genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: CP032255.1 Gossypioides kirkii chromosome KI_13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  42971368

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22728726--22728782	30	1.9	29	82	3	69	22	8	7	61	1.50
22728723--22728786	29	2.2	29	75	8	69	23	7	6	62	1.45
22735853--22735924	8	9.5	8	78	13	73	84	0	15	0	0.62
22735856--22735924	28	2.5	28	83	9	88	84	0	15	0	0.63
22735856--22735928	36	2.0	36	92	5	121	82	0	17	0	0.68
22736770--22736990	50	4.4	50	76	4	237	37	19	18	25	1.94
22736820--22737085	102	2.6	102	87	2	374	36	19	18	25	1.94
22737112--22737590	50	9.6	50	65	14	155	36	17	19	27	1.94
22737070--22737592	199	2.6	200	83	1	665	35	17	19	27	1.94
22736847--22737641	100	7.9	100	75	7	492	36	18	19	26	1.94
22737064--22737666	200	3.0	196	79	3	618	36	17	19	26	1.94
22738039--22738078	17	2.2	17	86	8	53	45	12	5	37	1.64
22738634--22738665	16	1.9	17	93	6	57	12	0	6	81	0.87
22747648--22748228	142	4.1	140	78	10	522	44	6	3	44	1.47
22747918--22747975	19	3.1	18	76	11	55	43	1	1	53	1.21
22747918--22747975	18	3.2	17	78	11	62	43	1	1	53	1.21
22748046--22748124	19	4.0	19	75	20	65	41	6	0	51	1.27
22754966--22755011	16	3.0	15	77	22	51	50	0	2	47	1.13
22754966--22755017	18	3.1	17	82	17	56	50	0	1	48	1.12
22755358--22755382	13	1.9	13	100	0	50	20	8	40	32	1.81
22757167--22757213	21	2.2	21	85	7	60	27	6	4	61	1.39
22757175--22757213	21	1.9	21	89	5	62	28	7	2	61	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22759200--22759233	15	2.3	15	89	0	50	35	2	41	20	1.68
22761727--22761966	52	4.6	52	92	1	374	25	14	26	34	1.94
22773449--22773635	52	3.6	52	90	2	288	34	22	13	28	1.93
22775031--22775064	17	2.0	17	100	0	68	35	23	23	17	1.95
22780665--22780890	52	4.3	52	91	0	344	34	23	13	28	1.93
22785427--22785457	13	2.3	14	94	5	55	35	12	12	38	1.82
22787823--22787871	25	2.0	25	84	8	64	46	4	26	22	1.69
22792971--22793030	3	20.0	3	100	0	120	66	0	33	0	0.92
22793029--22793104	3	25.3	3	97	0	143	34	0	32	32	1.58
22799145--22799178	17	1.9	17	88	5	50	55	11	14	17	1.68
22813411--22813460	25	2.0	25	88	7	75	38	10	8	44	1.68
22814990--22815076	31	2.8	31	83	1	111	21	11	18	48	1.79
22814990--22815089	31	3.3	30	80	14	107	22	11	21	46	1.82
22815268--22815343	11	6.8	11	68	24	52	56	2	0	40	1.13
22819557--22819596	20	2.0	21	95	5	73	20	10	15	55	1.68
22835285--22835312	14	2.0	14	100	0	56	21	0	0	78	0.75
22836201--22836242	21	2.0	22	90	4	68	35	9	4	50	1.56
22837210--22837272	31	2.0	31	87	6	92	47	0	0	52	1.00
22839698--22839741	20	2.2	20	84	8	54	61	4	2	31	1.28
22839830--22839875	10	4.5	10	81	5	56	54	0	2	43	1.12
22839830--22839875	21	2.2	21	84	3	58	54	0	2	43	1.12
22840635--22840703	20	3.5	20	70	28	65	50	0	1	47	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22840646--22840703	11	5.6	11	77	22	56	51	0	0	48	1.00
22840604--22840702	40	2.5	41	90	4	159	50	1	1	47	1.14
22840736--22840777	6	7.2	6	97	2	77	0	66	0	33	0.92
22841560--22841593	6	5.8	6	86	6	52	32	0	64	2	1.08
22841622--22841737	20	5.9	20	68	23	77	44	0	0	54	1.06
22841622--22841729	40	2.7	42	75	13	106	45	0	0	54	0.99
22845275--22845505	117	2.0	117	85	1	311	28	18	23	29	1.98
22846416--22846470	20	2.7	21	69	23	53	34	0	5	60	1.20
22860232--22860266	17	1.9	19	88	11	56	60	0	8	31	1.27
22861036--22861084	25	1.9	26	83	4	64	61	4	2	32	1.26
22868962--22869011	18	2.9	16	76	23	57	44	2	2	52	1.24
22871831--22872017	52	3.6	52	85	0	239	25	14	24	34	1.94
22882550--22882589	21	1.9	21	85	10	55	50	15	10	25	1.74
22882828--22882946	51	2.4	50	84	1	157	36	13	15	34	1.87
22882828--22882950	50	2.4	51	84	1	167	35	13	15	34	1.87
22900778--22900918	26	5.3	27	77	10	123	23	17	23	36	1.95
22902087--22902264	19	9.4	19	87	0	239	30	19	27	23	1.98
22902087--22902264	38	4.7	38	90	0	266	30	19	27	23	1.98
22908738--22908915	19	9.4	19	80	2	205	33	19	25	21	1.97
22908738--22908915	57	3.1	57	80	0	230	33	19	25	21	1.97
22908738--22908916	38	4.7	38	84	0	232	32	19	25	22	1.97
22910165--22910249	38	2.2	38	81	8	102	37	22	14	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22923840--22923887	18	2.7	19	84	9	57	43	0	2	54	1.12
22923825--22923887	19	3.6	17	74	15	58	41	0	3	55	1.16
22927297--22927335	21	1.9	21	89	5	62	33	20	2	43	1.65
22930463--22930496	17	1.9	18	88	5	52	35	2	0	61	1.11
22941009--22941314	43	7.1	43	84	4	341	30	27	17	25	1.97
22941003--22941314	129	2.4	128	84	2	394	31	26	16	25	1.97
22946752--22946958	41	5.0	41	83	1	236	16	29	21	31	1.96
22948575--22948618	18	2.5	17	85	3	52	18	11	11	59	1.61
22949199--22949241	13	3.2	13	81	12	59	79	0	20	0	0.74
22953005--22953052	24	2.0	24	95	0	87	35	16	27	20	1.94
22956785--22956824	18	2.0	21	86	13	59	27	15	12	45	1.82
22958619--22958733	57	2.0	57	98	0	221	37	11	21	29	1.88
22960610--22960674	29	2.2	30	86	2	87	33	24	6	35	1.80
22969789--22969840	23	2.3	22	75	12	52	50	1	5	42	1.37
22970565--22970604	22	1.9	22	90	10	66	25	0	2	72	0.97
22970563--22970619	22	2.6	22	77	2	62	31	0	1	66	1.02
22977124--22977162	13	3.2	12	86	13	53	15	0	10	74	1.07
22978796--22979037	121	2.0	121	96	0	448	27	10	18	43	1.83
22979202--22979746	101	5.4	100	89	3	779	26	18	19	34	1.95
22985906--22986098	52	3.7	51	80	4	208	26	15	24	33	1.95
22997484--22997920	193	2.3	193	81	4	497	27	18	25	27	1.98
23000803--23000842	21	1.9	21	85	10	55	60	0	37	2	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23012492--23012533	16	2.6	16	84	0	57	71	0	9	19	1.13
23015587--23015616	13	2.3	13	94	0	51	26	0	0	73	0.84
23016398--23016449	20	2.6	19	79	11	59	42	1	0	55	1.10
23017899--23017942	19	2.2	21	84	8	56	22	4	2	70	1.17
23028911--23028969	25	2.4	25	80	11	59	18	10	32	38	1.84
23045491--23045528	19	2.0	19	85	10	51	31	2	0	65	1.06
23046323--23046382	26	2.4	24	81	10	66	33	3	1	61	1.22
23048646--23048756	28	4.1	27	78	13	97	18	18	16	47	1.83
23053610--23053733	64	1.9	64	96	0	230	25	16	19	39	1.91
23073657--23073849	52	3.7	51	81	4	208	26	15	24	33	1.95
23082296--23082411	61	1.9	62	82	3	146	29	14	24	31	1.95
23084787--23084834	26	1.9	24	84	16	62	25	6	14	54	1.63
23096264--23096379	61	1.9	62	82	3	146	29	14	24	31	1.95
23098755--23098802	26	1.9	24	87	8	69	25	6	12	56	1.59
23099582--23100015	193	2.2	193	83	4	536	27	18	25	27	1.98
23102901--23102940	21	1.9	21	85	10	55	60	0	37	2	1.11
23102603--23103403	401	2.0	401	97	0	1503	36	15	22	24	1.94
23118072--23118101	14	2.1	14	93	0	51	23	0	0	76	0.78
23120626--23120687	20	3.4	19	78	14	60	61	0	35	3	1.12
23120636--23120684	16	3.1	16	80	11	55	61	0	34	4	1.15
23135787--23135816	14	2.1	14	93	0	51	23	0	0	76	0.78
23137095--23137139	17	2.6	17	85	0	54	33	2	0	64	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23138114--23138156	19	2.2	20	87	4	61	23	4	2	69	1.18
23146013--23146058	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
23147152--23147181	13	2.4	13	94	5	53	26	3	0	70	1.03
23149340--23149447	6	18.3	6	78	11	62	19	6	2	71	1.21
23149340--23149412	12	6.2	12	88	3	85	16	9	2	71	1.24
23149366--23149417	18	2.9	18	97	2	97	17	13	5	63	1.48
23149340--23149450	12	9.5	11	77	13	73	19	6	2	71	1.20
23149855--23150221	180	2.0	180	91	2	596	32	11	14	40	1.82
23150553--23150606	26	2.0	27	85	3	74	74	0	18	7	1.05
23151539--23151567	3	10.0	3	92	7	51	34	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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