genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23159785--23160110	101	3.2	100	86	2	431	34	20	18	26	1.95
23159785--23160190	101	4.1	100	83	3	372	34	18	19	26	1.96
23159796--23160235	201	2.2	201	80	4	469	34	19	19	26	1.96
23160763--23160887	59	2.1	59	100	0	250	54	29	1	14	1.50
23161089--23161130	20	2.0	20	86	9	57	71	7	2	19	1.20
23161798--23161853	24	2.4	24	80	19	66	25	10	0	64	1.26
23162129--23162220	4	22.8	4	74	18	75	22	2	1	73	1.00
23162128--23162220	21	4.4	22	77	17	83	22	2	1	74	0.99
23162127--23162222	30	3.1	29	80	18	106	21	2	1	75	0.98
23162128--23162221	40	2.3	42	80	15	117	22	2	1	74	0.99
23162129--23162220	44	2.1	45	84	13	120	22	2	1	73	1.00
23162159--23162233	34	2.1	36	83	9	93	25	5	1	68	1.19
23176987--23177037	21	2.4	21	87	6	68	33	7	29	29	1.85
23177002--23177058	21	2.7	21	86	0	69	29	10	26	33	1.90
23191956--23191986	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
23192769--23192821	26	2.0	26	81	0	61	32	22	16	28	1.96
23200176--23200261	40	2.2	40	95	2	156	29	13	25	31	1.94
23201252--23201875	49	12.7	49	74	3	423	35	15	27	21	1.94
23201252--23201875	98	6.4	98	82	0	656	35	15	27	21	1.94
23201498--23201918	147	2.9	145	74	10	363	35	15	27	21	1.94
23202205--23202275	37	1.9	37	91	2	117	29	23	25	21	1.99
23202388--23202510	37	3.3	36	70	13	106	30	21	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23202357--23202499	74	1.9	74	91	0	232	30	23	21	24	1.99
23202355--23202486	37	3.5	37	73	12	126	30	21	21	25	1.99
23203675--23203720	9	5.1	9	81	0	56	17	0	4	78	0.91
23203671--23203715	22	2.0	23	86	4	65	20	0	4	75	0.97
23213149--23213246	38	2.6	38	77	7	119	30	13	24	31	1.93
23216810--23216862	24	2.2	24	82	0	61	39	3	9	47	1.54
23238237--23238270	17	2.0	17	100	0	68	29	23	11	35	1.90
23241295--23241339	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
23242142--23242171	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
23242137--23242180	22	2.0	22	86	8	63	18	11	0	70	1.16
23247254--23247411	48	3.3	48	66	13	144	49	11	3	36	1.55
23247251--23247448	96	2.1	96	94	1	344	47	9	3	39	1.52
23253121--23253355	88	2.7	88	89	0	335	37	18	8	34	1.82
23253452--23253508	30	1.9	30	85	7	80	57	3	1	36	1.26
23254014--23254070	22	2.6	22	82	0	78	31	24	12	31	1.92
23256501--23256553	26	2.0	26	100	0	106	66	7	18	7	1.41
23260245--23260311	35	1.9	35	87	0	98	49	13	19	17	1.80
23260302--23260359	22	2.6	22	77	0	71	37	10	24	27	1.88
23262594--23262917	167	1.9	167	96	0	603	25	27	28	18	1.98
23270148--23270189	22	1.9	22	100	0	84	38	4	9	47	1.57
23272220--23272274	27	2.0	29	82	13	71	74	5	7	12	1.20
23273532--23273870	29	11.6	29	79	7	321	36	1	25	37	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23273552--23273870	59	5.5	57	78	7	266	36	1	25	36	1.64
23274750--23274842	23	4.1	23	73	8	82	41	32	1	24	1.62
23274915--23274986	27	2.7	27	84	0	99	18	15	26	40	1.90
23276121--23276170	22	2.3	22	89	6	75	12	4	10	74	1.21
23282160--23282287	7	18.9	7	79	6	111	16	21	25	36	1.94
23282156--23282288	27	4.9	27	83	4	169	16	21	24	36	1.94
23282182--23282290	20	5.4	20	81	6	139	15	22	23	37	1.93
23283373--23283417	20	2.2	20	96	0	81	26	11	4	57	1.52
23283743--23284058	30	10.6	29	75	10	221	39	1	23	35	1.66
23283742--23284035	90	3.3	89	77	9	301	39	2	23	35	1.66
23283743--23284068	59	5.4	61	74	8	242	40	2	22	34	1.66
23283743--23284088	29	11.6	30	76	6	202	40	2	22	34	1.67
23286042--23286181	42	3.4	42	77	7	151	28	14	26	30	1.95
23286163--23286599	39	11.2	39	63	12	135	24	19	31	24	1.98
23286154--23286696	78	7.0	78	88	0	755	24	19	30	24	1.98
23297840--23297899	21	2.9	21	74	0	66	38	25	11	25	1.89
23298557--23298656	36	2.8	36	92	0	164	21	29	17	33	1.95
23299610--23299648	19	1.9	19	85	10	51	15	10	0	74	1.07
23305753--23305888	36	3.8	36	91	0	218	23	26	15	34	1.94
23309332--23309677	39	8.9	39	85	0	467	35	22	17	24	1.95
23317557--23317783	117	1.9	117	85	0	310	34	19	19	25	1.96
23317557--23317784	39	5.8	39	86	0	276	35	19	19	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23320623--23320666	18	2.4	18	76	0	52	13	4	6	75	1.17
23329286--23329432	21	7.0	21	81	9	165	14	33	22	29	1.93
23332845--23333136	47	6.2	47	82	1	307	34	23	15	27	1.94
23332845--23333505	94	6.9	93	74	10	345	36	21	14	27	1.93
23332845--23333532	141	4.8	141	78	9	627	35	21	14	27	1.93
23333135--23333493	47	7.7	47	74	7	239	37	21	13	27	1.91
23333087--23333204	61	2.0	61	86	6	170	35	25	11	27	1.90
23333027--23333244	108	2.0	108	87	3	314	35	22	12	28	1.92
23332981--23333291	155	2.0	155	92	1	525	35	23	14	27	1.93
23335842--23335972	37	3.6	36	89	4	181	27	14	24	33	1.94
23335842--23336009	74	2.3	73	82	7	196	26	14	23	34	1.94
23337446--23337798	186	1.9	187	83	0	456	35	26	13	24	1.93
23337365--23337815	47	9.6	47	78	2	359	36	25	14	23	1.93
23337691--23337842	47	3.2	47	81	4	117	38	25	13	22	1.91
23344958--23344991	17	2.0	17	88	0	50	17	17	2	61	1.46
23345035--23345078	18	2.4	18	76	0	52	13	4	6	75	1.17
23346427--23346616	95	2.0	95	98	0	371	30	17	26	25	1.98
23346846--23346979	51	2.7	50	80	11	141	35	2	8	52	1.48
23347142--23347188	23	2.0	23	91	0	76	34	12	17	36	1.87
23348740--23348766	6	4.5	6	100	0	54	0	29	51	18	1.46
23354150--23354200	27	2.0	25	92	7	84	52	9	7	29	1.62
23357947--23357995	3	16.0	3	91	4	80	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23358365--23358435	14	5.2	14	71	5	65	4	12	7	76	1.14
23358369--23358435	27	2.5	27	97	0	125	4	11	7	76	1.15
23373783--23373838	21	2.7	21	80	8	69	32	26	10	30	1.90
23385064--23385089	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
23387101--23387165	20	3.0	21	82	14	80	67	21	3	7	1.30
23387116--23387217	12	8.9	12	71	14	81	69	19	3	6	1.27
23387102--23387217	23	5.2	22	77	18	66	68	19	3	7	1.29
23387117--23387229	24	5.0	22	75	15	79	70	19	3	6	1.23
23387168--23387297	21	6.1	20	74	17	70	71	19	5	3	1.21
23387168--23387241	24	3.0	25	78	3	89	72	20	4	2	1.13
23387225--23387329	20	5.1	21	71	14	67	67	19	7	5	1.36
23387225--23387275	19	2.6	19	87	9	68	70	19	5	3	1.24
23389527--23389586	26	2.5	24	76	17	61	61	1	1	35	1.16
23392990--23393018	15	1.9	15	100	0	58	37	27	13	20	1.91
23392937--23393070	67	2.0	67	98	0	259	32	23	15	28	1.95
23392884--23393122	119	2.0	119	84	4	313	33	21	15	29	1.95
23393005--23393189	52	3.6	52	92	0	307	30	22	16	29	1.96
23399556--23399610	21	2.4	23	79	8	60	38	23	10	27	1.88
23400217--23400506	52	5.6	52	90	2	395	30	23	17	28	1.97
23402457--23402544	24	3.6	24	93	1	140	29	15	4	50	1.64
23406041--23406092	26	2.1	24	82	13	61	61	1	0	36	1.07
23406398--23406438	20	2.0	20	95	0	73	36	14	19	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23411905--23411946	21	2.0	22	85	4	59	64	4	19	11	1.44
23424837--23424876	19	2.0	22	85	14	59	20	0	10	70	1.16
23425018--23425074	25	2.2	25	82	17	64	33	1	1	63	1.15
23425298--23425373	25	3.0	22	73	26	62	31	1	6	60	1.30
23425477--23425511	17	2.1	17	88	0	52	40	0	11	48	1.39
23427828--23427855	7	4.0	7	100	0	56	14	0	28	57	1.38
23427874--23427903	7	4.3	7	95	0	51	30	0	23	46	1.52
23430477--23430664	53	3.5	53	94	0	331	25	17	23	33	1.96
23431337--23431395	21	2.8	21	78	0	73	28	15	23	32	1.95
23433047--23433085	19	2.1	19	85	9	53	64	0	2	33	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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