genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14812956--14812980	13	1.9	13	100	0	50	24	16	12	48	1.79
14833281--14833322	17	2.6	17	85	7	52	59	9	30	0	1.29
14845794--14845892	24	4.1	24	79	5	92	26	23	24	26	2.00
14852217--14852242	12	2.2	12	100	0	52	42	15	7	34	1.75
14857916--14858301	192	2.0	192	82	1	468	19	30	16	32	1.95
14861838--14861963	59	2.1	59	100	0	252	30	22	13	33	1.92
14862906--14862968	20	3.3	18	75	14	54	36	9	0	53	1.33
14862920--14862974	20	2.7	21	78	13	62	34	9	0	56	1.31
14864227--14864264	20	1.9	20	88	0	58	28	0	7	63	1.23
14878416--14878484	17	4.2	17	75	17	65	60	5	2	30	1.34
14878421--14878497	32	2.6	29	80	13	84	61	3	2	32	1.28
14883026--14883143	24	4.9	24	82	2	130	29	27	20	22	1.98
14883125--14883233	27	4.0	27	87	1	146	34	20	17	27	1.95
14885871--14885930	28	2.1	28	90	6	95	33	15	18	33	1.92
14893447--14893522	26	2.9	26	78	7	91	23	21	15	39	1.92
14894260--14894286	14	1.9	14	100	0	54	51	0	3	44	1.19
14897624--14897661	19	2.0	20	84	5	51	31	7	2	57	1.41
14898891--14899023	14	9.4	14	66	12	65	30	21	7	40	1.81
14898862--14899089	57	4.0	58	85	2	241	30	19	7	41	1.80
14898868--14899089	29	7.8	29	87	2	281	31	19	7	40	1.80
14898887--14899089	85	2.4	85	87	2	282	32	20	6	41	1.77
14904684--14904718	18	1.9	18	88	0	52	28	0	5	65	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14904746--14904967	71	3.1	71	82	10	290	33	3	4	59	1.34
14904804--14904845	20	2.0	22	86	13	63	38	0	4	57	1.20
14904737--14904933	18	11.1	18	69	21	78	33	3	4	58	1.34
14904688--14904967	141	2.0	140	88	6	426	33	3	4	58	1.34
14904769--14904933	18	9.4	17	70	20	92	33	3	4	58	1.34
14906398--14906436	16	2.3	18	86	8	55	69	10	5	15	1.34
14913757--14913808	15	3.5	15	70	0	50	38	26	15	19	1.91
14916617--14916688	31	2.3	32	83	7	94	38	0	2	58	1.13
14920995--14921061	14	4.8	14	73	14	66	23	7	37	31	1.83
14924137--14924347	117	1.8	117	89	0	332	23	9	22	44	1.81
14924847--14924900	27	2.0	27	96	0	99	16	0	55	27	1.42
14924872--14925055	33	5.6	33	80	6	194	30	0	44	24	1.58
14924879--14925055	65	2.7	65	80	11	191	31	0	44	23	1.58
14924877--14925055	98	1.8	99	84	9	249	31	0	44	23	1.58
14928094--14928125	16	2.0	16	100	0	64	25	0	43	31	1.55
14929268--14929309	16	2.6	16	84	0	57	19	7	35	38	1.79
14930686--14930745	28	2.2	26	82	5	66	28	3	11	56	1.51
14932926--14932960	3	11.7	3	87	0	52	74	0	25	0	0.82
14932969--14933037	31	2.2	33	89	5	106	44	4	27	23	1.72
14933058--14933101	22	2.1	20	83	8	52	27	15	15	40	1.88
14945490--14945536	24	2.0	24	84	12	62	27	10	10	51	1.70
14965771--14965808	17	2.2	17	86	9	51	15	7	15	60	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14967960--14968006	24	2.0	23	84	12	60	25	12	10	51	1.72
14969759--14969924	40	4.2	40	94	1	255	30	15	24	29	1.96
14970832--14970861	12	2.5	12	94	0	51	26	30	33	10	1.89
14976069--14976234	40	4.2	40	87	3	235	31	19	22	27	1.98
14982221--14982268	15	3.2	15	85	5	53	27	25	10	37	1.88
15001195--15001253	29	2.0	29	93	0	100	25	15	32	27	1.95
15007019--15007070	21	2.5	20	87	9	77	32	0	21	46	1.52
15007019--15007079	21	3.0	21	83	11	65	31	0	21	47	1.51
15009574--15009667	20	4.6	20	74	19	86	64	0	0	35	0.94
15009621--15009662	8	5.4	8	80	13	52	66	0	0	33	0.92
15009580--15009669	22	4.3	22	68	21	68	65	0	0	34	0.93
15033629--15033689	15	4.1	15	76	0	50	34	31	16	18	1.93
15040038--15040088	15	3.4	15	76	10	50	29	23	23	23	1.99
15041983--15042029	24	2.0	24	84	12	62	27	12	8	51	1.69
15050350--15050394	17	2.6	17	82	6	56	17	11	13	57	1.64
15060127--15060167	15	2.6	16	85	11	50	2	36	0	60	1.10
15083194--15083253	21	2.8	21	82	5	66	28	0	21	50	1.49
15083272--15083307	7	5.1	7	100	0	72	27	0	0	72	0.85
15083268--15083332	14	4.8	14	78	14	55	36	0	1	61	1.05
15084511--15084577	29	2.3	31	87	12	97	32	22	2	41	1.69
15085256--15085359	21	5.1	21	77	15	119	51	15	0	32	1.43
15085256--15085362	38	2.7	38	85	7	133	53	14	0	31	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15085307--15085362	17	3.1	17	79	18	67	57	14	0	28	1.38
15085339--15085368	15	1.9	16	93	6	53	53	23	0	23	1.46
15085264--15085387	60	2.1	58	81	14	137	54	16	0	29	1.43
15088278--15088329	24	2.2	24	85	0	68	51	7	3	36	1.49
15091986--15092142	77	2.0	77	91	2	253	52	17	12	17	1.74
15098886--15098920	15	2.3	15	90	0	52	17	22	34	25	1.96
15103037--15103350	157	2.0	157	96	1	585	30	14	18	35	1.91
15113145--15113181	8	4.3	9	80	13	51	29	2	0	67	1.04
15113135--15113180	16	2.8	16	84	12	58	28	4	0	67	1.10
15113143--15113192	25	2.0	25	88	4	73	32	2	2	64	1.16
15113140--15113199	26	2.4	24	83	10	75	33	1	1	63	1.14
15114070--15114113	18	2.4	18	80	0	52	50	6	31	11	1.65
15116441--15116505	3	21.7	3	90	0	94	61	3	32	3	1.27
15116501--15116541	12	3.4	12	82	0	55	36	12	34	17	1.87
15123745--15123783	20	2.0	20	85	10	53	35	12	2	48	1.55
15124959--15125000	19	2.3	18	84	12	50	38	2	9	50	1.48
15131873--15132306	193	2.2	194	91	2	703	25	25	19	29	1.98
15135942--15135988	20	2.3	20	81	0	58	25	19	21	34	1.96
15147583--15147613	16	1.9	16	93	0	53	45	6	6	41	1.55
15164100--15164212	42	2.7	42	83	0	127	22	25	15	37	1.93
15166332--15166656	28	11.2	28	67	17	128	34	2	30	32	1.71
15166181--15166707	58	9.0	58	84	3	553	35	3	29	32	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15166329--15166703	29	12.9	28	67	22	161	34	2	30	32	1.71
15166181--15166707	174	3.0	175	83	5	647	35	3	29	32	1.73
15167685--15167736	20	2.5	20	87	9	70	34	0	1	63	1.06
15167701--15167744	13	3.4	13	78	9	54	38	0	2	59	1.10
15168521--15168561	17	2.4	18	84	12	59	56	4	0	39	1.21
15168932--15169516	200	2.9	200	89	1	904	19	23	21	36	1.95
15177535--15178065	58	9.1	59	85	7	585	32	2	31	32	1.73
15177535--15178060	117	4.5	117	86	5	647	33	2	30	32	1.73
15177535--15177991	30	15.7	30	67	25	191	32	3	31	33	1.73
15179868--15179908	17	2.4	18	76	12	50	56	7	0	36	1.27
15183657--15183715	24	2.5	24	83	10	68	37	3	0	59	1.14
15183680--15183844	58	2.8	59	82	7	201	44	1	1	52	1.19
15184006--15184075	16	4.4	16	85	3	61	31	25	1	41	1.64
15190969--15191107	56	2.5	57	82	7	176	52	11	12	23	1.72
15198891--15198941	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
15219450--15219507	30	1.9	30	85	0	80	29	24	15	31	1.95
15224176--15224458	29	9.7	29	73	10	114	34	28	2	33	1.71
15224189--15224454	59	4.5	56	80	7	273	35	28	2	32	1.71
15224189--15224454	88	3.0	86	82	5	300	35	28	2	32	1.71
15230003--15230142	8	17.4	8	75	17	87	73	0	24	1	0.96
15230037--15230113	7	10.4	7	80	14	59	72	0	27	0	0.85
15231079--15231527	50	9.1	49	79	5	372	32	16	32	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15231076--15231522	99	4.5	98	75	5	389	31	17	32	18	1.94
15232444--15232738	29	10.1	30	82	6	209	33	27	3	35	1.74
15232489--15232738	29	8.7	29	84	5	258	33	28	3	34	1.75
15232491--15232738	86	2.9	85	81	10	272	33	28	3	35	1.75
15232863--15232902	14	2.8	15	85	7	57	20	7	5	67	1.34
15238766--15238994	23	9.9	23	84	2	289	50	11	3	34	1.57
15239449--15239638	36	5.4	36	79	5	183	39	22	7	30	1.82
15241001--15241100	36	2.8	36	96	0	182	23	27	16	34	1.95
15242868--15242904	9	4.0	9	89	3	56	21	2	8	67	1.29
15243216--15243271	23	2.5	23	91	2	87	50	14	3	32	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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