genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  64  of  143  ( 17057 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20787121--20787352	80	2.9	82	81	5	265	25	16	25	31	1.97
20792554--20792756	80	2.5	80	85	4	266	24	17	26	31	1.97
20792763--20792816	26	2.1	26	85	0	72	22	14	25	37	1.93
20793843--20793890	22	2.2	22	100	0	96	16	35	22	25	1.95
20793947--20793989	21	2.0	21	81	0	50	20	30	25	23	1.99
20794887--20794919	16	2.0	17	88	5	50	21	3	0	75	0.93
20803223--20803461	30	8.0	30	80	6	252	36	3	25	33	1.74
20805087--20805155	16	3.7	17	75	25	68	49	1	5	43	1.35
20811052--20811111	20	3.0	20	85	0	75	31	8	13	46	1.72
20817851--20817883	11	3.1	11	91	4	50	45	0	0	54	0.99
20819138--20819518	189	2.0	189	97	0	726	33	16	24	25	1.96
20819786--20819831	22	2.1	22	84	8	58	15	6	13	65	1.46
20821910--20822103	74	2.6	73	76	6	203	24	24	21	29	1.99
20835292--20835739	195	2.3	194	82	3	526	24	27	20	27	1.99
20836210--20836241	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
20841517--20842135	46	14.1	45	85	4	602	25	15	25	33	1.95
20842194--20842648	101	4.6	101	80	7	414	25	17	20	36	1.94
20842516--20842648	48	2.7	49	71	14	121	24	14	24	37	1.92
20844584--20844620	14	2.5	16	87	12	53	0	18	0	81	0.70
20844583--20844628	12	3.4	13	81	18	58	0	17	0	82	0.67
20844583--20844628	20	2.3	19	82	10	56	0	17	0	82	0.67
20850561--20850870	108	2.9	108	80	3	390	24	18	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20855669--20855941	108	2.6	107	78	7	270	23	18	19	38	1.93
20874056--20874295	26	9.2	26	79	4	243	29	17	27	25	1.97
20874036--20874283	78	3.2	78	87	1	336	32	16	26	24	1.96
20881257--20881495	52	4.6	52	83	6	263	30	18	27	23	1.98
20881251--20881488	78	3.1	78	83	6	261	30	18	27	23	1.97
20881275--20881550	78	3.5	78	80	5	256	31	17	26	25	1.97
20881251--20881554	26	11.7	26	74	8	217	31	17	26	25	1.97
20891487--20891537	21	2.5	20	78	9	57	64	0	33	1	1.05
20898427--20898460	12	2.8	12	87	12	52	0	20	0	79	0.73
20899368--20899427	3	20.0	3	74	19	54	0	30	1	68	0.99
20899371--20899427	15	3.9	15	82	8	64	0	29	1	68	1.00
20903580--20903941	195	1.9	191	80	6	426	28	18	25	27	1.98
20904703--20904754	21	2.5	21	84	6	70	26	13	28	30	1.94
20910298--20910526	114	2.0	114	98	0	440	35	17	11	35	1.86
20915927--20915959	17	1.9	17	93	0	57	54	15	15	15	1.71
20927671--20927703	17	1.9	17	100	0	66	48	12	21	18	1.80
20927943--20928060	59	2.0	59	93	0	200	20	20	27	32	1.97
20934300--20934358	21	2.8	22	82	5	68	10	16	32	40	1.82
20938644--20938690	6	7.8	6	87	0	58	21	25	0	53	1.46
20944844--20944877	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
20946329--20946361	17	1.9	17	93	0	57	54	15	6	24	1.63
20958913--20958957	12	3.3	14	84	12	58	66	0	31	2	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20958897--20958949	15	3.3	16	77	15	56	66	0	33	0	0.92
20959361--20959398	17	2.2	17	90	0	58	13	18	13	55	1.69
20963801--20963858	17	3.4	17	74	9	64	56	10	12	20	1.64
20963801--20963866	17	3.9	17	73	0	51	54	10	15	19	1.69
20984427--20984485	22	2.7	22	94	2	102	44	6	0	49	1.29
20998580--20998732	26	5.9	26	84	6	177	26	28	18	26	1.98
21003271--21003305	6	5.8	6	93	0	52	17	62	14	5	1.49
21006432--21006475	18	2.5	17	81	3	52	45	4	13	36	1.64
21006888--21006921	15	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
21007816--21007855	21	1.9	21	84	0	53	52	2	2	42	1.28
21015275--21015299	5	5.0	5	100	0	50	40	20	20	20	1.92
21018419--21018449	6	5.2	6	92	0	53	0	3	16	80	0.83
21026995--21027040	21	2.2	21	92	0	74	56	13	30	0	1.37
21027142--21027183	18	2.5	16	85	11	57	16	11	11	59	1.61
21027784--21027822	20	1.9	20	89	5	60	79	0	20	0	0.73
21027787--21027829	21	2.2	19	87	8	59	81	0	18	0	0.69
21028820--21028906	42	2.1	42	91	0	138	22	18	16	42	1.89
21035021--21035070	25	1.9	27	84	8	68	8	20	10	62	1.52
21039166--21039204	17	2.3	18	82	13	55	53	7	17	20	1.68
21041409--21041450	19	2.2	19	87	8	59	71	9	4	14	1.28
21049836--21049973	53	2.6	53	81	0	168	35	21	15	26	1.94
21053191--21053232	16	2.5	17	88	7	59	71	4	2	21	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21053185--21053242	21	2.7	22	75	5	64	70	3	1	24	1.12
21053185--21053242	16	4.1	14	73	20	57	70	3	1	24	1.12
21054454--21054508	26	2.1	26	93	0	92	29	23	21	25	1.99
21059028--21059064	12	3.1	12	88	0	56	29	24	21	24	1.99
21059052--21059110	26	2.3	26	97	2	111	27	23	20	28	1.99
21059096--21059192	37	2.6	37	83	0	131	30	15	24	28	1.96
21063655--21063763	36	3.0	37	80	8	116	32	15	22	30	1.95
21071226--21071277	21	2.5	21	84	6	70	30	28	13	26	1.94
21075440--21075494	26	2.1	26	96	0	101	30	23	20	25	1.98
21075488--21075580	37	2.5	37	82	6	109	29	13	25	31	1.94
21077216--21077253	3	12.3	3	94	5	67	65	0	0	34	0.93
21093454--21093478	13	1.9	13	100	0	50	48	12	16	24	1.79
21113498--21113545	17	2.8	17	80	0	60	18	18	12	50	1.78
21122444--21122487	18	2.4	18	88	7	63	22	18	25	34	1.96
21127401--21127746	171	2.0	171	98	0	674	31	14	21	32	1.93
21129317--21129341	12	2.1	12	100	0	50	36	8	8	48	1.62
21142976--21143020	19	2.3	20	96	3	83	46	20	11	22	1.81
21157015--21157075	30	2.0	30	90	0	95	37	8	22	31	1.84
21165458--21165496	21	1.9	21	89	5	62	41	15	17	25	1.89
21166880--21167042	80	2.0	80	90	0	254	32	3	30	34	1.73
21167667--21167741	28	2.6	28	83	8	98	60	2	6	30	1.37
21167667--21167747	29	2.8	30	87	7	114	58	2	6	33	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21174196--21174668	148	3.2	146	81	12	508	43	2	10	43	1.53
21174304--21174579	51	5.5	48	66	21	140	42	2	10	44	1.53
21174554--21174616	19	3.2	19	72	22	58	50	1	6	41	1.37
21183104--21183158	21	2.6	21	82	5	67	34	20	12	32	1.90
21188295--21188324	16	1.9	15	93	6	51	86	13	0	0	0.57
21195024--21195095	30	2.4	30	83	6	92	25	26	22	26	2.00
21200491--21200522	16	2.0	16	93	0	55	53	3	18	25	1.59
21201379--21201642	41	6.4	41	82	4	293	39	10	23	26	1.88
21201379--21201642	123	2.1	123	85	4	345	39	10	23	26	1.88
21204707--21204868	30	5.4	30	79	4	159	22	26	24	27	2.00
21204738--21204868	59	2.2	60	86	1	174	22	27	23	25	2.00
21204831--21204880	15	3.3	15	74	0	55	26	34	18	22	1.96
21209226--21209266	17	2.5	16	85	14	57	87	7	4	0	0.65
21209228--21209272	24	1.9	24	86	4	65	84	6	6	2	0.85
21209668--21210181	42	12.4	42	86	4	693	21	18	23	36	1.95
21210979--21211015	19	1.9	19	88	0	56	45	0	13	40	1.43
21211235--21211259	9	2.8	9	100	0	50	24	0	0	76	0.80
21210972--21211373	146	2.8	143	84	9	502	43	1	9	45	1.47
21220745--21220803	26	2.3	26	91	2	93	27	18	25	28	1.98
21222713--21222751	15	2.6	15	100	0	78	20	30	12	35	1.90
21226248--21226288	20	2.0	22	85	9	59	56	21	9	12	1.65
21226490--21226600	28	4.0	28	82	4	134	37	26	12	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21228718--21228751	14	2.3	15	90	5	52	38	0	11	50	1.39
21230370--21230469	27	3.7	27	90	1	148	28	14	21	37	1.91
21230482--21230564	26	3.2	26	85	0	112	21	20	22	34	1.96
21234401--21234456	18	3.1	18	75	10	60	14	14	1	69	1.27
21234423--21234520	28	3.6	27	75	14	85	17	13	3	66	1.37
21235710--21235858	50	2.9	49	77	10	140	35	12	14	36	1.85
21236060--21236092	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
21249969--21250021	22	2.4	22	96	0	97	15	33	20	30	1.93
21250713--21250766	26	2.1	26	89	0	81	24	18	25	31	1.97
21251566--21251596	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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