genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22209495--22209880	149	2.6	149	80	1	425	36	17	29	16	1.92
22209492--22209941	99	4.5	99	80	5	410	36	18	29	16	1.93
22210060--22210814	38	19.3	38	75	8	563	31	24	16	26	1.96
22210060--22210814	78	9.7	78	77	8	592	31	24	16	26	1.96
22210060--22210814	116	6.4	118	79	8	604	31	24	16	26	1.96
22212465--22212651	30	6.3	29	73	12	112	32	21	6	38	1.80
22212465--22212651	60	3.1	59	76	11	159	32	21	6	38	1.80
22212687--22212766	29	2.6	31	78	9	76	28	8	0	62	1.25
22215017--22215060	23	2.0	22	86	4	61	45	15	0	38	1.47
22218256--22218316	19	3.1	19	72	21	61	24	19	37	18	1.94
22220640--22220709	22	3.1	23	75	17	76	34	17	0	48	1.47
22220849--22220914	10	7.1	10	72	19	54	36	1	0	62	1.05
22220864--22220915	17	3.0	17	76	15	61	36	1	0	61	1.07
22220875--22220920	18	2.4	20	86	13	62	34	0	0	65	0.93
22220842--22220948	45	2.3	47	83	15	143	32	0	0	66	0.98
22220853--22220939	24	3.8	24	70	17	67	34	1	0	64	1.01
22224676--22224710	18	1.9	18	100	0	70	37	5	28	28	1.80
22231368--22231400	16	2.1	16	94	0	57	27	21	21	30	1.98
22237250--22237296	18	2.6	18	89	0	67	21	44	6	27	1.76
22237520--22237655	62	2.2	59	85	5	173	31	7	10	50	1.64
22238222--22238312	21	4.2	22	77	12	75	47	18	0	34	1.49
22238237--22238312	21	3.6	21	78	13	84	48	19	0	31	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22239617--22239658	21	2.0	20	90	9	66	54	4	0	40	1.21
22242462--22242677	94	2.3	91	81	7	245	35	16	6	42	1.73
22242689--22242881	69	2.8	67	89	5	273	34	19	6	39	1.77
22243971--22244055	38	2.2	37	87	8	118	41	5	1	51	1.33
22244443--22244501	29	2.0	30	83	9	77	30	8	15	45	1.75
22244681--22244742	31	2.1	30	84	6	81	50	8	1	40	1.42
22245235--22245259	6	4.2	6	100	0	50	80	20	0	0	0.72
22265256--22265320	28	2.3	28	97	0	121	44	21	9	24	1.81
22299877--22299914	19	2.1	17	90	9	58	36	0	0	63	0.95
22301364--22301404	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
22307851--22307909	9	6.1	9	81	11	55	59	5	0	35	1.20
22307848--22307906	29	2.0	29	87	9	84	61	5	0	33	1.18
22309663--22310035	48	7.8	48	93	0	602	24	41	12	21	1.87
22310063--22310372	66	4.7	65	86	1	404	20	41	16	20	1.90
22310324--22310424	45	2.2	45	91	0	157	23	40	15	19	1.90
22310373--22310407	18	1.9	18	88	0	52	28	40	11	20	1.87
22310417--22310462	6	7.7	6	97	0	74	15	52	4	28	1.61
22314617--22314676	30	2.0	30	96	0	111	35	5	40	20	1.74
22319837--22319880	20	2.2	20	91	4	70	45	15	6	31	1.73
22319846--22319903	20	2.7	21	82	15	73	41	17	5	36	1.72
22319848--22319915	23	3.1	21	84	14	84	39	17	4	38	1.70
22319888--22319930	18	2.5	17	80	3	50	34	16	6	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22321377--22321428	21	2.3	23	74	6	54	3	36	1	57	1.28
22329142--22329235	38	2.5	38	85	3	127	31	17	18	32	1.93
22334757--22334792	19	1.9	19	88	5	56	13	22	11	52	1.72
22337748--22337902	30	5.2	30	82	3	188	36	21	1	40	1.64
22337737--22337902	59	2.8	58	85	3	197	36	20	1	40	1.63
22337748--22337926	30	6.0	29	81	3	169	35	22	2	38	1.69
22337791--22337926	59	2.3	60	90	1	211	36	22	2	38	1.69
22337920--22337996	29	2.7	29	85	0	100	36	24	5	33	1.78
22337801--22337962	59	2.7	59	85	4	166	35	22	4	37	1.74
22340577--22340623	21	2.4	20	80	13	62	44	0	4	51	1.21
22348196--22348252	13	4.1	13	73	13	51	5	17	0	77	0.95
22349208--22349245	15	2.5	16	87	12	62	10	34	7	47	1.67
22349825--22349859	12	3.0	11	84	15	52	0	28	0	71	0.86
22352343--22352391	3	16.3	3	82	0	62	36	4	0	59	1.17
22353102--22353184	6	14.2	6	74	14	75	53	3	0	43	1.18
22353102--22353213	18	6.4	17	79	9	127	54	3	0	41	1.24
22353102--22353213	35	3.2	33	80	12	118	54	3	0	41	1.24
22370381--22370470	44	2.0	44	100	0	180	27	10	33	28	1.89
22375379--22375409	14	2.2	14	94	0	53	70	0	0	29	0.87
22380681--22380717	18	2.1	18	100	0	74	51	5	21	21	1.68
22383103--22383293	92	2.1	92	84	5	244	34	17	14	32	1.91
22384001--22384066	22	3.0	22	97	2	123	36	22	27	13	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22388270--22388327	24	2.4	24	97	0	107	24	13	24	37	1.91
22392034--22392061	14	2.0	14	100	0	56	35	35	14	14	1.86
22394437--22394471	18	1.9	18	100	0	70	40	28	14	17	1.88
22395178--22395206	3	9.7	3	100	0	58	0	31	68	0	0.89
22395590--22395631	7	6.0	7	94	0	75	42	26	14	16	1.86
22396358--22396383	12	2.2	12	100	0	52	34	0	7	57	1.27
22397491--22397574	42	2.0	42	88	4	125	47	20	2	29	1.62
22399448--22399498	24	2.2	24	75	3	59	35	1	0	62	1.06
22399614--22399658	23	2.1	20	84	12	54	51	0	4	44	1.21
22400756--22401097	84	4.2	84	80	9	355	36	16	24	21	1.94
22400863--22401010	75	2.0	74	90	1	233	38	16	21	23	1.93
22400938--22401096	85	1.9	86	86	1	230	35	16	25	22	1.95
22401779--22401934	78	2.0	78	94	0	276	41	13	16	28	1.86
22402228--22402633	84	4.8	83	78	10	346	23	25	16	34	1.95
22402314--22402456	75	1.9	75	92	0	241	24	22	16	37	1.94
22402225--22402540	159	2.0	159	84	3	413	23	24	16	35	1.95
22405705--22405730	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22409381--22409521	71	2.0	71	97	0	264	31	17	29	21	1.96
22409651--22409683	15	2.3	15	84	5	50	60	0	6	33	1.21
22421922--22421949	7	4.0	7	100	0	56	28	14	14	42	1.84
22427674--22427730	20	2.8	20	83	0	69	36	26	26	10	1.89
22433599--22433933	113	3.0	113	91	1	548	22	14	20	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22439785--22439844	23	2.6	23	74	10	59	11	26	21	40	1.88
22446255--22446293	6	6.5	6	87	0	51	23	25	0	51	1.49
22447972--22448055	42	2.0	42	85	0	114	30	23	14	30	1.94
22449967--22449993	12	2.2	12	100	0	54	18	22	37	22	1.95
22451606--22451669	20	3.2	20	82	8	60	65	4	0	29	1.13
22451635--22451680	10	4.4	11	78	15	53	56	2	0	41	1.11
22456761--22456799	19	2.0	20	85	9	55	58	2	0	38	1.12
22458871--22458905	17	1.9	19	88	11	56	34	0	0	65	0.93
22459640--22459715	10	7.8	10	72	16	52	40	1	1	56	1.16
22459639--22459722	18	4.5	19	77	11	75	38	1	1	59	1.13
22459659--22459713	27	2.0	28	89	3	85	36	1	1	60	1.18
22459660--22459724	9	7.3	9	77	16	64	33	1	1	63	1.13
22460145--22460215	11	5.9	11	71	18	52	42	1	1	54	1.17
22461473--22461515	22	2.0	22	81	9	52	11	23	46	18	1.82
22462145--22462329	30	6.2	29	86	5	244	37	22	3	36	1.72
22462145--22462329	60	3.1	59	91	3	298	37	22	3	36	1.72
22462148--22462320	90	1.9	90	90	2	276	36	22	4	36	1.73
22462263--22462316	15	3.3	19	62	37	52	40	25	3	29	1.73
22462311--22462347	11	3.5	11	78	14	51	43	29	0	27	1.55
22462310--22462348	20	2.0	20	100	0	78	41	30	0	28	1.57
22465650--22465952	39	7.8	39	88	0	401	36	19	20	23	1.95
22468141--22468179	20	2.0	20	100	0	78	35	12	30	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22469791--22469919	39	3.3	39	76	4	127	42	17	14	24	1.87
22473411--22473472	19	3.3	19	80	12	58	33	8	8	50	1.61
22473429--22473472	17	2.4	17	85	11	52	34	6	4	54	1.47
22480484--22480536	26	2.0	26	100	0	106	54	11	7	26	1.62
22483167--22483225	28	2.1	28	81	3	66	25	25	33	15	1.95
22484542--22484567	13	2.0	13	100	0	52	53	0	38	7	1.30
22489473--22489504	15	2.1	16	94	5	57	0	21	0	78	0.76
22513011--22513081	17	4.2	17	77	0	79	39	4	4	52	1.41
22513005--22513071	34	2.0	34	90	0	107	32	4	7	55	1.48
22514320--22514349	10	3.0	10	95	0	51	50	16	30	3	1.62

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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