genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18653369--18653795	98	4.4	98	85	2	556	39	18	24	17	1.92
18653354--18653748	49	8.1	49	73	7	293	39	19	24	16	1.92
18653420--18653830	49	8.4	49	73	11	240	39	18	24	18	1.92
18653753--18653862	49	2.2	49	90	0	166	39	17	24	19	1.92
18654788--18654830	14	3.1	14	75	0	50	72	16	2	9	1.21
18655846--18655890	22	2.0	22	82	0	54	24	6	4	64	1.37
18659795--18660060	110	2.4	110	88	1	381	26	18	23	31	1.98
18660159--18660267	25	4.3	25	81	8	114	24	16	22	35	1.95
18660150--18660264	50	2.3	50	77	7	133	26	16	20	35	1.94
18661348--18661374	10	2.7	10	100	0	54	51	7	11	29	1.64
18663884--18664027	25	5.7	25	80	4	146	24	16	23	35	1.95
18663882--18664027	75	1.9	76	84	4	197	23	16	23	36	1.94
18663992--18664057	26	2.5	27	82	4	73	30	15	22	31	1.95
18676026--18676105	6	12.3	6	74	12	61	46	16	17	20	1.84
18676029--18676078	26	1.9	26	91	0	82	46	18	16	20	1.85
18676028--18676105	32	2.4	33	84	6	113	44	16	17	20	1.86
18676100--18676158	20	3.0	20	80	9	75	23	18	33	23	1.97
18688926--18689041	6	19.3	6	84	7	110	2	36	0	61	1.10
18688913--18689037	21	6.1	21	79	10	134	2	39	0	58	1.11
18688928--18689037	15	7.5	15	78	10	93	2	37	0	60	1.11
18689125--18689151	3	9.0	3	100	0	54	0	66	0	33	0.92
18689949--18689988	16	2.4	17	83	8	55	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18691754--18691780	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
18695565--18695615	22	2.3	22	86	0	66	39	19	27	13	1.90
18717677--18717903	81	2.8	81	81	4	271	22	19	27	30	1.98
18722124--18722270	30	4.9	30	82	0	168	31	22	8	36	1.85
18722245--18722313	30	2.3	31	80	7	79	33	26	5	34	1.80
18728190--18728239	20	2.5	20	80	9	57	46	2	16	36	1.58
18730032--18730090	21	2.8	21	76	5	66	32	25	13	28	1.94
18730648--18731022	52	7.2	52	86	1	511	33	23	16	26	1.96
18730648--18731022	155	2.4	155	88	1	554	33	23	16	26	1.96
18745553--18745769	111	2.0	110	84	3	285	32	12	13	41	1.82
18750576--18750620	6	7.5	6	89	0	63	22	31	0	46	1.52
18754765--18754814	20	2.5	20	80	9	57	46	2	16	36	1.58
18756608--18756666	21	2.8	21	76	5	66	32	25	13	28	1.94
18757224--18757598	52	7.2	52	86	1	511	33	23	16	26	1.96
18757224--18757598	155	2.4	155	88	1	554	33	23	16	26	1.96
18772127--18772343	111	2.0	110	84	3	285	32	12	13	41	1.82
18777150--18777194	6	7.5	6	89	0	63	22	31	0	46	1.52
18779998--18780043	11	4.3	11	81	10	51	78	0	21	0	0.76
18779998--18780043	15	3.2	15	81	9	60	78	0	21	0	0.76
18779990--18780045	9	6.1	9	76	17	53	76	0	21	1	0.87
18780935--18781745	49	16.9	49	76	6	683	35	16	27	20	1.94
18781885--18782143	43	6.0	43	85	3	308	29	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18782786--18782832	17	2.8	17	86	0	58	34	0	4	61	1.15
18783887--18783924	20	1.9	20	88	0	58	50	0	0	50	1.00
18783889--18783922	12	2.8	12	90	0	50	50	0	0	50	1.00
18784643--18785029	29	13.1	28	74	13	146	34	29	1	34	1.66
18784635--18784747	60	1.9	59	82	8	140	34	26	1	37	1.67
18784663--18784765	30	3.4	30	84	6	93	36	28	0	33	1.64
18784774--18785025	29	8.6	29	77	9	183	33	28	1	36	1.65
18784799--18785014	59	3.7	58	90	4	294	34	29	0	35	1.61
18784980--18785057	28	2.7	29	88	9	108	35	33	2	28	1.71
18784980--18785100	29	4.2	28	78	7	120	35	31	4	28	1.76
18785078--18785181	30	3.6	29	77	8	104	33	24	5	36	1.79
18788090--18788402	103	3.0	103	83	5	353	30	13	16	39	1.87
18788083--18788407	109	3.0	106	80	7	363	31	12	16	39	1.86
18789625--18789666	20	2.1	20	95	0	75	28	28	21	21	1.99
18790435--18790467	15	2.2	15	100	0	66	30	6	6	57	1.47
18795442--18795504	28	2.3	27	81	5	65	28	0	1	69	0.97
18795542--18795582	14	3.1	14	73	20	52	39	0	9	51	1.35
18797502--18797569	28	2.3	29	85	9	86	55	8	10	25	1.62
18798326--18798387	26	2.4	26	86	0	88	24	32	19	24	1.98
18802291--18802322	6	5.2	6	92	7	55	15	15	0	68	1.21
18802278--18802427	57	2.6	57	84	5	187	27	19	5	48	1.70
18808621--18808673	18	2.8	18	72	16	54	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18816446--18816494	25	2.0	25	84	8	64	67	8	0	24	1.18
18816665--18816839	97	1.8	95	79	10	203	58	5	13	23	1.55
18818456--18818827	50	7.5	50	70	7	236	26	18	18	36	1.94
18818458--18818898	100	4.4	100	78	4	435	26	17	18	36	1.94
18818434--18818898	199	2.3	199	86	1	619	26	17	18	37	1.93
18824196--18824351	76	2.1	76	98	0	303	20	28	7	44	1.77
18826825--18826878	24	2.3	22	81	18	56	20	18	18	42	1.89
18830655--18830703	25	2.0	25	84	8	64	67	8	0	24	1.18
18835953--18836025	29	2.4	30	84	8	87	28	4	0	67	1.09
18844362--18844442	28	2.9	28	90	0	126	12	19	18	49	1.79
18854214--18854257	13	3.4	13	75	12	54	79	15	0	4	0.89
18854206--18854249	19	2.3	19	80	7	54	77	20	0	2	0.88
18854209--18854269	26	2.3	26	94	0	104	75	18	0	6	1.01
18854492--18854602	58	1.9	58	90	3	179	35	0	18	46	1.49
18854574--18854629	29	1.9	29	96	0	103	37	0	16	46	1.47
18855023--18855078	15	3.2	18	80	12	55	55	0	0	44	0.99
18855049--18855078	15	2.0	15	100	0	60	66	0	0	33	0.92
18858490--18858623	71	1.9	71	84	0	178	33	12	23	30	1.92
18858590--18858652	26	2.5	24	80	16	74	30	15	22	31	1.95
18870722--18870771	26	1.9	26	87	0	73	38	16	20	26	1.92
18870884--18870956	35	2.0	37	92	5	123	35	13	24	26	1.93
18873065--18873114	19	2.6	19	83	0	64	26	38	16	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18877076--18877105	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
18884895--18884942	21	2.3	21	78	7	53	58	2	33	6	1.35
18886000--18886035	17	2.1	18	89	5	56	77	0	22	0	0.76
18897437--18897470	16	2.1	16	88	0	50	35	2	8	52	1.47
18899347--18899426	27	2.9	28	74	7	92	26	16	18	38	1.92
18905794--18906213	137	3.1	137	87	4	587	46	6	7	39	1.58
18906189--18906335	75	2.0	75	86	5	208	33	12	8	46	1.71
18907733--18907758	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
18907776--18907919	77	1.9	77	91	2	236	30	12	9	47	1.74
18909551--18909643	37	2.5	37	80	5	107	30	30	16	23	1.96
18909670--18909773	38	2.8	37	79	4	120	34	25	11	28	1.91
18913034--18913091	17	3.4	17	80	0	62	18	17	13	50	1.79
18914240--18914453	37	5.7	36	77	5	124	32	24	12	29	1.92
18914353--18914451	38	2.6	38	93	1	164	36	19	8	36	1.81
18930427--18930471	21	2.1	21	100	0	90	17	8	8	64	1.47
18935539--18935589	25	2.0	25	100	0	102	27	19	11	41	1.86
18937713--18937752	17	2.4	16	84	12	53	40	0	45	15	1.46
18938353--18938415	32	1.9	34	83	6	85	41	3	1	53	1.26
18938349--18938426	32	2.5	30	80	12	84	42	2	2	52	1.28
18938732--18938779	20	2.4	20	82	6	62	52	2	0	45	1.12
18938855--18938888	10	3.5	10	88	4	52	32	0	8	58	1.29
18940197--18940226	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18963065--18963131	28	2.4	28	87	9	109	20	22	25	31	1.98
18963134--18963265	56	2.4	55	79	6	140	30	15	20	34	1.93
18963389--18963454	22	3.2	22	68	24	70	25	18	10	45	1.81
18963401--18963462	18	3.2	18	68	24	54	24	16	14	45	1.84
18963389--18963470	40	2.0	40	100	0	164	25	18	12	43	1.84
18963408--18963470	18	3.3	18	68	23	56	25	19	12	42	1.86
18970220--18970421	56	3.6	56	81	4	237	23	16	24	35	1.95
18970224--18970317	28	3.4	28	70	24	81	20	18	25	36	1.95
18970252--18970403	28	5.4	27	66	20	71	25	15	26	32	1.96
18970220--18970421	112	1.8	112	84	2	280	23	16	24	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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