genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27175019--27175063	17	2.6	18	86	6	58	44	0	2	53	1.13
27177713--27177958	131	1.9	132	85	0	341	39	10	24	26	1.87
27178527--27178567	15	2.5	17	80	11	59	63	0	2	34	1.08
27181664--27181725	4	15.2	4	80	9	63	66	0	33	0	0.92
27181664--27181725	17	3.5	17	74	12	63	66	0	33	0	0.92
27181666--27181725	25	2.5	23	78	8	66	66	0	33	0	0.92
27184736--27184801	14	4.8	13	70	18	53	21	0	33	45	1.52
27184736--27184799	28	2.3	28	78	5	76	18	0	34	46	1.49
27185020--27185064	21	2.1	21	91	0	72	33	13	28	24	1.93
27185167--27185197	6	5.2	6	92	0	53	0	54	0	45	0.99
27187781--27187852	12	5.6	13	71	14	51	65	4	0	30	1.12
27187998--27188040	23	1.9	23	85	4	61	0	41	0	58	0.98
27188041--27188085	11	3.9	11	82	8	54	0	20	0	80	0.72
27189439--27189463	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
27189444--27189479	18	1.9	19	88	5	56	75	0	5	19	1.00
27189444--27189480	19	1.9	19	88	0	56	75	0	5	18	0.99
27190269--27190318	23	2.2	22	92	3	82	62	0	6	32	1.20
27190594--27190653	29	2.1	28	87	3	84	43	3	0	53	1.17
27191324--27191364	21	2.0	21	95	0	73	39	0	19	41	1.52
27193118--27193331	37	5.8	37	80	0	221	30	31	21	15	1.95
27198063--27198140	35	2.2	35	90	0	120	35	21	12	29	1.91
27202761--27202841	24	3.4	24	91	0	126	23	19	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27208916--27208952	18	2.1	18	89	0	56	48	2	27	21	1.63
27210262--27210316	24	2.3	24	96	0	101	23	25	23	27	2.00
27212579--27212846	41	6.4	41	86	3	295	26	26	10	36	1.88
27218372--27218584	37	5.7	37	80	1	221	30	32	22	15	1.94
27222325--27222350	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
27242473--27242507	18	1.9	18	94	0	61	42	0	0	57	0.99
27245076--27245360	142	2.0	142	100	0	570	39	9	8	43	1.67
27246905--27246934	15	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
27249274--27249299	7	3.7	7	100	0	52	42	0	15	42	1.47
27249411--27249560	41	3.7	40	71	11	108	40	16	26	18	1.90
27250901--27250925	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
27255289--27255515	43	5.3	43	82	0	274	28	18	27	25	1.98
27257454--27257499	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
27258187--27258226	18	2.2	18	95	0	71	45	7	7	40	1.61
27258237--27258280	22	2.0	22	100	0	88	27	4	27	40	1.75
27262149--27262407	49	5.5	48	66	14	139	23	25	15	35	1.95
27262235--27262509	90	3.1	89	81	3	309	23	26	15	34	1.95
27262426--27262563	49	2.9	47	79	5	141	21	26	14	36	1.92
27265743--27265933	41	4.6	41	91	0	283	36	11	25	26	1.90
27277082--27277120	18	2.0	20	85	9	55	46	5	15	33	1.68
27285455--27285511	22	2.7	20	75	8	51	36	1	3	57	1.26
27285567--27285625	26	2.3	26	84	0	73	40	3	3	52	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27286689--27286727	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
27287501--27287525	6	4.2	6	100	0	50	48	0	52	0	1.00
27287354--27287673	156	2.1	156	92	1	525	39	5	37	17	1.73
27287678--27287794	36	3.2	36	91	0	180	30	10	31	27	1.90
27287713--27287775	18	3.5	18	69	16	58	31	12	31	23	1.92
27292722--27292767	24	1.9	24	82	8	58	30	6	2	60	1.34
27294400--27294464	29	2.2	29	83	5	76	44	1	12	41	1.51
27297752--27297780	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
27298005--27298043	21	1.9	21	89	5	62	56	2	0	41	1.13
27299007--27299069	31	2.0	31	90	0	99	31	22	22	23	1.98
27300054--27300121	32	2.2	30	89	5	100	30	14	8	45	1.76
27300072--27300183	60	1.9	59	83	9	147	25	16	10	47	1.79
27300343--27300515	59	2.9	59	80	3	195	46	9	17	26	1.79
27306897--27306941	23	2.0	23	86	0	63	33	2	6	57	1.37
27313041--27313082	3	14.0	3	100	0	84	0	33	0	66	0.92
27313548--27313583	18	1.9	19	88	5	56	36	8	19	36	1.82
27316346--27316390	6	7.5	6	94	0	81	20	31	0	48	1.49
27318657--27318724	32	2.1	32	83	5	84	44	10	16	29	1.80
27319808--27319852	19	2.4	19	100	0	90	31	40	11	17	1.85
27329106--27329181	38	2.0	38	92	0	125	38	10	19	31	1.86
27329424--27329500	25	3.1	24	79	5	82	67	9	0	23	1.19
27329667--27329725	15	3.7	17	68	22	56	69	5	0	25	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27329538--27330104	198	2.9	198	96	0	1010	52	13	0	33	1.47
27329865--27329923	15	3.7	17	68	22	56	69	5	0	25	1.09
27330121--27330158	4	9.8	4	88	5	60	0	28	0	71	0.87
27332264--27332449	55	3.3	55	78	5	203	34	18	14	31	1.91
27335257--27335310	25	2.1	27	83	13	69	31	16	7	44	1.75
27335244--27335355	60	1.9	60	85	3	156	26	16	9	47	1.77
27335581--27335660	31	2.6	31	80	4	81	43	8	13	33	1.75
27338050--27338176	62	2.0	62	100	0	254	43	11	21	24	1.85
27344024--27344349	165	2.0	160	93	3	553	31	20	7	39	1.82
27344890--27344920	13	2.4	13	88	0	53	61	16	22	0	1.34
27345969--27346019	25	2.0	25	85	7	68	25	3	0	70	1.04
27346274--27346384	35	3.1	35	62	21	86	31	13	0	54	1.46
27346263--27346412	71	2.1	71	100	0	300	30	13	1	54	1.47
27346266--27346377	36	3.1	36	62	21	90	30	13	0	55	1.44
27346302--27346413	35	3.2	35	62	20	88	30	13	1	54	1.49
27350780--27350816	3	12.7	3	94	5	67	70	0	29	0	0.88
27350795--27350924	62	2.0	66	84	8	171	60	8	20	11	1.57
27352753--27353082	49	6.8	48	69	15	187	36	16	26	20	1.94
27352737--27353089	98	3.6	98	86	1	485	37	17	25	19	1.93
27354044--27354386	52	6.6	52	91	0	542	27	13	23	35	1.93
27360403--27360641	52	4.6	52	90	1	372	27	14	23	34	1.93
27361376--27361451	21	3.6	21	80	3	73	26	13	27	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27365831--27365863	17	1.9	18	88	11	52	39	0	18	42	1.50
27375108--27375173	24	2.8	24	90	0	105	22	25	13	37	1.91
27382688--27382771	18	4.5	19	68	15	59	48	7	0	44	1.30
27392593--27392640	25	1.9	25	86	0	69	29	16	47	6	1.71
27400404--27400472	29	2.3	29	87	5	93	37	5	30	26	1.80
27400541--27400607	19	3.8	17	79	16	59	19	8	1	70	1.22
27401736--27401775	14	2.7	15	80	7	55	67	2	2	27	1.16
27402579--27402712	70	2.0	69	83	4	173	34	8	14	42	1.77
27409319--27409391	16	4.7	14	76	17	56	72	1	4	21	1.09
27409415--27409478	27	2.4	28	73	7	69	71	6	1	20	1.15
27410417--27410520	50	2.1	49	81	1	118	20	15	21	43	1.88
27410539--27411250	49	14.5	49	74	5	256	19	23	16	41	1.90
27410586--27411201	147	4.2	147	78	2	590	19	23	16	41	1.90
27410539--27411294	98	7.7	98	75	4	436	19	23	16	40	1.91
27411030--27411293	49	5.4	47	75	8	163	19	26	14	39	1.91
27419033--27419094	26	2.4	26	83	0	70	61	9	8	20	1.52
27420225--27420270	4	12.2	4	77	13	53	73	2	0	23	0.94
27420227--27420271	11	4.1	11	82	5	56	75	2	0	22	0.91
27420410--27420439	12	2.5	12	88	0	51	33	33	6	26	1.83
27424406--27424475	31	2.3	30	87	4	97	37	8	12	41	1.74
27424406--27424485	29	2.7	29	84	7	81	35	10	12	42	1.76
27424659--27424717	29	2.0	30	86	3	84	47	15	5	32	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27429267--27429913	196	3.3	196	88	0	918	29	18	25	26	1.98
27431633--27431662	15	2.0	15	93	0	51	13	0	43	43	1.43
27438621--27438650	15	2.0	15	93	0	51	13	0	43	43	1.43
27438896--27438984	21	4.2	21	84	5	85	20	16	25	37	1.93
27438898--27438980	28	3.0	28	80	7	105	21	14	26	37	1.92
27438897--27438999	7	14.9	7	71	13	70	21	15	25	37	1.92
27440026--27440064	19	2.1	19	85	9	53	23	0	5	71	1.05
27445375--27445563	42	4.5	42	85	2	243	34	9	27	28	1.88
27446174--27446227	21	2.6	21	81	0	63	33	9	25	31	1.88
27447281--27447433	29	5.2	29	67	18	111	35	5	27	32	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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