genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19300976--19301028	21	2.5	20	85	11	63	24	11	33	30	1.90
19300993--19301041	21	2.3	21	82	0	62	22	16	26	34	1.95
19302264--19302295	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
19315709--19315760	3	18.0	3	88	7	81	65	0	0	34	0.93
19317761--19317800	13	2.9	13	88	7	53	50	10	2	37	1.50
19317762--19317805	15	3.1	15	87	6	56	52	9	2	36	1.46
19320940--19321023	38	2.2	38	87	4	116	30	25	19	25	1.98
19321047--19321108	26	2.4	26	100	0	124	20	16	25	37	1.93
19321047--19321121	26	2.9	26	92	4	98	24	17	24	34	1.96
19324350--19324433	38	2.2	38	82	4	98	32	26	16	25	1.96
19324679--19324719	2	21.5	2	80	9	50	2	51	2	43	1.28
19324679--19324719	16	2.7	16	88	7	59	2	51	2	43	1.28
19338465--19338547	40	2.1	40	100	0	166	38	33	10	16	1.84
19342283--19342316	12	2.7	13	90	4	52	11	2	5	79	1.02
19352027--19352271	122	2.0	122	97	0	463	31	21	12	34	1.90
19365311--19365386	17	4.5	17	83	0	89	50	9	21	19	1.75
19365311--19365386	34	2.2	34	88	0	107	50	9	21	19	1.75
19368796--19368967	37	4.6	37	71	5	141	19	17	27	36	1.94
19368791--19368967	74	2.4	74	84	1	239	19	16	27	36	1.93
19374514--19374547	16	2.1	16	88	0	50	50	0	32	17	1.47
19375283--19377368	696	3.0	696	97	0	3897	35	10	18	35	1.86
19380927--19381084	37	4.3	37	79	4	185	15	17	30	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19380882--19381084	74	2.8	73	86	3	275	17	17	29	35	1.93
19391445--19391497	17	3.0	18	78	10	56	67	18	1	11	1.30
19391642--19391676	18	1.9	18	94	0	61	51	28	2	17	1.59
19403401--19403586	51	3.6	51	86	3	241	33	14	22	29	1.94
19405116--19405393	75	3.7	76	82	9	329	40	10	6	42	1.66
19408059--19408100	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
19408099--19408150	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
19408208--19408264	23	2.5	23	80	8	64	24	1	14	59	1.44
19413044--19413068	8	3.1	8	100	0	50	12	24	52	12	1.72
19413996--19414104	44	2.4	45	84	10	132	43	20	4	32	1.72
19414007--19416818	585	4.9	571	79	9	2433	42	14	11	30	1.82
19421241--19421378	51	2.6	52	84	7	174	29	24	13	31	1.94
19451062--19451100	5	7.8	5	85	0	51	74	2	2	20	1.06
19451056--19451100	15	3.1	14	84	9	54	73	2	4	20	1.11
19454103--19454254	80	1.9	80	87	0	223	22	23	25	28	1.99
19453968--19454243	147	1.9	146	82	3	347	22	22	25	30	1.99
19456997--19457374	32	11.8	32	85	0	308	28	17	16	36	1.93
19456997--19457368	64	5.8	64	84	0	386	27	18	16	37	1.92
19456999--19457374	96	3.9	96	80	2	353	28	18	16	36	1.92
19458346--19458388	21	2.0	21	82	8	52	37	23	4	34	1.76
19460412--19460441	16	1.9	15	93	6	51	23	20	0	56	1.42
19462480--19462527	10	5.0	9	80	10	51	0	20	0	79	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19462480--19462527	11	4.5	11	84	5	55	0	20	0	79	0.74
19463469--19463525	6	9.2	6	77	7	60	73	0	1	24	0.92
19463488--19463538	12	4.4	11	80	16	50	72	0	3	23	1.01
19479617--19479924	32	9.6	32	88	2	359	28	19	17	35	1.94
19479617--19479972	96	3.7	95	81	4	378	29	18	16	35	1.93
19479617--19479970	32	11.0	32	85	3	263	29	18	16	35	1.93
19480757--19480836	38	2.1	38	88	4	117	25	20	40	15	1.90
19480811--19480854	21	2.1	21	82	0	52	27	22	38	11	1.88
19480825--19480867	21	2.0	21	86	0	59	25	18	39	16	1.91
19481215--19481326	55	2.0	55	89	0	170	50	14	8	25	1.71
19484781--19485072	144	2.0	144	93	1	505	21	14	15	48	1.80
19491038--19491066	11	2.5	12	94	5	51	72	0	0	27	0.85
19497560--19497609	26	2.0	27	84	11	70	56	12	8	24	1.62
19498589--19498659	31	2.3	32	85	9	103	46	21	12	19	1.83
19499682--19499843	31	5.3	31	91	3	249	20	14	17	46	1.84
19508958--19509009	21	2.5	22	84	12	65	28	9	26	34	1.88
19519620--19519657	9	4.2	9	96	0	67	50	10	10	28	1.70
19519793--19519914	58	2.1	58	87	6	176	48	16	0	35	1.46
19526338--19526366	14	2.0	15	93	6	51	20	17	0	62	1.33
19526713--19526772	24	2.5	24	94	2	102	53	8	6	31	1.57
19526971--19527049	31	2.5	31	79	6	88	53	6	13	26	1.64
19527271--19527295	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19528412--19528475	23	2.9	22	80	13	60	48	0	1	50	1.10
19529288--19529340	26	2.0	27	88	3	81	66	5	9	18	1.41
19529359--19529421	32	2.0	32	81	6	74	47	6	17	28	1.72
19530104--19530142	17	2.3	17	91	8	62	48	0	5	46	1.24
19531319--19531357	18	2.2	18	86	9	53	58	0	0	41	0.98
19544444--19544664	42	5.2	42	85	3	255	27	25	19	28	1.98
19544513--19544693	43	4.2	43	80	6	136	29	26	17	25	1.98
19544444--19544693	86	2.9	84	77	10	240	28	26	18	26	1.98
19545009--19545049	21	2.0	21	90	0	64	2	48	14	34	1.57
19550859--19550892	14	2.4	14	90	0	50	41	0	5	52	1.25
19550751--19551844	122	9.0	122	92	2	1733	41	1	5	51	1.35
19551346--19551379	14	2.4	14	90	0	50	41	0	5	52	1.25
19550751--19551844	361	3.0	363	93	3	1781	41	1	5	51	1.35
19551512--19551729	30	7.3	29	66	20	96	41	1	4	52	1.29
19550751--19551844	483	2.2	484	94	2	1917	41	1	5	51	1.35
19551649--19551718	19	3.7	19	74	18	56	37	1	1	60	1.15
19551759--19551899	64	2.2	65	92	2	232	41	2	1	54	1.21
19551823--19552677	122	7.2	121	88	6	1248	41	1	5	50	1.36
19551273--19552379	546	2.0	537	91	3	1781	41	1	4	51	1.33
19551823--19552677	358	2.4	355	90	2	1318	41	1	5	50	1.36
19552416--19552620	61	3.3	63	66	21	166	40	2	4	52	1.35
19551823--19552677	241	3.6	238	88	6	1231	41	1	5	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19554802--19554838	18	2.1	18	89	0	56	40	0	24	35	1.55
19556626--19556669	22	2.0	22	86	8	63	52	11	0	36	1.38
19556842--19557141	41	7.1	41	77	10	255	25	28	18	27	1.98
19556924--19557021	51	1.9	51	87	0	142	24	26	21	27	1.99
19556865--19557106	133	1.8	133	86	1	351	24	29	19	26	1.99
19557768--19557805	19	2.0	19	94	0	67	18	15	34	31	1.92
19558197--19558222	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
19558956--19559013	2	29.0	2	89	0	89	50	5	0	44	1.24
19561943--19562711	384	2.0	384	97	0	1448	28	19	24	27	1.99
19568297--19568338	21	2.0	21	95	0	75	57	7	23	11	1.59
19572362--19572546	45	4.2	45	79	10	177	30	24	20	24	1.99
19573006--19573035	16	1.9	16	93	6	53	56	13	16	13	1.67
19573734--19573779	6	7.7	6	100	0	92	50	15	0	34	1.44
19573832--19573873	15	2.6	16	77	11	50	30	4	0	64	1.14
19581419--19581631	49	4.3	49	77	5	223	15	23	20	39	1.91
19586248--19586296	23	2.1	23	81	7	55	10	36	2	51	1.48
19596273--19596323	24	2.2	23	80	16	61	47	0	0	52	1.00
19599669--19599751	26	3.2	26	84	0	112	30	19	20	30	1.97
19608505--19608551	23	2.0	23	83	0	58	44	17	27	10	1.81
19610740--19610836	40	2.4	40	82	0	122	38	11	12	38	1.79
19616301--19616344	24	1.9	22	86	9	61	20	2	6	70	1.21
19621564--19621605	10	4.1	11	79	17	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19622239--19622283	18	2.5	18	85	7	65	31	4	6	57	1.44
19623187--19623254	32	2.1	32	94	0	118	47	10	1	41	1.47
19623995--19624032	19	2.0	20	84	5	51	28	26	0	44	1.54
19626343--19626498	46	3.4	45	84	3	170	35	19	17	28	1.94
19628511--19628646	58	2.3	58	91	0	209	34	2	30	31	1.73
19628538--19628862	29	11.1	29	67	16	129	32	3	31	33	1.73
19628538--19628736	87	2.3	88	86	5	255	31	2	31	34	1.71
19628633--19628854	59	3.8	59	88	3	315	31	2	31	34	1.72
19628570--19628763	87	2.2	87	85	8	252	32	2	30	34	1.70
19628658--19628854	59	3.4	59	90	2	317	31	3	31	32	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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