27966915	32	2.1	31	85	2	87	30	3	3	63	1.24
27966968--27967018	25	2.1	24	85	3	66	41	0	3	54	1.19
27969123--27969209	37	2.3	39	88	6	124	55	3	2	39	1.30
27969215--27969314	45	2.2	45	96	3	182	20	0	22	58	1.40
27974936--27975005	17	4.1	17	77	3	77	44	1	1	52	1.18
27975784--27975823	3	13.7	3	89	5	64	67	0	0	32	0.91
27976122--27976159	15	2.4	16	82	8	51	73	5	13	7	1.22
27976129--27976186	22	2.6	22	100	0	116	74	5	12	8	1.21
27976975--27977228	58	4.4	58	86	5	329	33	29	3	33	1.73
27977016--27977309	30	10.1	29	67	13	149	32	29	3	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27976975--27977286	58	5.4	57	83	7	314	33	30	3	33	1.74
27976975--27977309	86	3.8	86	71	12	238	33	29	3	33	1.74
27976975--27977228	117	2.2	117	88	3	381	33	29	3	33	1.73
27981809--27981861	22	2.3	23	78	18	58	66	0	7	26	1.18
27982203--27982260	31	1.9	30	86	10	82	37	12	8	41	1.73
27988269--27988308	16	2.5	16	84	8	55	42	0	2	55	1.13
27994759--27994844	12	7.5	12	77	7	72	68	23	5	2	1.23
27994770--27994816	21	2.3	20	85	10	60	70	23	4	2	1.16
27994759--27994827	33	2.1	32	89	2	102	71	21	4	2	1.17
27994788--27994844	24	2.4	24	90	0	87	66	22	7	3	1.31
27997549--27997621	25	2.8	25	87	4	92	13	31	17	36	1.89
28010226--28010279	27	2.0	27	96	0	99	31	16	18	33	1.93
28011426--28011458	16	2.0	17	88	5	50	54	18	9	18	1.69
28022055--28022813	379	2.0	379	99	0	1500	47	6	17	29	1.72
28025396--28025458	32	1.9	33	84	9	85	30	6	1	61	1.30
28026109--28026152	2	22.5	2	90	4	72	47	0	0	52	1.00
28032116--28032211	49	2.0	49	82	0	120	32	28	12	27	1.93
28037469--28037509	16	2.5	17	76	15	50	26	0	2	70	0.99
28037637--28037725	18	5.2	18	66	22	57	29	1	1	68	1.04
28037700--28037738	13	2.9	14	80	7	53	28	0	0	71	0.86
28037644--28037749	50	2.1	49	91	5	167	31	0	0	66	1.04
28038674--28038713	7	5.7	7	84	0	53	25	2	15	57	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28038674--28038713	21	1.9	21	89	0	62	25	2	15	57	1.50
28038673--28038719	21	2.2	20	82	10	58	25	2	14	57	1.49
28039303--28039337	18	1.9	18	88	0	52	31	22	2	42	1.68
28039746--28039875	62	2.2	59	84	6	163	35	6	7	50	1.56
28043274--28043348	26	3.1	24	80	16	75	58	21	0	20	1.39
28043274--28043324	23	2.2	24	86	6	70	60	19	0	19	1.36
28043294--28043348	26	2.2	25	87	9	76	61	21	0	16	1.34
28045443--28045487	14	3.1	14	84	6	54	66	0	0	33	0.92
28046633--28046695	18	3.5	17	76	16	65	41	3	0	55	1.16
28047934--28047987	26	2.0	26	86	10	74	35	3	0	61	1.14
28048235--28048280	18	2.6	17	80	6	56	45	0	0	54	0.99
28048990--28049071	38	2.2	38	81	0	92	28	26	20	24	1.99
28055997--28056048	16	3.3	16	76	15	63	42	3	19	34	1.69
28055981--28056073	31	3.0	31	88	0	132	40	7	18	33	1.78
28055982--28056035	15	3.5	15	76	14	56	37	3	22	37	1.72
28058428--28058565	51	2.7	51	83	4	170	29	11	25	33	1.91
28061892--28061943	23	2.2	24	83	10	63	28	26	0	44	1.55
28061911--28061958	18	2.7	18	83	6	62	22	31	0	45	1.53
28061928--28061955	6	4.7	6	100	0	56	17	32	0	50	1.47
28064479--28064509	10	3.2	10	95	4	55	38	0	19	41	1.51
28064500--28064612	23	4.9	23	84	2	156	34	3	14	47	1.61
28064617--28064688	16	4.4	16	67	16	58	37	1	19	41	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28064610--28064723	49	2.3	48	86	4	165	37	3	18	40	1.68
28064633--28064710	23	3.3	23	73	16	68	39	2	17	39	1.64
28064663--28064794	68	1.9	68	93	0	228	38	3	18	38	1.69
28064606--28064853	68	4.3	58	76	16	203	36	4	18	40	1.70
28069136--28069205	14	5.1	14	71	23	51	52	1	0	45	1.09
28076187--28076376	52	3.7	52	89	2	285	27	14	22	35	1.93
28076187--28076376	103	1.8	103	87	2	283	27	14	22	35	1.93
28088806--28088909	38	2.8	35	80	10	109	22	25	14	37	1.92
28108107--28108210	51	2.0	51	100	0	208	35	9	17	37	1.82
28108719--28108776	30	1.9	30	86	6	82	31	5	1	62	1.27
28118596--28118685	28	3.1	29	76	7	94	28	3	1	66	1.14
28118596--28118673	19	4.1	19	71	11	61	29	3	1	65	1.18
28118643--28118684	19	2.3	18	88	8	59	23	4	2	69	1.20
28132512--28132631	45	2.7	45	86	0	168	29	15	28	27	1.96
28132558--28132770	26	9.0	26	68	20	153	28	15	27	29	1.96
28132558--28132716	71	2.2	71	87	0	237	27	15	27	30	1.96
28132655--28132692	19	2.0	19	100	0	76	26	15	31	26	1.96
28132633--28132763	45	2.9	45	87	0	190	29	14	27	29	1.95
28132517--28132770	116	2.2	116	83	0	310	29	14	26	29	1.95
28134820--28134875	29	2.0	29	82	10	71	21	21	12	44	1.85
28135878--28135958	12	6.8	12	80	2	65	70	20	2	6	1.21
28135878--28135958	24	3.4	24	75	3	74	70	20	2	6	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28135943--28136084	22	5.8	23	70	19	74	65	21	7	6	1.40
28135990--28136067	22	3.7	21	86	6	104	66	20	7	5	1.36
28136790--28136837	12	3.7	12	77	20	51	22	2	0	75	0.91
28136798--28136961	63	2.5	64	88	8	235	39	0	2	57	1.16
28136798--28136982	67	2.9	65	85	9	238	43	0	2	54	1.16
28141897--28141956	14	4.3	15	76	18	67	83	1	15	0	0.73
28141879--28141955	19	4.0	20	75	20	56	81	1	12	3	0.88
28141900--28141956	21	2.8	20	82	17	73	82	1	15	0	0.75
28142894--28143058	50	3.3	50	81	5	190	36	15	24	23	1.93
28143113--28144405	80	16.2	80	94	0	2180	32	24	18	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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